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- EMDB-35202: The cryo-EM structure of OsCyc1 tetramer state -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-35202
タイトルThe cryo-EM structure of OsCyc1 tetramer state
マップデータ
試料
  • 複合体: The cryo-EM structure of OsCyc1 tetramer state
    • タンパク質・ペプチド: Syn-copalyl diphosphate synthase, chloroplastic
キーワードsyn-copalyl diphosphate synthase / labdane-related diterpenoids / oligomer cryo-EM structure / plant defense / PLANT PROTEIN / ISOMERASE
機能・相同性
機能・相同性情報


syn-copalyl-diphosphate synthase / syn-copalyl diphosphate synthase activity / gibberellin biosynthetic process / terpene synthase activity / chloroplast / defense response / magnesium ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Terpene synthase, N-terminal domain / Terpene synthase, N-terminal domain superfamily / Terpene synthase, N-terminal domain / Terpenoid cyclases/protein prenyltransferase alpha-alpha toroid / Isoprenoid synthase domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Syn-copalyl diphosphate synthase, chloroplastic
類似検索 - 構成要素
生物種Oryza sativa Japonica Group (イネ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Ma XL / Xu HF / Tong YR / Luo YF / Dong QH / Jiang T
資金援助1件
OrganizationGrant number国
Not funded
引用ジャーナル: Commun Chem / 年: 2023
タイトル: Structural and functional investigations of syn-copalyl diphosphate synthase from Oryza sativa.
著者: Xiaoli Ma / Haifeng Xu / Yuru Tong / Yunfeng Luo / Qinghua Dong / Tao Jiang /
要旨: The large superfamily of labdane-related diterpenoids is defined by the cyclization of linear geranylgeranyl pyrophosphate (GGPP), catalyzed by copalyl diphosphate synthases (CPSs) to form the basic ...The large superfamily of labdane-related diterpenoids is defined by the cyclization of linear geranylgeranyl pyrophosphate (GGPP), catalyzed by copalyl diphosphate synthases (CPSs) to form the basic decalin core, the copalyl diphosphates (CPPs). Three stereochemically distinct CPPs have been found in plants, namely (+)-CPP, ent-CPP and syn-CPP. Here, we used X-ray crystallography and cryo-EM methods to describe different oligomeric structures of a syn-copalyl diphosphate synthase from Oryza sativa (OsCyc1), and provided a cryo-EM structure of OsCyc1 mutant in complex with the substrate GGPP. Further analysis showed that tetramers are the dominant form of OsCyc1 in solution and are not necessary for enzyme activity in vitro. Through rational design, we identified an OsCyc1 mutant that can generate ent-CPP in addition to syn-CPP. Our work provides a structural and mechanistic basis for comparing different CPSs and paves the way for further enzyme design to obtain diterpene derivatives with specific chirality.
履歴
登録2023年1月29日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年12月6日-
マップ公開2023年12月6日-
更新2023年12月6日-
現状2023年12月6日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_35202.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_35202.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 83.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.07 Å/pix.
x 280 pix.
= 299.6 Å		1.07 Å/pix.
x 280 pix.
= 299.6 Å		1.07 Å/pix.
x 280 pix.
= 299.6 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.07 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0137
最小 - 最大-0.03581431 - 0.065015174
平均 (標準偏差)0.00008610908 (±0.003768239)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ280280280
Spacing280280280
セルA=B=C: 299.6 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : The cryo-EM structure of OsCyc1 tetramer state

全体名称: The cryo-EM structure of OsCyc1 tetramer state
要素
  • 複合体: The cryo-EM structure of OsCyc1 tetramer state
    • タンパク質・ペプチド: Syn-copalyl diphosphate synthase, chloroplastic

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超分子 #1: The cryo-EM structure of OsCyc1 tetramer state

超分子名称: The cryo-EM structure of OsCyc1 tetramer state / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Oryza sativa Japonica Group (イネ)
分子量理論値: 320 KDa

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分子 #1: Syn-copalyl diphosphate synthase, chloroplastic

分子名称: Syn-copalyl diphosphate synthase, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO / EC番号: syn-copalyl-diphosphate synthase
由来(天然)生物種: Oryza sativa Japonica Group (イネ)
分子量理論値: 88.427445 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
配列文字列: MPVFTASFQC VTLFGQPASA ADAQPLLQGQ RPFLHLHARR RRPCGPMLIS KSPPYPASEE TREWEADGQH EHTDELRETT TTMIDGIRT ALRSIGEGEI SISAYDTSLV ALLKRLDGGD GPQFPSTIDW IVQNQLPDGS WGDASFFMMG DRIMSTLACV V ALKSWNIH ...文字列:
MPVFTASFQC VTLFGQPASA ADAQPLLQGQ RPFLHLHARR RRPCGPMLIS KSPPYPASEE TREWEADGQH EHTDELRETT TTMIDGIRT ALRSIGEGEI SISAYDTSLV ALLKRLDGGD GPQFPSTIDW IVQNQLPDGS WGDASFFMMG DRIMSTLACV V ALKSWNIH TDKCERGLLF IQENMWRLAH EEEDWMLVGF EIALPSLLDM AKDLDLDIPY DEPALKAIYA ERERKLAKIP RD VLHSMPT TLLHSLEGMV DLDWEKLLKL RCLDGSFHCS PASTATAFQQ TGDQKCFEYL DGIVKKFNGG VPCIYPLDVY ERL WAVDRL TRLGISRHFT SEIEDCLDYI FRNWTPDGLA HTKNCPVKDI DDTAMGFRLL RLYGYQVDPC VLKKFEKDGK FFCL HGESN PSSVTPMYNT YRASQLKFPG DDGVLGRAEV FCRSFLQDRR GSNRMKDKWA IAKDIPGEVE YAMDYPWKAS LPRIE TRLY LDQYGGSGDV WIGKVLHRMT LFCNDLYLKA AKADFSNFQK ECRVELNGLR RWYLRSNLEK FGGTDPQTTL MTSYFL ASA NIFEANRAAE RLGWARVALL ADAVSSHFRR IGGPKNSTSN LEELISLVPF DDAYSGSLRE AWKQWLMAWT AKESSQE SI EGDTAILLVR AIEIFGGRHV LTGQRPDLWE YSQLEQLTSS ICCKLSRRVL AQENGESTEK VEEIDQQVDL EMQELTRR V LQGCSAINRL TRETFLHVVK SFCYVAYCSP ETIDSHIDKV IFQDVIEFHH HHHH

UniProtKB: Syn-copalyl diphosphate synthase, chloroplastic

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1.8 mg/mL
緩衝液pH: 8
構成要素:
濃度式名称
20.0 mmol/LTrisTris base
200.0 mmol/LNaClsodium chloride
2.0 mmol/LDTTdithiothreitol
5.0 mmol/LMgCl2magnesium chloride

詳細: (20 mM Tris-HCl pH 8.0, 200 mM NaCl, 2 mM DTT, 5 mM MgCl2
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細R 1.2/1.3 Au 300 mesh holey carbon films (Quantifoil Micro Tools)

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
最大 デフォーカス（公称値）: 2.3000000000000003 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 149837
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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