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万見
- EMDB-35977: GajA-GajB complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-35977
タイトルGajA-GajB complex
マップデータGajA-GajB complex
試料
  • 複合体: GajA-GajB complex
    • タンパク質・ペプチド: Endonuclease GajA
    • タンパク質・ペプチド: Gabija protein GajB
キーワードComplex / DNA-binding / Immunity system / DNA BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA helicase complex / recombinational repair / 3'-5' DNA helicase activity / endonuclease activity / defense response to virus / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / hydrolase activity / DNA binding / ATP binding / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / Overcoming lysogenization defect protein-like, TOPRIM domain / OLD protein-like, TOPRIM domain / AAA domain, group 15 / AAA ATPase domain / AAA domain / UvrD-like helicase C-terminal domain / UvrD-like helicase C-terminal domain / UvrD-like helicase, ATP-binding domain / UvrD-like DNA helicase ATP-binding domain profile. ...: / Overcoming lysogenization defect protein-like, TOPRIM domain / OLD protein-like, TOPRIM domain / AAA domain, group 15 / AAA ATPase domain / AAA domain / UvrD-like helicase C-terminal domain / UvrD-like helicase C-terminal domain / UvrD-like helicase, ATP-binding domain / UvrD-like DNA helicase ATP-binding domain profile. / DNA helicase, UvrD/REP type / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Endonuclease GajA / Gabija protein GajB
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus cereus (strain VD045) (バクテリア) / Bacillus cereus VD045 (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å
データ登録者Wei T / Ma J / Huo Y
資金援助1件
OrganizationGrant number国
Not funded
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: Structural and biochemical insights into the mechanism of the Gabija bacterial immunity system.
著者: Yanwu Huo / Lingfei Kong / Ye Zhang / Min Xiao / Kang Du / Sunyuntao Xu / Xiaoxue Yan / Jun Ma / Taotao Wei /
要旨: The Gabija system is a newly discovered bacterial immune system that consists of GajA and GajB. Here we report the cryo-EM structure of the Gabija complex from Bacillus cereus VD045 at 3.6 Å, ...The Gabija system is a newly discovered bacterial immune system that consists of GajA and GajB. Here we report the cryo-EM structure of the Gabija complex from Bacillus cereus VD045 at 3.6 Å, which provides the direct evidence of interactions between GajA and GajB. The Gabija complex is an octameric ring structure with four GajA and four GajB. GajA is an OLD nucleases family protein, while GajB belongs to the SF1 helicases. The Gabija complex has sequence-specific DNA nuclease activity and prefers circular rather than linear DNA as substrate, its activity is more sensitive to concentrations change of nucleotides compared to GajA alone. Our data suggest a mechanism of Gabija immunity: the nuclease activity of Gabija complex is inhibited under physiological conditions, while it is activated by depletion of NTP and dNTP upon the replication and transcription of invading phages and cleave the circular DNA to prevent phage DNA replication.
履歴
登録2023年4月20日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年2月21日-
マップ公開2024年2月21日-
更新2024年2月21日-
現状2024年2月21日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_35977.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_35977.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 52.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈GajA-GajB complex
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.012
最小 - 最大-0.07362113 - 0.11017092
平均 (標準偏差)0.00013694889 (±0.003986978)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-120-120-120
サイズ240240240
Spacing240240240
セルA=B=C: 240.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: Half map 1 for GajA-GajB complex

ファイルemd_35977_half_map_1.map
注釈Half map 1 for GajA-GajB complex
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map 2 for GajA-GajB complex

ファイルemd_35977_half_map_2.map
注釈Half map 2 for GajA-GajB complex
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : GajA-GajB complex

全体名称: GajA-GajB complex
要素
  • 複合体: GajA-GajB complex
    • タンパク質・ペプチド: Endonuclease GajA
    • タンパク質・ペプチド: Gabija protein GajB

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超分子 #1: GajA-GajB complex

超分子名称: GajA-GajB complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Bacillus cereus (strain VD045) (バクテリア)
分子量理論値: 500 KDa

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分子 #1: Endonuclease GajA

分子名称: Endonuclease GajA / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacillus cereus VD045 (バクテリア)
分子量理論値: 69.275961 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MASWSHPQEK GALEVLFQGP MKFSNITIKN FRNFEKVNIN LDNKNVIFGM NDIGKTNFLY ALRFLLDKEI RKFGFNKSDY HKHDTSKKI EIILTLDLSN YEKDEDTKKL ISVVKGARTS ANADVFYIAL ESKYDDKELY GNIILKWGSE LDNLIDIPGR G NINALDNV ...文字列:
MASWSHPQEK GALEVLFQGP MKFSNITIKN FRNFEKVNIN LDNKNVIFGM NDIGKTNFLY ALRFLLDKEI RKFGFNKSDY HKHDTSKKI EIILTLDLSN YEKDEDTKKL ISVVKGARTS ANADVFYIAL ESKYDDKELY GNIILKWGSE LDNLIDIPGR G NINALDNV FKVIYINPLV DLDKLFAQNK KYIFEESQGN ESDEGILNNI KSLTDQVNQQ IGEMTIIKGF QQEITSEYRS LK KEEVSIE LKSEMAIKGF FSDIIPYIKK DGDSNYYPTS GDGRRKMLSY SIYNYLAKKK YEDKIVIYLI EEPEISLHRS MQI ALSKQL FEQSTYKYFF LSTHSPELLY EMDNTRLIRV HSTEKVVCSS HMYNVEEAYG SVKKKLNKAL SSALFAERVL LIEG PSEKI LFEKVLDEVE PEYELNGGFL LEVGGTYFNH YVCTLNDLGI THIIKTDNDL KSKKGKKGVY ELLGLNRCLN LLGRE NLDE ITIDIPEDIK GKKKKERLNE RKKEIFKQYK NEVGEFLGER IYLSEIDLEN DLYSAIGESM KRIFENEDPV HYLQKS KLF NMVELVNNLS TKDCFDVFEH EKFACLKELV GSDRG

UniProtKB: Endonuclease GajA

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分子 #2: Gabija protein GajB

分子名称: Gabija protein GajB / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacillus cereus VD045 (バクテリア)
分子量理論値: 57.139992 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MSREQIIKDG GNILVTAGAG SGKTTILVSK IEADLKENKT HYSIAAVTFT NKAAKEIEGR LGYSSRGNFI GTNDGFVESE IIRPFIKDA FGNDYPDNFT AEYFDNQFAS YDKGLQVLKY QNILGTYSNP KKNFKFQLAL DILKKSLVAR QYIFSKYFKI F IDEYQDSD ...文字列:
MSREQIIKDG GNILVTAGAG SGKTTILVSK IEADLKENKT HYSIAAVTFT NKAAKEIEGR LGYSSRGNFI GTNDGFVESE IIRPFIKDA FGNDYPDNFT AEYFDNQFAS YDKGLQVLKY QNILGTYSNP KKNFKFQLAL DILKKSLVAR QYIFSKYFKI F IDEYQDSD KDMHNLFMYL KDQLKIKLFI VGDPKQSIYI WRGAEPENFN GLIENSTDFN KYHLTSNFRC CQDIQNYSNL FN EETRSLI KEKNEVQNVI SIADDMPISD ILLKLTEEKQ VLNIEAELVI LVRRRNQAIE IMKELNEEGF NFIFIPQTPL DRA TPNATL LKEVIKYVKN DRYSIYDLAA EIVGNLSSRE IKEIQKIINE LLVPNINQVL INQVLINLFA KLEITLDTRE ITAF TEVMM TNEFDIAFDT NEYLHKIFTV HSAKGLEFNQ VIITASDYNV HYNRDTNEHY VATTRAKDKL IVIMDNKKYS DYIET LMKE LKIKNIIKSI

UniProtKB: Gabija protein GajB

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.5 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI ARCTICA
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 279580
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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