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基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of the EvCas9-sgRNA-target DNA ternary complex | |||||||||
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![]() | RNA / DNA / RNA BINDING PROTEIN/RNA/DNA / RNA BINDING PROTEIN-RNA-DNA complex | |||||||||
機能・相同性 | ![]() maintenance of CRISPR repeat elements / endonuclease activity / defense response to virus / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / DNA binding / RNA binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.43 Å | |||||||||
![]() | Tang N / Wu Z / Gao Y / Chen W / Su M / Wang Z / Ji Q | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Cryo-EM structure of the EvCas9-sgRNA-target DNA ternary complex 著者: Tang N / Wu Z / Gao Y / Chen W / Wang Z / Su M / Ji Q | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 203.8 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 18.3 KB 18.3 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 14.3 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 101.5 KB | ||
Filedesc metadata | ![]() | 6.6 KB | ||
その他 | ![]() ![]() | 200.5 MB 200.5 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 777.1 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 776.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 21.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 27.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8hudMC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.82 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_35035_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_35035_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : Ternary complex of EvCas9-sgRNA-dsDNA
全体 | 名称: Ternary complex of EvCas9-sgRNA-dsDNA |
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要素 |
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-超分子 #1: Ternary complex of EvCas9-sgRNA-dsDNA
超分子 | 名称: Ternary complex of EvCas9-sgRNA-dsDNA / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 156.5 KDa |
-分子 #1: CRISPR-associated endonuclease Cas9
分子 | 名称: CRISPR-associated endonuclease Cas9 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO EC番号: 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 131.110531 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MGYTVGLDIG VASVGVAVLD ENDNIVEAVS NIFDEADTSN NKVRRTLREG RRTKRRQKTR IEDFKQLWET SGYIIPHKLH LNIIELRNK GLTELLSLDE LYCVLLSMLK HRGISYLEDA DDGEKGNAYK KGLAFNEKQL KEKMPCEIQL ERMKKYGKYH G EFIIEIND ...文字列: MGYTVGLDIG VASVGVAVLD ENDNIVEAVS NIFDEADTSN NKVRRTLREG RRTKRRQKTR IEDFKQLWET SGYIIPHKLH LNIIELRNK GLTELLSLDE LYCVLLSMLK HRGISYLEDA DDGEKGNAYK KGLAFNEKQL KEKMPCEIQL ERMKKYGKYH G EFIIEIND EKEYQSNVFT TKAYKKELEK IFETQRCNGN KINTKFIKKY MEIYERKREY YIGPGNEKSR TDYGIYTTRT DE EGNFIDE KNIFGKLIGK CSVYPEEYRA SSASYTAQEF NLLNDLNNLK INNEKLTEFQ KKEIVEIIKD ASSVNMRKII KKV IDEDIE QYSGARIDKK GKEIYHTFEI YRKLKKELKT INVDIDSFTR EELDKTMDIL TLNTERESIV KAFDEQKFVY EENL IKKLI EFRKNNQRLF SGWHSFSYKA MLQLIPVMYK EPKEQMQLLT EMNVFKSKKE KYVNYKYIPE NEVVKEIYNP VVVKS IRTT VKILNALIKK YGYPESVVIE MPRDKNSDDE KEKIDMNQKK NQEEYEKILN KIYDEKGIEI TNKDYKKQKK LVLKLK LWN EQEGLCLYSG KKIAIEDLLN HPEFFEIDHI IPKSISLDDS RSNKVLVYKT ENSIKENDTP YHYLTRINGK WGFDEYK AN VLELRRRGKI DDKKVNNLLC MEDITKIDVV KGFINRNLND TRYASRVVLN EMQSFFESRK YCNTKVKVIR GSLTYQMR Q DLHLKKNREE SYSHHAVDAM LIAFSQKGYE AYRKIQKDCY DFETGEILDK EKWNKYIDDD EFDDILYKER MNEIRKKII EAEEKVKYNY KIDKKCNRGL CNQTIYGTRE KDGKIHKISS YNIYDDKECN SLKKMINSGK GSDLLMYNND PKTYRDMLKI LETYSSEKN PFVAYNKETG DYFRKYSKNH NGPKVEKVKY YSGQINSCID ISHKYGHAKN SKKVVLVSLN PYRTDVYYDN D TGKYYLVG VKYNHIKCVG NKYVIDSETY NELLRKEGVL NSDENLEDLN SKNITYKFSL YKNDIIQYEK GGEYYTERFL SR IKEQKNL IETKPINKPN FQRKNKKGEW ENTRNQIALA KTKYVGKLVT DVLGNCYIVN MEKFSLVVDK UniProtKB: CRISPR-associated endonuclease Cas9 |
-分子 #2: sgRNA
分子 | 名称: sgRNA / タイプ: rna / ID: 2 / コピー数: 1 |
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由来(天然) | 生物種: synthetic construct (人工物) |
分子量 | 理論値: 23.97624 KDa |
配列 | 文字列: GGUAAUCGCU CUCCUCCGGC GAUUUUAGUA CCUGAGAAAU CAGAUCUACU AAAACAAGGC UUUAUGCCGA AAUCA |
-分子 #3: Target DNA strand
分子 | 名称: Target DNA strand / タイプ: dna / ID: 3 / コピー数: 1 / 分類: DNA |
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由来(天然) | 生物種: synthetic construct (人工物) |
分子量 | 理論値: 8.641558 KDa |
配列 | 文字列: (DC)(DG)(DC)(DC)(DA)(DC)(DG)(DT)(DC)(DG) (DC)(DC)(DG)(DG)(DA)(DG)(DG)(DA)(DG)(DA) (DG)(DC)(DG)(DA)(DT)(DT)(DA)(DC) |
-分子 #4: Non-target DNA strand
分子 | 名称: Non-target DNA strand / タイプ: dna / ID: 4 / コピー数: 1 / 分類: DNA |
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由来(天然) | 生物種: synthetic construct (人工物) |
分子量 | 理論値: 2.467629 KDa |
配列 | 文字列: (DA)(DC)(DG)(DT)(DG)(DG)(DC)(DG) |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
濃度 | 0.5 mg/mL | |||||||||||||||
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緩衝液 | pH: 7.5 構成要素:
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グリッド | モデル: Homemade / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING / 前処理 - 時間: 30 sec. / 前処理 - 雰囲気: OTHER | |||||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 281.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 16.8 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 1.8 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.2 µm |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |