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- EMDB-35547: Cryo-EM structure of PI3Kalpha in complex with compound 18 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-35547
タイトルCryo-EM structure of PI3Kalpha in complex with compound 18
マップデータ
試料
  • 複合体: Human PI3Kalpha in complex with compound 18
    • タンパク質・ペプチド: Phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate 3-kinase catalytic subunit alpha isoform
    • タンパク質・ペプチド: Phosphatidylinositol 3-kinase regulatory subunit alpha
  • リガンド: N-[(2R)-1-(ethylamino)-1-oxidanylidene-3-[3-(2-quinoxalin-6-ylethynyl)phenyl]propan-2-yl]-2,3-dimethyl-quinoxaline-6-carboxamide
  • リガンド: water
キーワードPhosphoinositide 3-kinase / drug target / ligand / binding pocket / chemical scaffold / STRUCTURAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


perinuclear endoplasmic reticulum membrane / response to muscle inactivity / regulation of toll-like receptor 4 signaling pathway / phosphatidylinositol kinase activity / regulation of actin filament organization / negative regulation of actin filament depolymerization / response to butyrate / phosphatidylinositol 3-kinase regulator activity / 1-phosphatidylinositol-3-kinase regulator activity / positive regulation of endoplasmic reticulum unfolded protein response ...perinuclear endoplasmic reticulum membrane / response to muscle inactivity / regulation of toll-like receptor 4 signaling pathway / phosphatidylinositol kinase activity / regulation of actin filament organization / negative regulation of actin filament depolymerization / response to butyrate / phosphatidylinositol 3-kinase regulator activity / 1-phosphatidylinositol-3-kinase regulator activity / positive regulation of endoplasmic reticulum unfolded protein response / IRS-mediated signalling / response to L-leucine / phosphatidylinositol 3-kinase activator activity / T follicular helper cell differentiation / interleukin-18-mediated signaling pathway / PI3K events in ERBB4 signaling / phosphatidylinositol 3-kinase regulatory subunit binding / myeloid leukocyte migration / neurotrophin TRKA receptor binding / cellular response to hydrostatic pressure / positive regulation of focal adhesion disassembly / autosome genomic imprinting / Activated NTRK2 signals through PI3K / cis-Golgi network / negative regulation of fibroblast apoptotic process / Activated NTRK3 signals through PI3K / transmembrane receptor protein tyrosine kinase adaptor activity / phosphatidylinositol 3-kinase complex, class IB / ErbB-3 class receptor binding / phosphatidylinositol 3-kinase complex / negative regulation of stress fiber assembly / TORC2 signaling / Signaling by cytosolic FGFR1 fusion mutants / Co-stimulation by ICOS / positive regulation of protein localization to membrane / vasculature development / RHOD GTPase cycle / regulation of cellular respiration / Nephrin family interactions / RHOF GTPase cycle / Signaling by LTK / Signaling by LTK in cancer / 1-phosphatidylinositol-4-phosphate 3-kinase activity / anoikis / kinase activator activity / relaxation of cardiac muscle / positive regulation of leukocyte migration / MET activates PI3K/AKT signaling / RND1 GTPase cycle / phosphatidylinositol 3-kinase complex, class IA / RND2 GTPase cycle / PI3K/AKT activation / positive regulation of filopodium assembly / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate 3-kinase / RND3 GTPase cycle / 1-phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate 3-kinase activity / phosphatidylinositol 3-kinase / growth hormone receptor signaling pathway / insulin binding / phosphatidylinositol-3-phosphate biosynthetic process / Signaling by ALK / cardiac muscle cell contraction / 1-phosphatidylinositol-3-kinase activity / RHOV GTPase cycle / vascular endothelial growth factor signaling pathway / Erythropoietin activates Phosphoinositide-3-kinase (PI3K) / PI-3K cascade:FGFR3 / RHOB GTPase cycle / natural killer cell mediated cytotoxicity / GP1b-IX-V activation signalling / response to dexamethasone / PI-3K cascade:FGFR2 / negative regulation of macroautophagy / PI-3K cascade:FGFR4 / PI-3K cascade:FGFR1 / RHOC GTPase cycle / RHOJ GTPase cycle / negative regulation of osteoclast differentiation / phosphatidylinositol phosphate biosynthetic process / phosphatidylinositol-mediated signaling / Synthesis of PIPs at the plasma membrane / RHOU GTPase cycle / RET signaling / CDC42 GTPase cycle / negative regulation of anoikis / insulin receptor substrate binding / Interleukin-3, Interleukin-5 and GM-CSF signaling / PI3K events in ERBB2 signaling / T cell differentiation / PI3K Cascade / RHOG GTPase cycle / intercalated disc / negative regulation of cell-matrix adhesion / extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / Role of LAT2/NTAL/LAB on calcium mobilization / regulation of multicellular organism growth / CD28 dependent PI3K/Akt signaling / RHOA GTPase cycle / RAC2 GTPase cycle / RAC3 GTPase cycle
類似検索 - 分子機能
PI3Kalpha, catalytic domain / Phosphatidylinositol 3-kinase regulatory subunit alpha, SH3 domain / PIK3R1, inter-SH2 domain / PI3K p85 subunit, C-terminal SH2 domain / PI3K regulatory subunit p85-related , inter-SH2 domain / PI3K p85 subunit, N-terminal SH2 domain / Phosphatidylinositol 3-kinase regulatory subunit P85 inter-SH2 domain / PI3-kinase family, p85-binding domain / PI3-kinase family, p85-binding domain / Rho GTPase-activating protein domain ...PI3Kalpha, catalytic domain / Phosphatidylinositol 3-kinase regulatory subunit alpha, SH3 domain / PIK3R1, inter-SH2 domain / PI3K p85 subunit, C-terminal SH2 domain / PI3K regulatory subunit p85-related , inter-SH2 domain / PI3K p85 subunit, N-terminal SH2 domain / Phosphatidylinositol 3-kinase regulatory subunit P85 inter-SH2 domain / PI3-kinase family, p85-binding domain / PI3-kinase family, p85-binding domain / Rho GTPase-activating protein domain / RhoGAP domain / Rho GTPase-activating proteins domain profile. / GTPase-activator protein for Rho-like GTPases / Phosphatidylinositol 3-kinase, adaptor-binding domain / Phosphatidylinositol 3-kinase adaptor-binding (PI3K ABD) domain profile. / PI3-kinase family, Ras-binding domain / Phosphatidylinositol 3-kinase Ras-binding (PI3K RBD) domain / PI3-kinase family, ras-binding domain / Phosphatidylinositol 3-kinase Ras-binding (PI3K RBD) domain profile. / Rho GTPase activation protein / C2 phosphatidylinositol 3-kinase-type domain / Phosphoinositide 3-kinase C2 / C2 phosphatidylinositol 3-kinase (PI3K)-type domain profile. / Phosphoinositide 3-kinase, region postulated to contain C2 domain / Phosphoinositide 3-kinase family, accessory domain (PIK domain) / Phosphoinositide 3-kinase family, accessory domain (PIK domain) / Phosphoinositide 3-kinase, accessory (PIK) domain superfamily / Phosphoinositide 3-kinase, accessory (PIK) domain / Phosphatidylinositol kinase / PIK helical domain profile. / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinases signature 1. / Phosphatidylinositol 3/4-kinase, conserved site / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinases signature 2. / Phosphatidylinositol 3-/4-kinase, catalytic domain superfamily / Phosphoinositide 3-kinase, catalytic domain / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinase / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinases catalytic domain profile. / Phosphatidylinositol 3-/4-kinase, catalytic domain / C2 domain superfamily / SH2 domain / Src homology 2 (SH2) domain profile. / Src homology 2 domains / SH2 domain / Src homology 3 domains / SH2 domain superfamily / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / Armadillo-type fold / Ubiquitin-like domain superfamily / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Phosphatidylinositol 3-kinase regulatory subunit alpha / Phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate 3-kinase catalytic subunit alpha isoform
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.19 Å
データ登録者Zhou Q / Liu X / Neri D / Li W / Favalli N / Bassi G / Yang S / Yang D / Vogt PK / Wang M-W
資金援助 中国, 米国, 12件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)81872915 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)82073904 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)82121005 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)81973373 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)21704064 中国
Other government2018ZX09735-001
Other government2018ZX09711002-002-005
Other government2021ZD0203400
Other government2018YFA0507000
Other governmentZDKJ2021028
Other governmentNNCAS-2017-1-CC
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)R35 CA197582 米国
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2023
タイトル: Structural insights into the interaction of three Y-shaped ligands with PI3Kα.
著者: Qingtong Zhou / Xiao Liu / Dario Neri / Wenxin Li / Nicholas Favalli / Gabriele Bassi / Su Yang / Dehua Yang / Peter K Vogt / Ming-Wei Wang /
要旨: Class IA phosphoinositide 3-kinase alpha (PI3Kα) is an important drug target because it is one of the most frequently mutated proteins in human cancers. However, small molecule inhibitors currently ...Class IA phosphoinositide 3-kinase alpha (PI3Kα) is an important drug target because it is one of the most frequently mutated proteins in human cancers. However, small molecule inhibitors currently on the market or under development have safety concerns due to a lack of selectivity. Therefore, other chemical scaffolds or unique mechanisms of catalytic kinase inhibition are needed. Here, we report the cryo-electron microscopy structures of wild-type PI3Kα, the dimer of p110α and p85α, in complex with three Y-shaped ligands [cpd16 (compound 16), cpd17 (compound 17), and cpd18 (compound 18)] of different affinities and no inhibitory effect on the kinase activity. Unlike ATP-competitive inhibitors, cpd17 adopts a Y-shaped conformation with one arm inserted into a binding pocket formed by R770 and W780 and the other arm lodged in the ATP-binding pocket at an angle that is different from that of the ATP phosphate tail. Such a special interaction induces a conformation of PI3Kα resembling that of the unliganded protein. These observations were confirmed with two isomers (cpd16 and cpd18). Further analysis of these Y-shaped ligands revealed the structural basis of differential binding affinities caused by stereo- or regiochemical modifications. Our results may offer a different direction toward the design of therapeutic agents against PI3Kα.
履歴
登録2023年3月4日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年9月6日-
マップ公開2023年9月6日-
更新2023年9月6日-
現状2023年9月6日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_35547.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_35547.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.07 Å/pix.
x 256 pix.
= 274.176 Å		1.07 Å/pix.
x 256 pix.
= 274.176 Å		1.07 Å/pix.
x 256 pix.
= 274.176 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.071 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.42
最小 - 最大-3.6775093 - 5.6549673
平均 (標準偏差)0.00029920007 (±0.09839441)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 274.176 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_35547_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_35547_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Human PI3Kalpha in complex with compound 18

全体名称: Human PI3Kalpha in complex with compound 18
要素
  • 複合体: Human PI3Kalpha in complex with compound 18
    • タンパク質・ペプチド: Phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate 3-kinase catalytic subunit alpha isoform
    • タンパク質・ペプチド: Phosphatidylinositol 3-kinase regulatory subunit alpha
  • リガンド: N-[(2R)-1-(ethylamino)-1-oxidanylidene-3-[3-(2-quinoxalin-6-ylethynyl)phenyl]propan-2-yl]-2,3-dimethyl-quinoxaline-6-carboxamide
  • リガンド: water

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超分子 #1: Human PI3Kalpha in complex with compound 18

超分子名称: Human PI3Kalpha in complex with compound 18 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate 3-kinase catalytic subunit ...

分子名称: Phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate 3-kinase catalytic subunit alpha isoform
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: phosphatidylinositol 3-kinase
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 127.822578 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MSYYHHHHHH DYDIPTTENL YFQGAMGSMP PRPSSGELWG IHLMPPRILV ECLLPNGMIV TLECLREATL ITIKHELFKE ARKYPLHQL LQDESSYIFV SVTQEAEREE FFDETRRLCD LRLFQPFLKV IEPVGNREEK ILNREIGFAI GMPVCEFDMV K DPEVQDFR ...文字列:
MSYYHHHHHH DYDIPTTENL YFQGAMGSMP PRPSSGELWG IHLMPPRILV ECLLPNGMIV TLECLREATL ITIKHELFKE ARKYPLHQL LQDESSYIFV SVTQEAEREE FFDETRRLCD LRLFQPFLKV IEPVGNREEK ILNREIGFAI GMPVCEFDMV K DPEVQDFR RNILNVCKEA VDLRDLNSPH SRAMYVYPPN VESSPELPKH IYNKLDKGQI IVVIWVIVSP NNDKQKYTLK IN HDCVPEQ VIAEAIRKKT RSMLLSSEQL KLCVLEYQGK YILKVCGCDE YFLEKYPLSQ YKYIRSCIML GRMPNLMLMA KES LYSQLP MDCFTMPSYS RRISTATPYM NGETSTKSLW VINSALRIKI LCATYVNVNI RDIDKIYVRT GIYHGGEPLC DNVN TQRVP CSNPRWNEWL NYDIYIPDLP RAARLCLSIC SVKGRKGAKE EHCPLAWGNI NLFDYTDTLV SGKMALNLWP VPHGL EDLL NPIGVTGSNP NKETPCLELE FDWFSSVVKF PDMSVIEEHA NWSVSREAGF SYSHAGLSNR LARDNELREN DKEQLK AIS TRDPLSEITE QEKDFLWSHR HYCVTIPEIL PKLLLSVKWN SRDEVAQMYC LVKDWPPIKP EQAMELLDCN YPDPMVR GF AVRCLEKYLT DDKLSQYLIQ LVQVLKYEQY LDNLLVRFLL KKALTNQRIG HFFFWHLKSE MHNKTVSQRF GLLLESYC R ACGMYLKHLN RQVEAMEKLI NLTDILKQEK KDETQKVQMK FLVEQMRRPD FMDALQGFLS PLNPAHQLGN LRLEECRIM SSAKRPLWLN WENPDIMSEL LFQNNEIIFK NGDDLRQDML TLQIIRIMEN IWQNQGLDLR MLPYGCLSIG DCVGLIEVVR NSHTIMQIQ CKGGLKGALQ FNSHTLHQWL KDKNKGEIYD AAIDLFTRSC AGYCVATFIL GIGDRHNSNI MVKDDGQLFH I DFGHFLDH KKKKFGYKRE RVPFVLTQDF LIVISKGAQE CTKTREFERF QEMCYKAYLA IRQHANLFIN LFSMMLGSGM PE LQSFDDI AYIRKTLALD KTEQEALEYF MKQMNDAHHG GWTTKMDWIF HTIKQHALN

UniProtKB: Phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate 3-kinase catalytic subunit alpha isoform

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分子 #2: Phosphatidylinositol 3-kinase regulatory subunit alpha

分子名称: Phosphatidylinositol 3-kinase regulatory subunit alpha
タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 83.623203 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MAEGYQYRAL YDYKKEREED IDLHLGDILT VNKGSLVALG FSDGQEARPE EIGWLNGYNE TTGERGDFPG TYVEYIGRKK ISPPTPKPR PPRPLPVAPG SSKTEADVEQ QALTLPDLAE QFAPPDIAPP LLIKLVEAIE KKGLECSTLY RTQSSSNLAE L RQLLDCDT ...文字列:
MAEGYQYRAL YDYKKEREED IDLHLGDILT VNKGSLVALG FSDGQEARPE EIGWLNGYNE TTGERGDFPG TYVEYIGRKK ISPPTPKPR PPRPLPVAPG SSKTEADVEQ QALTLPDLAE QFAPPDIAPP LLIKLVEAIE KKGLECSTLY RTQSSSNLAE L RQLLDCDT PSVDLEMIDV HVLADAFKRY LLDLPNPVIP AAVYSEMISL APEVQSSEEY IQLLKKLIRS PSIPHQYWLT LQ YLLKHFF KLSQTSSKNL LNARVLSEIF SPMLFRFSAA SSDNTENLIK VIEILISTEW NERQPAPALP PKPPKPTTVA NNG MNNNMS LQDAEWYWGD ISREEVNEKL RDTADGTFLV RDASTKMHGD YTLTLRKGGN NKLIKIFHRD GKYGFSDPLT FSSV VELIN HYRNESLAQY NPKLDVKLLY PVSKYQQDQV VKEDNIEAVG KKLHEYNTQF QEKSREYDRL YEEYTRTSQE IQMKR TAIE AFNETIKIFE EQCQTQERYS KEYIEKFKRE GNEKEIQRIM HNYDKLKSRI SEIIDSRRRL EEDLKKQAAE YREIDK RMN SIKPDLIQLR KTRDQYLMWL TQKGVRQKKL NEWLGNENTE DQYSLVEDDE DLPHHDEKTW NVGSSNRNKA ENLLRGK RD GTFLVRESSK QGCYACSVVV DGEVKHCVIN KTATGYGFAE PYNLYSSLKE LVLHYQHTSL VQHNDSLNVT LAYPVYAQ Q RR

UniProtKB: Phosphatidylinositol 3-kinase regulatory subunit alpha

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分子 #3: N-[(2R)-1-(ethylamino)-1-oxidanylidene-3-[3-(2-quinoxalin-6-yleth...

分子名称: N-[(2R)-1-(ethylamino)-1-oxidanylidene-3-[3-(2-quinoxalin-6-ylethynyl)phenyl]propan-2-yl]-2,3-dimethyl-quinoxaline-6-carboxamide
タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 1 / 式: L2V
分子量理論値: 528.604 Da
Chemical component information

ChemComp-L2V:
N-[(2R)-1-(ethylamino)-1-oxidanylidene-3-[3-(2-quinoxalin-6-ylethynyl)phenyl]propan-2-yl]-2,3-dimethyl-quinoxaline-6-carboxamide

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分子 #4: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 4 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1.0 mg/mL
緩衝液pH: 7.6
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 70.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: OTHER
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.19 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 232150
初期 角度割当タイプ: OTHER
最終 角度割当タイプ: OTHER
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

7myn


Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
精密化プロトコル: FLEXIBLE FIT / 当てはまり具合の基準: Correlation coefficient
得られたモデル

PDB-8ilv:
Cryo-EM structure of PI3Kalpha in complex with compound 18

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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