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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-35729 | |||||||||
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タイトル | The cryoEM structure of H7N9-HA protein | |||||||||
マップデータ | The cryoEM structure of HA protein | |||||||||
試料 |
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キーワード | H7N9 / HA / Trimer / complex / MEMBRANE PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 viral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell surface receptor binding / apical plasma membrane / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | H7N9 subtype (ウイルス) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å | |||||||||
データ登録者 | Zhao BB / Sun ZZ | |||||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: The cryoEM structure of H7N9-HA protein 著者: Zhao BB / Sun ZZ | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_35729.map.gz | 230.2 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-35729-v30.xml emd-35729.xml | 13 KB 13 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_35729_fsc.xml | 13.1 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_35729.png | 74.3 KB | ||
Filedesc metadata | emd-35729.cif.gz | 5.4 KB | ||
その他 | emd_35729_half_map_1.map.gz emd_35729_half_map_2.map.gz | 226.5 MB 226.5 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-35729 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-35729 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_35729_validation.pdf.gz | 997.8 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_35729_full_validation.pdf.gz | 997.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_35729_validation.xml.gz | 22.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_35729_validation.cif.gz | 28.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-35729 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-35729 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8iuxMC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_35729.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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注釈 | The cryoEM structure of HA protein | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.076 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: The half A cryoEM structure of HA protein
ファイル | emd_35729_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | The half A cryoEM structure of HA protein | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: The half B cryoEM structure of HA protein
ファイル | emd_35729_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | The half B cryoEM structure of HA protein | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : High Five Cell
全体 | 名称: High Five Cell |
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要素 |
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-超分子 #1: High Five Cell
超分子 | 名称: High Five Cell / タイプ: cell / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: H7N9 subtype (ウイルス) |
-分子 #1: Hemagglutinin
分子 | 名称: Hemagglutinin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: H7N9 subtype (ウイルス) |
分子量 | 理論値: 54.963367 KDa |
組換発現 | 生物種: Baculovirus expression vector pFastBac1-HM (ウイルス) |
配列 | 文字列: DKICLGHHAV SNGTKVNTLT ERGVEVVNAT ETVERTNTPR ICSKGKRTVD LGQCGLLGTI TGPPQCDQFL EFSADLIIER REGSDVCYP GKFVNEEALR QILRESGGID KESMGFTYNG IRTNGVTSAC RRSGSSFYAE MKWLLSNTDN AAFPQMTKSY K NTRESPAI ...文字列: DKICLGHHAV SNGTKVNTLT ERGVEVVNAT ETVERTNTPR ICSKGKRTVD LGQCGLLGTI TGPPQCDQFL EFSADLIIER REGSDVCYP GKFVNEEALR QILRESGGID KESMGFTYNG IRTNGVTSAC RRSGSSFYAE MKWLLSNTDN AAFPQMTKSY K NTRESPAI IVWGIHHSVS TAEQTKLYGS GNKLVTVGSS NYQQSFVPSP GARPQVNGLS GRIDFHWLIL NPNDTVTFSF NG AFIAPDR ASFLRGKSMG IQSGVQVDAN CEGDCYHSGG TIISNLPFQN IDSRAVGKCP RYVKQRSLLL ATGMKNVPEV PKG KRTARG LFGAIAGFIE NGWEGLIDGW YGFRHQNAQG EGTAADYKST QSAIDQITGK LNRLIAKTNQ QFKLIDNEFN EVEK QIGNV INWTRDSITE VWSYNAELLV AMENQHTIDL ADSEMDKLYE RVKRQLRENA EEDGTGCFEI FHKCDDDCMA SIRNN TYDH RKYREEAMQN UniProtKB: Hemagglutinin |
-分子 #2: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子 | 名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 3 / 式: NAG |
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分子量 | 理論値: 221.208 Da |
Chemical component information | ChemComp-NAG: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | cell |
-試料調製
緩衝液 | pH: 8 |
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凍結 | 凍結剤: NITROGEN |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: SUPER-RESOLUTION / 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 3.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.5 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |