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万見
- EMDB-34539: Capsid structure of Ralstonia phage GP4 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-34539
タイトルCapsid structure of Ralstonia phage GP4
マップデータcapsid
試料
  • ウイルス: Ralstonia phage GP4 (ファージ)
    • タンパク質・ペプチド: Major capsid protein
    • タンパク質・ペプチド: Virion associated protein
キーワードRalstonia phage GP4 / Complex / VIRUS
機能・相同性Protein of unknown function DUF4043 / Protein of unknown function (DUF4043) / Virion associated protein / Major capsid protein
機能・相同性情報
生物種Ralstonia phage GP4 (ファージ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.7 Å
データ登録者Liu HR / Chen WY
資金援助 中国, 4件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)12034006 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32071209 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32200994 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31971122 中国
引用ジャーナル: Viruses / 年: 2022
タイトル: A Capsid Structure of   GP4 with a Triangulation Number T = 9.
著者: Jing Zheng / Wenyuan Chen / Hao Xiao / Fan Yang / Xiaowu Li / Jingdong Song / Lingpeng Cheng / Hongrong Liu /
要旨: GP4, a new phage, is a short-tailed phage. Few structures of phages have been resolved to near-atomic resolution until now. Here, we present a 3.7 Å resolution structure of the GP4 head by cryo- ...GP4, a new phage, is a short-tailed phage. Few structures of phages have been resolved to near-atomic resolution until now. Here, we present a 3.7 Å resolution structure of the GP4 head by cryo-electron microscopy (cryo-EM). The GP4 head contains 540 copies of major capsid protein (MCP) gp2 and 540 copies of cement protein (CP) gp1 arranged in an icosahedral shell with a triangulation number T = 9. The structures of gp2 and gp1 show a canonical HK97-like fold and an Ig-like fold, respectively. The trimeric CPs stick on the surface of the head along the quasi-threefold axis of the icosahedron generating a sandwiched three-layer electrostatic complementary potential, thereby enhancing the head stability. The assembly pattern of the GP4 head provides a platform for the further exploration of the interaction between and corresponding phages.
履歴
登録2022年10月22日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年11月16日-
マップ公開2022年11月16日-
更新2023年8月30日-
現状2023年8月30日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_34539.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_34539.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 926.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈capsid
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.27 Å
密度
表面レベル登録者による: 20.0
最小 - 最大-125.609830000000002 - 209.969539999999995
平均 (標準偏差)1.2941331 (±14.917944)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-312-312-312
サイズ624624624
Spacing624624624
セルA=B=C: 792.48 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: half map 1

ファイルemd_34539_half_map_1.map
注釈half map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map 2

ファイルemd_34539_half_map_2.map
注釈half map 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Ralstonia phage GP4

全体名称: Ralstonia phage GP4 (ファージ)
要素
  • ウイルス: Ralstonia phage GP4 (ファージ)
    • タンパク質・ペプチド: Major capsid protein
    • タンパク質・ペプチド: Virion associated protein

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超分子 #1: Ralstonia phage GP4

超分子名称: Ralstonia phage GP4 / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / NCBI-ID: 2282904 / 生物種: Ralstonia phage GP4 / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No

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分子 #1: Major capsid protein

分子名称: Major capsid protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 9 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Ralstonia phage GP4 (ファージ)
分子量理論値: 40.819551 KDa
配列文字列: MSSTVIAFGD PKAQKKWSSE LAVDIRKKSY FESRFIGTSE NAVIQRKTEV ESDAGDRVSF DLSVRLRGQP TFGDDRVEGK EENLKFYTD EVIIDQVRHS VSAGGRMSRK RTAHDLRKTG RDRLGDYFYQ LTDELFFMYL SGARGINKDF ILPTSFTGYA K NPFNTPDA ...文字列:
MSSTVIAFGD PKAQKKWSSE LAVDIRKKSY FESRFIGTSE NAVIQRKTEV ESDAGDRVSF DLSVRLRGQP TFGDDRVEGK EENLKFYTD EVIIDQVRHS VSAGGRMSRK RTAHDLRKTG RDRLGDYFYQ LTDELFFMYL SGARGINKDF ILPTSFTGYA K NPFNTPDA AHLLYGGVAT SKASLANTDT MSRVVIERAN VQATMMQAQD PETANMVPVS VEGEDRYVCV MSPFQEHSLR TS DAAGWLE IQKAAAAAEG RNNPIFKGGL GMIGNTVLHS HRNVVRFSDY GAGSDQPAAR ALFMGRQAAV VAYGTKGGLR YDW QEETKD YGNEPTVASG FIAGIKKTRF NDRDFGVISI DTYAKDPNPN NPA

UniProtKB: Major capsid protein

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分子 #2: Virion associated protein

分子名称: Virion associated protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 9 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Ralstonia phage GP4 (ファージ)
分子量理論値: 15.819934 KDa
配列文字列:
MALIQSDFAQ GIRMTPVPDC AGDVTACRFD ITLKNAPAAG DIIELGVLPG NAVPVEAILD VDDLDTGGAP TITLDVGIMS GPVGKNDPA RTCGNELFAA STVGQAGGVV RATASSAFRI QKAEDHRSVG VKVAAGPATG AAGKTIALIL FYVQGTSQ

UniProtKB: Virion associated protein

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI ARCTICA
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)
平均電子線量: 35.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
最大 デフォーカス（公称値）: 3.8000000000000003 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 0.1 µm
実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 40792
初期 角度割当タイプ: COMMON LINE
最終 角度割当タイプ: COMMON LINE

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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