+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-35050 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Cryo-EM structure of dehydroepiandrosterone sulfate-bound human ABC transporter ABCC3 in nanodiscs | |||||||||
マップデータ | DHEAS-Bound ABCC3 in nanodiscs | |||||||||
試料 |
| |||||||||
キーワード | ABC transporter / TRANSPORT PROTEIN / multidrug resistance protein / MEMBRANE PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 glucuronoside transmembrane transporter activity / icosanoid transmembrane transporter activity / ABC-type bile acid transporter activity / leukotriene transport / ABC-type glutathione-S-conjugate transporter / ABC-type glutathione S-conjugate transporter activity / ATPase-coupled inorganic anion transmembrane transporter activity / xenobiotic transmembrane transport / ABC-type xenobiotic transporter / Paracetamol ADME ...glucuronoside transmembrane transporter activity / icosanoid transmembrane transporter activity / ABC-type bile acid transporter activity / leukotriene transport / ABC-type glutathione-S-conjugate transporter / ABC-type glutathione S-conjugate transporter activity / ATPase-coupled inorganic anion transmembrane transporter activity / xenobiotic transmembrane transport / ABC-type xenobiotic transporter / Paracetamol ADME / xenobiotic transport / bile acid and bile salt transport / NFE2L2 regulating MDR associated enzymes / ABC-type xenobiotic transporter activity / トランスロカーゼ; 他の化合物の輸送を触媒; ヌクレオシド三リン酸の加水分解に伴う / Aspirin ADME / xenobiotic transmembrane transporter activity / transport across blood-brain barrier / ATPase-coupled transmembrane transporter activity / ABC-type transporter activity / basal plasma membrane / Recycling of bile acids and salts / xenobiotic metabolic process / ABC-family proteins mediated transport / transmembrane transport / basolateral plasma membrane / ATP hydrolysis activity / ATP binding / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.52 Å | |||||||||
データ登録者 | Wang J / Wang FF / Chen YX / Zhou CZ | |||||||||
資金援助 | 中国, 1件
| |||||||||
引用 | ジャーナル: EMBO J / 年: 2023 タイトル: Placing steroid hormones within the human ABCC3 transporter reveals a compatible amphiphilic substrate-binding pocket. 著者: Jie Wang / Xu Li / Fang-Fang Wang / Meng-Ting Cheng / Yao-Xu Mao / Shu-Cheng Fang / Liang Wang / Cong-Zhao Zhou / Wen-Tao Hou / Yuxing Chen / 要旨: The human ABC transporter ABCC3 (also known as MRP3) transports a wide spectrum of substrates, including endogenous metabolites and exogenous drugs. Accordingly, it participates in multiple ...The human ABC transporter ABCC3 (also known as MRP3) transports a wide spectrum of substrates, including endogenous metabolites and exogenous drugs. Accordingly, it participates in multiple physiological processes and is involved in diverse human diseases such as intrahepatic cholestasis of pregnancy, which is caused by the intracellular accumulation of bile acids and estrogens. Here, we report three cryogenic electron microscopy structures of ABCC3: in the apo-form and in complexed forms bound to either the conjugated sex hormones β-estradiol 17-(β-D-glucuronide) and dehydroepiandrosterone sulfate. For both hormones, the steroid nuclei that superimpose against each other occupy the hydrophobic center of the transport cavity, whereas the two conjugation groups are separated and fixed by the hydrophilic patches in two transmembrane domains. Structural analysis combined with site-directed mutagenesis and ATPase activity assays revealed that ABCC3 possesses an amphiphilic substrate-binding pocket able to hold either conjugated hormone in an asymmetric pattern. These data build on consensus features of the substrate-binding pocket of MRPs and provide a structural platform for the rational design of inhibitors. | |||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
添付画像 |
---|
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_35050.map.gz | 59.7 MB | EMDBマップデータ形式 | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | emd-35050-v30.xml emd-35050.xml | 15.9 KB 15.9 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_35050.png | 126.4 KB | ||
Filedesc metadata | emd-35050.cif.gz | 6.5 KB | ||
その他 | emd_35050_half_map_1.map.gz emd_35050_half_map_2.map.gz | 59.5 MB 59.5 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-35050 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-35050 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_35050_validation.pdf.gz | 924.5 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | emd_35050_full_validation.pdf.gz | 924.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_35050_validation.xml.gz | 12.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_35050_validation.cif.gz | 14.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-35050 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-35050 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
---|---|
「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_35050.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | DHEAS-Bound ABCC3 in nanodiscs | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.07 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
|
-添付データ
-ハーフマップ: DHEAS HalfB
ファイル | emd_35050_half_map_1.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | DHEAS_HalfB | ||||||||||||
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: DHEAS HalfA
ファイル | emd_35050_half_map_2.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | DHEAS_HalfA | ||||||||||||
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Human dehydroepiandrosterone sulfate-bound ABC transporter ABCC3 ...
全体 | 名称: Human dehydroepiandrosterone sulfate-bound ABC transporter ABCC3 in nanodiscs |
---|---|
要素 |
|
-超分子 #1: Human dehydroepiandrosterone sulfate-bound ABC transporter ABCC3 ...
超分子 | 名称: Human dehydroepiandrosterone sulfate-bound ABC transporter ABCC3 in nanodiscs タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 169.4 kDa/nm |
-分子 #1: ATP-binding cassette sub-family C member 3
分子 | 名称: ATP-binding cassette sub-family C member 3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO EC番号: トランスロカーゼ; 他の化合物の輸送を触媒; ヌクレオシド三リン酸の加水分解に伴う |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 169.504719 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: MDALCGSGEL GSKFWDSNLS VHTENPDLTP CFQNSLLAWV PCIYLWVALP CYLLYLRHHC RGYIILSHLS KLKMVLGVLL WCVSWADLF YSFHGLVHGR APAPVFFVTP LVVGVTMLLA TLLIQYERLQ GVQSSGVLII FWFLCVVCAI VPFRSKILLA K AEGEISDP ...文字列: MDALCGSGEL GSKFWDSNLS VHTENPDLTP CFQNSLLAWV PCIYLWVALP CYLLYLRHHC RGYIILSHLS KLKMVLGVLL WCVSWADLF YSFHGLVHGR APAPVFFVTP LVVGVTMLLA TLLIQYERLQ GVQSSGVLII FWFLCVVCAI VPFRSKILLA K AEGEISDP FRFTTFYIHF ALVLSALILA CFREKPPFFS AKNVDPNPYP ETSAGFLSRL FFWWFTKMAI YGYRHPLEEK DL WSLKEED RSQMVVQQLL EAWRKQEKQT ARHKASAAPG KNASGEDEVL LGARPRPRKP SFLKALLATF GSSFLISACF KLI QDLLSF INPQLLSILI RFISNPMAPS WWGFLVAGLM FLCSMMQSLI LQHYYHYIFV TGVKFRTGIM GVIYRKALVI TNSV KRAST VGEIVNLMSV DAQRFMDLAP FLNLLWSAPL QIILAIYFLW QNLGPSVLAG VAFMVLLIPL NGAVAVKMRA FQVKQ MKLK DSRIKLMSEI LNGIKVLKLY AWEPSFLKQV EGIRQGELQL LRTAAYLHTT TTFTWMCSPF LVTLITLWVY VYVDPN NVL DAEKAFVSVS LFNILRLPLN MLPQLISNLT QASVSLKRIQ QFLSQEELDP QSVERKTISP GYAITIHSGT FTWAQDL PP TLHSLDIQVP KGALVAVVGP VGCGKSSLVS ALLGEMEKLE GKVHMKGSVA YVPQQAWIQN CTLQENVLFG KALNPKRY Q QTLEACALLA DLEMLPGGDQ TEIGEKGINL SGGQRQRVSL ARAVYSDADI FLLDDPLSAV DSHVAKHIFD HVIGPEGVL AGKTRVLVTH GISFLPQTDF IIVLADGQVS EMGPYPALLQ RNGSFANFLC NYAPDEDQGH LEDSWTALEG AEDKEALLIE DTLSNHTDL TDNDPVTYVV QKQFMRQLSA LSSDGEGQGR PVPRRHLGPS EKVQVTEAKA DGALTQEEKA AIGTVELSVF W DYAKAVGL CTTLAICLLY VGQSAAAIGA NVWLSAWTND AMADSRQNNT SLRLGVYAAL GILQGFLVML AAMAMAAGGI QA ARVLHQA LLHNKIRSPQ SFFDTTPSGR ILNCFSKDIY VVDEVLAPVI LMLLNSFFNA ISTLVVIMAS TPLFTVVILP LAV LYTLVQ RFYAATSRQL KRLESVSRSP IYSHFSETVT GASVIRAYNR SRDFEIISDT KVDANQRSCY PYIISNRWLS IGVE FVGNC VVLFAALFAV IGRSSLNPGL VGLSVSYSLQ VTFALNWMIR MMSDLESNIV AVERVKEYSK TETEAPWVVE GSRPP EGWP PRGEVEFRNY SVRYRPGLDL VLRDLSLHVH GGEKVGIVGR TGAGKSSMTL CLFRILEAAK GEIRIDGLNV ADIGLH DLR SQLTIIPQDP ILFSGTLRMN LDPFGSYSEE DIWWALELSH LHTFVSSQPA GLDFQCSEGG ENLSVGQRQL VCLARAL LR KSRILVLDEA TAAIDLETDN LIQATIRTQF DTCTVLTIAH RLNTIMDYTR VLVLDKGVVA EFDSPANLIA ARGIFYGM A RDAGLA UniProtKB: ATP-binding cassette sub-family C member 3 |
-分子 #2: 17-oxoandrost-5-en-3beta-yl hydrogen sulfate
分子 | 名称: 17-oxoandrost-5-en-3beta-yl hydrogen sulfate / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 2 / 式: ZWY |
---|---|
分子量 | 理論値: 368.488 Da |
Chemical component information | ChemComp-ZWY: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
---|---|
解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 1.85 mg/mL |
---|---|
緩衝液 | pH: 8 |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 281 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
---|---|
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 54.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.5 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: NONE |
---|---|
最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.52 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 240291 |
初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |