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万見
- EMDB-35450: Cryo-EM structure of the Rpd3S core complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-35450
タイトルCryo-EM structure of the Rpd3S core complex
マップデータ
試料
  • 複合体: Eaf3 CHD domain bound to the nucleosome
    • タンパク質・ペプチド: Histone H3
    • タンパク質・ペプチド: Transcriptional regulatory protein SIN3
    • タンパク質・ペプチド: Histone deacetylase RPD3
    • タンパク質・ペプチド: RCO1 isoform 1
    • タンパク質・ペプチド: Chromatin modification-related protein EAF3
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: CALCIUM ION
キーワードHDAC / TRANSCRIPTION
機能・相同性
機能・相同性情報


Snt2C complex / negative regulation of silent mating-type cassette heterochromatin formation / negative regulation of reciprocal meiotic recombination / Rpd3L complex / protein localization to nucleolar rDNA repeats / negative regulation of rDNA heterochromatin formation / Rpd3L-Expanded complex / Rpd3S complex / rDNA chromatin condensation / nucleophagy ...Snt2C complex / negative regulation of silent mating-type cassette heterochromatin formation / negative regulation of reciprocal meiotic recombination / Rpd3L complex / protein localization to nucleolar rDNA repeats / negative regulation of rDNA heterochromatin formation / Rpd3L-Expanded complex / Rpd3S complex / rDNA chromatin condensation / nucleophagy / HDACs deacetylate histones / histone deacetylase / SUMOylation of chromatin organization proteins / regulation of DNA-templated DNA replication initiation / cellular response to nitrogen starvation / negative regulation of transcription by RNA polymerase I / histone deacetylase activity / NuA4 histone acetyltransferase complex / Sin3-type complex / Estrogen-dependent gene expression / positive regulation of macroautophagy / histone deacetylase complex / nuclear periphery / meiotic cell cycle / transcription elongation by RNA polymerase II / heterochromatin formation / double-strand break repair via nonhomologous end joining / G1/S transition of mitotic cell cycle / structural constituent of chromatin / transcription corepressor activity / G2/M transition of mitotic cell cycle / nucleosome / nucleosome assembly / cellular response to heat / response to oxidative stress / transcription coactivator activity / chromatin remodeling / protein heterodimerization activity / cell division / DNA repair / regulation of DNA-templated transcription / chromatin / regulation of transcription by RNA polymerase II / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / identical protein binding / nucleus / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Histone deacetylase interacting domain / Sin3, C-terminal / Transcriptional regulatory protein Sin3-like / Sin3 family co-repressor / C-terminal domain of Sin3a protein / Histone deacetylase (HDAC) interacting / Paired amphipathic helix / Paired amphipathic helix superfamily / Paired amphipathic helix repeat / PAH domain profile. ...Histone deacetylase interacting domain / Sin3, C-terminal / Transcriptional regulatory protein Sin3-like / Sin3 family co-repressor / C-terminal domain of Sin3a protein / Histone deacetylase (HDAC) interacting / Paired amphipathic helix / Paired amphipathic helix superfamily / Paired amphipathic helix repeat / PAH domain profile. / MRG / MRG domain / MRG, C-terminal domain superfamily / MRG / MRG domain profile. / RNA binding activity-knot of a chromodomain / RNA binding activity-knot of a chromodomain / Histone deacetylase / Chromo/chromo shadow domain / Chromatin organization modifier domain / Chromo-like domain superfamily / : / Histone deacetylase family / Histone deacetylase domain / Histone deacetylase domain superfamily / Histone deacetylase domain / Ureohydrolase domain superfamily / Zinc finger, PHD-type, conserved site / PHD-finger / Zinc finger PHD-type signature. / Zinc finger PHD-type profile. / Zinc finger, PHD-finger / Zinc finger, PHD-type / PHD zinc finger / Histone H3 signature 1. / Histone H3 signature 2. / Histone H3 / Histone H3/CENP-A / Zinc finger, FYVE/PHD-type / Histone H2A/H2B/H3 / Core histone H2A/H2B/H3/H4 / Histone-fold / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type
類似検索 - ドメイン・相同性
Histone H3 / RCO1 isoform 1 / Chromatin modification-related protein EAF3 / Transcriptional regulatory protein SIN3 / Histone deacetylase RPD3
類似検索 - 構成要素
生物種Xenopus laevis (アフリカツメガエル) / Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.37 Å
データ登録者Zhang Y / Gang C
資金援助1件
OrganizationGrant number国
Not funded
引用ジャーナル: Cell Res / 年: 2023
タイトル: Structural basis for nucleosome binding and catalysis by the yeast Rpd3S/HDAC holoenzyme.
著者: Yueyue Zhang / Mengxue Xu / Po Wang / Jiahui Zhou / Guangxian Wang / Shuailong Han / Gang Cai / Xuejuan Wang /
履歴
登録2023年2月23日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年3月20日-
マップ公開2024年3月20日-
更新2024年3月20日-
現状2024年3月20日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_35450.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_35450.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 144.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.07 Å/pix.
x 336 pix.
= 359.52 Å		1.07 Å/pix.
x 336 pix.
= 359.52 Å		1.07 Å/pix.
x 336 pix.
= 359.52 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.07 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.31
最小 - 最大-1.4067105 - 2.8095012
平均 (標準偏差)0.0030917174 (±0.06326899)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ336336336
Spacing336336336
セルA=B=C: 359.52002 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_35450_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_35450_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Eaf3 CHD domain bound to the nucleosome

全体名称: Eaf3 CHD domain bound to the nucleosome
要素
  • 複合体: Eaf3 CHD domain bound to the nucleosome
    • タンパク質・ペプチド: Histone H3
    • タンパク質・ペプチド: Transcriptional regulatory protein SIN3
    • タンパク質・ペプチド: Histone deacetylase RPD3
    • タンパク質・ペプチド: RCO1 isoform 1
    • タンパク質・ペプチド: Chromatin modification-related protein EAF3
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: CALCIUM ION

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超分子 #1: Eaf3 CHD domain bound to the nucleosome

超分子名称: Eaf3 CHD domain bound to the nucleosome / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#5
由来(天然)生物種: Xenopus laevis (アフリカツメガエル)

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分子 #1: Histone H3

分子名称: Histone H3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
分子量理論値: 2.563012 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
ARTKQTARKS TGGKAPRKQL ATKA

UniProtKB: Histone H3

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分子 #2: Transcriptional regulatory protein SIN3

分子名称: Transcriptional regulatory protein SIN3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 175.047266 KDa
配列文字列: MSQVWHNSNS QSNDVATSND ATGSNERNEK EPSLQGNKPG FVQQQQRITL PSLSALSTKE EDRRDSNGQQ ALTSHAAHIL GYPPPHSNA MPSIATDSAL KQPHEYHPRP KSSSSSPSIN ASLMNAGPAP LPTVGAASFS LSRFDNPLPI KAPVHTEEPK S YNGLQEEE ...文字列:
MSQVWHNSNS QSNDVATSND ATGSNERNEK EPSLQGNKPG FVQQQQRITL PSLSALSTKE EDRRDSNGQQ ALTSHAAHIL GYPPPHSNA MPSIATDSAL KQPHEYHPRP KSSSSSPSIN ASLMNAGPAP LPTVGAASFS LSRFDNPLPI KAPVHTEEPK S YNGLQEEE KATQRPQDCK EVPAGVQPAD APDPSSNHAD ANDDNNNNEN SHDEDADYRP LNVKDALSYL EQVKFQFSSR PD IYNLFLD IMKDFKSQAI DTPGVIERVS TLFRGYPILI QGFNTFLPQG YRIECSSNPD DPIRVTTPMG TTTVNNNISP SGR GTTDAQ ELGSFPESDG NGVQQPSNVP MVPSSVYQSE QNQDQQQSLP LLATSSGLPS IQQPEMPAHR QIPQSQSLVP QEDA KKNVD VEFSQAISYV NKIKTRFADQ PDIYKHFLEI LQTYQREQKP INEVYAQVTH LFQNAPDLLE DFKKFLPDSS ASANQ QVQH AQQHAQQQHE AQMHAQAQAQ AQAQAQVEQQ KQQQQFLYPA SGYYGHPSNR GIPQQNLPPI GSFSPPTNGS TVHEAY QDQ QHMQPPHFMP LPSIVQHGPN MVHQGIANEN PPLSDLRTSL TEQYAPSSIQ HQQQHPQSIS PIANTQYGDI PVRPEID LD PSIVPVVPEP TEPIENNISL NEEVTFFEKA KRYIGNKHLY TEFLKILNLY SQDILDLDDL VEKVDFYLGS NKELFTWF K NFVGYQEKTK CIENIVHEKH RLDLDLCEAF GPSYKRLPKS DTFMPCSGRD DMCWEVLNDE WVGHPVWASE DSGFIAHRK NQYEETLFKI EEERHEYDFY IESNLRTIQC LETIVNKIEN MTENEKANFK LPPGLGHTSM TIYKKVIRKV YDKERGFEII DALHEHPAV TAPVVLKRLK QKDEEWRRAQ REWNKVWREL EQKVFFKSLD HLGLTFKQAD KKLLTTKQLI SEISSIKVDQ T NKKIHWLT PKPKSQLDFD FPDKNIFYDI LCLADTFITH TTAYSNPDKE RLKDLLKYFI SLFFSISFEK IEESLYSHKQ NV SESSGSD DGSSIASRKR PYQQEMSLLD ILHRSRYQKL KRSNDEDGKV PQLSEPPEEE PNTIEEEELI DEEAKNPWLT GNL VEEANS QGIIQNRSIF NLFANTNIYI FFRHWTTIYE RLLEIKQMNE RVTKEINTRS TVTFAKDLDL LSSQLSEMGL DFVG EDAYK QVLRLSRRLI NGDLEHQWFE ESLRQAYNNK AFKLYTIDKV TQSLVKHAHT LMTDAKTAEI MALFVKDRNA STTSA KDQI IYRLQVRSHM SNTENMFRIE FDKRTLHVSI QYIALDDLTL KEPKADEDKW KYYVTSYALP HPTEGIPHEK LKIPFL ERL IEFGQDIDGT EVDEEFSPEG ISVSTLKIKI QPITYQLHIE NGSYDVFTRK ATNKYPTIAN DNTQKGMVSQ KKELISK FL DCAVGLRNNL DEAQKLSMQK KWENLKDSIA KTSAGNQGIE SETEKGKITK QEQSDNLDSS TASVLPASIT TVPQDDNI E TTGNTESSDK GAKIQ

UniProtKB: Transcriptional regulatory protein SIN3

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分子 #3: Histone deacetylase RPD3

分子名称: Histone deacetylase RPD3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: histone deacetylase
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 48.961957 KDa
配列文字列: MVYEATPFDP ITVKPSDKRR VAYFYDADVG NYAYGAGHPM KPHRIRMAHS LIMNYGLYKK MEIYRAKPAT KQEMCQFHTD EYIDFLSRV TPDNLEMFKR ESVKFNVGDD CPVFDGLYEY CSISGGGSME GAARLNRGKC DVAVNYAGGL HHAKKSEASG F CYLNDIVL ...文字列:
MVYEATPFDP ITVKPSDKRR VAYFYDADVG NYAYGAGHPM KPHRIRMAHS LIMNYGLYKK MEIYRAKPAT KQEMCQFHTD EYIDFLSRV TPDNLEMFKR ESVKFNVGDD CPVFDGLYEY CSISGGGSME GAARLNRGKC DVAVNYAGGL HHAKKSEASG F CYLNDIVL GIIELLRYHP RVLYIDIDVH HGDGVEEAFY TTDRVMTCSF HKYGEFFPGT GELRDIGVGA GKNYAVNVPL RD GIDDATY RSVFEPVIKK IMEWYQPSAV VLQCGGDSLS GDRLGCFNLS MEGHANCVNY VKSFGIPMMV VGGGGYTMRN VAR TWCFET GLLNNVVLDK DLPYNEYYEY YGPDYKLSVR PSNMFNVNTP EYLDKVMTNI FANLENTKYA PSVQLNHTPR DAED LGDVE EDSAEAKDTK GGSQYARDLH VEHDNEFY

UniProtKB: Histone deacetylase RPD3

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分子 #4: RCO1 isoform 1

分子名称: RCO1 isoform 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 78.951305 KDa
配列文字列: MDTSKKDTTR SPSHSNSSSP SSSSLSSSSS KEKKRPKRLS SQNVNYDLKR RKIITSEGIE RSFKNEHSNL AVEDNIPEEE PKELLEKDS KGNIIKLNEP STISEDSKVS VTGLPLNKGP SEKIKRESLW NYRKNLGGQS NNSEMTLVPS KRFTQVPKNF Q DLNRNDLK ...文字列:
MDTSKKDTTR SPSHSNSSSP SSSSLSSSSS KEKKRPKRLS SQNVNYDLKR RKIITSEGIE RSFKNEHSNL AVEDNIPEEE PKELLEKDS KGNIIKLNEP STISEDSKVS VTGLPLNKGP SEKIKRESLW NYRKNLGGQS NNSEMTLVPS KRFTQVPKNF Q DLNRNDLK TFLTENMTEE SNIRSTIGWN GDIINRTRDR EPESDRDNKK LSNIRTKIIL STNATYDSKS KLFGQNSIKS TS NASEKIF RDKNNSTIDF ENEDFCSACN QSGSFLCCDT CPKSFHFLCL DPPIDPNNLP KGDWHCNECK FKIFINNSMA TLK KIESNF IKQNNNVKIF AKLLFNIDSH NPKQFQLPNY IKETFPAVKT GSRGQYSDEN DKIPLTDRQL FNTSYGQSIT KLDS YNPDT HIDSNSGKFL ICYKCNQTRL GSWSHPENSR LIMTCDYCQT PWHLDCVPRA SFKNLGSKWK CPLHSPTKVY KKIHH CQED NSVNYKVWKK QRLINKKNQL YYEPLQKIGY QNNGNIQIIP TTSHTDYDFN QDFKITQIDE NSIKYDFFDK IYKSKM VQK RKLFQFQESL IDKLVSNGSQ NGNSEDNMVK DIASLIYFQV SNNDKSSNNK SASKSNNLRK LWDLKELTNV VVPNELD SI QFNDFSSDEI KHLLYLKKII ESKPKEELLK FLNIENPENQ SE

UniProtKB: RCO1 isoform 1

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分子 #5: Chromatin modification-related protein EAF3

分子名称: Chromatin modification-related protein EAF3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 45.266406 KDa
配列文字列: MVDLEQEFAL GGRCLAFHGP LMYEAKILKI WDPSSKMYTS IPNDKPGGSS QATKEIKPQK LGEDESIPEE IINGKCFFIH YQGWKSSWD EWVGYDRIRA YNEENIAMKK RLANEAKEAK KSLLEQQKKK KLSTSLGGPS NGGKRKGDSR SNASISKSTS Q SFLTSSVS ...文字列:
MVDLEQEFAL GGRCLAFHGP LMYEAKILKI WDPSSKMYTS IPNDKPGGSS QATKEIKPQK LGEDESIPEE IINGKCFFIH YQGWKSSWD EWVGYDRIRA YNEENIAMKK RLANEAKEAK KSLLEQQKKK KLSTSLGGPS NGGKRKGDSR SNASISKSTS Q SFLTSSVS GRKSGRSSAN SLHPGSSLRS SSDQNGNDDR RRSSSLSPNM LHHIAGYPTP KISLQIPIKL KSVLVDDWEY VT KDKKICR LPADVTVEMV LNKYEHEVSQ ELESPGSQSQ LSEYCAGLKL YFDKCLGNML LYRLERLQYD ELLKKSSKDQ KPL VPIRIY GAIHLLRLIS VLPELISSTT MDLQSCQLLI KQTEDFLVWL LMHVDEYFND KDPNRSDDAL YVNTSSQYEG VALG M

UniProtKB: Chromatin modification-related protein EAF3

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分子 #6: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 1 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

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分子 #7: CALCIUM ION

分子名称: CALCIUM ION / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 1 / 式: CA
分子量理論値: 40.078 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.6
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 53.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
最大 デフォーカス（公称値）: 2.8000000000000003 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 1.8 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.37 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 107252
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る