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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-35018 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of PpPSI-L | |||||||||
マップデータ | Combining three focused refinement maps, smPSI, LHCII and outer LHCI plus Lhcb9 | |||||||||
試料 |
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キーワード | Lhcb9 / PSI / PHOTOSYNTHESIS | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 photosynthesis, light harvesting / chloroplast thylakoid lumen / photosynthesis, light harvesting in photosystem I / photosystem I reaction center / photosystem I / photosystem I / photosystem II / chlorophyll binding / photosynthetic electron transport in photosystem I / chloroplast thylakoid membrane ...photosynthesis, light harvesting / chloroplast thylakoid lumen / photosynthesis, light harvesting in photosystem I / photosystem I reaction center / photosystem I / photosystem I / photosystem II / chlorophyll binding / photosynthetic electron transport in photosystem I / chloroplast thylakoid membrane / response to light stimulus / photosynthesis / chloroplast / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / oxidoreductase activity / electron transfer activity / magnesium ion binding / membrane / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Physcomitrium patens (植物) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.87 Å | |||||||||
データ登録者 | Li M / Pan XW / Sun HY | |||||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Plants / 年: 2023 タイトル: Structural insights into the assembly and energy transfer of the Lhcb9-dependent photosystem I from moss Physcomitrium patens. 著者: Haiyu Sun / Hui Shang / Xiaowei Pan / Mei Li / 要旨: In plants and green algae, light-harvesting complexes I and II (LHCI and LHCII) constitute the antennae of photosystem I (PSI), thus effectively increasing the cross-section of the PSI core. The moss ...In plants and green algae, light-harvesting complexes I and II (LHCI and LHCII) constitute the antennae of photosystem I (PSI), thus effectively increasing the cross-section of the PSI core. The moss Physcomitrium patens (P. patens) represents a well-studied primary land-dwelling photosynthetic autotroph branching from the common ancestor of green algae and land plants at the early stage of evolution. P. patens possesses at least three types of PSI with different antenna sizes. The largest PSI form (PpPSI-L) exhibits a unique organization found neither in flowering plants nor in algae. Its formation is mediated by the P. patens-specific LHC protein, Lhcb9. While previous studies have revealed the overall architecture of PpPSI-L, its assembly details and the relationship between different PpPSI types remain unclear. Here we report the high-resolution structure of PpPSI-L. We identified 14 PSI core subunits, one Lhcb9, one phosphorylated LHCII trimer and eight LHCI monomers arranged as two belts. Our structural analysis established the essential role of Lhcb9 and the phosphorylated LHCII in stabilizing the complex. In addition, our results suggest that PpPSI switches between different types, which share identical modules. This feature may contribute to the dynamic adjustment of the light-harvesting capability of PSI under different light conditions. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_35018.map.gz | 5.4 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-35018-v30.xml emd-35018.xml | 36 KB 36 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_35018.png | 140.9 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-35018 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-35018 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_35018_validation.pdf.gz | 433.6 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_35018_full_validation.pdf.gz | 433.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_35018_validation.xml.gz | 6.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_35018_validation.cif.gz | 7.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-35018 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-35018 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8htuMC C: 同じ文献を引用 (文献) M: このマップから作成された原子モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_35018.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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注釈 | Combining three focused refinement maps, smPSI, LHCII and outer LHCI plus Lhcb9 | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.04 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-試料の構成要素
+全体 : photosystem I from Physcomitrium patens
+超分子 #1: photosystem I from Physcomitrium patens
+分子 #1: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
+分子 #2: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
+分子 #3: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
+分子 #4: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
+分子 #5: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
+分子 #6: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1
+分子 #7: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2
+分子 #8: Photosystem I iron-sulfur center
+分子 #9: Photosystem I reaction center subunit II, chloroplastic
+分子 #10: Photosystem I reaction center subunit IV, chloroplastic
+分子 #11: Photosystem I reaction center subunit III
+分子 #12: Photosystem I reaction center subunit V, chloroplastic
+分子 #13: Photosystem I reaction center subunit VI, chloroplastic
+分子 #14: Photosystem I reaction center subunit VIII
+分子 #15: Photosystem I reaction center subunit IX
+分子 #16: Photosystem I subunit X
+分子 #17: PSI subunit V
+分子 #18: Photosystem I reaction center subunit XII
+分子 #19: Photosystem I subunit O
+分子 #20: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
+分子 #21: CHLOROPHYLL B
+分子 #22: CHLOROPHYLL A
+分子 #23: (3R,3'R,6S)-4,5-DIDEHYDRO-5,6-DIHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL
+分子 #24: (3S,5R,6S,3'S,5'R,6'S)-5,6,5',6'-DIEPOXY-5,6,5',6'- TETRAHYDRO-BE...
+分子 #25: (1R,3R)-6-{(3E,5E,7E,9E,11E,13E,15E,17E)-18-[(1S,4R,6R)-4-HYDROXY...
+分子 #26: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE
+分子 #27: BETA-CAROTENE
+分子 #28: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE
+分子 #29: PHYLLOQUINONE
+分子 #30: IRON/SULFUR CLUSTER
+分子 #31: DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE
+分子 #32: DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)
+分子 #33: water
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 6.5 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 平均電子線量: 60.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: OTHER |
電子光学系 | 照射モード: OTHER / 撮影モード: OTHER / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.5 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: PDB ENTRY PDBモデル - PDB ID: 詳細: 5ZJI 7D0J |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.87 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 144586 |
初期 角度割当 | タイプ: PROJECTION MATCHING |
最終 角度割当 | タイプ: PROJECTION MATCHING |