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- EMDB-35402: Conformational Dynamics of the D53-D3-D14 Complex in Strigolacton... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-35402
タイトルConformational Dynamics of the D53-D3-D14 Complex in Strigolactone Signaling
マップデータ
試料
  • 複合体: Plant protein complex
    • タンパク質・ペプチド: F-box/LRR-repeat MAX2 homolog
    • タンパク質・ペプチド: Strigolactone esterase D14
    • タンパク質・ペプチド: SKP1-like protein 20
キーワードD14 D3 D53 SL / PLANT PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


bud dilation / regulation of shoot system morphogenesis / shoot system morphogenesis / regulation of meristem structural organization / negative regulation of seed germination / positive regulation of response to water deprivation / strigolactone biosynthetic process / cuticle development / auxin polar transport / secondary shoot formation ...bud dilation / regulation of shoot system morphogenesis / shoot system morphogenesis / regulation of meristem structural organization / negative regulation of seed germination / positive regulation of response to water deprivation / strigolactone biosynthetic process / cuticle development / auxin polar transport / secondary shoot formation / jasmonic acid mediated signaling pathway / response to water deprivation / SCF ubiquitin ligase complex / SCF-dependent proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / cullin family protein binding / response to light stimulus / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / hydrolase activity / protein ubiquitination / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Leucine-rich repeat, cysteine-containing subtype / Leucine-rich repeat - CC (cysteine-containing) subfamily / F-box-like domain superfamily / SKP1 component, dimerisation / S-phase kinase-associated protein 1 / SKP1-like, dimerisation domain superfamily / Skp1 family, dimerisation domain / F-box-like / F-box domain / Alpha/beta hydrolase family ...Leucine-rich repeat, cysteine-containing subtype / Leucine-rich repeat - CC (cysteine-containing) subfamily / F-box-like domain superfamily / SKP1 component, dimerisation / S-phase kinase-associated protein 1 / SKP1-like, dimerisation domain superfamily / Skp1 family, dimerisation domain / F-box-like / F-box domain / Alpha/beta hydrolase family / S-phase kinase-associated protein 1-like / SKP1 component, POZ domain / Skp1 family, tetramerisation domain / Found in Skp1 protein family / Alpha/beta hydrolase fold-1 / SKP1/BTB/POZ domain superfamily / Leucine-rich repeat domain superfamily / Alpha/Beta hydrolase fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Strigolactone esterase D14 / F-box/LRR-repeat MAX2 homolog / SKP1-like protein 20
類似検索 - 構成要素
生物種Oryza sativa (イネ) / Oryza sativa subsp. japonica (イネ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 7.09 Å
データ登録者Liu SM / Wang J
資金援助1件
OrganizationGrant number国
Not funded
引用ジャーナル: Plant Cell Physiol / 年: 2023
タイトル: Conformational Dynamics of the D53-D3-D14 Complex in Strigolactone Signaling.
著者: Simiao Liu / Jia Wang / Bin Song / Xinqi Gong / Huihui Liu / Qingliang Hu / Junhui Zhang / Qianqian Li / Jie Zheng / Hongwei Wang / H Eric Xu / Jiayang Li / Bing Wang /
要旨: Strigolactones (SLs) play fundamental roles in regulating plant architecture, which is a major factor determining crop yield. The perception and signal transduction of SLs require the formation of a ...Strigolactones (SLs) play fundamental roles in regulating plant architecture, which is a major factor determining crop yield. The perception and signal transduction of SLs require the formation of a complex containing the receptor DWARF14 (D14), an F-box protein D3 and a transcriptional regulator D53 in an SL-dependent manner. Structural and biochemical analyses of D14 and its orthologs DAD2 and AtD14, D3 and the complexes of ASK1-D3-AtD14 and D3CTH-D14 have made great contributions to understanding the mechanisms of SL perception. However, structural analyses of D53 and the D53-D3-D14 holo-complex are challenging, and the biochemical mechanism underlying the complex assembly remains poorly understood. Here, we found that apo-D53 was rather flexible and reconstituted the holo-complex containing D53, S-phase kinase-associated protein 1 (SKP1), D3 and D14 with rac-GR24. The cryo-electron microscopy (cryo-EM) structure of SKP1-D3-D14 in the presence of D53 was analyzed and superimposed on the crystal structure of ASK1-D3-AtD14 without D53. No large conformational rearrangement was observed, but a 9Å rotation appeared between D14 and AtD14. Using hydrogen-deuterium exchange monitored by mass spectrometry, we analyzed dynamic motifs of D14, D3 and D53 in the D53-SKP1-D3-D14 complex assembly process and further identified two potential interfaces in D53 that are located in the N and D2 domains, respectively. Together, our results uncovered the dynamic conformational changes and built a model of the holo-complex D53-SKP1-D3-D14, offering valuable information for the biochemical and genetic mechanisms of SL perception and signal transduction.
履歴
登録2023年2月17日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年7月12日-
マップ公開2023年7月12日-
更新2023年9月27日-
現状2023年9月27日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_35402.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_35402.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 2.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
2.18 Å/pix.
x 90 pix.
= 196.38 Å		2.18 Å/pix.
x 90 pix.
= 196.38 Å		2.18 Å/pix.
x 90 pix.
= 196.38 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.182 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.4
最小 - 最大-0.8662592 - 1.4293925
平均 (標準偏差)0.008052689 (±0.097452275)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ909090
Spacing909090
セルA=B=C: 196.37999 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_35402_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_35402_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Plant protein complex

全体名称: Plant protein complex
要素
  • 複合体: Plant protein complex
    • タンパク質・ペプチド: F-box/LRR-repeat MAX2 homolog
    • タンパク質・ペプチド: Strigolactone esterase D14
    • タンパク質・ペプチド: SKP1-like protein 20

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超分子 #1: Plant protein complex

超分子名称: Plant protein complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Oryza sativa (イネ)

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分子 #1: F-box/LRR-repeat MAX2 homolog

分子名称: F-box/LRR-repeat MAX2 homolog / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Oryza sativa subsp. japonica (イネ)
分子量理論値: 79.308617 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MAEEEEVEEG RSSSSAILDL PEPLLLHILS FLTDVRSRHR AALACGRMRA AERATRSELS LRGDPRSPGF LFLSHAFRFP ALEHLDLSL VSPWGHPLLS SVPPCGGGGG GAPSASSSSG MNVYHPEAIS EQNAFIAARL AGCFPAVTSL AVYCRDPTTL A NLTPHWQA ...文字列:
MAEEEEVEEG RSSSSAILDL PEPLLLHILS FLTDVRSRHR AALACGRMRA AERATRSELS LRGDPRSPGF LFLSHAFRFP ALEHLDLSL VSPWGHPLLS SVPPCGGGGG GAPSASSSSG MNVYHPEAIS EQNAFIAARL AGCFPAVTSL AVYCRDPTTL A NLTPHWQA SLRRVKLVRW HQRPPTLPDG ADLEPLLETC AALRELDLSE FYCWTEDVVR ALTTHPSATA ALTHLDLGLA AA TDGFKSS ELGPIAASCP NLRKLVAPCL FNPRFSDCVG DDALLSLATS CPRLTVLRLS EPFEAAANIQ REEAAITVAG LVA FFAALP ALEDFTMDLQ HNVLEAAPAM EALARRCPRI KFLTLGSFQG LCKASWLHLD GVAVCGGLES LYMKNCQDLT DASL AAIGR GCRRLAKFGI HGCDLVTSAG IRRLAFTLRP TLKEVTVLHC RLLHTAECLT ALSPIRDRIE SLEINCVWNT TEQPC SVAN GTTTECDPED DELGEVYESA AKKCRYMEFD DLGSWEMLRS LSLWFSAGQL LSPLISAGLD SCPVLEEISI KVEGDC RTC PRPAPRTIFG LSDLAGFPVL AKMKLDLSEA VGYALTAPTG QMDLSLWERF YLHGIESLQT LYELDYWPPQ DKDVHHR SL TLPAVGLIQR CVGLRKLFIH GTTHEHFMTF FLSIPNLRDM QLREDYYPAP ENDLMFTEMR AESWLRFEVQ LNSRQIDD

UniProtKB: F-box/LRR-repeat MAX2 homolog

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分子 #2: Strigolactone esterase D14

分子名称: Strigolactone esterase D14 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
EC番号: 加水分解酵素; エステル加水分解酵素
由来(天然)生物種: Oryza sativa subsp. japonica (イネ)
分子量理論値: 33.545023 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MLRSTHPPPS SPSSSSSGGG GGGGSSASSS SEKTMVGGGG GGGGGSGSAA PSGAKLLQIL NVRVVGSGER VVVLSHGFGT DQSAWSRVL PYLTRDHRVV LYDLVCAGSV NPDHFDFRRY DNLDAYVDDL LAILDALRIP RCAFVGHSVS AMIGILASIR R PDLFAKLV ...文字列:
MLRSTHPPPS SPSSSSSGGG GGGGSSASSS SEKTMVGGGG GGGGGSGSAA PSGAKLLQIL NVRVVGSGER VVVLSHGFGT DQSAWSRVL PYLTRDHRVV LYDLVCAGSV NPDHFDFRRY DNLDAYVDDL LAILDALRIP RCAFVGHSVS AMIGILASIR R PDLFAKLV LIGASPRFLN DSDYHGGFEL EEIQQVFDAM GANYSAWATG YAPLAVGADV PAAVQEFSRT LFNMRPDISL HV CQTVFKT DLRGVLGMVR APCVVVQTTR DVSVPASVAA YLKAHLGGRT TVEFLQTEGH LPHLSAPSLL AQVLRRALAR Y

UniProtKB: Strigolactone esterase D14

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分子 #3: SKP1-like protein 20

分子名称: SKP1-like protein 20 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Oryza sativa subsp. japonica (イネ)
分子量理論値: 19.217693 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列:
MAAEAETKAM ITLRSCEGQV FEVAEAVAME SQTIRHMIED KCADTGIPLP NVSAKILSKV IEYCSKHVEA RGGAAAAADG DAPAPAAVE ANKAVEDELK TFDAEFVKVD QSTLFDLILA ANYLNIKGLL DLTCQTVADM IKGKTPEEIR KTFNIKNDFT P EEEEEVRR ENQWAFE

UniProtKB: SKP1-like protein 20

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
最大 デフォーカス（公称値）: 0.7000000000000001 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 7.09 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 42499
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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