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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-34282 | |||||||||
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タイトル | The cryo-EM structure of GSNOR with NYY001 | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | Alcohol dehydrogenase class-3 / OXIDOREDUCTASE | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 formaldehyde dehydrogenase (NAD+) activity / S-(hydroxymethyl)glutathione dehydrogenase (NADP+) activity / S-(hydroxymethyl)glutathione dehydrogenase (NAD+) activity / S-(hydroxymethyl)glutathione dehydrogenase / fatty acid omega-oxidation / S-(hydroxymethyl)glutathione dehydrogenase [NAD(P)+] activity / formaldehyde catabolic process / response to nitrosative stress / Ethanol oxidation / : ...formaldehyde dehydrogenase (NAD+) activity / S-(hydroxymethyl)glutathione dehydrogenase (NADP+) activity / S-(hydroxymethyl)glutathione dehydrogenase (NAD+) activity / S-(hydroxymethyl)glutathione dehydrogenase / fatty acid omega-oxidation / S-(hydroxymethyl)glutathione dehydrogenase [NAD(P)+] activity / formaldehyde catabolic process / response to nitrosative stress / Ethanol oxidation / : / respiratory system process / positive regulation of blood pressure / alcohol dehydrogenase / 酸化還元酵素; CH-OHの結合に対し酸化酵素として働く; NAD又はNADPを用いる / response to redox state / retinoid metabolic process / fatty acid binding / response to lipopolysaccharide / electron transfer activity / mitochondrion / extracellular exosome / zinc ion binding / identical protein binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.05 Å | |||||||||
データ登録者 | Xia Y / Zhang Q / Yao D / Zhao S / Xie L / Ji Y / Cao Y | |||||||||
資金援助 | 中国, 2件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: The cryo-EM structure of GSNOR with NYY001 著者: Cao Y / Xia Y | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_34282.map.gz | 20.9 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-34282-v30.xml emd-34282.xml | 13.9 KB 13.9 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_34282_fsc.xml | 5.9 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_34282.png | 108.7 KB | ||
その他 | emd_34282_half_map_1.map.gz emd_34282_half_map_2.map.gz | 20.6 MB 20.6 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-34282 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-34282 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_34282_validation.pdf.gz | 774.9 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_34282_full_validation.pdf.gz | 774.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_34282_validation.xml.gz | 13.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_34282_validation.cif.gz | 16.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-34282 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-34282 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8gv3MC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_34282.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 22.2 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.1 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_34282_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_34282_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Alcohol dehydrogenase class-3
全体 | 名称: Alcohol dehydrogenase class-3 |
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要素 |
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-超分子 #1: Alcohol dehydrogenase class-3
超分子 | 名称: Alcohol dehydrogenase class-3 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-分子 #1: Alcohol dehydrogenase class-3
分子 | 名称: Alcohol dehydrogenase class-3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: alcohol dehydrogenase |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 39.901305 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: MANEVIKCKA AVAWEAGKPL SIEEIEVAPP KAHEVRIKII ATAVCHTDAY TLSGADPEGC FPVILGHEGA GIVESVGEGV TKLKAGDTV IPLYIPQCGE CKFCLNPKTN LCQKIRVTQG KGLMPDGTSR FTCKGKTILH YMGTSTFSEY TVVADISVAK I DPLAPLDK ...文字列: MANEVIKCKA AVAWEAGKPL SIEEIEVAPP KAHEVRIKII ATAVCHTDAY TLSGADPEGC FPVILGHEGA GIVESVGEGV TKLKAGDTV IPLYIPQCGE CKFCLNPKTN LCQKIRVTQG KGLMPDGTSR FTCKGKTILH YMGTSTFSEY TVVADISVAK I DPLAPLDK VCLLGCGIST GYGAAVNTAK LEPGSVCAVF GLGGVGLAVI MGCKVAGASR IIGVDINKDK FARAKEFGAT EC INPQDFS KPIQEVLIEM TDGGVDYSFE CIGNVKVMRA ALEACHKGWG VSVVVGVAAS GEEIATRPFQ LVTGRTWKGT AFG GWKSVE SVPKLVSEYM SKKIKVDEFV THNLSFDEIN KAFELMHSGK SIRTVVKIE UniProtKB: Alcohol dehydrogenase class-3 |
-分子 #2: ZINC ION
分子 | 名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 4 / 式: ZN |
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分子量 | 理論値: 65.409 Da |
-分子 #3: NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE
分子 | 名称: NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 2 / 式: NAD |
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分子量 | 理論値: 663.425 Da |
Chemical component information | ChemComp-NAD: |
-分子 #4: (4P)-4-{2-[4-(1H-imidazol-1-yl)phenyl]-5-[3-oxo-3-(2-oxo-1,3-thia...
分子 | 名称: (4P)-4-{2-[4-(1H-imidazol-1-yl)phenyl]-5-[3-oxo-3-(2-oxo-1,3-thiazolidin-3-yl)propyl]-1H-pyrrol-1-yl}-3-methylbenzamide タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 2 / 式: WKZ |
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分子量 | 理論値: 499.584 Da |
Chemical component information | ChemComp-WKZ: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 26.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 10.0 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |