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万見
- EMDB-34745: The EREG-bound EGFR/HER2 ectodomain complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-34745
タイトルThe EREG-bound EGFR/HER2 ectodomain complex
マップデータ
試料
  • 複合体: EREG-bound EGFR/HER2 ectodomain complex
    • タンパク質・ペプチド: Receptor tyrosine-protein kinase erbB-2
    • タンパク質・ペプチド: Epidermal growth factor receptor
    • タンパク質・ペプチド: Proepiregulin
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
キーワードMEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


luteinizing hormone signaling pathway / ovarian cumulus expansion / ovulation / ERBB4-ERBB4 signaling pathway / negative regulation of smooth muscle cell differentiation / negative regulation of immature T cell proliferation in thymus / ERBB3:ERBB2 complex / ERBB2-ERBB4 signaling pathway / GRB7 events in ERBB2 signaling / primary follicle stage ...luteinizing hormone signaling pathway / ovarian cumulus expansion / ovulation / ERBB4-ERBB4 signaling pathway / negative regulation of smooth muscle cell differentiation / negative regulation of immature T cell proliferation in thymus / ERBB3:ERBB2 complex / ERBB2-ERBB4 signaling pathway / GRB7 events in ERBB2 signaling / primary follicle stage / immature T cell proliferation in thymus / RNA polymerase I core binding / semaphorin receptor complex / female meiotic nuclear division / PI3K events in ERBB4 signaling / transmembrane receptor protein tyrosine kinase activator activity / regulation of microtubule-based process / ErbB-3 class receptor binding / motor neuron axon guidance / Sema4D induced cell migration and growth-cone collapse / positive regulation of innate immune response / mRNA transcription / oocyte maturation / multivesicular body, internal vesicle lumen / negative regulation of cardiocyte differentiation / Shc-EGFR complex / epidermal growth factor receptor binding / positive regulation of protein kinase C signaling / Inhibition of Signaling by Overexpressed EGFR / epidermal growth factor receptor activity / EGFR interacts with phospholipase C-gamma / regulation of peptidyl-tyrosine phosphorylation / epidermal growth factor binding / response to UV-A / PLCG1 events in ERBB2 signaling / ERBB2-EGFR signaling pathway / morphogenesis of an epithelial fold / PTK6 promotes HIF1A stabilization / neurotransmitter receptor localization to postsynaptic specialization membrane / ERBB2 Activates PTK6 Signaling / digestive tract morphogenesis / enzyme-linked receptor protein signaling pathway / neuromuscular junction development / Signaling by EGFR / ERBB2-ERBB3 signaling pathway / positive regulation of Rho protein signal transduction / Drug-mediated inhibition of ERBB2 signaling / Resistance of ERBB2 KD mutants to trastuzumab / Resistance of ERBB2 KD mutants to sapitinib / Resistance of ERBB2 KD mutants to tesevatinib / Resistance of ERBB2 KD mutants to neratinib / Resistance of ERBB2 KD mutants to osimertinib / Resistance of ERBB2 KD mutants to afatinib / Resistance of ERBB2 KD mutants to AEE788 / Resistance of ERBB2 KD mutants to lapatinib / Drug resistance in ERBB2 TMD/JMD mutants / intracellular vesicle / eyelid development in camera-type eye / negative regulation of epidermal growth factor receptor signaling pathway / positive regulation of transcription by RNA polymerase I / positive regulation of MAP kinase activity / cerebral cortex cell migration / protein insertion into membrane / ERBB2 Regulates Cell Motility / positive regulation of protein kinase activity / semaphorin-plexin signaling pathway / oligodendrocyte differentiation / protein tyrosine kinase activator activity / Respiratory syncytial virus (RSV) attachment and entry / positive regulation of cell division / Signaling by ERBB4 / PI3K events in ERBB2 signaling / keratinocyte proliferation / positive regulation of phosphorylation / positive regulation of peptidyl-serine phosphorylation / anatomical structure morphogenesis / SHC1 events in ERBB4 signaling / Estrogen-dependent nuclear events downstream of ESR-membrane signaling / positive regulation of protein targeting to membrane / hair follicle development / MAP kinase kinase kinase activity / GAB1 signalosome / regulation of angiogenesis / positive regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / embryonic placenta development / regulation of ERK1 and ERK2 cascade / Schwann cell development / salivary gland morphogenesis / Nuclear signaling by ERBB4 / Downregulation of ERBB2:ERBB3 signaling / coreceptor activity / keratinocyte differentiation / Signaling by ERBB2 / GRB2 events in EGFR signaling / TFAP2 (AP-2) family regulates transcription of growth factors and their receptors / SHC1 events in EGFR signaling / myelination / transmembrane receptor protein tyrosine kinase activity / EGFR Transactivation by Gastrin / positive regulation of smooth muscle cell proliferation
類似検索 - 分子機能
: / Epidermal growth factor receptor transmembrane-juxtamembrane segment / Tyrosine protein kinase, EGF/ERB/XmrK receptor / Growth factor receptor domain 4 / Growth factor receptor domain IV / Receptor L-domain / Furin-like cysteine-rich domain / Receptor L-domain superfamily / Furin-like cysteine rich region / Receptor L domain ...: / Epidermal growth factor receptor transmembrane-juxtamembrane segment / Tyrosine protein kinase, EGF/ERB/XmrK receptor / Growth factor receptor domain 4 / Growth factor receptor domain IV / Receptor L-domain / Furin-like cysteine-rich domain / Receptor L-domain superfamily / Furin-like cysteine rich region / Receptor L domain / Furin-like repeat / Furin-like repeats / EGF-like domain profile. / Growth factor receptor cysteine-rich domain superfamily / EGF-like domain signature 1. / EGF-like domain signature 2. / : / EGF-like domain / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Tyrosine-protein kinase, active site / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Proepiregulin / Epidermal growth factor receptor / Receptor tyrosine-protein kinase erbB-2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.53 Å
データ登録者Zhang Z / Bai X
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32171201 中国
引用ジャーナル: Cell Discov / 年: 2023
タイトル: Structure and dynamics of the EGFR/HER2 heterodimer.
著者: Xue Bai / Pengyu Sun / Xinghao Wang / Changkun Long / Shuyun Liao / Song Dang / Shangshang Zhuang / Yongtao Du / Xinyi Zhang / Nan Li / Kangmin He / Zhe Zhang /
要旨: HER2 belongs to the human epidermal growth factor receptor tyrosine kinase family. Its overexpression or hyperactivation is a leading cause for multiple types of cancers. HER2 functions mainly ...HER2 belongs to the human epidermal growth factor receptor tyrosine kinase family. Its overexpression or hyperactivation is a leading cause for multiple types of cancers. HER2 functions mainly through dimerization with other family members, such as EGFR. However, the molecular details for heterodimer assembly have not been completely understood. Here, we report cryo-EM structures of the EGF- and epiregulin-bound EGFR/HER2 ectodomain complexes at resolutions of 3.3 Å and 4.5 Å, respectively. Together with the functional analyses, we demonstrate that only the dimerization arm of HER2, but not that of EGFR, is essential for their heterodimer formation and signal transduction. Moreover, we analyze the differential membrane dynamics and transient interactions of endogenous EGFR and HER2 molecules in genome-edited cells using single-molecule live-cell imaging. Furthermore, we show that the interaction with HER2 could allow EGFR to resist endocytosis. Together, this work deepens our understanding of the unique structural properties and dynamics of the EGFR/HER2 complex.
履歴
登録2022年11月15日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年2月8日-
マップ公開2023年2月8日-
更新2024年11月13日-
現状2024年11月13日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_34745.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 216 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.07 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.145
最小 - 最大-0.0023730097 - 2.046671
平均 (標準偏差)0.00044889157 (±0.016060742)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ384384384
Spacing384384384
セルA=B=C: 410.88 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : EREG-bound EGFR/HER2 ectodomain complex

全体名称: EREG-bound EGFR/HER2 ectodomain complex
要素
  • 複合体: EREG-bound EGFR/HER2 ectodomain complex
    • タンパク質・ペプチド: Receptor tyrosine-protein kinase erbB-2
    • タンパク質・ペプチド: Epidermal growth factor receptor
    • タンパク質・ペプチド: Proepiregulin
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: EREG-bound EGFR/HER2 ectodomain complex

超分子名称: EREG-bound EGFR/HER2 ectodomain complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 200 KDa

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分子 #1: Receptor tyrosine-protein kinase erbB-2

分子名称: Receptor tyrosine-protein kinase erbB-2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: receptor protein-tyrosine kinase
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 82.149758 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MELAALCRWG LLLALLPPGA ASTQVCTGTD MKLRLPASPE THLDMLRHLY QGCQVVQGNL ELTYLPTNAS LSFLQDIQEV QGYVLIAHN QVRQVPLQRL RIVRGTQLFE DNYALAVLDN GDPLNNTTPV TGASPGGLRE LQLRSLTEIL KGGVLIQRNP Q LCYQDTIL ...文字列:
MELAALCRWG LLLALLPPGA ASTQVCTGTD MKLRLPASPE THLDMLRHLY QGCQVVQGNL ELTYLPTNAS LSFLQDIQEV QGYVLIAHN QVRQVPLQRL RIVRGTQLFE DNYALAVLDN GDPLNNTTPV TGASPGGLRE LQLRSLTEIL KGGVLIQRNP Q LCYQDTIL WKDIFHKNNQ LALTLIDTNR SRACHPCSPM CKGSRCWGES SEDCQSLTRT VCAGGCARCK GPLPTDCCHE QC AAGCTGP KHSDCLACLH FNHSGICELH CPALVTYNTD TFESMPNPEG RYTFGASCVT ACPYNYLSTD VGSCTLVCPL HNQ EVTAED GTQRCEKCSK PCARVCYGLG MEHLREVRAV TSANIQEFAG CKKIFGSLAF LPESFDGDPA SNTAPLQPEQ LQVF ETLEE ITGYLYISAW PDSLPDLSVF QNLQVIRGRI LHNGAYSLTL QGLGISWLGL RSLRELGSGL ALIHHNTHLC FVHTV PWDQ LFRNPHQALL HTANRPEDEC VGEGLACHQL CARGHCWGPG PTQCVNCSQF LRGQECVEEC RVLQGLPREY VNARHC LPC HPECQPQNGS VTCFGPEADQ CVACAHYKDP PFCVARCPSG VKPDLSYMPI WKFPDEEGAC QPCPINCTHS CVDLDDK GC PAEQRASPLT SIISAVVGIL LVVVLGVVFG ILIKRRQQKI RKYTMRRLLQ EGGSENLYFQ GGGSAQLEKE LQALEKEN A QLEWELQALE KELAQSNSLE VLFQ

UniProtKB: Receptor tyrosine-protein kinase erbB-2

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分子 #2: Epidermal growth factor receptor

分子名称: Epidermal growth factor receptor / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: receptor protein-tyrosine kinase
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 81.075297 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MRPSGTAGAA LLALLAALCP ASRALEEKKV CQGTSNKLTQ LGTFEDHFLS LQRMFNNCEV VLGNLEITYV QRNYDLSFLK TIQEVAGYV LIALNTVERI PLENLQIIRG NMYYENSYAL AVLSNYDANK TGLKELPMRN LQEILHGAVR FSNNPALCNV E SIQWRDIV ...文字列:
MRPSGTAGAA LLALLAALCP ASRALEEKKV CQGTSNKLTQ LGTFEDHFLS LQRMFNNCEV VLGNLEITYV QRNYDLSFLK TIQEVAGYV LIALNTVERI PLENLQIIRG NMYYENSYAL AVLSNYDANK TGLKELPMRN LQEILHGAVR FSNNPALCNV E SIQWRDIV SSDFLSNMSM DFQNHLGSCQ KCDPSCPNGS CWGAGEENCQ KLTKIICAQQ CSGRCRGKSP SDCCHNQCAA GC TGPRESD CLVCRKFRDE ATCKDTCPPL MLYNPTTYQM DVNPEGKYSF GATCVKKCPR NYVVTDHGSC VRACGADSYE MEE DGVRKC KKCEGPCRKV CNGIGIGEFK DSLSINATNI KHFKNCTSIS GDLHILPVAF RGDSFTHTPP LDPQELDILK TVKE ITGFL LIQAWPENRT DLHAFENLEI IRGRTKQHGQ FSLAVVSLNI TSLGLRSLKE ISDGDVIISG NKNLCYANTI NWKKL FGTS GQKTKIISNR GENSCKATGQ VCHALCSPEG CWGPEPRDCV SCRNVSRGRE CVDKCNLLEG EPREFVENSE CIQCHP ECL PQAMNITCTG RGPDNCIQCA HYIDGPHCVK TCPAGVMGEN NTLVWKYADA GHVCHLCHPN CTYGCTGPGL EGCPTNG PK IPSIATGMVG ALLLLLVVAL GIGLFMRRRH IVRKRTLRRL LGGSENLYFQ GGGSAAQLKK KLQALKKKNA QLKWKLQA L KKKLAQSNSL EVLFQ

UniProtKB: Epidermal growth factor receptor

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分子 #3: Proepiregulin

分子名称: Proepiregulin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 5.57841 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
VAQVSITKCS SDMNGYCLHG QCIYLVDMSQ NYCRCEVGYT GVRCEHFFL

UniProtKB: Proepiregulin

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分子 #6: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 2 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度4.2 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 60.8 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.53 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 273388
初期 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT
得られたモデル

PDB-8hgp:
The EREG-bound EGFR/HER2 ectodomain complex

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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