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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-35899 | |||||||||
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タイトル | FCP heterodimer, Lhca2, and Lhcf5 together as the M1 side binds to the PSII core in the diatom Thalassiosira pseudonana | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | FCP / heterodimer / PHOTOSYNTHESIS | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 light-harvesting complex / photosynthesis, light harvesting in photosystem I / plastid / chlorophyll binding / response to light stimulus / membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Thalassiosira pseudonana (珪藻) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.19 Å | |||||||||
データ登録者 | Li Z / Feng Y / Wang W / Shen JR | |||||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: Sci Adv / 年: 2023 タイトル: Structure of a diatom photosystem II supercomplex containing a member of Lhcx family and dimeric FCPII. 著者: Yue Feng / Zhenhua Li / Xiaoyi Li / Lili Shen / Xueyang Liu / Cuicui Zhou / Jinyang Zhang / Min Sang / Guangye Han / Wenqiang Yang / Tingyun Kuang / Wenda Wang / Jian-Ren Shen / 要旨: Diatoms rely on fucoxanthin chlorophyll -binding proteins (FCPs) for their great success in oceans, which have a great diversity in their pigment, protein compositions, and subunit organizations. We ...Diatoms rely on fucoxanthin chlorophyll -binding proteins (FCPs) for their great success in oceans, which have a great diversity in their pigment, protein compositions, and subunit organizations. We report a unique structure of photosystem II (PSII)-FCPII supercomplex from at 2.68-Å resolution by cryo-electron microscopy. FCPIIs within this PSII-FCPII supercomplex exist in dimers and monomers, and a homodimer and a heterodimer were found to bind to a PSII core. The FCPII homodimer is formed by Lhcf7 and associates with PSII through an Lhcx family antenna Lhcx6_1, whereas the heterodimer is formed by Lhcf6 and Lhcf11 and connects to the core together with an Lhcf5 monomer through Lhca2 monomer. An extended pigment network consisting of diatoxanthins, diadinoxanthins, fucoxanthins, and chlorophylls is revealed, which functions in efficient light harvesting, energy transfer, and dissipation. These results provide a structural basis for revealing the energy transfer and dissipation mechanisms and also for the structural diversity of FCP antennas in diatoms. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_35899.map.gz | 238.2 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-35899-v30.xml emd-35899.xml | 19.9 KB 19.9 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_35899_fsc.xml | 16.5 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_35899.png | 128.2 KB | ||
Filedesc metadata | emd-35899.cif.gz | 6.3 KB | ||
その他 | emd_35899_half_map_1.map.gz emd_35899_half_map_2.map.gz | 442.4 MB 442.4 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-35899 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-35899 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_35899_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_35899_full_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | emd_35899_validation.xml.gz | 24.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_35899_validation.cif.gz | 32.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-35899 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-35899 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8j0dMC 8iwhC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_35899.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 476.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.88 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_35899_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_35899_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
+全体 : M1 local refinement in the PSII-FCPII from the Thalassiosira pseu...
+超分子 #1: M1 local refinement in the PSII-FCPII from the Thalassiosira pseu...
+分子 #1: Fucoxanthin chl a/c protein, lhca clade
+分子 #2: Fucoxanthin-chlorophyll a-c binding protein, plastid
+分子 #3: Fucoxanthin chlorophyll a/c protein 6
+分子 #4: Fucoxanthin chlorophyll a/c protein 5
+分子 #5: CHLOROPHYLL A
+分子 #6: Chlorophyll c1
+分子 #7: (3S,3'S,5R,5'R,6S,6'R,8'R)-3,5'-dihydroxy-8-oxo-6',7'-didehydro-5...
+分子 #8: (3S,3'R,5R,6S,7cis)-7',8'-didehydro-5,6-dihydro-5,6-epoxy-beta,be...
+分子 #9: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE
+分子 #10: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE
+分子 #11: DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)
+分子 #12: Chlorophyll c2
+分子 #13: DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 6.5 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 60.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |