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基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of MsDps2 from Mycobacterium smegmatis | |||||||||
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![]() | MsDps2 / cryo-EM / DNA BINDING PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | ![]() | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å | |||||||||
![]() | Garg P / Dutta S | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Cryo-EM structure of MsDps2 from Mycobacterium smegmatis 著者: Garg P / Dutta S | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | |||
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ヘッダ (付随情報) | ![]() | |||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 19.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 25 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8hx0MC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.74 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
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試料の構成要素
-全体 : Cryo-EM structure of MsDps2 from Mycobacterium Smegmatis
全体 | 名称: Cryo-EM structure of MsDps2 from Mycobacterium Smegmatis |
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要素 |
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-超分子 #1: Cryo-EM structure of MsDps2 from Mycobacterium Smegmatis
超分子 | 名称: Cryo-EM structure of MsDps2 from Mycobacterium Smegmatis タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
-分子 #1: Putative starvation-induced DNA protecting protein/Ferritin and Dps
分子 | 名称: Putative starvation-induced DNA protecting protein/Ferritin and Dps タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 12 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 17.854863 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MSARRTESDI QGFHATPEFG GNLQKVLVDL IELSLQGKQA HWNVVGSNFR DLHLQLDELV DFAREGSDTI AERMRALDAV PDGRSDTVA ATTTLPEFPA FERSTADVVD LITTRINATV DTIRRVHDAV DAEDPSTADL LHGLIDGLEK QAWLIRSENR K V UniProtKB: Starvation-inducible DNA-binding protein or fine tangled pili major subunit |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TALOS ARCTICA |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 40.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.25 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.75 µm |
実験機器 | ![]() モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: PDB ENTRY PDBモデル - PDB ID: |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 98467 |
初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |