+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-36045 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | The cryo-EM structure of PiB bound TMEM106B fibril. | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
| |||||||||
キーワード | PROTEIN FIBRIL / amyloid | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 lysosomal protein catabolic process / regulation of lysosome organization / lysosomal lumen acidification / lysosome localization / positive regulation of dendrite development / dendrite morphogenesis / lysosomal transport / lysosome organization / neuron cellular homeostasis / ATPase binding ...lysosomal protein catabolic process / regulation of lysosome organization / lysosomal lumen acidification / lysosome localization / positive regulation of dendrite development / dendrite morphogenesis / lysosomal transport / lysosome organization / neuron cellular homeostasis / ATPase binding / late endosome membrane / endosome / lysosome / lysosomal membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å | |||||||||
データ登録者 | Zhao QY / Tao YQ / Yan F / Liu C / Li D | |||||||||
資金援助 | 1件
| |||||||||
引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: The cryo-EM structure of PiB bound TMEM106B fibril. 著者: Zhao QY / Tao YQ / Fan Y / Liu C / Li D | |||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
添付画像 |
---|
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_36045.map.gz | 19.8 MB | EMDBマップデータ形式 | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | emd-36045-v30.xml emd-36045.xml | 12.6 KB 12.6 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_36045_fsc.xml | 11.4 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_36045.png | 45.6 KB | ||
Filedesc metadata | emd-36045.cif.gz | 4.9 KB | ||
その他 | emd_36045_half_map_1.map.gz emd_36045_half_map_2.map.gz | 98.4 MB 98.5 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-36045 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-36045 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8j7pMC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
---|---|
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
---|
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_36045.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.83 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
|
-添付データ
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_36045_half_map_1.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_36045_half_map_2.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : The cryo-EM structure of PiB bound TMEM106B fibril.
全体 | 名称: The cryo-EM structure of PiB bound TMEM106B fibril. |
---|---|
要素 |
|
-超分子 #1: The cryo-EM structure of PiB bound TMEM106B fibril.
超分子 | 名称: The cryo-EM structure of PiB bound TMEM106B fibril. / タイプ: tissue / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-分子 #1: Transmembrane protein 106B
分子 | 名称: Transmembrane protein 106B / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 31.156318 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: MGKSLSHLPL HSSKEDAYDG VTSENMRNGL VNSEVHNEDG RNGDVSQFPY VEFTGRDSVT CPTCQGTGRI PRGQENQLVA LIPYSDQRL RPRRTKLYVM ASVFVCLLLS GLAVFFLFPR SIDVKYIGVK SAYVSYDVQK RTIYLNITNT LNITNNNYYS V EVENITAQ ...文字列: MGKSLSHLPL HSSKEDAYDG VTSENMRNGL VNSEVHNEDG RNGDVSQFPY VEFTGRDSVT CPTCQGTGRI PRGQENQLVA LIPYSDQRL RPRRTKLYVM ASVFVCLLLS GLAVFFLFPR SIDVKYIGVK SAYVSYDVQK RTIYLNITNT LNITNNNYYS V EVENITAQ VQFSKTVIGK ARLNNITIIG PLDMKQIDYT VPTVIAEEMS YMYDFCTLIS IKVHNIVLMM QVTVTTTYFG HS EQISQER YQYVDCGRNT TYQLGQSEYL NVLQPQQ UniProtKB: Transmembrane protein 106B |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
---|---|
解析 | らせん対称体再構成法 |
試料の集合状態 | filament |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
---|---|
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
---|---|
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 40.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |