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- EMDB-34371: Cryo-EM structure of ACTH-bound melanocortin-2 receptor in comple... -

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登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-34371
タイトルCryo-EM structure of ACTH-bound melanocortin-2 receptor in complex with MRAP1 and Gs protein
マップデータ
試料
  • 複合体: ACTH-bound melanocortin-2 receptor in complex with MRAP1 and Gs protein
    • 複合体: Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1
      • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-3,Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha isoforms XLas
    • 複合体: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
      • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
    • 複合体: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
      • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
    • 複合体: ACTH
      • タンパク質・ペプチド: Corticotropin
    • 複合体: MRAP1
      • タンパク質・ペプチド: Melanocortin-2 receptor accessory protein
    • 複合体: melanocortin-2 receptor
      • タンパク質・ペプチド: Soluble cytochrome b562,Adrenocorticotropic hormone receptor,melanocortin-2 receptor,Adrenocorticotropic hormone receptor,Adrenocorticotropic hormone receptor
  • リガンド: CALCIUM ION
キーワードmelanocortin-2 receptor / MRAP1 / GPCR / ACTH / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


corticotropin receptor activity / corticotropin hormone receptor binding / type 5 melanocortin receptor binding / Defective ACTH causes obesity and POMCD / type 1 melanocortin receptor binding / type 3 melanocortin receptor binding / type 4 melanocortin receptor binding / regulation of corticosterone secretion / melanocortin receptor activity / signaling receptor regulator activity ...corticotropin receptor activity / corticotropin hormone receptor binding / type 5 melanocortin receptor binding / Defective ACTH causes obesity and POMCD / type 1 melanocortin receptor binding / type 3 melanocortin receptor binding / type 4 melanocortin receptor binding / regulation of corticosterone secretion / melanocortin receptor activity / signaling receptor regulator activity / sensory perception of chemical stimulus / mu-type opioid receptor binding / corticotropin-releasing hormone receptor 1 binding / negative regulation of adenylate cyclase activity / negative regulation of adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / regulation of adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / regulation of metabolic process / GTP metabolic process / beta-2 adrenergic receptor binding / G protein-coupled dopamine receptor signaling pathway / positive regulation of adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / PKA activation in glucagon signalling / positive regulation of macroautophagy / G protein-coupled receptor signaling pathway, coupled to cyclic nucleotide second messenger / developmental growth / D1 dopamine receptor binding / negative regulation of protein localization to plasma membrane / Adenylate cyclase inhibitory pathway / Hedgehog 'off' state / insulin-like growth factor receptor binding / adenylate cyclase activator activity / ionotropic glutamate receptor binding / adenylate cyclase-inhibiting G protein-coupled receptor signaling pathway / Peptide ligand-binding receptors / secretory granule / protein localization to plasma membrane / G protein-coupled receptor binding / G protein-coupled receptor activity / electron transport chain / bone development / G-protein beta/gamma-subunit complex binding / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / Olfactory Signaling Pathway / Activation of the phototransduction cascade / adenylate cyclase-modulating G protein-coupled receptor signaling pathway / hormone activity / G beta:gamma signalling through PLC beta / Presynaptic function of Kainate receptors / Thromboxane signalling through TP receptor / G protein-coupled acetylcholine receptor signaling pathway / G-protein activation / platelet aggregation / Activation of G protein gated Potassium channels / Inhibition of voltage gated Ca2+ channels via Gbeta/gamma subunits / Prostacyclin signalling through prostacyclin receptor / Glucagon signaling in metabolic regulation / G beta:gamma signalling through CDC42 / G beta:gamma signalling through BTK / ADP signalling through P2Y purinoceptor 12 / Sensory perception of sweet, bitter, and umami (glutamate) taste / Synthesis, secretion, and inactivation of Glucagon-like Peptide-1 (GLP-1) / photoreceptor disc membrane / Glucagon-type ligand receptors / Adrenaline,noradrenaline inhibits insulin secretion / Vasopressin regulates renal water homeostasis via Aquaporins / G alpha (z) signalling events / Glucagon-like Peptide-1 (GLP1) regulates insulin secretion / cellular response to catecholamine stimulus / ADORA2B mediated anti-inflammatory cytokines production / sensory perception of taste / ADP signalling through P2Y purinoceptor 1 / G beta:gamma signalling through PI3Kgamma / adenylate cyclase-activating dopamine receptor signaling pathway / Cooperation of PDCL (PhLP1) and TRiC/CCT in G-protein beta folding / GPER1 signaling / GDP binding / cellular response to prostaglandin E stimulus / Inactivation, recovery and regulation of the phototransduction cascade / G-protein beta-subunit binding / heterotrimeric G-protein complex / G alpha (12/13) signalling events / extracellular vesicle / signaling receptor complex adaptor activity / Thrombin signalling through proteinase activated receptors (PARs) / GTPase binding / retina development in camera-type eye / positive regulation of cold-induced thermogenesis / Ca2+ pathway / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / midbody / G alpha (i) signalling events / fibroblast proliferation / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / G alpha (s) signalling events / G alpha (q) signalling events / Ras protein signal transduction / cell population proliferation / Extra-nuclear estrogen signaling / periplasmic space / electron transfer activity
類似検索 - 分子機能
Adrenocorticotrophin (ACTH) receptor / Melanocortin-2 receptor accessory protein family / Melanocortin-2 receptor accessory protein family / Pro-opiomelanocortin / Pro-opiomelanocortin/corticotropin, ACTH, central region / : / Corticotropin ACTH domain / Corticotropin ACTH domain / Melanocortin/ACTH receptor / Cytochrome b562 ...Adrenocorticotrophin (ACTH) receptor / Melanocortin-2 receptor accessory protein family / Melanocortin-2 receptor accessory protein family / Pro-opiomelanocortin / Pro-opiomelanocortin/corticotropin, ACTH, central region / : / Corticotropin ACTH domain / Corticotropin ACTH domain / Melanocortin/ACTH receptor / Cytochrome b562 / Cytochrome b562 / G-protein alpha subunit, group S / Cytochrome c/b562 / G-protein alpha subunit, group I / Serpentine type 7TM GPCR chemoreceptor Srsx / Guanine nucleotide binding protein (G-protein), alpha subunit / G protein alpha subunit, helical insertion / G-protein alpha subunit / G-alpha domain profile. / G protein alpha subunit / G-protein, gamma subunit / G-protein gamma subunit domain profile. / G-protein gamma-like domain / G-protein gamma-like domain superfamily / GGL domain / G protein gamma subunit-like motifs / GGL domain / Guanine nucleotide-binding protein, beta subunit / G-protein, beta subunit / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) / G-protein beta WD-40 repeat / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD domain, G-beta repeat / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-3 / Soluble cytochrome b562 / Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2 / Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1 / Pro-opiomelanocortin / Adrenocorticotropic hormone receptor / Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha isoforms XLas / Melanocortin-2 receptor accessory protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / synthetic construct (人工物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Luo P / Feng WB / Ma SS / Dai AT / Yuan QN / Wu K / Yang DH / Wang MW / Xu HE / Jiang Y
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32171187 中国
引用ジャーナル: Cell Res / 年: 2023
タイトル: Structural basis of signaling regulation of the human melanocortin-2 receptor by MRAP1.
著者: Ping Luo / Wenbo Feng / Shanshan Ma / Antao Dai / Kai Wu / Xianyue Chen / Qingning Yuan / Xiaoqing Cai / Dehua Yang / Ming-Wei Wang / H Eric Xu / Yi Jiang /
要旨: G protein-coupled receptors (GPCRs) are regulated by various downstream proteins, of which the melanocortin receptor accessory protein 1 (MRAP1) is closely involved in the regulation of melanocortin ...G protein-coupled receptors (GPCRs) are regulated by various downstream proteins, of which the melanocortin receptor accessory protein 1 (MRAP1) is closely involved in the regulation of melanocortin receptor 2 (MC2R). Assisted by MRAP1, MC2R responds to adrenocorticotropic hormone (ACTH) and stimulates glucocorticoid biogenesis and cortisol secretion. MC2R activation plays an essential role in the hypothalamic-pituitary-adrenal (HPA) axis that regulates stress response, while its dysfunction causes glucocorticoid insufficiency- or cortisol excess-associated disorders. Here, we present a cryo-electron microscopy (cryo-EM) structure of the ACTH-bound MC2R-G-MRAP1 complex. Our structure, together with mutagenesis analysis, reveals a unique sharp kink at the extracellular region of MRAP1 and the 'seat-belt' effect of MRAP1 on stabilizing ACTH binding and MC2R activation. Mechanisms of ACTH recognition by MC2R and receptor activation are also demonstrated. These findings deepen our understanding of GPCR regulation by accessory proteins and provide valuable insights into the ab initio design of therapeutic agents targeting MC2R.
履歴
登録2022年9月21日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年1月11日-
マップ公開2023年1月11日-
更新2024年11月13日-
現状2024年11月13日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_34371.png

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_34371.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 52.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

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その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.04 Å/pix.
x 240 pix.
= 249.6 Å		1.04 Å/pix.
x 240 pix.
= 249.6 Å		1.04 Å/pix.
x 240 pix.
= 249.6 Å

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投影像

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ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.04 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.07
最小 - 最大-0.044810295 - 1.8476197
平均 (標準偏差)0.0011068964 (±0.024164451)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ240240240
Spacing240240240
セルA=B=C: 249.59999 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_34371_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_34371_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : ACTH-bound melanocortin-2 receptor in complex with MRAP1 and Gs p...

全体名称: ACTH-bound melanocortin-2 receptor in complex with MRAP1 and Gs protein
要素
  • 複合体: ACTH-bound melanocortin-2 receptor in complex with MRAP1 and Gs protein
    • 複合体: Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1
      • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-3,Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha isoforms XLas
    • 複合体: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
      • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
    • 複合体: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
      • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
    • 複合体: ACTH
      • タンパク質・ペプチド: Corticotropin
    • 複合体: MRAP1
      • タンパク質・ペプチド: Melanocortin-2 receptor accessory protein
    • 複合体: melanocortin-2 receptor
      • タンパク質・ペプチド: Soluble cytochrome b562,Adrenocorticotropic hormone receptor,melanocortin-2 receptor,Adrenocorticotropic hormone receptor,Adrenocorticotropic hormone receptor
  • リガンド: CALCIUM ION

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超分子 #1: ACTH-bound melanocortin-2 receptor in complex with MRAP1 and Gs p...

超分子名称: ACTH-bound melanocortin-2 receptor in complex with MRAP1 and Gs protein
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#6
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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超分子 #2: Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1

超分子名称: Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1
タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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超分子 #3: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1

超分子名称: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

+
超分子 #4: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2

超分子名称: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
タイプ: complex / ID: 4 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #3
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

+
超分子 #5: ACTH

超分子名称: ACTH / タイプ: complex / ID: 5 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #4
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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超分子 #6: MRAP1

超分子名称: MRAP1 / タイプ: complex / ID: 6 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #5
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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超分子 #7: melanocortin-2 receptor

超分子名称: melanocortin-2 receptor / タイプ: complex / ID: 7 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #6
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-3,Guanine n...

分子名称: Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-3,Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha isoforms XLas
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 41.879465 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MGCTLSAEDK AAVERSKMIE KQLQKDKQVY RATHRLLLLG ADNSGKSTIV KQMRIYHVNG YSEEECKQYK AVVYSNTIQS IIAIIRAMG RLKIDFGDSA RADDARQLFV LAGAAEEGFM TAELAGVIKR LWKDSGVQAC FNRSREYQLN DSAAYYLNDL D RIAQPNYI ...文字列:
MGCTLSAEDK AAVERSKMIE KQLQKDKQVY RATHRLLLLG ADNSGKSTIV KQMRIYHVNG YSEEECKQYK AVVYSNTIQS IIAIIRAMG RLKIDFGDSA RADDARQLFV LAGAAEEGFM TAELAGVIKR LWKDSGVQAC FNRSREYQLN DSAAYYLNDL D RIAQPNYI PTQQDVLRTR VKTSGIFETK FQVDKVNFHM FDVGAQRDER RKWIQCFNDV TAIIFVVDSS DYNRLQEALN DF KSIWNNR WLRTISVILF LNKQDLLAEK VLAGKSKIED YFPEFARYTT PEDATPEPGE DPRVTRAKYF IRDEFLRIST ASG DGRHYC YPHFTCSVDT ENARRIFNDC RDIIQRMHLR QYELL

UniProtKB: Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-3, Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha isoforms XLas

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分子 #2: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1

分子名称: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 40.226992 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MGSLLQSELD QLRQEAEQLK NQIRDARKAC ADATLSQITN NIDPVGRIQM RTRRTLRGHL AKIYAMHWGT DSRLLVSASQ DGKLIIWDS YTTNKVHAIP LRSSWVMTCA YAPSGNYVAC GGLDNICSIY NLKTREGNVR VSRELAGHTG YLSCCRFLDD N QIVTSSGD ...文字列:
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UniProtKB: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1

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分子 #3: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2

分子名称: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 7.861143 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列:
MASNNTASIA QARKLVEQLK MEANIDRIKV SKAAADLMAY CEAHAKEDPL LTPVPASENP FREKKFFCAI L

UniProtKB: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2

+
分子 #4: Corticotropin

分子名称: Corticotropin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 2.256655 KDa
配列文字列:
SYSMEHFRWG KPVGKKRR

UniProtKB: Pro-opiomelanocortin

+
分子 #5: Melanocortin-2 receptor accessory protein

分子名称: Melanocortin-2 receptor accessory protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 20.486178 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列:
MDYKDDDDKG SGMANGTNAS APYYSYEYYL DYLDLIPVDE KKLKAHKHSI VIAFWVSLAA FVVLLFLILL YMSWSASPQM RNSPKHHQT CPWSHGLNLH LCIQKCLPCH REPLATSQAQ ASSVEPGSRT GPDQPLRQES SSTLPLGGFQ THPTLLWELT L NGGPLVRS KPSEPPPGDR TSQLQS

UniProtKB: Melanocortin-2 receptor accessory protein

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分子 #6: Soluble cytochrome b562,Adrenocorticotropic hormone receptor,mela...

分子名称: Soluble cytochrome b562,Adrenocorticotropic hormone receptor,melanocortin-2 receptor,Adrenocorticotropic hormone receptor,Adrenocorticotropic hormone receptor
タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 67.391219 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MKTIIALSYI FCLVFAHHHH HHHHHHADLE DNWETLNDNL KVIEKADNAA QVKDALTKMR AAALDAQKAT PPKLEDKSPD SPEMKDFRH GFDILVGQID DALKLANEGK VKEAQAAAEQ LKTTRNAYIQ KYLKHIINSY ENINNTARNN SDCPRVVLPE E IFFTISIV ...文字列:
MKTIIALSYI FCLVFAHHHH HHHHHHADLE DNWETLNDNL KVIEKADNAA QVKDALTKMR AAALDAQKAT PPKLEDKSPD SPEMKDFRH GFDILVGQID DALKLANEGK VKEAQAAAEQ LKTTRNAYIQ KYLKHIINSY ENINNTARNN SDCPRVVLPE E IFFTISIV GVLENLIVLL AVFKNKNLQA PMYFFICSLA ISDMLGSLYK ILENILIILR NMGYLKPRGS FETTADDIID SL FVLSLLG SIFSLSVIAA DRYITIFHAL RYHSIVTMRR TVVVLTVIWT FCTGTGITMV IFSHHVPTVI TFTSLFPLML VFI LCLYVH MFLLARSHTR KISTLPRANM KGAITLTILL GVFIFCWAPF VLHVLLMTFC PSNPYCACYM SLFQVNGMLI MCNA VIDPF IYAFRSPELR DAFKKMIFCS RYWGSSGGGG SGGGGSSGVF TLEDFVGDWE QTAAYNLDQV LEQGGVSSLL QNLAV SVTP IQRIVRSGEN ALKIDIHVII PYEGLSADQM AQIEEVFKVV YPVDDHHFKV ILPYGTLVID GVTPNMLNYF GRPYEG IAV FDGKKITVTG TLWNGNKIID ERLITPDGSM LFRVTINS

UniProtKB: Soluble cytochrome b562, Adrenocorticotropic hormone receptor

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分子 #7: CALCIUM ION

分子名称: CALCIUM ION / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 1 / 式: CA
分子量理論値: 40.078 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.2
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 59170
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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