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- EMDB-35950: The truncated rice Na+/H+ antiporter SOS1 (1-976) in a constituti... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-35950
タイトルThe truncated rice Na+/H+ antiporter SOS1 (1-976) in a constitutively active state
マップデータ
試料
  • 複合体: OsSOS1-1t
    • タンパク質・ペプチド: Na+/H+ antiporter
  • リガンド: (2R)-3-{[(S)-(2-aminoethoxy)(hydroxy)phosphoryl]oxy}-2-(tetradecanoyloxy)propyl tetradecanoate
キーワードNa+/H+ antiporter / cation:proton antiporter family 1 / membrane protein
機能・相同性
機能・相同性情報


potassium:proton antiporter activity / sodium:proton antiporter activity / sodium ion import across plasma membrane / chloroplast envelope / potassium ion transmembrane transport / regulation of intracellular pH / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Cation/H+ exchanger, CPA1 family / Cation/H+ exchanger / Sodium/hydrogen exchanger family / Cyclic nucleotide-binding domain / cAMP/cGMP binding motif profile. / Cyclic nucleotide-binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain superfamily / RmlC-like jelly roll fold
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Oryza sativa Japonica Group (イネ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Zhang XY / Tang LH / Zhang CR / Nie JW
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
Other government2020YFA0509903 中国
引用ジャーナル: Nat Plants / 年: 2023
タイトル: Structure and activation mechanism of the rice Salt Overly Sensitive 1 (SOS1) Na/H antiporter.
著者: Xiang-Yun Zhang / Ling-Hui Tang / Jia-Wei Nie / Chun-Rui Zhang / Xiaonan Han / Qi-Yu Li / Li Qin / Mei-Hua Wang / Xiahe Huang / Feifei Yu / Min Su / Yingchun Wang / Rui-Ming Xu / Yan Guo / Qi ...著者: Xiang-Yun Zhang / Ling-Hui Tang / Jia-Wei Nie / Chun-Rui Zhang / Xiaonan Han / Qi-Yu Li / Li Qin / Mei-Hua Wang / Xiahe Huang / Feifei Yu / Min Su / Yingchun Wang / Rui-Ming Xu / Yan Guo / Qi Xie / Yu-Hang Chen /
要旨: Salinity is one of the most severe abiotic stresses that adversely affect plant growth and agricultural productivity. The plant Na/H antiporter Salt Overly Sensitive 1 (SOS1) located in the plasma ...Salinity is one of the most severe abiotic stresses that adversely affect plant growth and agricultural productivity. The plant Na/H antiporter Salt Overly Sensitive 1 (SOS1) located in the plasma membrane extrudes excess Na out of cells in response to salt stress and confers salt tolerance. However, the molecular mechanism underlying SOS1 activation remains largely elusive. Here we elucidate two cryo-electron microscopy structures of rice (Oryza sativa) SOS1, a full-length protein in an auto-inhibited state and a truncated version in an active state. The SOS1 forms a dimeric architecture, with an NhaA-folded transmembrane domain portion in the membrane and an elongated cytosolic portion of multiple regulatory domains in the cytoplasm. The structural comparison shows that SOS1 adopts an elevator transport mechanism accompanied by a conformational transition of the highly conserved Pro in the unwound transmembrane helix 5 (TM), switching from an occluded conformation in the auto-inhibited state to a conducting conformation in the active state. These findings allow us to propose an inhibition-release mechanism for SOS1 activation and elucidate how SOS1 controls Na homeostasis in response to salt stress.
履歴
登録2023年4月14日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年11月22日-
マップ公開2023年11月22日-
更新2023年11月29日-
現状2023年11月29日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_35950.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_35950.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.06 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.158
最小 - 最大-0.35105345 - 0.59784144
平均 (標準偏差)0.00021797142 (±0.019259265)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 271.36 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: sharpen map

ファイルemd_35950_additional_1.map
注釈sharpen map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_35950_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_35950_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : OsSOS1-1t

全体名称: OsSOS1-1t
要素
  • 複合体: OsSOS1-1t
    • タンパク質・ペプチド: Na+/H+ antiporter
  • リガンド: (2R)-3-{[(S)-(2-aminoethoxy)(hydroxy)phosphoryl]oxy}-2-(tetradecanoyloxy)propyl tetradecanoate

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超分子 #1: OsSOS1-1t

超分子名称: OsSOS1-1t / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Oryza sativa Japonica Group (イネ)

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分子 #1: Na+/H+ antiporter

分子名称: Na+/H+ antiporter / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Oryza sativa Japonica Group (イネ)
分子量理論値: 116.560547 KDa
組換発現生物種: Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
配列文字列: MDNPEAEPDD AVLFVGVSLV LGIASRHLLR GTRVPYTVAL LVLGVALGSL EFGTKHGMGK LGAGIRIWAN INPDLLLAVF LPALLFESS FSMEIHQIKK CMAQMVLLAG PGVLISTFFL GSALKLTFPY NWNWKTSLLL GGLLSATDPV AVVALLKELG A SKKLSTII ...文字列:
MDNPEAEPDD AVLFVGVSLV LGIASRHLLR GTRVPYTVAL LVLGVALGSL EFGTKHGMGK LGAGIRIWAN INPDLLLAVF LPALLFESS FSMEIHQIKK CMAQMVLLAG PGVLISTFFL GSALKLTFPY NWNWKTSLLL GGLLSATDPV AVVALLKELG A SKKLSTII EGESLMNDGT AIVVYQLFYR MVLGRTFDAG SIIKFLSEVS LGAVALGLAF GIASVLWLGF IFNDTIIEIA LT LAVSYIA FFTAQDALEV SGVLTVMTLG MFYAAFAKTA FKGDSQQSLH HFWEMVAYIA NTLIFILSGV VIADGVLENN VHF ERHGAS WGFLLLLYVF VQISRILVVV ILYPLLRHFG YGLDLKEATI LVWAGLRGAV ALSLSLSVKR ASDAVQTHLK PVDG TMFVF FTGGIVFLTL IFNGSTTQFL LHLLGMDRLA ATKLRILNYT KYEMLNKALE AFGDLRDDEE LGPPADWVTV KKYIT CLND LDDEPVHPHA VSDRNDRMHT MNLRDIRVRL LNGVQAAYWG MLEEGRITQT TANILMRSVD EAMDLVPTQE LCDWKG LRS NVHFPNYYRF LQMSRLPRRL ITYFTVERLE SGCYICAAFL RAHRIARRQL HDFLGDSEVA RIVIDESNAE GEEARKF LE DVRVTFPQVL RVLKTRQVTY SVLTHLSEYI QNLQKTGLLE EKEMAHLDDA LQTDLKKFKR NPPLVKMPRV SDLLNTHP L VGALPAAMRD PLLSSTKETV KGHGTILYRE GSRPTGIWLV SIGVVKWTSQ RLSSRHSLDP ILSHGSTLGL YEVLIGKPY ICDMITDSVV HCFFIEAEKI EQLRQSDPSI EIFLWQESAL VVARLLLPMM FEKMATHELR VLITERSTMN IYIKGEEIEL EQNFIGILL EGFLKTKNQT LITPPGLLLP PNADLNLFGL ESSAINRIDY CYTAPSYQVE ARARILFVEI GRPEIEADLQ R SASLISQT LELPRTQSAA AENLYFQGLE WSHPQFEKGS GDYKDDDDKG SGWSHPQFEK LEDYKDDDDK HHHHHHHHHH

UniProtKB: Na+/H+ antiporter

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分子 #2: (2R)-3-{[(S)-(2-aminoethoxy)(hydroxy)phosphoryl]oxy}-2-(tetradeca...

分子名称: (2R)-3-{[(S)-(2-aminoethoxy)(hydroxy)phosphoryl]oxy}-2-(tetradecanoyloxy)propyl tetradecanoate
タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 2 / 式: 46E
分子量理論値: 635.853 Da
Chemical component information

ChemComp-46E:
(2R)-3-{[(S)-(2-aminoethoxy)(hydroxy)phosphoryl]oxy}-2-(tetradecanoyloxy)propyl tetradecanoate / DMPE

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度2.7 mg/mL
緩衝液pH: 6.5
グリッドモデル: Quantifoil R2/1 / 材質: GOLD / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.2 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm / 倍率（公称値）: 22500
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C2 (2回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.2) / 使用した粒子像数: 43851
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

8iwo


Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
得られたモデル

PDB-8j2m:
The truncated rice Na+/H+ antiporter SOS1 (1-976) in a constitutively active state

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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