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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-34740 | |||||||||
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タイトル | Toxascaris leonina galectin (Tl-gal) and Human T-cell immunoglobulin mucin-3 (Tim3) complex | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | Tl-gal / T-cell immunoglobulin mucin-3 / Tim3 / complex / IMMUNE SYSTEM | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 regulation of tolerance induction dependent upon immune response / negative regulation of interleukin-3 production / negative regulation of granulocyte colony-stimulating factor production / negative regulation of T-helper 1 type immune response / negative regulation of myeloid dendritic cell activation / Interleukin-2 family signaling / negative regulation of interferon-alpha production / negative regulation of defense response to bacterium / negative regulation of natural killer cell mediated cytotoxicity directed against tumor cell target / toll-like receptor 7 signaling pathway ...regulation of tolerance induction dependent upon immune response / negative regulation of interleukin-3 production / negative regulation of granulocyte colony-stimulating factor production / negative regulation of T-helper 1 type immune response / negative regulation of myeloid dendritic cell activation / Interleukin-2 family signaling / negative regulation of interferon-alpha production / negative regulation of defense response to bacterium / negative regulation of natural killer cell mediated cytotoxicity directed against tumor cell target / toll-like receptor 7 signaling pathway / natural killer cell tolerance induction / negative regulation of natural killer cell activation / positive regulation of defense response to bacterium / galactoside binding / negative regulation of immunological synapse formation / positive regulation of interleukin-1 production / toll-like receptor 3 signaling pathway / negative regulation of T cell activation via T cell receptor contact with antigen bound to MHC molecule on antigen presenting cell / toll-like receptor 9 signaling pathway / mediator complex / macrophage activation involved in immune response / positive regulation of macrophage activation / anchoring junction / negative regulation of NF-kappaB transcription factor activity / negative regulation of interleukin-2 production / positive regulation of interleukin-4 production / negative regulation of interleukin-6 production / negative regulation of tumor necrosis factor production / negative regulation of type II interferon production / immunological synapse / maternal process involved in female pregnancy / negative regulation of T cell proliferation / positive regulation of chemokine production / positive regulation of T cell proliferation / positive regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / positive regulation of type II interferon production / positive regulation of tumor necrosis factor production / carbohydrate binding / cellular response to lipopolysaccharide / adaptive immune response / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / early endosome / defense response to Gram-positive bacterium / inflammatory response / membrane raft / negative regulation of gene expression / innate immune response / regulation of transcription by RNA polymerase II / cell surface / metal ion binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Toxascaris leonina (ゆうえんかいちゅう) / Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.82 Å | |||||||||
データ登録者 | Han CW / Jang SB | |||||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Toxascaris leonina galectin (Tl-gal) and Human T-cell immunoglobulin mucin-3 (Tim3) complex 著者: Han CW / Jang SB | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_34740.map.gz | 590 KB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-34740-v30.xml emd-34740.xml | 17.1 KB 17.1 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_34740_fsc.xml | 4.4 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_34740.png | 13.3 KB | ||
Filedesc metadata | emd-34740.cif.gz | 5.3 KB | ||
その他 | emd_34740_additional_1.map.gz emd_34740_half_map_1.map.gz emd_34740_half_map_2.map.gz | 3.6 MB 3.5 MB 3.5 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-34740 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-34740 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_34740_validation.pdf.gz | 601.4 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_34740_full_validation.pdf.gz | 600.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_34740_validation.xml.gz | 9.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_34740_validation.cif.gz | 11.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-34740 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-34740 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8hgjMC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_34740.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 638.7 KB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.144 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-追加マップ: #1
ファイル | emd_34740_additional_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_34740_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_34740_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Toxascaris leonina galectin (Tl-gal) and Human T-cell immunoglobu...
全体 | 名称: Toxascaris leonina galectin (Tl-gal) and Human T-cell immunoglobulin mucin-3 (Tim3) complex |
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要素 |
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-超分子 #1: Toxascaris leonina galectin (Tl-gal) and Human T-cell immunoglobu...
超分子 | 名称: Toxascaris leonina galectin (Tl-gal) and Human T-cell immunoglobulin mucin-3 (Tim3) complex タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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分子量 | 理論値: 480 KDa |
-超分子 #2: Galectin
超分子 | 名称: Galectin / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: Toxascaris leonina (ゆうえんかいちゅう) |
-超分子 #3: Hepatitis A virus cellular receptor 2
超分子 | 名称: Hepatitis A virus cellular receptor 2 / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-分子 #1: Galectin
分子 | 名称: Galectin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Toxascaris leonina (ゆうえんかいちゅう) |
分子量 | 理論値: 31.495289 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: MATETNYPVP YRSKLTEPFE PGQTLIIKGK TAEDSVRFTI NLHNTSADFS GNDVPLHISV RFDEGKIVFN TFSKGEWGKE ERKSNPYKK GDDIDIRIRA HDSKFSISVD QKEVKEYEHR VPLSSVTHFS VDGDILITYI HWGGKYYPVP YESGLAGDGL A PGKSLLIF ...文字列: MATETNYPVP YRSKLTEPFE PGQTLIIKGK TAEDSVRFTI NLHNTSADFS GNDVPLHISV RFDEGKIVFN TFSKGEWGKE ERKSNPYKK GDDIDIRIRA HDSKFSISVD QKEVKEYEHR VPLSSVTHFS VDGDILITYI HWGGKYYPVP YESGLAGDGL A PGKSLLIF ATPEKKGKRF HINLLKKNGD IALHFNPRFD EKAIVRNSLI SGEWGNEERE GKNPLEKGIG CDLEFRNEEY AF QIYVDGE RFATYAHRLD PHDINGLQIG GDVEVTGIQM V UniProtKB: Galectin |
-分子 #2: Hepatitis A virus cellular receptor 2
分子 | 名称: Hepatitis A virus cellular receptor 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 12.08181 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: VEYRAEVGQN AYLPCFYTPA APGNLVPVCW GKGACPVFEC GNVVLRTDER DVNYWTSRYW LNGDFRKGDV SLTIENVTLA DSGIYCCRI QIPGIMNDEK FNLKLVIK UniProtKB: Hepatitis A virus cellular receptor 2 |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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グリッド | モデル: Quantifoil R2/2 / 材質: GOLD / メッシュ: 200 |
凍結 | 凍結剤: NITROGEN |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | TFS GLACIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) 平均電子線量: 39.99 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: DARK FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): -1.8 µm / 最小 デフォーカス(公称値): -3.0 µm |