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基本情報
登録情報 | ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||
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タイトル | Bry-LHCII homotrimer of Bryopsis corticulans | ||||||||||||||||||||||||||||||
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![]() | light-harvesting complexes / siphonaxanthin / siphonein / PHOTOSYNTHESIS | ||||||||||||||||||||||||||||||
生物種 | ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.55 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||
![]() | Li ZH / Shen JR / Wang WD | ||||||||||||||||||||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structural and functional properties of different types of siphonous LHCII trimers from an intertidal green alga Bryopsis corticulans. 著者: Zhenhua Li / Cuicui Zhou / Songhao Zhao / Jinyang Zhang / Xueyang Liu / Min Sang / Xiaochun Qin / Yanyan Yang / Guangye Han / Tingyun Kuang / Jian-Ren Shen / Wenda Wang / ![]() ![]() 要旨: Light-harvesting complexes of photosystem II (LHCIIs) in green algae and plants are vital antenna apparatus for light harvesting, energy transfer, and photoprotection. Here we determined the ...Light-harvesting complexes of photosystem II (LHCIIs) in green algae and plants are vital antenna apparatus for light harvesting, energy transfer, and photoprotection. Here we determined the structure of a siphonous-type LHCII trimer from the intertidal green alga Bryopsis corticulans by X-ray crystallography and cryo-electron microscopy (cryo-EM), and analyzed its functional properties by spectral analysis. The Bryopsis LHCII (Bry-LHCII) structures in both homotrimeric and heterotrimeric form show that green light-absorbing siphonaxanthin and siphonein occupied the sites of lutein and violaxanthin in plant LHCII, and two extra chlorophylls (Chls) b replaced Chls a. Binding of these pigments expands the blue-green light absorption of B. corticulans in the tidal zone. We observed differences between the Bry-LHCII homotrimer crystal and cryo-EM structures, and also between Bry-LHCII homotrimer and heterotrimer cryo-EM structures. These conformational changes may reflect the flexibility of Bry-LHCII, which may be required to adapt to light fluctuations from tidal rhythms. | ||||||||||||||||||||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 32.3 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 17.1 KB 17.1 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 8.4 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 125.8 KB | ||
Filedesc metadata | ![]() | 5.6 KB | ||
その他 | ![]() ![]() | 59.5 MB 59.5 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 720 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 719.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 16.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 20.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.04 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_34883_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_34883_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : Bryopsis corticulans chlorophyll a/b-type light-harvesting comple...
全体 | 名称: Bryopsis corticulans chlorophyll a/b-type light-harvesting complex II homotrimer |
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要素 |
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-超分子 #1: Bryopsis corticulans chlorophyll a/b-type light-harvesting comple...
超分子 | 名称: Bryopsis corticulans chlorophyll a/b-type light-harvesting complex II homotrimer タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
-分子 #1: Siphonaxanthin chlorophyll a/b binding light-harvesting complex I...
分子 | 名称: Siphonaxanthin chlorophyll a/b binding light-harvesting complex II, Bry-Lhcb1 タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 26.696133 KDa |
配列 | 文字列: MASAMIAQTV VGAQAARATK QVTRAAVEFY GPDRALWLGP YSEGAVPSYL TGEFPGDYGW DSAGLSADPE TFAANRELEL IHARWAMLG TVGCLTPEAL EKYGGVEFGE AVWFKAGSQI FAEGGLDYLG NPSLVHAQSI LAICWTQVVL MGLAEGYRCS G GPLGEATD ...文字列: MASAMIAQTV VGAQAARATK QVTRAAVEFY GPDRALWLGP YSEGAVPSYL TGEFPGDYGW DSAGLSADPE TFAANRELEL IHARWAMLG TVGCLTPEAL EKYGGVEFGE AVWFKAGSQI FAEGGLDYLG NPSLVHAQSI LAICWTQVVL MGLAEGYRCS G GPLGEATD PLYPGEAFDP MGMADDPETF AELKTKEIKN GRLAMFAMFG FFVQSLQTGK GPVECWAEHI ADPVANNGFV YA TKFFGAQ IF |
-分子 #2: Siphonein
分子 | 名称: Siphonein / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 3 / 式: 0UR |
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分子量 | 理論値: 781.157 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-0UR: |
-分子 #3: Siphonaxanthin
分子 | 名称: Siphonaxanthin / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 6 / 式: 0IE |
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分子量 | 理論値: 600.87 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-0IE: |
-分子 #4: (1R,3R)-6-{(3E,5E,7E,9E,11E,13E,15E,17E)-18-[(1S,4R,6R)-4-HYDROXY...
分子 | 名称: (1R,3R)-6-{(3E,5E,7E,9E,11E,13E,15E,17E)-18-[(1S,4R,6R)-4-HYDROXY-2,2,6-TRIMETHYL-7-OXABICYCLO[4.1.0]HEPT-1-YL]-3,7,12,16-TETRAMETHYLOCTADECA-1,3,5,7,9,11,13,15,17-NONAENYLIDENE}-1,5,5- ...名称: (1R,3R)-6-{(3E,5E,7E,9E,11E,13E,15E,17E)-18-[(1S,4R,6R)-4-HYDROXY-2,2,6-TRIMETHYL-7-OXABICYCLO[4.1.0]HEPT-1-YL]-3,7,12,16-TETRAMETHYLOCTADECA-1,3,5,7,9,11,13,15,17-NONAENYLIDENE}-1,5,5-TRIMETHYLCYCLOHEXANE-1,3-DIOL タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 3 / 式: NEX |
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分子量 | 理論値: 600.87 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-NEX: |
-分子 #5: CHLOROPHYLL B
分子 | 名称: CHLOROPHYLL B / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 24 / 式: CHL |
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分子量 | 理論値: 907.472 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-CHL: |
-分子 #6: CHLOROPHYLL A
分子 | 名称: CHLOROPHYLL A / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 18 / 式: CLA |
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分子量 | 理論値: 893.489 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-CLA: |
-分子 #7: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE
分子 | 名称: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 3 / 式: LHG |
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分子量 | 理論値: 722.97 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-LHG: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
緩衝液 | pH: 7.8 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 60.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |