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- EMDB-34090: Cryo-EM structure of VTC complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-34090
タイトルCryo-EM structure of VTC complex
マップデータ
試料
  • 複合体: VTC complex
    • タンパク質・ペプチド: Vacuolar transporter chaperone 4
    • タンパク質・ペプチド: Vacuolar transporter chaperone 1
    • タンパク質・ペプチド: Vacuolar transporter chaperone 3
  • リガンド: INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE
  • リガンド: 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE
  • リガンド: PHOSPHATE ION
キーワードVTC complex / Poly P. / TRANSPORT PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


vacuolar transporter chaperone complex / ATP-polyphosphate phosphotransferase / polyphosphate biosynthetic process / engulfment of target by autophagosome / polyphosphate kinase activity / microautophagy / vacuole fusion, non-autophagic / polyphosphate metabolic process / intracellular phosphate ion homeostasis / inositol hexakisphosphate binding ...vacuolar transporter chaperone complex / ATP-polyphosphate phosphotransferase / polyphosphate biosynthetic process / engulfment of target by autophagosome / polyphosphate kinase activity / microautophagy / vacuole fusion, non-autophagic / polyphosphate metabolic process / intracellular phosphate ion homeostasis / inositol hexakisphosphate binding / vacuolar transport / vacuolar membrane / fungal-type vacuole membrane / autophagosome membrane / cell periphery / cell cortex / cytoplasmic vesicle / nuclear membrane / calmodulin binding / mRNA binding / endoplasmic reticulum membrane / endoplasmic reticulum / membrane
類似検索 - 分子機能
: / VTC domain superfamily / Domain of unknown function DUF202 / VTC domain / Domain of unknown function (DUF202) / VTC domain / SPX domain / SPX domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
Vacuolar transporter chaperone complex subunit 1 / Vacuolar transporter chaperone complex subunit 4 / Vacuolar transporter chaperone 3 complex subunit 3
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.0 Å
データ登録者Guan ZY / Chen J / Liu RW / Chen YK / Xing Q / Du ZM / Liu Z
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: The cytoplasmic synthesis and coupled membrane translocation of eukaryotic polyphosphate by signal-activated VTC complex.
著者: Zeyuan Guan / Juan Chen / Ruiwen Liu / Yanke Chen / Qiong Xing / Zhangmeng Du / Meng Cheng / Jianjian Hu / Wenhui Zhang / Wencong Mei / Beijing Wan / Qiang Wang / Jie Zhang / Peng Cheng / ...著者: Zeyuan Guan / Juan Chen / Ruiwen Liu / Yanke Chen / Qiong Xing / Zhangmeng Du / Meng Cheng / Jianjian Hu / Wenhui Zhang / Wencong Mei / Beijing Wan / Qiang Wang / Jie Zhang / Peng Cheng / Huanyu Cai / Jianbo Cao / Delin Zhang / Junjie Yan / Ping Yin / Michael Hothorn / Zhu Liu /
要旨: Inorganic polyphosphate (polyP) is an ancient energy metabolite and phosphate store that occurs ubiquitously in all organisms. The vacuolar transporter chaperone (VTC) complex integrates cytosolic ...Inorganic polyphosphate (polyP) is an ancient energy metabolite and phosphate store that occurs ubiquitously in all organisms. The vacuolar transporter chaperone (VTC) complex integrates cytosolic polyP synthesis from ATP and polyP membrane translocation into the vacuolar lumen. In yeast and in other eukaryotes, polyP synthesis is regulated by inositol pyrophosphate (PP-InsP) nutrient messengers, directly sensed by the VTC complex. Here, we report the cryo-electron microscopy structure of signal-activated VTC complex at 3.0 Å resolution. Baker's yeast VTC subunits Vtc1, Vtc3, and Vtc4 assemble into a 3:1:1 complex. Fifteen trans-membrane helices form a novel membrane channel enabling the transport of newly synthesized polyP into the vacuolar lumen. PP-InsP binding orients the catalytic polymerase domain at the entrance of the trans-membrane channel, both activating the enzyme and coupling polyP synthesis and membrane translocation. Together with biochemical and cellular studies, our work provides mechanistic insights into the biogenesis of an ancient energy metabolite.
履歴
登録2022年8月15日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年2月22日-
マップ公開2023年2月22日-
更新2024年7月3日-
現状2024年7月3日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_34090.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_34090.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 83.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.07 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.45
最小 - 最大-3.0776942 - 4.564936
平均 (標準偏差)0.0021790557 (±0.08858412)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ280280280
Spacing280280280
セルA=B=C: 299.6 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_34090_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_34090_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : VTC complex

全体名称: VTC complex
要素
  • 複合体: VTC complex
    • タンパク質・ペプチド: Vacuolar transporter chaperone 4
    • タンパク質・ペプチド: Vacuolar transporter chaperone 1
    • タンパク質・ペプチド: Vacuolar transporter chaperone 3
  • リガンド: INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE
  • リガンド: 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE
  • リガンド: PHOSPHATE ION

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超分子 #1: VTC complex

超分子名称: VTC complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

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分子 #1: Vacuolar transporter chaperone 4

分子名称: Vacuolar transporter chaperone 4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 86.425984 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MAKFGEHLSK SLIRQYSYYY ISYDDLKTEL EDNLSKNNGQ WTQELETDFL ESLEIELDKV YTFCKVKHSE VFRRVKEVQE QVQHTVRLL DSNNPPTQLD FEILEEELSD IIADVHDLAK FSRLNYTGFQ KIIKKHDKKT GFILKPVFQV RLDSKPFFKE N YDELVVKI ...文字列:
MAKFGEHLSK SLIRQYSYYY ISYDDLKTEL EDNLSKNNGQ WTQELETDFL ESLEIELDKV YTFCKVKHSE VFRRVKEVQE QVQHTVRLL DSNNPPTQLD FEILEEELSD IIADVHDLAK FSRLNYTGFQ KIIKKHDKKT GFILKPVFQV RLDSKPFFKE N YDELVVKI SQLYDIARTS GRPIKGDSSA GGKQQNFVRQ TTKYWVHPDN ITELKLIILK HLPVLVFNTN KEFEREDSAI TS IYFDNEN LDLYYGRLRK DEGAEAHALA WYGGMSTDTI FVERKTHRED WTGEKSVKAR FALKERHVND FLKGKYTVDQ VFA KMRKEG KKPMNEIENL EALASEIQYV MLKKKLRPVV RSFYNRTAFQ LPGDARVRIS LDTELTMVRE DNFDGVDRTH KNWR RTDIG VDWPFKQLDD KDICRFPYAV LNVKLQTQLG QEPPEWVREL VGSHLVEPVP KFSKFIHGVA TLLNDKVDSI PFWLP QMDV DIRKPPLPTN IEITRPGRSD NEDNDFDEDD EDDAALVAAM TNAPGNSLDI EESVGYGATS APTSNTNHVV ESANAA YYQ RKIRNAENPI SKKYYEIVAF FDHYFNGDQI SKIPKGTTFD TQIRAPPGKT ICVPVRVEPK VYFATERTYL SWLSISI LL GGVSTTLLTY GSPTAMIGSI GFFITSLAVL IRTVMVYAKR VVNIRLKRAV DYEDKIGPGM VSVFLILSIL FSFFCNLV A KLESAWSHPQ FEKGGGSGGG SGGSAWSHPQ FEK

UniProtKB: Vacuolar transporter chaperone complex subunit 4

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分子 #2: Vacuolar transporter chaperone 1

分子名称: Vacuolar transporter chaperone 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 15.943701 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
MASSAPLLQR TPGKKIALPT RVEPKVFFAN ERTFLSWLNF TVMLGGLGVG LLNFGDKIGR VSAGLFTFVA MGTMIYALVT YHWRAAAIR RRGSGPYDDR LGPTLLCFFL LVAVIINFIL RLKYNDANTK LLESAYPYDV PDYA

UniProtKB: Vacuolar transporter chaperone complex subunit 1

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分子 #3: Vacuolar transporter chaperone 3

分子名称: Vacuolar transporter chaperone 3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 100.120773 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MDYKDDDDKG DYKDDDDKID YKDDDDKGSM LFGIKLANDV YPPWKDSYID YERLKKLLKE SVIHDGRSSV DSWSERNESD FVEALDKEL EKVYTFQISK YNAVLRKLDD LEENTKSAEK IQKINSEQFK NTLEECLDEA QRLDNFDRLN FTGFIKIVKK H DKLHPNYP ...文字列:
MDYKDDDDKG DYKDDDDKID YKDDDDKGSM LFGIKLANDV YPPWKDSYID YERLKKLLKE SVIHDGRSSV DSWSERNESD FVEALDKEL EKVYTFQISK YNAVLRKLDD LEENTKSAEK IQKINSEQFK NTLEECLDEA QRLDNFDRLN FTGFIKIVKK H DKLHPNYP SVKSLLQVRL KELPFNNSEE YSPLLYRISY LYEFLRSNYD HPNTVSKSLA STSKLSHFSN LEDASFKSYK FW VHDDNIM EVKARILRHL PALVYASVPN ENDDFVDNLE SDVRVQPEAR LNIGSKSNSL SSDGNSNQDV EIGKSKSVIF PQS YDPTIT TLYFDNDFFD LYNNRLLKIS GAPTLRLRWI GKLLDKPDIF LEKRTFTENT ETGNSSFEEI RLQMKAKFIN NFIF KNDPS YKNYLINQLR ERGTQKEELE KLSRDFDNIQ NFIVEEKLQP VLRATYNRTA FQIPGDQSIR VTIDSNIMYI REDSL DKNR PIRNPENWHR DDIDSNIPNP LRFLRAGEYS KFPYSVMEIK VINQDNSQMP NYEWIKDLTN SHLVNEVPKF SLYLQG VAS LFGEDDKYVN ILPFWLPDLE TDIRKNPQEA YEEEKKTLQK QKSIHDKLDN MRRLSKISVP DGKTTERQGQ KDQNTRH VI ADLEDHESSD EEGTALPKKS AVKKGKKFKT NAAFLKILAG KNISENGNDP YSDDTDSASS FQLPPGVKKP VHLLKNAG P VKVEAKVWLA NERTFNRWLS VTTLLSVLTF SIYNSVQKAE FPQLADLLAY VYFFLTLFCG VWAYRTYLKR LTLIKGRSG KHLDAPVGPI LVAVVLIVTL VVNFSVAFKE AARRERGLVN VSSQPSLPRT LKPIQDFIFN LVGE

UniProtKB: Vacuolar transporter chaperone 3 complex subunit 3

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分子 #4: INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE

分子名称: INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 3 / 式: IHP
分子量理論値: 660.035 Da
Chemical component information

ChemComp-IHP:
INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE / フィチン酸

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分子 #5: 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE

分子名称: 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 2 / 式: PC1
分子量理論値: 790.145 Da
Chemical component information

ChemComp-PC1:
1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / リン脂質*YM

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分子 #6: PHOSPHATE ION

分子名称: PHOSPHATE ION / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 2 / 式: PO4
分子量理論値: 94.971 Da
Chemical component information

ChemComp-PO4:
PHOSPHATE ION / ホスファ-ト

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度6.5 mg/mL
緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 55.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.2 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 734934
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: cryoSPARC

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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