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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-34608 | |||||||||
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タイトル | NARROW LEAF 1-open from Japonica | |||||||||
マップデータ | Protein NARROW LEAF 1-Open from Japonica Density Map by cryo-EM. | |||||||||
試料 |
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キーワード | Rice / panicle shape / photosynthetic efficiency / auxin transport / SURFACTANT PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | stem vascular tissue pattern formation / internode patterning / regulation of leaf development / leaf vascular tissue pattern formation / Peptidase S1, PA clan / nucleoplasm / cytoplasm / Protein NARROW LEAF 1 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Oryza sativa Japonica Group (イネ) / Oryza sativa subsp. japonica (イネ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.03 Å | |||||||||
データ登録者 | Zhang SJ / He YJ / Wang N / Zhang WJ / Liu CM | |||||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: NARROW LEAF 1-open from Japonica 著者: Zhang SJ / He YJ / Wang N / Zhang WJ / Liu CM | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_34608.map.gz | 28.8 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-34608-v30.xml emd-34608.xml | 17.3 KB 17.3 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_34608.png | 37.7 KB | ||
マスクデータ | emd_34608_msk_1.map | 30.5 MB | マスクマップ | |
Filedesc metadata | emd-34608.cif.gz | 6.1 KB | ||
その他 | emd_34608_half_map_1.map.gz emd_34608_half_map_2.map.gz | 28.3 MB 28.3 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-34608 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-34608 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_34608_validation.pdf.gz | 905.7 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_34608_full_validation.pdf.gz | 905.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_34608_validation.xml.gz | 10.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_34608_validation.cif.gz | 12.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-34608 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-34608 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8hatMC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_34608.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 30.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Protein NARROW LEAF 1-Open from Japonica Density Map by cryo-EM. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.0738 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_34608_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Protein NARROW LEAF 1-Open from Japonica Half Map B by cryo-EM.
ファイル | emd_34608_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Protein NARROW LEAF 1-Open from Japonica Half Map B by cryo-EM. | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Protein NARROW LEAF 1-Open from Japonica Half Map A by cryo-EM.
ファイル | emd_34608_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Protein NARROW LEAF 1-Open from Japonica Half Map A by cryo-EM. | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : NARROW LEAF 1-open from Japonica
全体 | 名称: NARROW LEAF 1-open from Japonica |
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要素 |
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-超分子 #1: NARROW LEAF 1-open from Japonica
超分子 | 名称: NARROW LEAF 1-open from Japonica / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Oryza sativa Japonica Group (イネ) |
分子量 | 理論値: 379.51 kDa/nm |
-分子 #1: Protein NARROW LEAF 1
分子 | 名称: Protein NARROW LEAF 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Oryza sativa subsp. japonica (イネ) |
分子量 | 理論値: 44.683582 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) |
配列 | 文字列: SAAYFLWPTS NLQHCAAEGR ANYFGNLQKG LLPRHPGRLP KGQQANSLLD LMTIRAFHSK ILRRFSLGTA VGFRIRKGDL TDIPAILVF VARKVHKKWL NPAQCLPAIL EGPGGVWCDV DVVEFSYYGA PAQTPKEQMF SELVDKLCGS DECIGSGSQV A SHETFGTL ...文字列: SAAYFLWPTS NLQHCAAEGR ANYFGNLQKG LLPRHPGRLP KGQQANSLLD LMTIRAFHSK ILRRFSLGTA VGFRIRKGDL TDIPAILVF VARKVHKKWL NPAQCLPAIL EGPGGVWCDV DVVEFSYYGA PAQTPKEQMF SELVDKLCGS DECIGSGSQV A SHETFGTL GAIVKRRTGN KQVGFLTNHH VAVDLDYPNQ KMFHPLPPNL GPGVYLGAVE RATSFITDDV WYGIYAGTNP ET FVRADGA FIPFADDFDI STVTTVVRGV GDIGDVKVID LQCPLNSLIG RQVCKVGRSS GHTTGTVMAY ALEYNDEKGI CFF TDILVV GENRQTFDLE GDSGSLIILT SQDGEKPRPI GIIWGGTANR GRLKLTSDHG PENWTSGVDL GRLLDRLELD IIIT NESLQ DAVQ UniProtKB: Protein NARROW LEAF 1 |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 2.0 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 8 |
グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR / 詳細: The grid was coated with gold prior to use |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: Vitrification carried out in Ethane. |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 実像数: 3770 / 平均露光時間: 0.972 sec. / 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 最大 デフォーカス(補正後): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(補正後): 1.0 µm / 倍率(補正後): 22500 / 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm / 倍率(公称値): 22500 |
試料ステージ | ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
+画像解析
-原子モデル構築 1
詳細 | Initial local fitting was done using ChimeraX |
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精密化 | 空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL / 温度因子: 130.8 |
得られたモデル | PDB-8hat: |