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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-35865 | |||||||||
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タイトル | Structure of the Mumps Virus L Protein (state2) Bound by Phosphoprotein Tetramer | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | Mumps virus polymerase complex / RNA-dependent RNA synthesis / Large protein / phosphoprotein. / VIRAL PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 GDP polyribonucleotidyltransferase / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用 / 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの / virion component / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / host cell cytoplasm / hydrolase activity / RNA-directed RNA polymerase / RNA-dependent RNA polymerase activity / ATP binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Mumps orthorubulavirus (ウイルス) / Mumps virus strain Jeryl Lynn (ウイルス) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.01 Å | |||||||||
データ登録者 | Li TH / Shen QT | |||||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Structural insights into mumps virus polymerase complex for coordinating replication and transcription 著者: Li TL / Shen QT | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_35865.map.gz | 190.5 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-35865-v30.xml emd-35865.xml | 18.3 KB 18.3 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_35865_fsc.xml | 14.6 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_35865.png | 31.4 KB | ||
Filedesc metadata | emd-35865.cif.gz | 7.2 KB | ||
その他 | emd_35865_half_map_1.map.gz emd_35865_half_map_2.map.gz | 301.1 MB 301.1 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-35865 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-35865 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_35865_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_35865_full_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | |
XML形式データ | emd_35865_validation.xml.gz | 23.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_35865_validation.cif.gz | 30 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-35865 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-35865 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8izmMC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_35865.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 325 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.53 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_35865_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_35865_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : The MuV polymerase complex of RNA-directed RNA polymerase L with ...
全体 | 名称: The MuV polymerase complex of RNA-directed RNA polymerase L with tetrameric phosphoproteins |
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要素 |
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-超分子 #1: The MuV polymerase complex of RNA-directed RNA polymerase L with ...
超分子 | 名称: The MuV polymerase complex of RNA-directed RNA polymerase L with tetrameric phosphoproteins タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2 詳細: The MuV polymerase complex expressed in Sf9 cells and purified by affinity chromatography and size-exlusive chromatography sequentially. |
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由来(天然) | 生物種: Mumps orthorubulavirus (ウイルス) / 株: Jeryl-Lynn |
-分子 #1: Phosphoprotein
分子 | 名称: Phosphoprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Mumps virus strain Jeryl Lynn (ウイルス) / 株: Jeryl-Lynn |
分子量 | 理論値: 41.651066 KDa |
組換発現 | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
配列 | 文字列: MDQFIKQDET GDLIETGMNV ANHFLSTPIQ GTNSLSKASI LPGVAPVLIG NPEQKNIQHP TASHQGSKTK GRGSGVRSII VSPSEAGNG GTQIPEPLFA QTGQGGIVTT VYQDPTIQPT GSYRSVELAK IGKERMINRF VEKPRTSTPV TEFKRGGPGA A AQGQTIQE ...文字列: MDQFIKQDET GDLIETGMNV ANHFLSTPIQ GTNSLSKASI LPGVAPVLIG NPEQKNIQHP TASHQGSKTK GRGSGVRSII VSPSEAGNG GTQIPEPLFA QTGQGGIVTT VYQDPTIQPT GSYRSVELAK IGKERMINRF VEKPRTSTPV TEFKRGGPGA A AQGQTIQE EGIDGNGASA GSKERSGSLS GATLYAHLSL PQQDSTPANV GIAPQSAISA NEIMDLLRGM DARLQHLEQK VD KVLAQGS MVTQIKNELS TVKTTLATIE GMMATVKIMD PGNPTGVPVD ELRRSFSDHV TIVSGPGDVS FSSSEKPTLY LDE LARPVS KPRPAKQTKS QPVKDLAGQK VMITKMITDC VANPQMKQAF EQRLAKASTE DALNDIKRDI IRSAI UniProtKB: Phosphoprotein |
-分子 #2: RNA-directed RNA polymerase L
分子 | 名称: RNA-directed RNA polymerase L / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: RNA-directed RNA polymerase |
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由来(天然) | 生物種: Mumps virus strain Jeryl Lynn (ウイルス) / 株: Jeryl-Lynn |
分子量 | 理論値: 256.833094 KDa |
組換発現 | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
配列 | 文字列: MAGLNEILLP EVHLNSPIVR YKLFYYILHG QLPNDLEPDD LGPLANQNWK AIRAEESQVH ARLKQIRVEL IARIPSLRWT RSQREIAIL IWPRILPILQ AYDLRQSMQL PTVWEKLTQS TVNLISDGLE RVVLHISNQL TGKPNLFTRS RAGQDTKDYS I PSTRELSQ ...文字列: MAGLNEILLP EVHLNSPIVR YKLFYYILHG QLPNDLEPDD LGPLANQNWK AIRAEESQVH ARLKQIRVEL IARIPSLRWT RSQREIAIL IWPRILPILQ AYDLRQSMQL PTVWEKLTQS TVNLISDGLE RVVLHISNQL TGKPNLFTRS RAGQDTKDYS I PSTRELSQ IWFNNEWSGS VKTWLMIKYR MRQLITNQKT GELTDLVTIV DTRSTLCIIT PELVALYSSE HKALTYLTFE MV LMVTDML EGRLNVSSLC TASHYLSPLK KRIEVLLTLV DDLALLMGDK VYGIVSSLES FVYAQLQYGD PVIDIKGTFY GFI CNEILD LLTEDNIFTE EEANKVLLDL TSQFDNLSPD LTAELLCIMR LWGHPTLTAS QAASKVRESM CAPKVLDFQT IMKT LAFFH AILINGYRRS HNGIWPPTTL HGNAPKSLIE MRHDNSELKY EYVLKNWKSI SMLRIHKCFD ASPDEDLSIF MKDKA ISCP RQDWMGVFRR SLIKQRYRDA NRPLPQPFNR RLLLNFLEDD RFDPIKELEY VTSGEYLRDP EFCASYSLKE KEIKAT GRI FAKMTKRMRS CQVIAESLLA NHAGKLMREN GVVLDQLKLT KSLLTMNQIG IISEHSRRST ADNMTLAHSG SNKHRIN NS QFKKNKDNKH EMPDDGFEIA ACFLTTDLTK YCLNWRYQVI IPFARTLNSM YGIPHLFEWI HLRLMRSTLY VGDPFNPP S DPTQLDLDTA LNDDIFIVSP RGGIEGLCQK LWTMISISTI ILSATEANTR VMSMVQGDNQ AIAITTRVVR SLSHSEKKE QAYKASKLFF ERLRANNHGI GHHLKEQETI LSSDFFIYSK RVFYKGRILT QALKNVSKMC LTADILGDCS QASCSNLATT VMRLTENGV EKDLCYFLNA FMTIRQLCYD LVFPQTKSLS QDITNAYLNH PILISRLCLL PSQLGGLNFL SCSRLFNRNI G DPLVSAIA DVKRLIKAGC LDIWVLYNIL GRRPGKGKWS TLAADPYTLN IDYLVPSTTF LKKHAQYTLM ERSVNPMLRG VF SENAAEE EEELAQYLLD REVVMPRVAH VILAQSSCGR RKQIQGYLDS TRTIIRYSLE VRPLSAKKLN TVIEYNLLYL SYN LEIIEK PNIVQPFLNA INVDTCSIDI ARSLRKLSWA TLLNGRPIEG LETPDPIELV HGCLIIGSDE CEHCSSGDDK FTWF FLPKG IRLDDDPASN PPIRVPYIGS KTDERRVASM AYIKGASVSL KSALRLAGVY IWAFGDTEES WQDAYELAST RVNLT LEQL QSLTPLPTSA NLVHRLDDGT TQLKFTPASS YAFSSFVHIS NDCQILEIDD QVTDSNLIYQ QVMITGLALI ETWNNP PIN FSVYETTLHL HTGSSCCIRP VESCVVNPPL LPVPLINVPQ MNKFVYDPEP LSLLEMEKIE DIAYQTRIGG LDQIPLL EK IPLLAHLTAK QMVNSITGLD EATSIMNDAV VQADYTSNWI SECCYTYIDS VFVYSGWALL LELSYQMYYL RIQGIQGI L DYVYMTLRRI PGMAITGISS TISHPRILRR CINLDVIAPI NSPHIASLDY TKLSIDAVMW GTKQVLTNIS QGIDYEIVV PSESQLTLSD RVLNLVARKL SLLAIIWANY NYPPKVKGMS PEDKCQALTT HLLQTVEYVE YIQIEKTNIR RMIIEPKLTA YPSNLFYLS RKLLNAIRDS EEGQFLIASY YNSFGYLEPI LMESKIFNLS SSESASLTEF DFILNLELSD ASLEKYSLPS L LMTAENMD NPFPQPPLHH VLRPLGLSST SWYKTISVLN YISHMKISDG AHLYLAEGSG ASMSLIETFL PGETIWYNSL FN SGENPPQ RNFAPLPTQF IESVPYRLIQ AGIAAGNGIV QSFYPLWNGN SDITDLSTKT SVEYIIHKVG ADTCALVHVD LEG VPGSMN SMLERAQVHA LLITVTVLKP GGLLILKASW EPFNRFSFLL TVLWQFFSTI RILRSSYSDP NNHEVYIIAT LAVD PTTSS FTTALNRART LNEQGFSLIP PELVSEYWRK RVEQGQIIQD CIDKVISECV RDQYLADNNI ILQAGGTPST RKWLD LPDY SSFNELQSEM ARLITIHLKE VIEILKGQAS DHDTLLFTSY NVGPLGKINT ILRLIVERIL MYTVRNWCIL PTQTRL TLR QSIELGEFRL RDVITPMEIL KLSPNRKYLK SALNQSTFNH LMGETSDILL NRAYQKRIWK AIGCVIYCFG LLTPDVE GS ERIDVDNDIP DYDIHGDII UniProtKB: RNA-directed RNA polymerase L |
-分子 #3: ZINC ION
分子 | 名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 2 / 式: ZN |
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分子量 | 理論値: 65.409 Da |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 1.0 mg/mL | |||||||||||||||
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緩衝液 | pH: 8 構成要素:
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凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均露光時間: 2.75 sec. / 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.5 µm |
試料ステージ | ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |