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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-35950 | |||||||||
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タイトル | The truncated rice Na+/H+ antiporter SOS1 (1-976) in a constitutively active state | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | Na+/H+ antiporter / cation:proton antiporter family 1 / membrane protein | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 potassium:proton antiporter activity / sodium:proton antiporter activity / sodium ion import across plasma membrane / potassium ion transmembrane transport / regulation of intracellular pH / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Oryza sativa Japonica Group (イネ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å | |||||||||
データ登録者 | Zhang XY / Tang LH / Zhang CR / Nie JW | |||||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Plants / 年: 2023 タイトル: Structure and activation mechanism of the rice Salt Overly Sensitive 1 (SOS1) Na/H antiporter. 著者: Xiang-Yun Zhang / Ling-Hui Tang / Jia-Wei Nie / Chun-Rui Zhang / Xiaonan Han / Qi-Yu Li / Li Qin / Mei-Hua Wang / Xiahe Huang / Feifei Yu / Min Su / Yingchun Wang / Rui-Ming Xu / Yan Guo / Qi ...著者: Xiang-Yun Zhang / Ling-Hui Tang / Jia-Wei Nie / Chun-Rui Zhang / Xiaonan Han / Qi-Yu Li / Li Qin / Mei-Hua Wang / Xiahe Huang / Feifei Yu / Min Su / Yingchun Wang / Rui-Ming Xu / Yan Guo / Qi Xie / Yu-Hang Chen / 要旨: Salinity is one of the most severe abiotic stresses that adversely affect plant growth and agricultural productivity. The plant Na/H antiporter Salt Overly Sensitive 1 (SOS1) located in the plasma ...Salinity is one of the most severe abiotic stresses that adversely affect plant growth and agricultural productivity. The plant Na/H antiporter Salt Overly Sensitive 1 (SOS1) located in the plasma membrane extrudes excess Na out of cells in response to salt stress and confers salt tolerance. However, the molecular mechanism underlying SOS1 activation remains largely elusive. Here we elucidate two cryo-electron microscopy structures of rice (Oryza sativa) SOS1, a full-length protein in an auto-inhibited state and a truncated version in an active state. The SOS1 forms a dimeric architecture, with an NhaA-folded transmembrane domain portion in the membrane and an elongated cytosolic portion of multiple regulatory domains in the cytoplasm. The structural comparison shows that SOS1 adopts an elevator transport mechanism accompanied by a conformational transition of the highly conserved Pro in the unwound transmembrane helix 5 (TM), switching from an occluded conformation in the auto-inhibited state to a conducting conformation in the active state. These findings allow us to propose an inhibition-release mechanism for SOS1 activation and elucidate how SOS1 controls Na homeostasis in response to salt stress. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_35950.map.gz | 31.7 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-35950-v30.xml emd-35950.xml | 19.3 KB 19.3 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_35950_fsc.xml | 8.4 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_35950.png | 64.8 KB | ||
Filedesc metadata | emd-35950.cif.gz | 6.5 KB | ||
その他 | emd_35950_additional_1.map.gz emd_35950_half_map_1.map.gz emd_35950_half_map_2.map.gz | 59.5 MB 59.3 MB 59.3 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-35950 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-35950 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_35950_validation.pdf.gz | 892.2 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_35950_full_validation.pdf.gz | 891.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_35950_validation.xml.gz | 16.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_35950_validation.cif.gz | 21 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-35950 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-35950 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8j2mMC 8iwoC C: 同じ文献を引用 (文献) M: このマップから作成された原子モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_35950.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.06 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-追加マップ: sharpen map
ファイル | emd_35950_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | sharpen map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_35950_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_35950_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : OsSOS1-1t
全体 | 名称: OsSOS1-1t |
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要素 |
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-超分子 #1: OsSOS1-1t
超分子 | 名称: OsSOS1-1t / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: Oryza sativa Japonica Group (イネ) |
-分子 #1: Na+/H+ antiporter
分子 | 名称: Na+/H+ antiporter / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Oryza sativa Japonica Group (イネ) |
分子量 | 理論値: 116.560547 KDa |
組換発現 | 生物種: Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) |
配列 | 文字列: MDNPEAEPDD AVLFVGVSLV LGIASRHLLR GTRVPYTVAL LVLGVALGSL EFGTKHGMGK LGAGIRIWAN INPDLLLAVF LPALLFESS FSMEIHQIKK CMAQMVLLAG PGVLISTFFL GSALKLTFPY NWNWKTSLLL GGLLSATDPV AVVALLKELG A SKKLSTII ...文字列: MDNPEAEPDD AVLFVGVSLV LGIASRHLLR GTRVPYTVAL LVLGVALGSL EFGTKHGMGK LGAGIRIWAN INPDLLLAVF LPALLFESS FSMEIHQIKK CMAQMVLLAG PGVLISTFFL GSALKLTFPY NWNWKTSLLL GGLLSATDPV AVVALLKELG A SKKLSTII EGESLMNDGT AIVVYQLFYR MVLGRTFDAG SIIKFLSEVS LGAVALGLAF GIASVLWLGF IFNDTIIEIA LT LAVSYIA FFTAQDALEV SGVLTVMTLG MFYAAFAKTA FKGDSQQSLH HFWEMVAYIA NTLIFILSGV VIADGVLENN VHF ERHGAS WGFLLLLYVF VQISRILVVV ILYPLLRHFG YGLDLKEATI LVWAGLRGAV ALSLSLSVKR ASDAVQTHLK PVDG TMFVF FTGGIVFLTL IFNGSTTQFL LHLLGMDRLA ATKLRILNYT KYEMLNKALE AFGDLRDDEE LGPPADWVTV KKYIT CLND LDDEPVHPHA VSDRNDRMHT MNLRDIRVRL LNGVQAAYWG MLEEGRITQT TANILMRSVD EAMDLVPTQE LCDWKG LRS NVHFPNYYRF LQMSRLPRRL ITYFTVERLE SGCYICAAFL RAHRIARRQL HDFLGDSEVA RIVIDESNAE GEEARKF LE DVRVTFPQVL RVLKTRQVTY SVLTHLSEYI QNLQKTGLLE EKEMAHLDDA LQTDLKKFKR NPPLVKMPRV SDLLNTHP L VGALPAAMRD PLLSSTKETV KGHGTILYRE GSRPTGIWLV SIGVVKWTSQ RLSSRHSLDP ILSHGSTLGL YEVLIGKPY ICDMITDSVV HCFFIEAEKI EQLRQSDPSI EIFLWQESAL VVARLLLPMM FEKMATHELR VLITERSTMN IYIKGEEIEL EQNFIGILL EGFLKTKNQT LITPPGLLLP PNADLNLFGL ESSAINRIDY CYTAPSYQVE ARARILFVEI GRPEIEADLQ R SASLISQT LELPRTQSAA AENLYFQGLE WSHPQFEKGS GDYKDDDDKG SGWSHPQFEK LEDYKDDDDK HHHHHHHHHH UniProtKB: Na+/H+ antiporter |
-分子 #2: (2R)-3-{[(S)-(2-aminoethoxy)(hydroxy)phosphoryl]oxy}-2-(tetradeca...
分子 | 名称: (2R)-3-{[(S)-(2-aminoethoxy)(hydroxy)phosphoryl]oxy}-2-(tetradecanoyloxy)propyl tetradecanoate タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 2 / 式: 46E |
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分子量 | 理論値: 635.853 Da |
Chemical component information | ChemComp-46E: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 2.7 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 6.5 |
グリッド | モデル: Quantifoil R2/1 / 材質: GOLD / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE |
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.2 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.2 µm / 倍率(公称値): 22500 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |