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- EMDB-34406: Local refinement of SARS-CoV-2 Omicron BA.1 Spike glycoprotein in... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-34406
タイトルLocal refinement of SARS-CoV-2 Omicron BA.1 Spike glycoprotein in complex with rabbit monoclonal antibody 1H1 Fab
マップデータ
試料
  • 複合体: SARS-CoV-2 Omicron spike glycoprotein complex with 55A8 Fab
    • 複合体: Omicron spike glycoprotein
      • タンパク質・ペプチド: Spike protein S1
    • 複合体: 1H1 Fab
      • タンパク質・ペプチド: rabbit monoclonal antibody 1H1 Fab light chain
      • タンパク質・ペプチド: rabbit monoclonal antibody 1H1 Fab heavy chain
キーワードVIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane ...Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / Attachment and Entry / membrane fusion / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor ligand activity / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV-2 / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus spike glycoprotein S1, receptor binding / Spike glycoprotein S1, N-terminal domain, betacoronavirus-like ...Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV-2 / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus spike glycoprotein S1, receptor binding / Spike glycoprotein S1, N-terminal domain, betacoronavirus-like / Betacoronavirus-like spike glycoprotein S1, N-terminal / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 1 / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 2 / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 2 (HR2) region profile. / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 1 (HR1) region profile. / Spike glycoprotein S2 superfamily, coronavirus / Spike glycoprotein S2, coronavirus / Coronavirus spike glycoprotein S2 / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal
類似検索 - ドメイン・相同性
Spike glycoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) / Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.52 Å
データ登録者Guo H / Gao Y / Lu Y / Yang H / Ji X
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
Other government 中国
引用ジャーナル: Commun Biol / 年: 2023
タイトル: Mechanism of a rabbit monoclonal antibody broadly neutralizing SARS-CoV-2 variants.
著者: Hangtian Guo / Yixuan Yang / Tiantian Zhao / Yuchi Lu / Yan Gao / Tinghan Li / Hang Xiao / Xiaoyu Chu / Le Zheng / Wanting Li / Hao Cheng / Haibin Huang / Yang Liu / Yang Lou / Henry C Nguyen ...著者: Hangtian Guo / Yixuan Yang / Tiantian Zhao / Yuchi Lu / Yan Gao / Tinghan Li / Hang Xiao / Xiaoyu Chu / Le Zheng / Wanting Li / Hao Cheng / Haibin Huang / Yang Liu / Yang Lou / Henry C Nguyen / Chao Wu / Yuxin Chen / Haitao Yang / Xiaoyun Ji /
要旨: Due to the continuous evolution of SARS-CoV-2, the Omicron variant has emerged and exhibits severe immune evasion. The high number of mutations at key antigenic sites on the spike protein has made a ...Due to the continuous evolution of SARS-CoV-2, the Omicron variant has emerged and exhibits severe immune evasion. The high number of mutations at key antigenic sites on the spike protein has made a large number of existing antibodies and vaccines ineffective against this variant. Therefore, it is urgent to develop efficient broad-spectrum neutralizing therapeutic drugs. Here we characterize a rabbit monoclonal antibody (RmAb) 1H1 with broad-spectrum neutralizing potency against Omicron sublineages including BA.1, BA.1.1, BA.2, BA.2.12.1, BA.2.75, BA.3 and BA.4/5. Cryo-electron microscopy (cryo-EM) structure determination of the BA.1 spike-1H1 Fab complexes shows that 1H1 targets a highly conserved region of RBD and avoids most of the circulating Omicron mutations, explaining its broad-spectrum neutralization potency. Our findings indicate 1H1 as a promising RmAb model for designing broad-spectrum neutralizing antibodies and shed light on the development of therapeutic agents as well as effective vaccines against newly emerging variants in the future.
履歴
登録2022年9月27日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年4月12日-
マップ公開2023年4月12日-
更新2024年5月8日-
現状2024年5月8日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_34406.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_34406.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 512 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.832 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.4006
最小 - 最大-0.83817303 - 1.9092126
平均 (標準偏差)-0.0031586455 (±0.02693969)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ512512512
Spacing512512512
セルA=B=C: 425.984 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_34406_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_34406_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : SARS-CoV-2 Omicron spike glycoprotein complex with 55A8 Fab

全体名称: SARS-CoV-2 Omicron spike glycoprotein complex with 55A8 Fab
要素
  • 複合体: SARS-CoV-2 Omicron spike glycoprotein complex with 55A8 Fab
    • 複合体: Omicron spike glycoprotein
      • タンパク質・ペプチド: Spike protein S1
    • 複合体: 1H1 Fab
      • タンパク質・ペプチド: rabbit monoclonal antibody 1H1 Fab light chain
      • タンパク質・ペプチド: rabbit monoclonal antibody 1H1 Fab heavy chain

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超分子 #1: SARS-CoV-2 Omicron spike glycoprotein complex with 55A8 Fab

超分子名称: SARS-CoV-2 Omicron spike glycoprotein complex with 55A8 Fab
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)

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超分子 #2: Omicron spike glycoprotein

超分子名称: Omicron spike glycoprotein / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1
詳細: SARS-CoV-2 Omicron BA.1 variant spike protein receptor binding domain
由来(天然)生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)

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超分子 #3: 1H1 Fab

超分子名称: 1H1 Fab / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2-#3
詳細: Fab fragment generated by proteolytic cleavage of IgG antibody

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分子 #1: Spike protein S1

分子名称: Spike protein S1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
分子量理論値: 22.065934 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: NLCPFDEVFN ATRFASVYAW NRKRISNCVA DYSVLYNLAP FFTFKCYGVS PTKLNDLCFT NVYADSFVIR GDEVRQIAPG QTGNIADYN YKLPDDFTGC VIAWNSNKLD SKVSGNYNYL YRLFRKSNLK PFERDISTEI YQAGNKPCNG VAGFNCYFPL R SYSFRPTY ...文字列:
NLCPFDEVFN ATRFASVYAW NRKRISNCVA DYSVLYNLAP FFTFKCYGVS PTKLNDLCFT NVYADSFVIR GDEVRQIAPG QTGNIADYN YKLPDDFTGC VIAWNSNKLD SKVSGNYNYL YRLFRKSNLK PFERDISTEI YQAGNKPCNG VAGFNCYFPL R SYSFRPTY GVGHQPYRVV VLSFELLHAP ATVCGP

UniProtKB: Spike glycoprotein

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分子 #2: rabbit monoclonal antibody 1H1 Fab light chain

分子名称: rabbit monoclonal antibody 1H1 Fab light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
分子量理論値: 11.739082 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
DIVMTQTPAS VSEPVGGTVT IKCQASESIS NWLAWYQQKP GQPPKLLIYA AFTLASGVPS RFKGSGSGTQ FTLTINGVEC ADAATYYCQ QTYSSRDVDN VFGGGTEVVV KG

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分子 #3: rabbit monoclonal antibody 1H1 Fab heavy chain

分子名称: rabbit monoclonal antibody 1H1 Fab heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
分子量理論値: 12.863201 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
QSLEESGGDL VKPGASLTLT CTASGFSFSS GYDMCWVRQA PGKGLEWIAC IGTGSSGNIY YASWAKGRFT ISKTSSTTVT LQMTSLTAA DTATYFCARD DADYAGPDYF NLWGPGTLVT VSS

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD
最大 デフォーカス（公称値）: 2.8000000000000003 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.52 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 207777
初期 角度割当タイプ: COMMON LINE
最終 角度割当タイプ: COMMON LINE

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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