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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-34137 | |||||||||
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タイトル | Complex structure of Clostridioides difficile binary toxin unfolded CDTa-bound CDTb-pore (short). | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | Complex / Translocation / Oligomer / Unfoldase / TOXIN | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 protein homooligomerization / transferase activity / nucleotide binding / extracellular region / identical protein binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Clostridioides difficile (バクテリア) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.8 Å | |||||||||
データ登録者 | Yamada T / Kawamoto A / Yoshida T / Sato Y / Kato T / Tsuge H | |||||||||
資金援助 | 日本, 2件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022 タイトル: Cryo-EM structures of the translocational binary toxin complex CDTa-bound CDTb-pore from Clostridioides difficile. 著者: Akihiro Kawamoto / Tomohito Yamada / Toru Yoshida / Yusui Sato / Takayuki Kato / Hideaki Tsuge / 要旨: Some bacteria express a binary toxin translocation system, consisting of an enzymatic subunit and translocation pore, that delivers enzymes into host cells through endocytosis. The most clinically ...Some bacteria express a binary toxin translocation system, consisting of an enzymatic subunit and translocation pore, that delivers enzymes into host cells through endocytosis. The most clinically important bacterium with such a system is Clostridioides difficile (formerly Clostridium). The CDTa and CDTb proteins from its system represent important therapeutic targets. CDTb has been proposed to be a di-heptamer, but its physiological heptameric structure has not yet been reported. Here, we report the cryo-EM structure of CDTa bound to the CDTb-pore, which reveals that CDTa binding induces partial unfolding and tilting of the first CDTa α-helix. In the CDTb-pore, an NSS-loop exists in 'in' and 'out' conformations, suggesting its involvement in substrate translocation. Finally, 3D variability analysis revealed CDTa movements from a folded to an unfolded state. These dynamic structural information provide insights into drug design against hypervirulent C. difficile strains. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_34137.map.gz | 290.7 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-34137-v30.xml emd-34137.xml | 20 KB 20 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_34137.png | 100.5 KB | ||
Filedesc metadata | emd-34137.cif.gz | 6.2 KB | ||
その他 | emd_34137_additional_1.map.gz emd_34137_half_map_1.map.gz emd_34137_half_map_2.map.gz | 153.8 MB 285.1 MB 285.1 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-34137 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-34137 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_34137_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_34137_full_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | |
XML形式データ | emd_34137_validation.xml.gz | 16.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_34137_validation.cif.gz | 19.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-34137 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-34137 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_34137.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 307.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.88 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-追加マップ: #1
ファイル | emd_34137_additional_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_34137_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_34137_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Clostridioides difficile transferase complex
全体 | 名称: Clostridioides difficile transferase complex |
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要素 |
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-超分子 #1: Clostridioides difficile transferase complex
超分子 | 名称: Clostridioides difficile transferase complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2 |
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由来(天然) | 生物種: Clostridioides difficile (バクテリア) |
-分子 #1: ADP-ribosylating binary toxin binding subunit CdtB
分子 | 名称: ADP-ribosylating binary toxin binding subunit CdtB / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 7 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Clostridioides difficile (バクテリア) |
分子量 | 理論値: 75.657141 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) |
配列 | 文字列: NNNFFDPKLM SDWEDEDLDT DNDNIPDSYE RNGYTIKDLI AVKWEDSFAE QGYKKYVSNY LESNTAGDPY TDYEKASGSF DKAIKTEAR DPLVAAYPIV GVGMEKLIIS TNEHASTDQG KTVSRATTNS KTESNTAGVS VNVGYQNGFT ANVTTNYSHT T DNSTAVQD ...文字列: NNNFFDPKLM SDWEDEDLDT DNDNIPDSYE RNGYTIKDLI AVKWEDSFAE QGYKKYVSNY LESNTAGDPY TDYEKASGSF DKAIKTEAR DPLVAAYPIV GVGMEKLIIS TNEHASTDQG KTVSRATTNS KTESNTAGVS VNVGYQNGFT ANVTTNYSHT T DNSTAVQD SNGESWNTGL SINKGESAYI NANVRYYNTG TAPMYKVTPT TNLVLDGDTL STIKAQENQI GNNLSPGDTY PK KGLSPLA LNTMDQFSSR LIPINYDQLK KLDAGKQIKL ETTQVSGNFG TKNSSGQIVT EGNSWSDYIS QIDSISASII LDT ENESYE RRVTAKNLQD PEDKTPELTI GEAIEKAFGA TKKDGLLYFN DIPIDESCVE LIFDDNTANK IKDSLKTLSD KKIY NVKLE RGMNILIKTP TYFTNFDDYN NYPSTWSNVN TTNQDGLQGS ANKLNGETKI KIPMSELKPY KRYVFSGYSK DPLTS NSII VKIKAKEEKT DYLVPEQGYT KFSYEFETTE KDSSNIEITL IGSGTTYLDN LSITELNSTP EILDEPEVKI PTDQEI MDA HKIYFADLNF NPSTGNTYIN GMYFAPTQTN KEALDYIQKY RVEATLQYSG FKDIGTKDKE MRNYLGDPNQ PKTNYVN LR SYFTGGENIM TYKKLRIYAI TPDDRELLVL SVD UniProtKB: ADP-ribosyltransferase binding component |
-分子 #2: ADP-ribosylating binary toxin enzymatic subunit CdtA
分子 | 名称: ADP-ribosylating binary toxin enzymatic subunit CdtA タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Clostridioides difficile (バクテリア) |
分子量 | 理論値: 49.420469 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) |
配列 | 文字列: APIERPEDFL KDKEKAKEWE RKEAERIEQK LERSEKEALE SYKKDSVEIS KYSQTRNYFY DYQIEANSRE KEYKELRNAI SKNKIDKPM YVYYFESPEK FAFNKVIRTE NQNEISLEKF NEFKETIQNK LFKQDGFKDI SLYEPGKGDE KPTPLLMHLK L PRNTGMLP ...文字列: APIERPEDFL KDKEKAKEWE RKEAERIEQK LERSEKEALE SYKKDSVEIS KYSQTRNYFY DYQIEANSRE KEYKELRNAI SKNKIDKPM YVYYFESPEK FAFNKVIRTE NQNEISLEKF NEFKETIQNK LFKQDGFKDI SLYEPGKGDE KPTPLLMHLK L PRNTGMLP YTNTNNVSTL IEQGYSIKID KIVRIVIDGK HYIKAEASVV SSLDFKDDVS KGDSWGKANY NDWSNKLTPN EL ADVNDYM RGGYTAINNY LISNGPVNNP NPELDSKITN IENALKREPI PTNLTVYRRS GPQEFGLTLT SPEYDFNKLE NID AFKSKW EGQALSYPNF ISTSIGSVNM SAFAKRKIVL RITIPKGSPG AYLSAIPGYA GEYEVLLNHG SKFKINKIDS YKDG TITKL IVDATLIPEN LYFQGLEHHH HHH UniProtKB: ADP-ribosyltransferase enzymatic component |
-分子 #3: CALCIUM ION
分子 | 名称: CALCIUM ION / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 21 / 式: CA |
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分子量 | 理論値: 40.078 Da |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 1.58 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.5 詳細: 10 mM HEPES (pH 7.5), 1 mM CaCl2, and 0.003% (w/v) LMNG |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 11284 / 平均露光時間: 3.36 sec. / 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.8 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |