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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-35258 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of TLR7/TH-407b complex | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | TLR7 / antagonist / IMMUNE SYSTEM | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 toll-like receptor 7 signaling pathway / response to cGMP / siRNA binding / early phagosome / positive regulation of macrophage cytokine production / pattern recognition receptor activity / toll-like receptor signaling pathway / positive regulation of interferon-alpha production / canonical NF-kappaB signal transduction / positive regulation of chemokine production ...toll-like receptor 7 signaling pathway / response to cGMP / siRNA binding / early phagosome / positive regulation of macrophage cytokine production / pattern recognition receptor activity / toll-like receptor signaling pathway / positive regulation of interferon-alpha production / canonical NF-kappaB signal transduction / positive regulation of chemokine production / JNK cascade / positive regulation of interferon-beta production / positive regulation of interleukin-8 production / regulation of protein phosphorylation / cellular response to virus / cellular response to mechanical stimulus / positive regulation of interleukin-6 production / positive regulation of type II interferon production / positive regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / double-stranded RNA binding / defense response to virus / lysosome / receptor complex / single-stranded RNA binding / endosome / inflammatory response / innate immune response / endoplasmic reticulum / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / metal ion binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Macaca mulatta (アカゲザル) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å | |||||||||
データ登録者 | Zhang Z | |||||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Cryo-EM structure of TLR7/TH-407b complex 著者: Zhang Z / Yin H / Shimizu T | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_35258.map.gz | 28.6 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-35258-v30.xml emd-35258.xml | 13.1 KB 13.1 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_35258.png | 105.8 KB | ||
Filedesc metadata | emd-35258.cif.gz | 5.4 KB | ||
その他 | emd_35258_half_map_1.map.gz emd_35258_half_map_2.map.gz | 22.6 MB 22.6 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-35258 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-35258 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_35258_validation.pdf.gz | 819.6 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_35258_full_validation.pdf.gz | 819.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_35258_validation.xml.gz | 10.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_35258_validation.cif.gz | 12.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-35258 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-35258 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8i96MC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_35258.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 30.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.162 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_35258_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_35258_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : TLR7
全体 | 名称: TLR7 |
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要素 |
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-超分子 #1: TLR7
超分子 | 名称: TLR7 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: Macaca mulatta (アカゲザル) |
-分子 #1: Toll-like receptor 7
分子 | 名称: Toll-like receptor 7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Macaca mulatta (アカゲザル) |
分子量 | 理論値: 94.745594 KDa |
組換発現 | 生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) |
配列 | 文字列: RSPWARWFPK TLPCDVTLDV SKNHVIVDCT DKHLTEIPGG IPTNTTNLTL TINHIPDISP ASFHRLVHLV EIDFRCNCVP IRLGSKSNM CPRRLQIKPR SFSGLTYLKS LYLDGNQLLE IPQGLPPSLQ LLSLEANNIF SIRKEQLTEL ANIEILYLGQ N CYYRNPCY ...文字列: RSPWARWFPK TLPCDVTLDV SKNHVIVDCT DKHLTEIPGG IPTNTTNLTL TINHIPDISP ASFHRLVHLV EIDFRCNCVP IRLGSKSNM CPRRLQIKPR SFSGLTYLKS LYLDGNQLLE IPQGLPPSLQ LLSLEANNIF SIRKEQLTEL ANIEILYLGQ N CYYRNPCY VSYSIEKDAF LNLTKLKVLS LKDNNVTTVP TVLPSTLTEL YLYNNMIAEI QEDDFNNLNQ LQILDLSGNC PR CYNAPFP CTPCKNNSPL QIPVNAFDAL TELKVLRLHS NSLQHVPPRW FKNINNLQEL DLSQNFLAKE IGDAKFLHFL PNL IQLDLS FNFELQVYRA SMNLSQAFSS LKSLKILRIR GYVFKELKSF QLSPLHNLQN LEVLDLGTNF IKIANLSMFK QFKR LKVID LSVNKISPSG DSLVPRGSSN ARTSVESYEP QVLEQLYYFR YDKYARSCRF KNKEASFTSV QESCYKYGQT LDLSK NSIF FIKSSDFQHL SFLKCLNLSG NLISQTLNGS EFQPLAELRY LDFSNNRLDL LHSTAFEELR KLEVLDISSN SHYFQS EGI THMLNFTKNL KVLQKLMMND NDISSSTSRT MESESLRTLE FRGNHLDVLW RDGDNRYLQL FKNLLKLEEL DISKNSL SF LPSGVFDGMP PNLKNLSLAK NGLKSFIWEK LRYLKNLETL DLSHNQLTTV PERLSNCSRS LKNLILKNNQ IRSLTKYF L QDAFQLRYLD LSSNKIQMIQ KTSFPENVLN NLKMLLLHHN RFLCTCDAVW FVWWVQHTEV TIPYLATDVT CVGPGAHKG QSVISLDLYT CELDLTNEFL VPR UniProtKB: Toll-like receptor 7 |
-分子 #2: (1S,3R)-5-[4-(8-nitroquinolin-5-yl)piperazin-1-yl]carbonyladamant...
分子 | 名称: (1S,3R)-5-[4-(8-nitroquinolin-5-yl)piperazin-1-yl]carbonyladamantan-2-one タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 2 / 式: GJX |
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分子量 | 理論値: 434.488 Da |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 4.8 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | TFS KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 57.9 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 1.8 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.84 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: PDB ENTRY PDBモデル - PDB ID: |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 337415 |
初期 角度割当 | タイプ: NOT APPLICABLE |
最終 角度割当 | タイプ: NOT APPLICABLE |