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- EMDB-35987: Structural insights into photosystem II supercomplex and trimeric... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-35987
タイトルStructural insights into photosystem II supercomplex and trimeric FCP antennae of a centric diatom Cyclotella meneghiniana
マップデータ
試料
  • 複合体: Cm-PSII-FCPII
    • タンパク質・ペプチド: x 28種
  • リガンド: x 16種
キーワードPSII-FCPII supercomplex / PHOTOSYNTHESIS
生物種Stephanocyclus meneghinianus (珪藻)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.93 Å
データ登録者Shen LL / Li ZH / Shen JR / Wang WD
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
Chinese Academy of Sciences 中国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Structural insights into photosystem II supercomplex and trimeric FCP antennae of a centric diatom Cyclotella meneghiniana.
著者: Songhao Zhao / Lili Shen / Xiaoyi Li / Qiushuang Tao / Zhenhua Li / Caizhe Xu / Cuicui Zhou / Yanyan Yang / Min Sang / Guangye Han / Long-Jiang Yu / Tingyun Kuang / Jian-Ren Shen / Wenda Wang /
要旨: Diatoms are dominant marine algae and contribute around a quarter of global primary productivity, the success of which is largely attributed to their photosynthetic capacity aided by specific ...Diatoms are dominant marine algae and contribute around a quarter of global primary productivity, the success of which is largely attributed to their photosynthetic capacity aided by specific fucoxanthin chlorophyll-binding proteins (FCPs) to enhance the blue-green light absorption under water. We purified a photosystem II (PSII)-FCPII supercomplex and a trimeric FCP from Cyclotella meneghiniana (Cm) and solved their structures by cryo-electron microscopy (cryo-EM). The structures reveal detailed organizations of monomeric, dimeric and trimeric FCP antennae, as well as distinct assemblies of Lhcx6_1 and dimeric FCPII-H in PSII core. Each Cm-PSII-FCPII monomer contains an Lhcx6_1, an FCP heterodimer and other three FCP monomers, which form an efficient pigment network for harvesting energy. More diadinoxanthins and diatoxanthins are found in FCPs, which may function to quench excess energy. The trimeric FCP contains more chlorophylls c and fucoxanthins. These diversified FCPs and PSII-FCPII provide a structural basis for efficient light energy harvesting, transfer, and dissipation in C. meneghiniana.
履歴
登録2023年4月23日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年12月20日-
マップ公開2023年12月20日-
更新2023年12月20日-
現状2023年12月20日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_35987.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_35987.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 512 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.06 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.158
最小 - 最大-0.31446657 - 0.7089361
平均 (標準偏差)-0.00015652567 (±0.018221822)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ512512512
Spacing512512512
セルA=B=C: 542.72 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_35987_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_35987_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Cm-PSII-FCPII

全体名称: Cm-PSII-FCPII
要素
  • 複合体: Cm-PSII-FCPII
    • タンパク質・ペプチド: PsbA
    • タンパク質・ペプチド: PsbB
    • タンパク質・ペプチド: PsbC
    • タンパク質・ペプチド: PsbD
    • タンパク質・ペプチド: PsbE
    • タンパク質・ペプチド: PsbF
    • タンパク質・ペプチド: PsbH
    • タンパク質・ペプチド: PsbI
    • タンパク質・ペプチド: PsbJ
    • タンパク質・ペプチド: PsbK
    • タンパク質・ペプチド: PsbL
    • タンパク質・ペプチド: PsbM
    • タンパク質・ペプチド: Psb34
    • タンパク質・ペプチド: PsbO
    • タンパク質・ペプチド: PsbQ'
    • タンパク質・ペプチド: PsbT
    • タンパク質・ペプチド: PsbU
    • タンパク質・ペプチド: PsbV
    • タンパク質・ペプチド: PsbW
    • タンパク質・ペプチド: PsbX
    • タンパク質・ペプチド: PsbY
    • タンパク質・ペプチド: PsbZ
    • タンパク質・ペプチド: FCPII-G, fucoxanthin chlorophyll a/c binding protein
    • タンパク質・ペプチド: FCPII-H2, fucoxanthin chlorophyll a/c binding protein
    • タンパク質・ペプチド: FCPII-H1, fucoxanthin chlorophyll a/c binding protein
    • タンパク質・ペプチド: FCPII-I, fucoxanthin chlorophyll a/c binding protein
    • タンパク質・ペプチド: FCPII-K, fucoxanthin chlorophyll a/c binding protein
    • タンパク質・ペプチド: FCPII-J, fucoxanthin chlorophyll a/c binding protein
  • リガンド: CA-MN4-O5 CLUSTER
  • リガンド: FE (II) ION
  • リガンド: CHLOROPHYLL A
  • リガンド: PHEOPHYTIN A
  • リガンド: BETA-CAROTENE
  • リガンド: 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL
  • リガンド: 2,3-DIMETHYL-5-(3,7,11,15,19,23,27,31,35-NONAMETHYL-2,6,10,14,18,22,26,30,34-HEXATRIACONTANONAENYL-2,5-CYCLOHEXADIENE-1,4-DIONE-2,3-DIMETHYL-5-SOLANESYL-1,4-BENZOQUINONE
  • リガンド: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE
  • リガンド: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE
  • リガンド: CHLORIDE ION
  • リガンド: DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)
  • リガンド: BICARBONATE ION
  • リガンド: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE
  • リガンド: (3S,3'S,5R,5'R,6S,6'R,8'R)-3,5'-dihydroxy-8-oxo-6',7'-didehydro-5,5',6,6',7,8-hexahydro-5,6-epoxy-beta,beta-caroten-3'- yl acetate
  • リガンド: (1~{R})-3,5,5-trimethyl-4-[(1~{E},3~{E},5~{E},7~{E},9~{E},11~{E},13~{E},15~{E})-3,7,12,16-tetramethyl-18-[(4~{R})-2,6,6-trimethyl-4-oxidanyl-cyclohexen-1-yl]octadeca-1,3,5,7,9,11,13,15-octaen-17-ynyl]cyclohex-3-en-1-ol
  • リガンド: (3S,3'R,5R,6S,7cis)-7',8'-didehydro-5,6-dihydro-5,6-epoxy-beta,beta-carotene-3,3'-diol

+
超分子 #1: Cm-PSII-FCPII

超分子名称: Cm-PSII-FCPII / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#28
由来(天然)生物種: Stephanocyclus meneghinianus (珪藻)

+
分子 #1: PsbA

分子名称: PsbA / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Stephanocyclus meneghinianus (珪藻)
分子量理論値: 36.951098 KDa
配列文字列: VSLWERFCAW ITSTENRLYI GWFGCLMFPT LLTATSCFII AFIAAPPVDI DGIREPVSGS LLYGNNIISG AVVPSSNAIG MHFYPIWEA ASVDEWLYNG GPYQLIVLHF LLGVSAYMGR EWELSYRLGM RPWIFVAFSA PVAAASAVFL VYPIGQGSFS D GMPLGISG ...文字列:
VSLWERFCAW ITSTENRLYI GWFGCLMFPT LLTATSCFII AFIAAPPVDI DGIREPVSGS LLYGNNIISG AVVPSSNAIG MHFYPIWEA ASVDEWLYNG GPYQLIVLHF LLGVSAYMGR EWELSYRLGM RPWIFVAFSA PVAAASAVFL VYPIGQGSFS D GMPLGISG TFNFMLVFQA EHNILMHPFH MAGVAGVFGG SLFSAMHGSL VTSSLIRETT ENESTNYGYK FGQEEETYNI VA AHGYFGR LIFQYASFNN SRALHFFLAL WPVVGIWITA MGISTMAFNL NGFNFNQSVV DSQGRVINTW ADILNRANLG IEV MHERNA HNFPLDL

+
分子 #2: PsbB

分子名称: PsbB / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Stephanocyclus meneghinianus (珪藻)
分子量理論値: 53.504957 KDa
配列文字列: ALPWYRVHTV VLNDPGRLIA VHLMHTALVA GWAGSMALYE LAVFDPSDPV LNPMWRQGMF VMPFMTRLGI TDSWGGWSIT GESVSNPGI WSFEGVALSH IILSGMCFLA AIWHWVYWDL ELFRDPRTGE PALDLPKIFG IHLFLSGLLC FGFGAFHVTG L FGPGIWVS ...文字列:
ALPWYRVHTV VLNDPGRLIA VHLMHTALVA GWAGSMALYE LAVFDPSDPV LNPMWRQGMF VMPFMTRLGI TDSWGGWSIT GESVSNPGI WSFEGVALSH IILSGMCFLA AIWHWVYWDL ELFRDPRTGE PALDLPKIFG IHLFLSGLLC FGFGAFHVTG L FGPGIWVS DAYGITGKVQ PVAPAWGADG FNPFNPGGIA AHHIAAGIFG IFAGIFHLTV RPPQRLYRAL RMGNIETVLS SS ISAVFFA AFVTSGTMWY GAAATPIELF GPTRYQWDSG YFQQEIERQV ETSVSEGLSE SQAWSRIPDK LAFYDYIGNN PAK GGLFRA GPMNKGDGIA EAWLGHPIFR DKEGRELTVR RMPAFFETFP VILVDKDGII RADIPFRRAE SKYSIEQVGV TVDF YGGKL NGQTFKDAPT VKKFARKAQL GEVFEFDRTS LESDGVFRSS PRGWYTYGHA NFALLFFFGH LWHGGRTIFR DVFTG I

+
分子 #3: PsbC

分子名称: PsbC / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Stephanocyclus meneghinianus (珪藻)
分子量理論値: 49.357348 KDa
配列文字列: IAGRDIESTG FAWWSGNARL INVSGKLLGA HVAHAGLMVF WAGAMVLFEV SHFVPEKPTY EQGFILIQHL ATLGYGIGPG GEITSTVPY FAVGVIHLIS SAILGFGGIY HSLLGPDTLE ESFPFFGYDW RDKNKMTTIL GIHLCLLGLG SFLLVIKAMY L GGVYDTWA ...文字列:
IAGRDIESTG FAWWSGNARL INVSGKLLGA HVAHAGLMVF WAGAMVLFEV SHFVPEKPTY EQGFILIQHL ATLGYGIGPG GEITSTVPY FAVGVIHLIS SAILGFGGIY HSLLGPDTLE ESFPFFGYDW RDKNKMTTIL GIHLCLLGLG SFLLVIKAMY L GGVYDTWA PGGGDVRYIT TPTLNPIVIF GYVFRSPFGG DGWVVSVNNM EDVIGGHIWV GILCIVGGIW HIFTKPFAWA RR AFVWSGE AYLSYSLAAI SLMGFTAALY SWYNNTAYPS ELYGPTGPEA SQAQAFTFLV RDQRLGANVS SAQGPTGLGK YLM RSPSGE IIFGGETMRF WDLRAPWVEP LRGPNGLDIN KIKNDIQPWQ ERRAAEYMTH APLGSLNSVG GVATEINSVN YVSP RSWLC CSHFFLAFFF LVGHWWHAGR ARAAAAGFEK GIDRDFEPVL SMTPL

+
分子 #4: PsbD

分子名称: PsbD / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Stephanocyclus meneghinianus (珪藻)
分子量理論値: 37.826109 KDa
配列文字列: GLFDLVDDWL KKDRFVFVGW SGLLLFPTAY LAAGGWMTGT TFVTSWYTHG LASSYLEGCN FLTAAVSTPA NSVGHSLLLL WGPEAQGDF TRWCQIGGLW TFVALHGAFG LIGFCLRQFE IARLVGIRPY NAIAFSGPIA VFVSVFLLYP LGQASWFFAP S FGVAAIFR ...文字列:
GLFDLVDDWL KKDRFVFVGW SGLLLFPTAY LAAGGWMTGT TFVTSWYTHG LASSYLEGCN FLTAAVSTPA NSVGHSLLLL WGPEAQGDF TRWCQIGGLW TFVALHGAFG LIGFCLRQFE IARLVGIRPY NAIAFSGPIA VFVSVFLLYP LGQASWFFAP S FGVAAIFR FLLFLQGFHN WTLNPFHMMG VAGILGGALL CAIHGATVEN TLFEDGDAAN TFRAFTPTQS EETYSMVTAN RF WSQIFGV AFSNKRWLHF FMLFVPVTGL WTSSIGIVGL ALNLRAYDFV SQELRAAEDP EFETFYTKNH LLDEGIRAWM AAQ DQPHEN FVFPEEVLPR GNAL

+
分子 #5: PsbE

分子名称: PsbE / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Stephanocyclus meneghinianus (珪藻)
分子量理論値: 8.687784 KDa
配列文字列:
RPFSDIITSV RYWIIHSITI PSLFVSGWLF ISTGLAYDVF GTPRPNEYFT QDRQQVPLVN DRFSAKQELE DLTKG

+
分子 #6: PsbF

分子名称: PsbF / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Stephanocyclus meneghinianus (珪藻)
分子量理論値: 3.555263 KDa
配列文字列:
IFTFRWLAVH GLAIPTVFFL GGITAMQFIQ R

+
分子 #7: PsbH

分子名称: PsbH / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Stephanocyclus meneghinianus (珪藻)
分子量理論値: 7.188501 KDa
配列文字列:
ALRTRLGEIL RPLNAEYGKV APGWGTTPIM GIVMLAFLIF LVIILQIYNS SLIIENVDVD WANGI

+
分子 #8: PsbI

分子名称: PsbI / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Stephanocyclus meneghinianus (珪藻)
分子量理論値: 3.940673 KDa
配列文字列:
MLTLKILVYT TVIFFVSLFI FGFLSSDPSR NPNR

+
分子 #9: PsbJ

分子名称: PsbJ / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Stephanocyclus meneghinianus (珪藻)
分子量理論値: 3.487078 KDa
配列文字列:
GRVPLWLVGL VGGFAVITIV SLFIYGSYSG LGSS

+
分子 #10: PsbK

分子名称: PsbK / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Stephanocyclus meneghinianus (珪藻)
分子量理論値: 4.225085 KDa
配列文字列:
KLPEAYAFLN PIVDVMPVIP VLFFLLAFVW QAAVSFR

+
分子 #11: PsbL

分子名称: PsbL / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Stephanocyclus meneghinianus (珪藻)
分子量理論値: 4.23588 KDa
配列文字列:
TGPNPNKQAV ELNRTSLYWG LLLIFVLAVL FSSYFFN

+
分子 #12: PsbM

分子名称: PsbM / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Stephanocyclus meneghinianus (珪藻)
分子量理論値: 4.358022 KDa
配列文字列:
EVQFGAYLAV LLGTFLPALF LVNLFIQTEA RKAGKAGGQD S

+
分子 #13: Psb34

分子名称: Psb34 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Stephanocyclus meneghinianus (珪藻)
分子量理論値: 2.571161 KDa
配列文字列:
(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)

+
分子 #14: PsbO

分子名称: PsbO / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Stephanocyclus meneghinianus (珪藻)
分子量理論値: 26.749297 KDa
配列文字列: LTKSQINELS YLQVKGTGLA NRCAEVVGED SIKPKPGAKL VDMCIEPKAW AVEEEVGKAG KTEKKFVNSK VMTRQTYTLD AIEGPITVD GGKITFSEKE GIDYAATTVQ LPGGERVPFL FTVKDLVAKG NGDTFKPGFQ MGGDFNTPSY RTGLFLDPKG R GGTTGYDM ...文字列:
LTKSQINELS YLQVKGTGLA NRCAEVVGED SIKPKPGAKL VDMCIEPKAW AVEEEVGKAG KTEKKFVNSK VMTRQTYTLD AIEGPITVD GGKITFSEKE GIDYAATTVQ LPGGERVPFL FTVKDLVAKG NGDTFKPGFQ MGGDFNTPSY RTGLFLDPKG R GGTTGYDM AVALPALQLG EEGDAELFGE NNKVFDITQG RIEMEVNKVN AEDSEIGGVF VATQLSDTDM GSKTPKKVLT KG IFYAKVE Q

+
分子 #15: PsbQ'

分子名称: PsbQ' / タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Stephanocyclus meneghinianus (珪藻)
分子量理論値: 16.001864 KDa
配列文字列:
SVFGLIGDGT SYSEGAAYGT DQADKLYSPY SVYSPEGEKS LYKPDSAEYL ARKKAVLAET KNRLQKIPGY VDKKEWFNVK DELTRYMYE TRGAVRSLSS SVTQKEKAEV FFRALEDTYG AATLKKGDAV KASNDKAIAA LDAFTA

+
分子 #16: PsbT

分子名称: PsbT / タイプ: protein_or_peptide / ID: 16 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Stephanocyclus meneghinianus (珪藻)
分子量理論値: 3.441195 KDa
配列文字列:
MEALVYTFLL IGTLMVIFFA VFFRETPRI

+
分子 #17: PsbU

分子名称: PsbU / タイプ: protein_or_peptide / ID: 17 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Stephanocyclus meneghinianus (珪藻)
分子量理論値: 10.010334 KDa
配列文字列:
VIDYENIGYL GGSSIVDINN ANIRAYLKMP GMYPTVAGKI VSHGPYSGVS DLYKIPGLSS AEADVIKKYE SRLTAKTPSP DYVIDRINN GLY

+
分子 #18: PsbV

分子名称: PsbV / タイプ: protein_or_peptide / ID: 18 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Stephanocyclus meneghinianus (珪藻)
分子量理論値: 14.757663 KDa
配列文字列:
IDLDEATRTV VVDNAGNTTV LTPEQVKRGK RLFNATCGAC HVGGITKTNP NVGLDPEALS LATPRRDNIN ALVDYIKNPT TYDGLESIA EVHPSIKSAD IYPRMRSLTD EDLYSIAGHI MLSPKIASEK WGGGKIY

+
分子 #19: PsbW

分子名称: PsbW / タイプ: protein_or_peptide / ID: 19 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Stephanocyclus meneghinianus (珪藻)
分子量理論値: 5.606405 KDa
配列文字列:
ARFANGKPQS IEAKYIMRSP AEWDRFMRFM DRYAEANGLG FSS(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)

+
分子 #20: PsbX

分子名称: PsbX / タイプ: protein_or_peptide / ID: 20 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Stephanocyclus meneghinianus (珪藻)
分子量理論値: 3.389061 KDa
配列文字列:
MTASLSNFIA SLIAGGVVVG VIAIALIVIS KSDR

+
分子 #21: PsbY

分子名称: PsbY / タイプ: protein_or_peptide / ID: 21 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Stephanocyclus meneghinianus (珪藻)
分子量理論値: 3.634343 KDa
配列文字列:
DTRLLVIAAP VLVAASWALF NIGRLAIQQI QRL

+
分子 #22: PsbZ

分子名称: PsbZ / タイプ: protein_or_peptide / ID: 22 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Stephanocyclus meneghinianus (珪藻)
分子量理論値: 6.233312 KDa
配列文字列:
MITALTALFV LVSLALVVTV PVALATPGEW ETSKDQFNKI FQLWVGLVVA IATADGIST

+
分子 #23: FCPII-G, fucoxanthin chlorophyll a/c binding protein

分子名称: FCPII-G, fucoxanthin chlorophyll a/c binding protein
タイプ: protein_or_peptide / ID: 23 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Stephanocyclus meneghinianus (珪藻)
分子量理論値: 18.512004 KDa
配列文字列:
APPGLVGALP PVGFFDPAGF AAKASPEELS RYREVEIMHG RFAQLAVLGF IIPEKCAYDG SFGDDFLAPT GRALEVFNTD PLWLGLTLA VISALETVRL IETEPGTRTD AKIESLGWRP KTESEYINYQ VRELQQGRLA MLAFAGEVAQ ELVNDKPLLV N LQDSGFVS W

+
分子 #24: FCPII-H2, fucoxanthin chlorophyll a/c binding protein

分子名称: FCPII-H2, fucoxanthin chlorophyll a/c binding protein
タイプ: protein_or_peptide / ID: 24 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Stephanocyclus meneghinianus (珪藻)
分子量理論値: 18.251734 KDa
配列文字列:
FENELGVIAP TGFFDPLGLS KNISKEKFDE YRTAELKHGR AAMLAVLGYI APETYRFGFD IAPGVSTYDI PNGVAAIDYI PALGWAQII FLIGAVDYWG VLGDFSFGKP DLGDKEEERK LQELQHGRLA MLAFLELLRH DSQNFVSPGF DGYDKMITGL P FMYG

+
分子 #25: FCPII-H1, fucoxanthin chlorophyll a/c binding protein

分子名称: FCPII-H1, fucoxanthin chlorophyll a/c binding protein
タイプ: protein_or_peptide / ID: 25 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Stephanocyclus meneghinianus (珪藻)
分子量理論値: 18.085545 KDa
配列文字列:
FENELGVIAP TGFFDPLGFT QDIDQEKFDQ YRTAELKHGR VAQLAVVGYV VPEFFRWGFD IAPGIACADV PNGVAAINAI PALGWAQII FAIGAVDVRG WFGNFDIGKP DLKGKEEERA LQELQHGRLA MLAILELLRH DSQNLVKPGF DGLDNLITGL P FLYN

+
分子 #26: FCPII-I, fucoxanthin chlorophyll a/c binding protein

分子名称: FCPII-I, fucoxanthin chlorophyll a/c binding protein
タイプ: protein_or_peptide / ID: 26 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Stephanocyclus meneghinianus (珪藻)
分子量理論値: 23.27917 KDa
配列文字列: SPRALPFGSA PATLDGSLVG DVGFDPIGFS TAPFASFNNP LYKEGDFMSD LEWLREAELT HGRIAQLAVL GFIWPALFGT FPGNENFGG ADAFSYVNPL EAITHVPDLA IYQIVGGMAW VEYQRVIRIK EQGKNRVSGD IGLGYPGGWN PFNLNYSPEE Y AEKQLQEI ...文字列:
SPRALPFGSA PATLDGSLVG DVGFDPIGFS TAPFASFNNP LYKEGDFMSD LEWLREAELT HGRIAQLAVL GFIWPALFGT FPGNENFGG ADAFSYVNPL EAITHVPDLA IYQIVGGMAW VEYQRVIRIK EQGKNRVSGD IGLGYPGGWN PFNLNYSPEE Y AEKQLQEI KHCRLAMIGA FGLFFQALNS GTDIVSQLSP AFAAPDYAAK AGYFLP

+
分子 #27: FCPII-K, fucoxanthin chlorophyll a/c binding protein

分子名称: FCPII-K, fucoxanthin chlorophyll a/c binding protein
タイプ: protein_or_peptide / ID: 27 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Stephanocyclus meneghinianus (珪藻)
分子量理論値: 13.039064 KDa
配列文字列: (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK) ...文字列:
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+
分子 #28: FCPII-J, fucoxanthin chlorophyll a/c binding protein

分子名称: FCPII-J, fucoxanthin chlorophyll a/c binding protein
タイプ: protein_or_peptide / ID: 28 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Stephanocyclus meneghinianus (珪藻)
分子量理論値: 17.850197 KDa
配列文字列:
ENEIGALAPT GFFDPAKLSD GISQEKFDQY RLAELKHGRA AMLAVLGYVA PETYRFGYDL IPGELSTRDI PNGVAALNAI PFGGWVQMI AFVGTVEAYG WFTSPTGVLD LPADILAKRQ TSELQHGRLA MLAFLELIRH DSQNLAQPGF DGYDNLITGL P FLY

+
分子 #29: CA-MN4-O5 CLUSTER

分子名称: CA-MN4-O5 CLUSTER / タイプ: ligand / ID: 29 / コピー数: 2 / 式: OEX
分子量理論値: 339.827 Da
Chemical component information

ChemComp-OEX:
CA-MN4-O5 CLUSTER

+
分子 #30: FE (II) ION

分子名称: FE (II) ION / タイプ: ligand / ID: 30 / コピー数: 2 / 式: FE2
分子量理論値: 55.845 Da

+
分子 #31: CHLOROPHYLL A

分子名称: CHLOROPHYLL A / タイプ: ligand / ID: 31 / コピー数: 206 / 式: CLA
分子量理論値: 893.489 Da
Chemical component information

ChemComp-CLA:
CHLOROPHYLL A

+
分子 #32: PHEOPHYTIN A

分子名称: PHEOPHYTIN A / タイプ: ligand / ID: 32 / コピー数: 4 / 式: PHO
分子量理論値: 871.2 Da
Chemical component information

ChemComp-PHO:
PHEOPHYTIN A / 132α-(メトキシカルボニル)-31,32-ジデヒ(以下略)

+
分子 #33: BETA-CAROTENE

分子名称: BETA-CAROTENE / タイプ: ligand / ID: 33 / コピー数: 20 / 式: BCR
分子量理論値: 536.873 Da
Chemical component information

ChemComp-BCR:
BETA-CAROTENE / β-カロチン

+
分子 #34: 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL

分子名称: 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL
タイプ: ligand / ID: 34 / コピー数: 8 / 式: SQD
分子量理論値: 795.116 Da
Chemical component information

ChemComp-SQD:
1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL / (2S)-1-O,2-O-ジパルミトイル-3-O-(6-スルホ-6-デオキシ-α-D-グルコピラノシル)グリセロ-ル

+
分子 #35: 2,3-DIMETHYL-5-(3,7,11,15,19,23,27,31,35-NONAMETHYL-2,6,10,14,18,...

分子名称: 2,3-DIMETHYL-5-(3,7,11,15,19,23,27,31,35-NONAMETHYL-2,6,10,14,18,22,26,30,34-HEXATRIACONTANONAENYL-2,5-CYCLOHEXADIENE-1,4-DIONE-2,3-DIMETHYL-5-SOLANESYL-1,4-BENZOQUINONE
タイプ: ligand / ID: 35 / コピー数: 4 / 式: PL9
分子量理論値: 749.201 Da
Chemical component information

ChemComp-PL9:
2,3-DIMETHYL-5-(3,7,11,15,19,23,27,31,35-NONAMETHYL-2,6,10,14,18,22,26,30,34-HEXATRIACONTANONAENYL-2,5-CYCLOHEXADIENE-1,4-DIONE-2,3-DIMETHYL-5-SOLANESYL-1,4-BENZOQUINONE

+
分子 #36: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE

分子名称: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / タイプ: ligand / ID: 36 / コピー数: 14 / 式: LHG
分子量理論値: 722.97 Da
Chemical component information

ChemComp-LHG:
1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / ジパルミトイルホスファチジルグリセロ-ル / リン脂質*YM

+
分子 #37: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE

分子名称: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE / タイプ: ligand / ID: 37 / コピー数: 22 / 式: LMG
分子量理論値: 787.158 Da
Chemical component information

ChemComp-LMG:
1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE

+
分子 #38: CHLORIDE ION

分子名称: CHLORIDE ION / タイプ: ligand / ID: 38 / コピー数: 2 / 式: CL
分子量理論値: 35.453 Da

+
分子 #39: DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)

分子名称: DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG) / タイプ: ligand / ID: 39 / コピー数: 8 / 式: DGD
分子量理論値: 949.299 Da
Chemical component information

ChemComp-DGD:
DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)

+
分子 #40: BICARBONATE ION

分子名称: BICARBONATE ION / タイプ: ligand / ID: 40 / コピー数: 2 / 式: BCT
分子量理論値: 61.017 Da
Chemical component information

ChemComp-BCT:
BICARBONATE ION / 炭酸水素アニオン / pH緩衝剤*YM

+
分子 #41: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE

分子名称: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / タイプ: ligand / ID: 41 / コピー数: 4 / 式: HEM
分子量理論値: 616.487 Da
Chemical component information

ChemComp-HEM:
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE

+
分子 #42: (3S,3'S,5R,5'R,6S,6'R,8'R)-3,5'-dihydroxy-8-oxo-6',7'-didehydro-5...

分子名称: (3S,3'S,5R,5'R,6S,6'R,8'R)-3,5'-dihydroxy-8-oxo-6',7'-didehydro-5,5',6,6',7,8-hexahydro-5,6-epoxy-beta,beta-caroten-3'- yl acetate
タイプ: ligand / ID: 42 / コピー数: 24 / 式: A86
分子量理論値: 658.906 Da

+
分子 #43: (1~{R})-3,5,5-trimethyl-4-[(1~{E},3~{E},5~{E},7~{E},9~{E},11~{E},...

分子名称: (1~{R})-3,5,5-trimethyl-4-[(1~{E},3~{E},5~{E},7~{E},9~{E},11~{E},13~{E},15~{E})-3,7,12,16-tetramethyl-18-[(4~{R})-2,6,6-trimethyl-4-oxidanyl-cyclohexen-1-yl]octadeca-1,3,5,7,9,11,13,15-octaen- ...名称: (1~{R})-3,5,5-trimethyl-4-[(1~{E},3~{E},5~{E},7~{E},9~{E},11~{E},13~{E},15~{E})-3,7,12,16-tetramethyl-18-[(4~{R})-2,6,6-trimethyl-4-oxidanyl-cyclohexen-1-yl]octadeca-1,3,5,7,9,11,13,15-octaen-17-ynyl]cyclohex-3-en-1-ol
タイプ: ligand / ID: 43 / コピー数: 2 / 式: ET4
分子量理論値: 566.856 Da
Chemical component information

ChemComp-ET4:
(1~{R})-3,5,5-trimethyl-4-[(1~{E},3~{E},5~{E},7~{E},9~{E},11~{E},13~{E},15~{E})-3,7,12,16-tetramethyl-18-[(4~{R})-2,6,6-trimethyl-4-oxidanyl-cyclohexen-1-yl]octadeca-1,3,5,7,9,11,13,15-octaen-17-ynyl]cyclohex-3-en-1-ol / ジアトキサンチン

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分子 #44: (3S,3'R,5R,6S,7cis)-7',8'-didehydro-5,6-dihydro-5,6-epoxy-beta,be...

分子名称: (3S,3'R,5R,6S,7cis)-7',8'-didehydro-5,6-dihydro-5,6-epoxy-beta,beta-carotene-3,3'-diol
タイプ: ligand / ID: 44 / コピー数: 12 / 式: DD6
分子量理論値: 582.855 Da
Chemical component information

ChemComp-DD6:
(3S,3'R,5R,6S,7cis)-7',8'-didehydro-5,6-dihydro-5,6-epoxy-beta,beta-carotene-3,3'-diol

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 6.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.93 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 153326
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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