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- EMDB-34731: The structure of MPXV polymerase holoenzyme in replicating state -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-34731
タイトルThe structure of MPXV polymerase holoenzyme in replicating state
マップデータ
試料
  • 複合体: MPXV DNA polymerase holoenzyme
    • タンパク質・ペプチド: DNA polymerase
    • タンパク質・ペプチド: E4R
    • タンパク質・ペプチド: DNA polymerase processivity factor component A20
    • DNA: DNA (25-MER)
    • DNA: DNA (38-MER)
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE
キーワードMPXV / Polymerase / Replication / REPLICATION-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


viral DNA genome replication / uracil DNA N-glycosylase activity / nucleotide-excision repair, DNA gap filling / DNA replication proofreading / 3'-5'-DNA exonuclease activity / SOS response / base-excision repair, gap-filling / DNA recombination / DNA replication / DNA-directed DNA polymerase ...viral DNA genome replication / uracil DNA N-glycosylase activity / nucleotide-excision repair, DNA gap filling / DNA replication proofreading / 3'-5'-DNA exonuclease activity / SOS response / base-excision repair, gap-filling / DNA recombination / DNA replication / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity / DNA repair / nucleotide binding / DNA binding
類似検索 - 分子機能
DNA-directed DNA polymerase, family B, viral insert domain / DNA polymerase B exonuclease, N-terminal / DNA polymerase family B viral insert / DNA polymerase family B exonuclease domain, N-terminal / Chordopoxvirus A20R / Chordopoxvirus A20R protein / Uracil-DNA glycosylase, active site / Uracil-DNA glycosylase signature. / Uracil-DNA glycosylase-like domain superfamily / DNA polymerase family B signature. ...DNA-directed DNA polymerase, family B, viral insert domain / DNA polymerase B exonuclease, N-terminal / DNA polymerase family B viral insert / DNA polymerase family B exonuclease domain, N-terminal / Chordopoxvirus A20R / Chordopoxvirus A20R protein / Uracil-DNA glycosylase, active site / Uracil-DNA glycosylase signature. / Uracil-DNA glycosylase-like domain superfamily / DNA polymerase family B signature. / DNA-directed DNA polymerase, family B, conserved site / DNA polymerase family B / DNA polymerase family B, exonuclease domain / DNA-directed DNA polymerase, family B, exonuclease domain / DNA-directed DNA polymerase, family B, multifunctional domain / DNA polymerase, palm domain superfamily / DNA polymerase type-B family / DNA-directed DNA polymerase, family B / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / DNA/RNA polymerase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA polymerase / DNA polymerase processivity factor / Uracil-DNA glycosylase
類似検索 - 構成要素
生物種Monkeypox virus (サル痘ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Peng Q / Xie YF / Kuai L / Wang H / Qi JX / Gao F / Shi Y
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: Science / 年: 2023
タイトル: Structure of monkeypox virus DNA polymerase holoenzyme.
著者: Qi Peng / Yufeng Xie / Lu Kuai / Han Wang / Jianxun Qi / George F Gao / Yi Shi /
要旨: The World Health Organization declared mpox (or monkeypox) a public health emergency of international concern in July 2022, and prophylactic and therapeutic measures are in urgent need. The monkeypox ...The World Health Organization declared mpox (or monkeypox) a public health emergency of international concern in July 2022, and prophylactic and therapeutic measures are in urgent need. The monkeypox virus (MPXV) has its own DNA polymerase F8, together with the processive cofactors A22 and E4, constituting the polymerase holoenzyme for genome replication. Here, we determined the holoenzyme structure in complex with DNA using cryo-electron microscopy at the global resolution of ~2.8 angstroms. The holoenzyme possesses an architecture that suggests a "forward sliding clamp" processivity mechanism for viral DNA replication. MPXV polymerase has a DNA binding mode similar to that of other B-family DNA polymerases from different species. These findings reveal the mechanism of the MPXV genome replication and may guide the development of anti-poxvirus drugs.
履歴
登録2022年11月13日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年12月21日-
マップ公開2022年12月21日-
更新2024年5月29日-
現状2024年5月29日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_34731.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_34731.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.85 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.04
最小 - 最大-0.001720313 - 2.002257
平均 (標準偏差)0.0016582693 (±0.030028842)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 272.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_34731_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_34731_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : MPXV DNA polymerase holoenzyme

全体名称: MPXV DNA polymerase holoenzyme
要素
  • 複合体: MPXV DNA polymerase holoenzyme
    • タンパク質・ペプチド: DNA polymerase
    • タンパク質・ペプチド: E4R
    • タンパク質・ペプチド: DNA polymerase processivity factor component A20
    • DNA: DNA (25-MER)
    • DNA: DNA (38-MER)
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE

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超分子 #1: MPXV DNA polymerase holoenzyme

超分子名称: MPXV DNA polymerase holoenzyme / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#5
由来(天然)生物種: Monkeypox virus (サル痘ウイルス)

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分子 #1: DNA polymerase

分子名称: DNA polymerase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA-directed DNA polymerase
由来(天然)生物種: Monkeypox virus (サル痘ウイルス)
分子量理論値: 119.939062 KDa
組換発現生物種: Spodoptera (蝶・蛾)
配列文字列: MWSHPQFEKG SGSWSHPQFE KGSGSMDVRC INWFESHGEN RFLYLKSRCR NGETVFIRFP HYFYYVVTDE IYQSLSPPPF NARPMGKMR TIDIDETISY NLDIKDRKCS VADMWLIEEP KKRSIQNATM DEFFNISWFY ISNGISPDGC YSLDEQYLTK I NNGCYHCD ...文字列:
MWSHPQFEKG SGSWSHPQFE KGSGSMDVRC INWFESHGEN RFLYLKSRCR NGETVFIRFP HYFYYVVTDE IYQSLSPPPF NARPMGKMR TIDIDETISY NLDIKDRKCS VADMWLIEEP KKRSIQNATM DEFFNISWFY ISNGISPDGC YSLDEQYLTK I NNGCYHCD DPRNCFAKEI PRFDIPRSYL FLDIECHFDK KFPSVFINPI SHTSYCYIDL SGKRLLFTLI NEEMLTEQEI QE AVDRGCL RIQSLMEMDY ERELVLCSEI VLLRIAKQLL ELTFDYVVTF NGHNFDLRYI TNRLELLTGE KIIFRSPDKK EAV HLCIYE RNQSSHKGVC GMANTTFHVN NNNGTIFFDL YSFIQKSEKL DSYKLDSISK NAFSCMGKVL NRGVREMTFI GDDT TDAKG KADTFAKVLT TGNYVTVDED IICKVIRKDI LENGFKVVLS CPTLPNDIYK LSFGKDDIDL AQMYKDYNLN IALDM ARYC IHDACLCQYL WEYYGVETKT DAGAATYVLP QSMVFEYRAS TIIKGPLLKL LLETKTILVR SETKQKFPYE GGKVFA PKQ KMFSNNVLIF DYNSLYPNVC IFGNLSPETL VGVVVSTNRL EEEINNQLLL QKYPPPRYIT VHCEPRLPNL ISEIAIF DR SIEGTIPRLL RTFLAERARY KKMLKQATSS TEKAIYDSMQ YTYKIVANSV YGLMGFRNSA LYSYASAKSC TSIGRRMI L YLESVLNGAE LSNGMLRFAN TLSNPFYMDD RDINPIVKTS LPIDYRFRFR SVYGDTDSVF TEIDSQDVDK SIEIAKELE RLINSRVLFN NFKIEFEAVY KNLIMQSKKK YTTMKYSASS NSKSVPERIN KGTSETRRDV SKFHKNMIKT YKTRLSEMLS EGRMNSNQV CIDILRSLET DLRSEFDSRS SPLELFMLSR MHHSNYKSAD NPNMYLVTEY NKNNPETIEL GERYYFAYIC P ANVPWTKK LVNIKTYETI IDRSFKLGSN QRIFYEVYFK RLTSEIVNLL DNKVLCISFF QRMFGSRPTF YEA

UniProtKB: DNA polymerase

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分子 #2: E4R

分子名称: E4R / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: uracil-DNA glycosylase
由来(天然)生物種: Monkeypox virus (サル痘ウイルス)
分子量理論値: 25.107742 KDa
組換発現生物種: Spodoptera (蝶・蛾)
配列文字列: MNSVTISHAP YTITYHDDWE PVMSQLVEFY NEVASWLLRD ETSPIPDKFF IQLKQPLRNK RVCVCGIDPY PKDGTGVPFE SPNFTKKSI KEIASSISRL TGVIDYKGYN LNIIDGVIPW NYYLSCKLGE TKSHAIYWDK ISKLLLQHIT KHVSVLYCLG K TDFSNIRA ...文字列:
MNSVTISHAP YTITYHDDWE PVMSQLVEFY NEVASWLLRD ETSPIPDKFF IQLKQPLRNK RVCVCGIDPY PKDGTGVPFE SPNFTKKSI KEIASSISRL TGVIDYKGYN LNIIDGVIPW NYYLSCKLGE TKSHAIYWDK ISKLLLQHIT KHVSVLYCLG K TDFSNIRA KLESPVTTIV GYHPAARDHQ FEKDRSFEII NVLLELDNKT PINWAQGFIY

UniProtKB: Uracil-DNA glycosylase

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分子 #3: DNA polymerase processivity factor component A20

分子名称: DNA polymerase processivity factor component A20 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Monkeypox virus (サル痘ウイルス)
分子量理論値: 49.203926 KDa
組換発現生物種: Spodoptera (蝶・蛾)
配列文字列: MTSSADLTNL KELLSLYKSL RFSDSVAIEK YNSLVEWGTS TYWKIGVQKV TNVETSISDY YDEVKNKPFN IDPGYYIFLP VYFGSVFIY SKGKNMVELG SGNSFQIPDE IRSACNKVLD SDNGIDFLRF VLLNNRWIME DAISKYQSPV NIFKLASEYG L NIPNYLEI ...文字列:
MTSSADLTNL KELLSLYKSL RFSDSVAIEK YNSLVEWGTS TYWKIGVQKV TNVETSISDY YDEVKNKPFN IDPGYYIFLP VYFGSVFIY SKGKNMVELG SGNSFQIPDE IRSACNKVLD SDNGIDFLRF VLLNNRWIME DAISKYQSPV NIFKLASEYG L NIPNYLEI EIEEDTLFDD ELYSIMERSF DDTFPKISIS YIKLGELKRQ VVDFFKFSFM YIESIKVDRI GDNIFIPSVI TK SGKKILV KDVDHLIRSK VREHTFVKVK KKNTFSILYD YDGNGTETRG EVIKRIIDTI GRDYYVNGKY FSKVGIAGLK QLT NKLDIN ECATVDELVD EINKSGTVKR KIKNQSVFDL SRECLGYPEA DFITLVNNMR FKIENCKVVN FNIENTNCLN NPSI ETIYG NFNQFVSIFN TVTDVKKRLF E

UniProtKB: DNA polymerase processivity factor

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分子 #4: DNA (25-MER)

分子名称: DNA (25-MER) / タイプ: dna / ID: 4 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Monkeypox virus (サル痘ウイルス)
分子量理論値: 7.681985 KDa
配列文字列:
(DA)(DG)(DC)(DT)(DA)(DT)(DG)(DA)(DC)(DC) (DA)(DT)(DG)(DA)(DT)(DT)(DA)(DC)(DG)(DA) (DA)(DT)(DT)(DG)(DC)

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分子 #5: DNA (38-MER)

分子名称: DNA (38-MER) / タイプ: dna / ID: 5 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Monkeypox virus (サル痘ウイルス)
分子量理論値: 11.677539 KDa
配列文字列:
(DC)(DT)(DG)(DC)(DA)(DC)(DG)(DA)(DA)(DT) (DT)(DA)(DA)(DG)(DC)(DA)(DA)(DT)(DT)(DC) (DG)(DT)(DA)(DA)(DT)(DC)(DA)(DT)(DG) (DG)(DT)(DC)(DA)(DT)(DA)(DG)(DC)(DT)

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分子 #6: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 1 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

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分子 #7: THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE

分子名称: THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 1 / 式: TTP
分子量理論値: 482.168 Da
Chemical component information

ChemComp-TTP:
THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE / dTTP

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 43819
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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