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万見
- EMDB-34585: Molecular recognition of two endogenous hormones by the human par... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-34585
タイトルMolecular recognition of two endogenous hormones by the human parathyroid hormone receptor-1
マップデータ
試料
  • 複合体: PTH-PTHR G protein complex
    • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein g(s) subunit alpha
    • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
    • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
    • タンパク質・ペプチド: Nanobody 35
    • タンパク質・ペプチド: Parathyroid hormone
    • タンパク質・ペプチド: Parathyroid hormone/parathyroid hormone-related peptide receptor
  • リガンド: CHOLESTEROL
  • リガンド: PALMITIC ACID
キーワードPTH1R / GPCR / LIPID BINDING PROTEIN-HORMONE-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


type 1 parathyroid hormone receptor binding / parathyroid hormone receptor binding / negative regulation of bone mineralization involved in bone maturation / positive regulation of osteoclast proliferation / negative regulation of apoptotic process in bone marrow cell / response to parathyroid hormone / parathyroid hormone receptor activity / hormone-mediated apoptotic signaling pathway / positive regulation of cell proliferation in bone marrow / magnesium ion homeostasis ...type 1 parathyroid hormone receptor binding / parathyroid hormone receptor binding / negative regulation of bone mineralization involved in bone maturation / positive regulation of osteoclast proliferation / negative regulation of apoptotic process in bone marrow cell / response to parathyroid hormone / parathyroid hormone receptor activity / hormone-mediated apoptotic signaling pathway / positive regulation of cell proliferation in bone marrow / magnesium ion homeostasis / positive regulation of signal transduction / macromolecule biosynthetic process / response to fibroblast growth factor / phosphate ion homeostasis / cAMP metabolic process / response to vitamin D / G-protein activation / Activation of the phototransduction cascade / Glucagon-type ligand receptors / Thromboxane signalling through TP receptor / Sensory perception of sweet, bitter, and umami (glutamate) taste / G beta:gamma signalling through PI3Kgamma / G beta:gamma signalling through CDC42 / Cooperation of PDCL (PhLP1) and TRiC/CCT in G-protein beta folding / Activation of G protein gated Potassium channels / Inhibition of voltage gated Ca2+ channels via Gbeta/gamma subunits / Ca2+ pathway / G alpha (z) signalling events / G protein-coupled peptide receptor activity / Vasopressin regulates renal water homeostasis via Aquaporins / Glucagon-like Peptide-1 (GLP1) regulates insulin secretion / Adrenaline,noradrenaline inhibits insulin secretion / ADP signalling through P2Y purinoceptor 12 / G alpha (q) signalling events / negative regulation of chondrocyte differentiation / Class B/2 (Secretin family receptors) / G alpha (i) signalling events / Thrombin signalling through proteinase activated receptors (PARs) / Activation of G protein gated Potassium channels / G-protein activation / G beta:gamma signalling through PI3Kgamma / Prostacyclin signalling through prostacyclin receptor / G beta:gamma signalling through PLC beta / ADP signalling through P2Y purinoceptor 1 / Thromboxane signalling through TP receptor / Presynaptic function of Kainate receptors / G beta:gamma signalling through CDC42 / Inhibition of voltage gated Ca2+ channels via Gbeta/gamma subunits / Glucagon-type ligand receptors / Adrenaline,noradrenaline inhibits insulin secretion / G alpha (12/13) signalling events / G beta:gamma signalling through BTK / alkylglycerophosphoethanolamine phosphodiesterase activity / ADP signalling through P2Y purinoceptor 12 / Cooperation of PDCL (PhLP1) and TRiC/CCT in G-protein beta folding / osteoblast development / Thrombin signalling through proteinase activated receptors (PARs) / Ca2+ pathway / G alpha (z) signalling events / Extra-nuclear estrogen signaling / G alpha (s) signalling events / G alpha (q) signalling events / peptide hormone receptor binding / positive regulation of inositol phosphate biosynthetic process / photoreceptor outer segment membrane / G alpha (i) signalling events / Glucagon-like Peptide-1 (GLP1) regulates insulin secretion / spectrin binding / Vasopressin regulates renal water homeostasis via Aquaporins / bone mineralization / peptide hormone binding / G protein-coupled receptor signaling pathway, coupled to cyclic nucleotide second messenger / Rho protein signal transduction / : / photoreceptor outer segment / positive regulation of glycogen biosynthetic process / chondrocyte differentiation / positive regulation of bone mineralization / response to cadmium ion / cell maturation / homeostasis of number of cells within a tissue / bone resorption / cardiac muscle cell apoptotic process / photoreceptor inner segment / skeletal system development / positive regulation of glucose import / response to lead ion / adenylate cyclase-modulating G protein-coupled receptor signaling pathway / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / hormone activity / intracellular calcium ion homeostasis / cellular response to catecholamine stimulus / sensory perception of taste / adenylate cyclase-activating dopamine receptor signaling pathway / cellular response to prostaglandin E stimulus / G-protein beta-subunit binding / : / heterotrimeric G-protein complex / signaling receptor complex adaptor activity / GTPase binding
類似検索 - 分子機能
Parathyroid hormone / Parathyroid hormone/parathyroid hormone-related protein / Parathyroid hormone family / Parathyroid hormone family signature. / Parathyroid hormone / GPCR, family 2, parathyroid hormone receptor / G-protein coupled receptors family 2 signature 1. / Hormone receptor domain / GPCR, family 2, extracellular hormone receptor domain / G-protein coupled receptors family 2 profile 1. ...Parathyroid hormone / Parathyroid hormone/parathyroid hormone-related protein / Parathyroid hormone family / Parathyroid hormone family signature. / Parathyroid hormone / GPCR, family 2, parathyroid hormone receptor / G-protein coupled receptors family 2 signature 1. / Hormone receptor domain / GPCR, family 2, extracellular hormone receptor domain / G-protein coupled receptors family 2 profile 1. / Domain present in hormone receptors / GPCR family 2, extracellular hormone receptor domain superfamily / G-protein coupled receptors family 2 signature 2. / GPCR, family 2, secretin-like, conserved site / GPCR, family 2, secretin-like / 7 transmembrane receptor (Secretin family) / GPCR, family 2-like / G-protein coupled receptors family 2 profile 2. / G-protein, gamma subunit / G-protein gamma subunit domain profile. / GGL domain / G-protein gamma-like domain superfamily / G-protein gamma-like domain / GGL domain / G protein gamma subunit-like motifs / Guanine nucleotide-binding protein, beta subunit / G-protein, beta subunit / G-protein beta WD-40 repeat / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD domain, G-beta repeat / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Parathyroid hormone / Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1 / Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2 / Parathyroid hormone/parathyroid hormone-related peptide receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / Bos taurus (ウシ) / Rattus norvegicus (ドブネズミ) / synthetic construct (人工物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.62 Å
データ登録者Zhao L / Xu HE / Yuan Q
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32071203 中国
引用ジャーナル: Acta Pharmacol Sin / 年: 2023
タイトル: Molecular recognition of two endogenous hormones by the human parathyroid hormone receptor-1.
著者: Li-Hua Zhao / Qing-Ning Yuan / An-Tao Dai / Xin-Heng He / Chuan-Wei Chen / Chao Zhang / You-Wei Xu / Yan Zhou / Ming-Wei Wang / De-Hua Yang / H Eric Xu /
要旨: Parathyroid hormone (PTH) and PTH-related peptide (PTHrP) are two endogenous hormones recognized by PTH receptor-1 (PTH1R), a member of class B G protein- coupled receptors (GPCRs). Both PTH and ...Parathyroid hormone (PTH) and PTH-related peptide (PTHrP) are two endogenous hormones recognized by PTH receptor-1 (PTH1R), a member of class B G protein- coupled receptors (GPCRs). Both PTH and PTHrP analogs including teriparatide and abaloparatide are approved drugs for osteoporosis, but they exhibit distinct pharmacology. Here we report two cryo-EM structures of human PTH1R bound to PTH and PTHrP in the G protein-bound state at resolutions of 2.62 Å and 3.25 Å, respectively. Detailed analysis of these structures uncovers both common and unique features for the agonism of PTH and PTHrP. Molecular dynamics (MD) simulation together with site-directed mutagenesis studies reveal the molecular basis of endogenous hormones recognition specificity and selectivity to PTH1R. These results provide a rational template for the clinical use of PTH and PTHrP analogs as an anabolic therapy for osteoporosis and other disorders.
履歴
登録2022年10月26日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年12月21日-
マップ公開2022年12月21日-
更新2023年5月31日-
現状2023年5月31日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_34585.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_34585.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.824 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.056
最小 - 最大-0.023217916 - 1.7133456
平均 (標準偏差)0.0017196612 (±0.026163995)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 247.2 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_34585_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_34585_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_34585_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : PTH-PTHR G protein complex

全体名称: PTH-PTHR G protein complex
要素
  • 複合体: PTH-PTHR G protein complex
    • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein g(s) subunit alpha
    • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
    • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
    • タンパク質・ペプチド: Nanobody 35
    • タンパク質・ペプチド: Parathyroid hormone
    • タンパク質・ペプチド: Parathyroid hormone/parathyroid hormone-related peptide receptor
  • リガンド: CHOLESTEROL
  • リガンド: PALMITIC ACID

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超分子 #1: PTH-PTHR G protein complex

超分子名称: PTH-PTHR G protein complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#6
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Guanine nucleotide-binding protein g(s) subunit alpha

分子名称: Guanine nucleotide-binding protein g(s) subunit alpha
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ)
分子量理論値: 41.879465 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MGCTLSAEDK AAVERSKMIE KQLQKDKQVY RATHRLLLLG ADNSGKSTIV KQMRIYHVNG YSEEECKQYK AVVYSNTIQS IIAIIRAMG RLKIDFGDSA RADDARQLFV LAGAAEEGFM TAELAGVIKR LWKDSGVQAC FNRSREYQLN DSAAYYLNDL D RIAQPNYI ...文字列:
MGCTLSAEDK AAVERSKMIE KQLQKDKQVY RATHRLLLLG ADNSGKSTIV KQMRIYHVNG YSEEECKQYK AVVYSNTIQS IIAIIRAMG RLKIDFGDSA RADDARQLFV LAGAAEEGFM TAELAGVIKR LWKDSGVQAC FNRSREYQLN DSAAYYLNDL D RIAQPNYI PTQQDVLRTR VKTSGIFETK FQVDKVNFHM FDVGAQRDER RKWIQCFNDV TAIIFVVDSS DYNRLQEALN DF KSIWNNR WLRTISVILF LNKQDLLAEK VLAGKSKIED YFPEFARYTT PEDATPEPGE DPRVTRAKYF IRDEFLRIST ASG DGRHYC YPHFTCSVDT ENARRIFNDC RDIIQRMHLR QYELL

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分子 #2: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1

分子名称: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rattus norvegicus (ドブネズミ)
分子量理論値: 43.70675 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MHHHHHHSSG LVPRGSHMAS HHHHHHHHHH GSLLQSELDQ LRQEAEQLKN QIRDARKACA DATLSQITNN IDPVGRIQMR TRRTLRGHL AKIYAMHWGT DSRLLVSASQ DGKLIIWDSY TTNKVHAIPL RSSWVMTCAY APSGNYVACG GLDNICSIYN L KTREGNVR ...文字列:
MHHHHHHSSG LVPRGSHMAS HHHHHHHHHH GSLLQSELDQ LRQEAEQLKN QIRDARKACA DATLSQITNN IDPVGRIQMR TRRTLRGHL AKIYAMHWGT DSRLLVSASQ DGKLIIWDSY TTNKVHAIPL RSSWVMTCAY APSGNYVACG GLDNICSIYN L KTREGNVR VSRELAGHTG YLSCCRFLDD NQIVTSSGDT TCALWDIETG QQTTTFTGHT GDVMSLSLAP DTRLFVSGAC DA SAKLWDV REGMCRQTFT GHESDINAIC FFPNGNAFAT GSDDATCRLF DLRADQELMT YSHDNIICGI TSVSFSKSGR LLL AGYDDF NCNVWDALKA DRAGVLAGHD NRVSCLGVTD DGMAVATGSW DSFLKIWNGS SGGGGSGGGG SSGVSGWRLF KKIS

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分子 #3: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2

分子名称: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ)
分子量理論値: 7.861143 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列:
MASNNTASIA QARKLVEQLK MEANIDRIKV SKAAADLMAY CEAHAKEDPL LTPVPASENP FREKKFFCAI L

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分子 #4: Nanobody 35

分子名称: Nanobody 35 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 15.343019 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MAQVQLQESG GGLVQPGGSL RLSCAASGFT FSNYKMNWVR QAPGKGLEWV SDISQSGASI SYTGSVKGRF TISRDNAKNT LYLQMNSLK PEDTAVYYCA RCPAPFTRDC FDVTSTTYAY RGQGTQVTVS SHHHHHHEPE A

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分子 #5: Parathyroid hormone

分子名称: Parathyroid hormone / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 4.125778 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列:
SVSEIQLMHN LGKHLNSMER VEWLRKKLQD VHNF

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分子 #6: Parathyroid hormone/parathyroid hormone-related peptide receptor

分子名称: Parathyroid hormone/parathyroid hormone-related peptide receptor
タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 54.506734 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: DADDVMTKEE QIFLLHRAQA QCEKRLKEVL QRPASIMESD KGWTSASTSG KPRKDKASGK LYPESEEDKE APTGSRYRGR PCLPEWDHI LCWPLGAPGE VVAVPCPDYI YDFNHKGHAY RRCDRNGSWE LVPGHNRTWA NYSECVKFLT NETREREVFD R LAMIYTVG ...文字列:
DADDVMTKEE QIFLLHRAQA QCEKRLKEVL QRPASIMESD KGWTSASTSG KPRKDKASGK LYPESEEDKE APTGSRYRGR PCLPEWDHI LCWPLGAPGE VVAVPCPDYI YDFNHKGHAY RRCDRNGSWE LVPGHNRTWA NYSECVKFLT NETREREVFD R LAMIYTVG YSVSLASLTV AVLILAYFRR LHCTRNYIHM HLFLSFMLRA VSIFVKDAVL YSGATLDEAE RLTEEELRAI AQ APPPPAT AAAGYAGCRV AVTFFLYFLA TNYYWILVEG LYLHSLIFMA FFSEKKYLWG FTVFGWGLPA VFVAVWVSVR ATL ANTGCW DLSSGNKKWI IQVPILASIV LNFILFINIV RVLATKLRET NAGRCDTRQQ YRKLLKSTLV LMPLFGVHYI VFMA TPYTE VSGTLWQVQM HYEMLFNSFQ GFFVAIIYCF CNGEVQAEIK KSWSRWTLAL DFRRKARSGS SSYSYGPMVS H

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分子 #7: CHOLESTEROL

分子名称: CHOLESTEROL / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 4 / 式: CLR
分子量理論値: 386.654 Da
Chemical component information

ChemComp-CLR:
CHOLESTEROL / コレステロ-ル

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分子 #8: PALMITIC ACID

分子名称: PALMITIC ACID / タイプ: ligand / ID: 8 / コピー数: 3 / 式: PLM
分子量理論値: 256.424 Da
Chemical component information

ChemComp-PLM:
PALMITIC ACID / パルミチン酸

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 60 sec.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 %

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
温度最低: 89.0 K / 最高: 100.0 K
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 最大 デフォーカス（補正後）: 2.2 µm / 最小 デフォーカス（補正後）: 0.6 µm / 倍率（補正後）: 105000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.8 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm / 倍率（公称値）: 105000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.62 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 407467
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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