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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-34710 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of WeiTsing | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | Pentamer / Channel / MEMBRANE PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | membrane / Transmembrane protein 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.14 Å | |||||||||
データ登録者 | Qin L / Tang LH / Chen YH | |||||||||
資金援助 | 中国, 2件
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引用 | ジャーナル: Cell / 年: 2023 タイトル: WeiTsing, a pericycle-expressed ion channel, safeguards the stele to confer clubroot resistance. 著者: Wei Wang / Li Qin / Wenjing Zhang / Linghui Tang / Chao Zhang / Xiaojing Dong / Pei Miao / Meng Shen / Huilong Du / Hangyuan Cheng / Ke Wang / Xiangyun Zhang / Min Su / Hongwei Lu / Chang Li ...著者: Wei Wang / Li Qin / Wenjing Zhang / Linghui Tang / Chao Zhang / Xiaojing Dong / Pei Miao / Meng Shen / Huilong Du / Hangyuan Cheng / Ke Wang / Xiangyun Zhang / Min Su / Hongwei Lu / Chang Li / Qiang Gao / Xiaojuan Zhang / Yun Huang / Chengzhi Liang / Jian-Min Zhou / Yu-Hang Chen / 要旨: Plant roots encounter numerous pathogenic microbes that often cause devastating diseases. One such pathogen, Plasmodiophora brassicae (Pb), causes clubroot disease and severe yield losses on ...Plant roots encounter numerous pathogenic microbes that often cause devastating diseases. One such pathogen, Plasmodiophora brassicae (Pb), causes clubroot disease and severe yield losses on cruciferous crops worldwide. Here, we report the isolation and characterization of WeiTsing (WTS), a broad-spectrum clubroot resistance gene from Arabidopsis. WTS is transcriptionally activated in the pericycle upon Pb infection to prevent pathogen colonization in the stele. Brassica napus carrying the WTS transgene displayed strong resistance to Pb. WTS encodes a small protein localized in the endoplasmic reticulum (ER), and its expression in plants induces immune responses. The cryoelectron microscopy (cryo-EM) structure of WTS revealed a previously unknown pentameric architecture with a central pore. Electrophysiology analyses demonstrated that WTS is a calcium-permeable cation-selective channel. Structure-guided mutagenesis indicated that channel activity is strictly required for triggering defenses. The findings uncover an ion channel analogous to resistosomes that triggers immune signaling in the pericycle. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_34710.map.gz | 30.4 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-34710-v30.xml emd-34710.xml | 14.9 KB 14.9 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_34710.png | 48.3 KB | ||
Filedesc metadata | emd-34710.cif.gz | 5.3 KB | ||
その他 | emd_34710_half_map_1.map.gz emd_34710_half_map_2.map.gz | 45.5 MB 48.5 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-34710 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-34710 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_34710_validation.pdf.gz | 707.2 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_34710_full_validation.pdf.gz | 706.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_34710_validation.xml.gz | 12.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_34710_validation.cif.gz | 14.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-34710 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-34710 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8hf2MC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_34710.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 56.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.06 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_34710_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_34710_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : WeiTsing
全体 | 名称: WeiTsing |
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要素 |
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-超分子 #1: WeiTsing
超分子 | 名称: WeiTsing / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) |
-分子 #1: PRA1 family protein
分子 | 名称: PRA1 family protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 5 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) |
分子量 | 理論値: 16.00399 KDa |
組換発現 | 生物種: Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) |
配列 | 文字列: METVSAVNQT LPISGGEPVK FTTYSAAVHK VLVMVNAGIL GLLQLVSQQS SVLETHKAAF LCFCVFILFY AVLRVREAMD VRLQPGLVP RLIGHGSHLF GGLAALVLVS VVSTAFSIVL FLLWFIWLSA VVYLETNKPS ACPPQLPPV UniProtKB: Transmembrane protein |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 2.5 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 8 |
グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.2 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: INSILICO MODEL |
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最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C5 (5回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.14 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.2) / 使用した粒子像数: 117360 |
初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |