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万見
- EMDB-35383: RNF20-RNF40/hRad6A-Ub/nucleosome complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-35383
タイトルRNF20-RNF40/hRad6A-Ub/nucleosome complex
マップデータ3.12 angstrom map
試料
  • 複合体: RNF20-RNF40/hRAD6A-Ub in complex with nucleosome
    • タンパク質・ペプチド: x 8種
    • DNA: x 2種
  • リガンド: x 1種
キーワードRNF20 / RFN40 / RAD6 / nucleosome / H2BK120Ub / NUCLEAR PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


histone H2B C-terminal K residue ubiquitin ligase activity / HULC complex / positive regulation of mitophagy / protein K11-linked ubiquitination / postreplication repair / RHOBTB1 GTPase cycle / E2 ubiquitin-conjugating enzyme / protein localization to CENP-A containing chromatin / ubiquitin conjugating enzyme activity / CENP-A containing nucleosome ...histone H2B C-terminal K residue ubiquitin ligase activity / HULC complex / positive regulation of mitophagy / protein K11-linked ubiquitination / postreplication repair / RHOBTB1 GTPase cycle / E2 ubiquitin-conjugating enzyme / protein localization to CENP-A containing chromatin / ubiquitin conjugating enzyme activity / CENP-A containing nucleosome / Replacement of protamines by nucleosomes in the male pronucleus / arachidonate 15-lipoxygenase / arachidonate 15-lipoxygenase activity / Packaging Of Telomere Ends / protein K48-linked ubiquitination / lipoxygenase pathway / Recognition and association of DNA glycosylase with site containing an affected purine / Cleavage of the damaged purine / telomere organization / arachidonate metabolic process / Chromatin modifying enzymes / lipid oxidation / Deposition of new CENPA-containing nucleosomes at the centromere / hepoxilin biosynthetic process / response to UV / ubiquitin ligase complex / Recognition and association of DNA glycosylase with site containing an affected pyrimidine / Cleavage of the damaged pyrimidine / linoleic acid metabolic process / Meiotic synapsis / Inhibition of DNA recombination at telomere / nucleosomal DNA binding / RNA Polymerase I Promoter Opening / Assembly of the ORC complex at the origin of replication / Interleukin-7 signaling / epigenetic regulation of gene expression / DNA methylation / Synthesis of active ubiquitin: roles of E1 and E2 enzymes / Condensation of Prophase Chromosomes / HCMV Late Events / SIRT1 negatively regulates rRNA expression / Chromatin modifications during the maternal to zygotic transition (MZT) / ERCC6 (CSB) and EHMT2 (G9a) positively regulate rRNA expression / PRC2 methylates histones and DNA / negative regulation of cell migration / Defective pyroptosis / Meiotic recombination / innate immune response in mucosa / DNA Damage/Telomere Stress Induced Senescence / ubiquitin binding / HDACs deacetylate histones / Nonhomologous End-Joining (NHEJ) / mRNA 3'-UTR binding / RNA Polymerase I Promoter Escape / Transcriptional regulation by small RNAs / Transcriptional regulation of granulopoiesis / HDMs demethylate histones / Formation of the beta-catenin:TCF transactivating complex / HCMV Early Events / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / G2/M DNA damage checkpoint / NoRC negatively regulates rRNA expression / Activated PKN1 stimulates transcription of AR (androgen receptor) regulated genes KLK2 and KLK3 / PKMTs methylate histone lysines / RING-type E3 ubiquitin transferase / B-WICH complex positively regulates rRNA expression / heterochromatin formation / p53 binding / RMTs methylate histone arginines / Pre-NOTCH Transcription and Translation / Metalloprotease DUBs / G2/M transition of mitotic cell cycle / Activation of anterior HOX genes in hindbrain development during early embryogenesis / structural constituent of chromatin / protein polyubiquitination / ubiquitin-protein transferase activity / UCH proteinases / nucleosome / ubiquitin protein ligase activity / antimicrobial humoral immune response mediated by antimicrobial peptide / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / Processing of DNA double-strand break ends / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / nucleosome assembly / Recruitment and ATM-mediated phosphorylation of repair and signaling proteins at DNA double strand breaks / chromatin organization / E3 ubiquitin ligases ubiquitinate target proteins / Senescence-Associated Secretory Phenotype (SASP) / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of HSCs / HATs acetylate histones / gene expression / antibacterial humoral response / histone binding / ubiquitin-dependent protein catabolic process / Oxidative Stress Induced Senescence / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / defense response to Gram-negative bacterium / Estrogen-dependent gene expression / transcription coactivator activity / killing of cells of another organism
類似検索 - 分子機能
E3 ubiquitin ligase Bre1 / : / Zinc finger, C3HC4 RING-type / Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) / Ubiquitin-conjugating enzyme, active site / Ubiquitin-conjugating (UBC) active site signature. / Ubiquitin-conjugating enzyme E2, catalytic domain homologues / Ubiquitin-conjugating enzyme E2 / Ubiquitin-conjugating enzyme / Ubiquitin-conjugating (UBC) core domain profile. ...E3 ubiquitin ligase Bre1 / : / Zinc finger, C3HC4 RING-type / Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) / Ubiquitin-conjugating enzyme, active site / Ubiquitin-conjugating (UBC) active site signature. / Ubiquitin-conjugating enzyme E2, catalytic domain homologues / Ubiquitin-conjugating enzyme E2 / Ubiquitin-conjugating enzyme / Ubiquitin-conjugating (UBC) core domain profile. / Ubiquitin-conjugating enzyme/RWD-like / Lipoxygenase, iron binding site / Lipoxygenases iron-binding region signature 1. / Lipoxygenase / Lipoxygenase, C-terminal / Lipoxigenase, C-terminal domain superfamily / Lipoxygenase / Lipoxygenase iron-binding catalytic domain profile. / Zinc finger, RING-type, conserved site / Zinc finger RING-type signature. / Ring finger / Histone H2B signature. / Histone H2B / Histone H2B / Histone H2A conserved site / Histone H2A signature. / Histone H2A, C-terminal domain / C-terminus of histone H2A / Histone H2A / Histone 2A / Histone H3 signature 1. / Histone H3 signature 2. / Histone H3 / Zinc finger RING-type profile. / Histone H3/CENP-A / Zinc finger, RING-type / Histone H2A/H2B/H3 / Core histone H2A/H2B/H3/H4 / Histone-fold / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type
類似検索 - ドメイン・相同性
Histone H2B type 1-K / E3 ubiquitin-protein ligase BRE1B / Histone H2A type 1-B/E / Ubiquitin-conjugating enzyme E2 A / Arachidonate 15-lipoxygenase / Histone H3.1 / E3 ubiquitin-protein ligase BRE1A
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.12 Å
データ登録者Ai H / Deng Z / Sun M / Du Y / Pan M / Liu L
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)22137005, 92253302, 22227810, 22277073, 92253302 中国
引用ジャーナル: Mol Cell / 年: 2023
タイトル: Mechanistic insights into nucleosomal H2B monoubiquitylation mediated by yeast Bre1-Rad6 and its human homolog RNF20/RNF40-hRAD6A.
著者: Zhiheng Deng / Huasong Ai / Maoshen Sun / Zebin Tong / Yunxiang Du / Qian Qu / Liying Zhang / Ziyu Xu / Shixian Tao / Qiang Shi / Jia-Bin Li / Man Pan / Lei Liu /
要旨: Histone H2B monoubiquitylation plays essential roles in chromatin-based transcriptional processes. A RING-type E3 ligase (yeast Bre1 or human RNF20/RNF40) and an E2 ubiquitin-conjugating enzyme ...Histone H2B monoubiquitylation plays essential roles in chromatin-based transcriptional processes. A RING-type E3 ligase (yeast Bre1 or human RNF20/RNF40) and an E2 ubiquitin-conjugating enzyme (yeast Rad6 or human hRAD6A), together, precisely deposit ubiquitin on H2B K123 in yeast or K120 in humans. Here, we developed a chemical trapping strategy and successfully captured the transient structures of Bre1- or RNF20/RNF40-mediated ubiquitin transfer from Rad6 or hRAD6A to nucleosomal H2B. Our structures show that Bre1 and RNF40 directly bind nucleosomal DNA, exhibiting a conserved E3/E2/nucleosome interaction pattern from yeast to humans for H2B monoubiquitylation. We also find an uncanonical non-hydrophobic contact in the Bre1 RING-Rad6 interface, which positions Rad6 directly above the target H2B lysine residue. Our study provides mechanistic insights into the site-specific monoubiquitylation of H2B, reveals a critical role of nucleosomal DNA in mediating E3 ligase recognition, and provides a framework for understanding the cancer-driving mutations of RNF20/RNF40.
履歴
登録2023年2月15日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年9月6日-
マップ公開2023年9月6日-
更新2023年9月20日-
現状2023年9月20日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_35383.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_35383.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈3.12 angstrom map
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.074 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.01
最小 - 最大-0.026784563 - 0.060762405
平均 (標準偏差)0.00020260223 (±0.001998662)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 274.944 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: 3.87 angstrom map with intact E2

ファイルemd_35383_additional_1.map
注釈3.87 angstrom map with intact E2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: 3.02 angstrom map

ファイルemd_35383_additional_2.map
注釈3.02 angstrom map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_35383_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_35383_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

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断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : RNF20-RNF40/hRAD6A-Ub in complex with nucleosome

全体名称: RNF20-RNF40/hRAD6A-Ub in complex with nucleosome
要素
  • 複合体: RNF20-RNF40/hRAD6A-Ub in complex with nucleosome
    • タンパク質・ペプチド: Histone H2A type 1-B/E
    • タンパク質・ペプチド: Histone H2B type 1-K
    • タンパク質・ペプチド: Histone H3.1
    • タンパク質・ペプチド: Histone H4
    • タンパク質・ペプチド: Histone H2B type 1-K
    • DNA: DNA (147-MER)
    • DNA: DNA (147-MER)
    • タンパク質・ペプチド: E3 ubiquitin-protein ligase BRE1B
    • タンパク質・ペプチド: E3 ubiquitin-protein ligase BRE1A
    • タンパク質・ペプチド: Ubiquitin-conjugating enzyme E2 A
  • リガンド: ZINC ION

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超分子 #1: RNF20-RNF40/hRAD6A-Ub in complex with nucleosome

超分子名称: RNF20-RNF40/hRAD6A-Ub in complex with nucleosome / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#10
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

+
分子 #1: Histone H2A type 1-B/E

分子名称: Histone H2A type 1-B/E / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 11.936948 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
ARAKAKTRSS RAGLQFPVGR VHRLLRKGNY SERVGAGAPV YLAAVLEYLT AEILELAGNA ARDNKKTRII PRHLQLAIRN DEELNKLLG RVTIAQGGVL PNIQAVLLPK

UniProtKB: Histone H2A type 1-B/E

+
分子 #2: Histone H2B type 1-K

分子名称: Histone H2B type 1-K / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 10.451957 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
RSRKESYSVY VYKVLKQVHP DTGISSKAMG IMNSFVNDIF ERIAGEASRL AHYNKRSTIT SREIQTAVRL LLPGELAKHA VSEGTKAVT CYTSA

UniProtKB: Histone H2B type 1-K

+
分子 #3: Histone H3.1

分子名称: Histone H3.1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 11.562577 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
KPHRYRPGTV ALREIRRYQK STELLIRKLP FQRLVREIAQ DFKTDLRFQS SAVMALQEAC EAYLVGLFED TNLCAIHAKR VTIMPKDIQ LARRIRGER

UniProtKB: Histone H3.1

+
分子 #4: Histone H4

分子名称: Histone H4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 9.123692 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
LRDNIQGITK PAIRRLARRG GVKRISGLIY EETRGVLKVF LENVIRDAVT YTEHAKRKTV TAMDVVYALK RQGRTLYGFG

UniProtKB: Arachidonate 15-lipoxygenase

+
分子 #5: Histone H2B type 1-K

分子名称: Histone H2B type 1-K / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 10.477994 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
RSRKESYSVY VYKVLKQVHP DTGISSKAMG IMNSFVNDIF ERIAGEASRL AHYNKRSTIT SREIQTAVRL LLPGELAKHA VSEGTKAVT KYTSA

UniProtKB: Histone H2B type 1-K

+
分子 #8: E3 ubiquitin-protein ligase BRE1B

分子名称: E3 ubiquitin-protein ligase BRE1B / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: RING-type E3 ubiquitin transferase
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 7.120409 KDa
組換発現生物種: Mammalian expression vector Flag-MCS-pcDNA3.1 (その他)
配列文字列:
EYKARLTCPC CNTRKKDAVL TKCFHVFCFE CVRGRYEARQ RKCPKCNAAF GAHDFHRIYI

UniProtKB: E3 ubiquitin-protein ligase BRE1B

+
分子 #9: E3 ubiquitin-protein ligase BRE1A

分子名称: E3 ubiquitin-protein ligase BRE1A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: RING-type E3 ubiquitin transferase
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 7.14447 KDa
組換発現生物種: Mammalian expression vector Flag-MCS-pcDNA3.1 (その他)
配列文字列:
DYKARLTCPC CNMRKKDAVL TKCFHVFCFE CVKTRYDTRQ RKCPKCNAAF GANDFHRIYI

UniProtKB: E3 ubiquitin-protein ligase BRE1A

+
分子 #10: Ubiquitin-conjugating enzyme E2 A

分子名称: Ubiquitin-conjugating enzyme E2 A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: E2 ubiquitin-conjugating enzyme
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 17.114129 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MSTPARRRLM RDFKRLQEDP PAGVSGAPSE NNIMVWNAVI FGPEGTPFED GTFKLTIEFT EEYPNKPPTV RFVSKMFHPN VYADGSICL DILQNRWSPT YDVSSILTSI QSLLDEPNPN SPANSQAAQL YQENKREYEK RVSAIVEQSW R

UniProtKB: Ubiquitin-conjugating enzyme E2 A

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分子 #6: DNA (147-MER)

分子名称: DNA (147-MER) / タイプ: dna / ID: 6 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 45.604047 KDa
配列文字列: (DA)(DC)(DA)(DG)(DG)(DA)(DT)(DG)(DT)(DA) (DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DC)(DT)(DG)(DA)(DC) (DA)(DC)(DG)(DT)(DG)(DC)(DC)(DT)(DG) (DG)(DA)(DG)(DA)(DC)(DT)(DA)(DG)(DG)(DG) (DA) (DG)(DT)(DA)(DA)(DT) ...文字列:
(DA)(DC)(DA)(DG)(DG)(DA)(DT)(DG)(DT)(DA) (DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DC)(DT)(DG)(DA)(DC) (DA)(DC)(DG)(DT)(DG)(DC)(DC)(DT)(DG) (DG)(DA)(DG)(DA)(DC)(DT)(DA)(DG)(DG)(DG) (DA) (DG)(DT)(DA)(DA)(DT)(DC)(DC)(DC) (DC)(DT)(DT)(DG)(DG)(DC)(DG)(DG)(DT)(DT) (DA)(DA) (DA)(DA)(DC)(DG)(DC)(DG)(DG) (DG)(DG)(DG)(DA)(DC)(DA)(DG)(DC)(DG)(DC) (DG)(DT)(DA) (DC)(DG)(DT)(DG)(DC)(DG) (DT)(DT)(DT)(DA)(DA)(DG)(DC)(DG)(DG)(DT) (DG)(DC)(DT)(DA) (DG)(DA)(DG)(DC)(DT) (DG)(DT)(DC)(DT)(DA)(DC)(DG)(DA)(DC)(DC) (DA)(DA)(DT)(DT)(DG) (DA)(DG)(DC)(DG) (DG)(DC)(DC)(DT)(DC)(DG)(DG)(DC)(DA)(DC) (DC)(DG)(DG)(DG)(DA)(DT) (DT)(DC)(DT) (DC)(DC)(DA)(DG)

+
分子 #7: DNA (147-MER)

分子名称: DNA (147-MER) / タイプ: dna / ID: 7 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 45.145754 KDa
配列文字列: (DC)(DT)(DG)(DG)(DA)(DG)(DA)(DA)(DT)(DC) (DC)(DC)(DG)(DG)(DT)(DG)(DC)(DC)(DG)(DA) (DG)(DG)(DC)(DC)(DG)(DC)(DT)(DC)(DA) (DA)(DT)(DT)(DG)(DG)(DT)(DC)(DG)(DT)(DA) (DG) (DA)(DC)(DA)(DG)(DC) ...文字列:
(DC)(DT)(DG)(DG)(DA)(DG)(DA)(DA)(DT)(DC) (DC)(DC)(DG)(DG)(DT)(DG)(DC)(DC)(DG)(DA) (DG)(DG)(DC)(DC)(DG)(DC)(DT)(DC)(DA) (DA)(DT)(DT)(DG)(DG)(DT)(DC)(DG)(DT)(DA) (DG) (DA)(DC)(DA)(DG)(DC)(DT)(DC)(DT) (DA)(DG)(DC)(DA)(DC)(DC)(DG)(DC)(DT)(DT) (DA)(DA) (DA)(DC)(DG)(DC)(DA)(DC)(DG) (DT)(DA)(DC)(DG)(DC)(DG)(DC)(DT)(DG)(DT) (DC)(DC)(DC) (DC)(DC)(DG)(DC)(DG)(DT) (DT)(DT)(DT)(DA)(DA)(DC)(DC)(DG)(DC)(DC) (DA)(DA)(DG)(DG) (DG)(DG)(DA)(DT)(DT) (DA)(DC)(DT)(DC)(DC)(DC)(DT)(DA)(DG)(DT) (DC)(DT)(DC)(DC)(DA) (DG)(DG)(DC)(DA) (DC)(DG)(DT)(DG)(DT)(DC)(DA)(DG)(DA)(DT) (DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DC) (DA)(DT)(DC) (DC)(DT)(DG)(DT)

+
分子 #11: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 11 / コピー数: 4 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.12 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 239429
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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