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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-35310 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of the yeast SPT-ORM2 (ORM2-S3D) complex | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | ceramide / phosphorylation / TRANSFERASE-INHIBITOR COMPLEX | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 positive regulation of sphingolipid biosynthetic process / 3-keto-sphinganine metabolic process / negative regulation of sphingolipid biosynthetic process / multidimensional cell growth / serine palmitoyltransferase complex / intracellular sphingolipid homeostasis / : / serine C-palmitoyltransferase activity / serine C-palmitoyltransferase / ceramide metabolic process ...positive regulation of sphingolipid biosynthetic process / 3-keto-sphinganine metabolic process / negative regulation of sphingolipid biosynthetic process / multidimensional cell growth / serine palmitoyltransferase complex / intracellular sphingolipid homeostasis / : / serine C-palmitoyltransferase activity / serine C-palmitoyltransferase / ceramide metabolic process / regulation of programmed cell death / sphingosine biosynthetic process / embryo development ending in seed dormancy / sphingolipid biosynthetic process / ceramide biosynthetic process / response to unfolded protein / enzyme activator activity / Neutrophil degranulation / pyridoxal phosphate binding / endoplasmic reticulum membrane / endoplasmic reticulum / identical protein binding / membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å | |||||||||
データ登録者 | Xie T / Gong X | |||||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: Cell Rep / 年: 2024 タイトル: Collaborative regulation of yeast SPT-Orm2 complex by phosphorylation and ceramide. 著者: Tian Xie / Feitong Dong / Gongshe Han / Xinyue Wu / Peng Liu / Zike Zhang / Jianlong Zhong / Somashekarappa Niranjanakumari / Kenneth Gable / Sita D Gupta / Wenchen Liu / Peter J Harrison / ...著者: Tian Xie / Feitong Dong / Gongshe Han / Xinyue Wu / Peng Liu / Zike Zhang / Jianlong Zhong / Somashekarappa Niranjanakumari / Kenneth Gable / Sita D Gupta / Wenchen Liu / Peter J Harrison / Dominic J Campopiano / Teresa M Dunn / Xin Gong / 要旨: The homeostatic regulation of serine palmitoyltransferase (SPT) activity in yeast involves N-terminal phosphorylation of Orm proteins, while higher eukaryotes lack these phosphorylation sites. ...The homeostatic regulation of serine palmitoyltransferase (SPT) activity in yeast involves N-terminal phosphorylation of Orm proteins, while higher eukaryotes lack these phosphorylation sites. Although recent studies have indicated a conserved ceramide-mediated feedback inhibition of the SPT-ORM/ORMDL complex in higher eukaryotes, its conservation and relationship with phosphorylation regulation in yeast remain unclear. Here, we determine the structure of the yeast SPT-Orm2 complex in a dephosphomimetic state and identify an evolutionarily conserved ceramide-sensing site. Ceramide stabilizes the dephosphomimetic Orm2 in an inhibitory conformation, facilitated by an intramolecular β-sheet between the N- and C-terminal segments of Orm2. Moreover, we find that a phosphomimetic mutant of Orm2, positioned adjacent to its intramolecular β-sheet, destabilizes the inhibitory conformation of Orm2. Taken together, our findings suggest that both Orm dephosphorylation and ceramide binding are crucial for suppressing SPT activity in yeast. This highlights a distinctive regulatory mechanism in yeast involving the collaborative actions of phosphorylation and ceramide. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_35310.map.gz | 59.9 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-35310-v30.xml emd-35310.xml | 18.5 KB 18.5 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_35310.png | 66.4 KB | ||
Filedesc metadata | emd-35310.cif.gz | 6.4 KB | ||
その他 | emd_35310_half_map_1.map.gz emd_35310_half_map_2.map.gz | 48.4 MB 48.4 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-35310 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-35310 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_35310_validation.pdf.gz | 895 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_35310_full_validation.pdf.gz | 894.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_35310_validation.xml.gz | 12.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_35310_validation.cif.gz | 14.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-35310 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-35310 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_35310.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.08 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_35310_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_35310_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : SPT-ORM2 complex
全体 | 名称: SPT-ORM2 complex |
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要素 |
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-超分子 #1: SPT-ORM2 complex
超分子 | 名称: SPT-ORM2 complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4 |
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由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) |
-分子 #1: Chimera of Long chain base biosynthesis protein 1 and Serine palm...
分子 | 名称: Chimera of Long chain base biosynthesis protein 1 and Serine palmitoyltransferase 1 タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: serine C-palmitoyltransferase |
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由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: S288C |
分子量 | 理論値: 59.354672 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: MASNLVEMFN AALNWVTMIL ESPSARVVLF GVPIRGHFFV EGLLGVVIII LLTRKSYKPP KRPLTEQEID ELCDEWVPEP LVDPSATDE QSWRVAKTPV TMEMPIQNHI TITRNNLQEK YTNVFNLASN NFLQLSATEP VKEVVKTTIK NYGVGACGPA G FYGNQDVH ...文字列: MASNLVEMFN AALNWVTMIL ESPSARVVLF GVPIRGHFFV EGLLGVVIII LLTRKSYKPP KRPLTEQEID ELCDEWVPEP LVDPSATDE QSWRVAKTPV TMEMPIQNHI TITRNNLQEK YTNVFNLASN NFLQLSATEP VKEVVKTTIK NYGVGACGPA G FYGNQDVH YTLEYDLAQF FGTQGSVLYG QDFCAAPSVL PAFTKRGDVI VADDQVSLPV QNALQLSRST VYYFNHNDMN SL ECLLNEL TEQEKLEKLP AIPRKFIVTE GIFHNSGDLA PLPELTKLKN KYKFRLFVDE TFSIGVLGAT GRGLSEHFNM DRA TAIDIT VGSMATALGS TGGFVLGDSV MCLHQRIGSN AYCFSACLPA YTVTSVSKVL KLMDSNNDAV QTLQKLSKSL HDSF ASDDS LRSYVIVTSS PVSAVLHLQL TPAYRSRKFG YTCEQLFETM SALQKKSQTN KFIEPYEEEE KFLQSIVDHA LINYN VLIT RNTIVLKQET LPIVPSLKIC CNAAMSPEEL KNACESVKQS ILACCQESNK UniProtKB: Long chain base biosynthesis protein 1, Serine palmitoyltransferase 1 |
-分子 #2: Serine palmitoyltransferase 2
分子 | 名称: Serine palmitoyltransferase 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: serine C-palmitoyltransferase |
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由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) |
分子量 | 理論値: 63.189707 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: MSTPANYTRV PLCEPEELPD DIQKENEYGT LDSPGHLYQV KSRHGKPLPE PVVDTPPYYI SLLTYLNYLI LIILGHVHDF LGMTFQKNK HLDLLEHDGL APWFSNFESF YVRRIKMRID DCFSRPTTGV PGRFIRCIDR ISHNINEYFT YSGAVYPCMN L SSYNYLGF ...文字列: MSTPANYTRV PLCEPEELPD DIQKENEYGT LDSPGHLYQV KSRHGKPLPE PVVDTPPYYI SLLTYLNYLI LIILGHVHDF LGMTFQKNK HLDLLEHDGL APWFSNFESF YVRRIKMRID DCFSRPTTGV PGRFIRCIDR ISHNINEYFT YSGAVYPCMN L SSYNYLGF AQSKGQCTDA ALESVDKYSI QSGGPRAQIG TTDLHIKAEK LVARFIGKED ALVFSMGYGT NANLFNAFLD KK CLVISDE LNHTSIRTGV RLSGAAVRTF KHGDMVGLEK LIREQIVLGQ PKTNRPWKKI LICAEGLFSM EGTLCNLPKL VEL KKKYKC YLFIDEAHSI GAMGPTGRGV CEIFGVDPKD VDILMGTFTK SFGAAGGYIA ADQWIIDRLR LDLTTVSYSE SMPA PVLAQ TISSLQTISG EICPGQGTER LQRIAFNSRY LRLALQRLGF IVYGVADSPV IPLLLYCPSK MPAFSRMMLQ RRIAV VVVA YPATPLIESR VRFCMSASLT KEDIDYLLRH VSEVGDKLNL KSNSGKSSYD GKRQRWDIEE VIRRTPEDCK DDKYFV N UniProtKB: Serine palmitoyltransferase 2 |
-分子 #3: Protein ORM2
分子 | 名称: Protein ORM2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: S288C |
分子量 | 理論値: 24.962631 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: MIDRTKNESP AFEESPLTPN VSNLKPFPSQ SNKISTPVTD HRRRRDDDVI SHVEQETFED ENDQQMLPNM NATWVDQRGA WLIHIVVIV LLRLFYSLFG STPKWTWTLT NMTYIIGFYI MFHLVKGTPF DFNGGAYDNL TMWEQINDET LYTPTRKFLL I VPIVLFLI ...文字列: MIDRTKNESP AFEESPLTPN VSNLKPFPSQ SNKISTPVTD HRRRRDDDVI SHVEQETFED ENDQQMLPNM NATWVDQRGA WLIHIVVIV LLRLFYSLFG STPKWTWTLT NMTYIIGFYI MFHLVKGTPF DFNGGAYDNL TMWEQINDET LYTPTRKFLL I VPIVLFLI SNQYYRNDMT LFLSNLAVTV LIGVVPKLGI THRLRISIPG ITGRAQIS UniProtKB: Protein ORM2 |
-分子 #4: Serine palmitoyltransferase-regulating protein TSC3
分子 | 名称: Serine palmitoyltransferase-regulating protein TSC3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) |
分子量 | 理論値: 9.590233 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: MTQHKSSMVY IPTTKEAKRR NGKSEGILNT IEEVVEKLYW TYYIHLPFYL MASFDSFFLH VFFLTIFSLS FFGILKYCFL UniProtKB: Serine palmitoyltransferase-regulating protein TSC3 |
-分子 #5: PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE
分子 | 名称: PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 2 / 式: PLP |
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分子量 | 理論値: 247.142 Da |
Chemical component information | ChemComp-PLP: |
-分子 #6: N-[(2S,3R,4E)-1,3-dihydroxyoctadec-4-en-2-yl]tetracosanamide
分子 | 名称: N-[(2S,3R,4E)-1,3-dihydroxyoctadec-4-en-2-yl]tetracosanamide タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 2 / 式: Z1T |
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分子量 | 理論値: 650.113 Da |
Chemical component information | ChemComp-Z1T: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: NONE |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 155763 |
初期 角度割当 | タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION |
最終 角度割当 | タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION |