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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-34399 | |||||||||
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タイトル | IgM-var2CSA complex | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | var2CSA / IgM / Placental malaria / P.falciparum / CELL ADHESION / CELL ADHESION-IMMUNE SYSTEM complex | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 hexameric IgM immunoglobulin complex / dimeric IgA immunoglobulin complex / IgM B cell receptor complex / secretory dimeric IgA immunoglobulin complex / pentameric IgM immunoglobulin complex / monomeric IgA immunoglobulin complex / secretory IgA immunoglobulin complex / IgA binding / glomerular filtration / pre-B cell allelic exclusion ...hexameric IgM immunoglobulin complex / dimeric IgA immunoglobulin complex / IgM B cell receptor complex / secretory dimeric IgA immunoglobulin complex / pentameric IgM immunoglobulin complex / monomeric IgA immunoglobulin complex / secretory IgA immunoglobulin complex / IgA binding / glomerular filtration / pre-B cell allelic exclusion / IgM immunoglobulin complex / CD22 mediated BCR regulation / positive regulation of respiratory burst / humoral immune response / Scavenging of heme from plasma / immunoglobulin complex, circulating / immunoglobulin receptor binding / complement activation, classical pathway / Antigen activates B Cell Receptor (BCR) leading to generation of second messengers / antigen binding / Cell surface interactions at the vascular wall / B cell receptor signaling pathway / protein-macromolecule adaptor activity / antibacterial humoral response / Potential therapeutics for SARS / protein-containing complex assembly / defense response to Gram-negative bacterium / adaptive immune response / blood microparticle / immune response / innate immune response / cell surface / protein homodimerization activity / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) / Plasmodiupm falciparum (マラリア病原虫) / Plasmodium falciparum (マラリア病原虫) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å | |||||||||
データ登録者 | Akhouri RR / Goel S / Skoglund U | |||||||||
資金援助 | 日本, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023 タイトル: Cryo-electron microscopy of IgM-VAR2CSA complex reveals IgM inhibits binding of Plasmodium falciparum to Chondroitin Sulfate A. 著者: Reetesh Raj Akhouri / Suchi Goel / Ulf Skoglund / 要旨: Placental malaria is caused by Plasmodium falciparum-infected erythrocytes (IEs) adhering to chondroitin sulfate proteoglycans in placenta via VAR2CSA-type PfEMP1. Human pentameric immunoglobulin M ...Placental malaria is caused by Plasmodium falciparum-infected erythrocytes (IEs) adhering to chondroitin sulfate proteoglycans in placenta via VAR2CSA-type PfEMP1. Human pentameric immunoglobulin M (IgM) binds to several types of PfEMP1, including VAR2CSA via its Fc domain. Here, a 3.6 Å cryo-electron microscopy map of the IgM-VAR2CSA complex reveals that two molecules of VAR2CSA bind to the Cµ4 of IgM through their DBL3X and DBL5ε domains. The clockwise and anti-clockwise rotation of the two VAR2CSA molecules on opposite faces of IgM juxtaposes C-termini of both VAR2CSA near the J chain, where IgM creates a wall between both VAR2CSA molecules and hinders its interaction with its receptor. To support this, we show when VAR2CSA is bound to IgM, its staining on IEs as well as binding of IEs to chondroitin sulfate A in vitro is severely compromised. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_34399.map.gz | 484.3 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-34399-v30.xml emd-34399.xml | 18.4 KB 18.4 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_34399_fsc.xml | 24.8 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_34399.png | 40.1 KB | ||
マスクデータ | emd_34399_msk_1.map | 600.7 MB | マスクマップ | |
Filedesc metadata | emd-34399.cif.gz | 7.6 KB | ||
その他 | emd_34399_half_map_1.map.gz emd_34399_half_map_2.map.gz | 483.4 MB 484.8 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-34399 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-34399 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_34399_validation.pdf.gz | 796.2 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_34399_full_validation.pdf.gz | 795.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_34399_validation.xml.gz | 26.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_34399_validation.cif.gz | 35.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-34399 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-34399 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8gznMC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_34399.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 600.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.1 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_34399_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_34399_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_34399_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : IgM-var2CSA complex
全体 | 名称: IgM-var2CSA complex |
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要素 |
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-超分子 #1: IgM-var2CSA complex
超分子 | 名称: IgM-var2CSA complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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-超分子 #2: IgM, IgJ
超分子 | 名称: IgM, IgJ / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-超分子 #3: var2CSA
超分子 | 名称: var2CSA / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2 |
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由来(天然) | 生物種: Plasmodiupm falciparum (マラリア病原虫) |
-分子 #1: Immunoglobulin heavy constant mu
分子 | 名称: Immunoglobulin heavy constant mu / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 詳細: IgM / コピー数: 10 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 49.48952 KDa |
配列 | 文字列: GSASAPTLFP LVSCENSPSD TSSVAVGCLA QDFLPDSITF SWKYKNNSDI SSTRGFPSVL RGGKYAATSQ VLLPSKDVMQ GTDEHVVCK VQHPNGNKEK NVPLPVIAEL PPKVSVFVPP RDGFFGNPRK SKLICQATGF SPRQIQVSWL REGKQVGSGV T TDQVQAEA ...文字列: GSASAPTLFP LVSCENSPSD TSSVAVGCLA QDFLPDSITF SWKYKNNSDI SSTRGFPSVL RGGKYAATSQ VLLPSKDVMQ GTDEHVVCK VQHPNGNKEK NVPLPVIAEL PPKVSVFVPP RDGFFGNPRK SKLICQATGF SPRQIQVSWL REGKQVGSGV T TDQVQAEA KESGPTTYKV TSTLTIKESD WLGQSMFTCR VDHRGLTFQQ NASSMCVPDQ DTAIRVFAIP PSFASIFLTK ST KLTCLVT DLTTYDSVTI SWTRQNGEAV KTHTNISESH PNATFSAVGE ASICEDDWNS GERFTCTVTH TDLPSPLKQT ISR PKGVAL HRPDVYLLPP AREQLNLRES ATITCLVTGF SPADVFVQWM QRGQPLSPEK YVTSAPMPEP QAPGRYFAHS ILTV SEEEW NTGETYTCVV AHEALPNRVT ERTVDKSTGK PTLYNVSLVM SDTAGTCY UniProtKB: Immunoglobulin heavy constant mu |
-分子 #2: Erythrocyte membrane protein 1
分子 | 名称: Erythrocyte membrane protein 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 詳細: plasmoDB-ID: PfIT_120006100 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Plasmodium falciparum (マラリア病原虫) |
分子量 | 理論値: 311.015688 KDa |
組換発現 | 生物種: Drosophila (ハエ) |
配列 | 文字列: MDSTSTIANK IEEYLGAKSD DSKIDELLKA DPSEVEYYRS GGDGDYLKNN ICKITVNHSD SGKYDPCEKK LPPYDDNDQW KCQQNSSDG SGKPENICVP PRRERLCTYN LENLKFDKIR DNNAFLADVL LTARNEGEKI VQNHPDTNSS NVCNALERSF A DLADIIRG ...文字列: MDSTSTIANK IEEYLGAKSD DSKIDELLKA DPSEVEYYRS GGDGDYLKNN ICKITVNHSD SGKYDPCEKK LPPYDDNDQW KCQQNSSDG SGKPENICVP PRRERLCTYN LENLKFDKIR DNNAFLADVL LTARNEGEKI VQNHPDTNSS NVCNALERSF A DLADIIRG TDQWKGTNSN LEKNLKQMFA KIRENDKVLQ DKYPKDQKYT KLREAWWNAN RQKVWEVITC GARSNDLLIK RG WRTSGKS DRKKNFELCR KCGHYEKEVP TKLDYVPQFL RWLTEWIEDF YREKQNLIDD MERHREECTR EDHKSKEGTS YCS TCKDKC KKYCECVKKW KTEWENQENK YKDLYEQNKN KTSQKNTSRY DDYVKDFFEK LEANYSSLEN YIKGDPYFAE YATK LSFIL NPSDANNPSG ETANHNDEAC NCNESGISSV GQAQTSGPSS NKTCITHSSI KTNKKKECKD VKLGVRENDK DLKIC VIED TSLSGVDNCC CQDLLGILQE NCSDNKRGSS SNDSCDNKNQ DECQKKLEKV FASLTNGYKC DKCKSGTSRS KKKWIW KKS SGNEEGLQEE YANTIGLPPR TQSLYLGNLP KLENVCEDVK DINFDTKEKF LAGCLIVSFH EGKNLKKRYP QNKNSGN KE NLCKALEYSF ADYGDLIKGT SIWDNEYTKD LELNLQNNFG KLFGKYIKKN NTAEQDTSYS SLDELRESWW NTNKKYIW T AMKHGAEMNI TTCNADGSVT GSGSSCDDIP TIDLIPQYLR FLQEWVENFC EQRQAKVKDV ITNCKSCKES GNKCKTECK TKCKDECEKY KKFIEACGTA GGGIGTAGSP WSKRWDQIYK RYSKHIEDAK RNRKAGTKNC GTSSTTNAAA STDENKCVQS DIDSFFKHL IDIGLTTPSS YLSNVLDDNI CGADKAPWTT YTTYTTTEKC NKERDKSKSQ SSDTLVVVNV PSPLGNTPYR Y KYACQCKI PTNEETCDDR KEYMNQWSCG SARTMKRGYK NDNYELCKYN GVDVKPTTVR SNSSKLDGND VTFFNLFEQW NK EIQYQIE QYMTNANISC IDEKEVLDSV SDEGTPKVRG GYEDGRNNNT DQGTNCKEKC KCYKLWIEKI NDQWGKQKDN YNK FRSKQI YDANKGSQNK KVVSLSNFLF FSCWEEYIQK YFNGDWSKIK NIGSDTFEFL IKKCGNNSAH GEEIFSEKLK NAEK KCKEN ESTDTNINKS ETSCDLNATN YIRGCQSKTY DGKIFPGKGG EKQWICKDTI IHGDTNGACI PPRTQNLCVG ELWDK SYGG RSNIKNDTKE LLKEKIKNAI HKETELLYEY HDTGTAIISK NDKKGQKGKN DPNGLPKGFC HAVQRSFIDY KNMILG TSV NIYEHIGKLQ EDIKKIIEKG TPQQKDKIGG VGSSTENVNA WWKGIEREMW DAVRCAITKI NKKNNNSIFN GDECGVS PP TGNDEDQSVS WFKEWGEQFC IERLRYEQNI REACTINGKN EKKCINSKSG QGDKIQGACK RKCEKYKKYI SEKKQEWD K QKTKYENKYV GKSASDLLKE NYPECISANF DFIFNDNIEY KTYYPYGDYS SICSCEQVKY YKYNNAEKKN NKSLCYEKD NDMTWSKKYI KKLENGRSLE GVYVPPRRQQ LCLYELFPII IKNEEGMEKA KEELLETLQI VAEREAYYLW KQYNPTGKGI DDANKKACC AIRGSFYDLE DIIKGNDLVH DEYTKYIDSK LNEIFGSSNT NDIDTKRART DWWENETITN GTDRKTIRQL V WDAMQSGV RYAVEEKNEN FPLCMGVEHI GIAKPQFIRW LEEWTNEFCE KYTKYFEDMK SKCDPPKRAD TCGDNSNIEC KK ACANYTN WLNPKRIEWN GMSNYYNKIY RKSNKESEDG KDYSMIMAPT VIDYLNKRCH GEINGNYICC SCKNIGAYNT TSG TVNKKL QKKETECEEE KGPLDLMNEV LNKMDKKYSA HKMKCTEVYL EHVEEQLNEI DNAIKDYKLY PLDRCFDDQT KMKV CDLIA DAIGCKDKTK LDELDEWNDM DLRGTYNKHK GVLIPPRRRQ LCFSRIVRGP ANLRSLNEFK EEILKGAQSE GKFLG NYYK EHKDKEKALE AMKNSFYDYE DIIKGTDMLT NIEFKDIKIK LDRLLEKETN NTKKAEDWWK TNKKSIWNAM LCGYKK SGN KIIDPSWCTI PTTETPPQFL RWIKEWGTNV CIQKQEHKEY VKSKCSNVTN LGAQASESNN CTSEIKKYQE WSRKRSI QW ETISKRYKKY KRMDILKDVK EPDANTYLRE HCSKCPCGFN DMEEMNNNED NEKEAFKQIK EQVKIPAELE DVIYRIKH H EYDKGNDYIC NKYKNIHDRM KKNNGNFVTD NFVKKSWEIS NGVLIPPRRK NLFLYIDPSK ICEYKKDPKL FKDFIYWSA FTEVERLKKA YGGARAKVVH AMKYSFTDIG SIIKGDDMME KNSSDKIGKI LGDTDGQNEK RKKWWDMNKY HIWESMLCGY REAEGDTET NENCRFPDIE SVPQFLRWFQ EWSENFCDRR QKLYDKLNSE CISAECTNGS VDNSKCTHAC VNYKNYILTK K TEYEIQTN KYDNEFKNKN SNDKDAPDYL KEKCNDNKCE CLNKHIDDKN KTWKNPYETL EDTFKSKCDC PKPLPSPIKP DD LPPQADE PFLESRGPFE GKPIPNPLLG LDSTRTGHHH HHH |
-分子 #3: Immunoglobulin J chain
分子 | 名称: Immunoglobulin J chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 15.483329 KDa |
配列 | 文字列: EDERIVLVDN KCKCARITSR IIRSSEDPNE DIVERNIRII VPLNNRENIS DPTSPLRTRF VYHLSDLCKK CDPTEVELDN QIVTATQSN ICDEDSATET CYTYDRNKCY TAVVPLVYGG ETKMVETALT PDACYPD UniProtKB: Immunoglobulin J chain |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) 平均電子線量: 51.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.5 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |