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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-34203 | ||||||||||||||||||||||||
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タイトル | CryoEM structure of pentameric MotA from Aquifex aeolicus | ||||||||||||||||||||||||
マップデータ | MotA 5mer postprocessed density map from dataset1 | ||||||||||||||||||||||||
試料 |
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キーワード | Bacterial flagellum / stator protein / Aquifex aeolicus / single particle Cryo-EM / MotA / MEMBRANE PROTEIN | ||||||||||||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 bacterial-type flagellum-dependent swarming motility / proton transmembrane transport / chemotaxis / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||||||||||||||
生物種 | Aquifex aeolicus (バクテリア) / Aquifex aeolicus VF5 (バクテリア) | ||||||||||||||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å | ||||||||||||||||||||||||
データ登録者 | Nishikino T / Takekawa N / Kishikawa J / Hirose M / Onoe S / Kato T / Imada K | ||||||||||||||||||||||||
資金援助 | 日本, 7件
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引用 | ジャーナル: Biochem Biophys Res Commun / 年: 2022 タイトル: Structure of MotA, a flagellar stator protein, from hyperthermophile. 著者: Tatsuro Nishikino / Norihiro Takekawa / Duy Phuoc Tran / Jun-Ichi Kishikawa / Mika Hirose / Sakura Onoe / Seiji Kojima / Michio Homma / Akio Kitao / Takayuki Kato / Katsumi Imada / 要旨: Many motile bacteria swim and swarm toward favorable environments using the flagellum, which is rotated by a motor embedded in the inner membrane. The motor is composed of the rotor and the stator, ...Many motile bacteria swim and swarm toward favorable environments using the flagellum, which is rotated by a motor embedded in the inner membrane. The motor is composed of the rotor and the stator, and the motor torque is generated by the change of the interaction between the rotor and the stator induced by the ion flow through the stator. A stator unit consists of two types of membrane proteins termed A and B. Recent cryo-EM studies on the stators from mesophiles revealed that the stator consists of five A and two B subunits, whereas the low-resolution EM analysis showed that purified hyperthermophilic MotA forms a tetramer. To clarify the assembly formation and factors enhancing thermostability of the hyperthermophilic stator, we determined the cryo-EM structure of MotA from Aquifex aeolicus (Aa-MotA), a hyperthermophilic bacterium, at 3.42 Å resolution. Aa-MotA forms a pentamer with pseudo C5 symmetry. A simulated model of the Aa-MotAMotB stator complex resembles the structures of mesophilic stator complexes, suggesting that Aa-MotA can assemble into a pentamer equivalent to the stator complex without MotB. The distribution of hydrophobic residues of MotA pentamers suggests that the extremely hydrophobic nature in the subunit boundary and the transmembrane region is a key factor to stabilize hyperthermophilic Aa-MotA. | ||||||||||||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_34203.map.gz | 96.3 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-34203-v30.xml emd-34203.xml | 20.1 KB 20.1 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_34203_fsc.xml | 10.7 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_34203.png | 85.2 KB | ||
マスクデータ | emd_34203_msk_1.map | 103 MB | マスクマップ | |
Filedesc metadata | emd-34203.cif.gz | 6.3 KB | ||
その他 | emd_34203_half_map_1.map.gz emd_34203_half_map_2.map.gz | 81 MB 81.1 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-34203 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-34203 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_34203_validation.pdf.gz | 1019.7 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_34203_full_validation.pdf.gz | 1019.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_34203_validation.xml.gz | 17.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_34203_validation.cif.gz | 22.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-34203 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-34203 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8gqyMC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_34203.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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注釈 | MotA 5mer postprocessed density map from dataset1 | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.9 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_34203_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: half map 2 from dataset 1
ファイル | emd_34203_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | half map 2 from dataset 1 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: half map 1 from dataset 1
ファイル | emd_34203_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | half map 1 from dataset 1 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Pentameric MotA from Aquifex aeolicus
全体 | 名称: Pentameric MotA from Aquifex aeolicus |
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要素 |
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-超分子 #1: Pentameric MotA from Aquifex aeolicus
超分子 | 名称: Pentameric MotA from Aquifex aeolicus / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Aquifex aeolicus (バクテリア) |
分子量 | 理論値: 140 KDa |
-分子 #1: Motility protein A
分子 | 名称: Motility protein A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 詳細: Met1 to His6 is translation enhancing element sequence. 6 His residues on C-terminal are purification tag. コピー数: 5 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Aquifex aeolicus VF5 (バクテリア) / 株: VF5 |
分子量 | 理論値: 28.863195 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21 (大腸菌) |
配列 | 文字列: MNHKVHMDVG TIIGIIAAFL LILISILIGG SITAFINVPS IFIVVGGGMA AAMGAFPLKD FIRGVLAIKK AFLWKPPDLN DVIETIGEI ASKVRKEGIL ALEGDIELYY QKDPLLGDMI RMLVDGIDIN DIKATAEMAL AQLDEKMSTE VAVWEKLADL F PAFGMIGT ...文字列: MNHKVHMDVG TIIGIIAAFL LILISILIGG SITAFINVPS IFIVVGGGMA AAMGAFPLKD FIRGVLAIKK AFLWKPPDLN DVIETIGEI ASKVRKEGIL ALEGDIELYY QKDPLLGDMI RMLVDGIDIN DIKATAEMAL AQLDEKMSTE VAVWEKLADL F PAFGMIGT LIGLIQMLRN LNDPSALGPG MAVALITTLY GAILANAFAI PVANKLKKAK DMEVLVKTIY IEAIEKIQKG EN PNVVKQE AAIMLGVELP EEVHHHHHH UniProtKB: Motility protein A |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 8 構成要素:
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グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: MOLYBDENUM / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR | ||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 実像数: 6299 / 平均露光時間: 2.22 sec. / 平均電子線量: 60.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 60.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 1.8 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.8 µm / 倍率(公称値): 105000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |