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- EMDB-33989: Cryo-EM structure of the N-terminal domain of hMCM8/9 and HROB -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-33989
タイトルCryo-EM structure of the N-terminal domain of hMCM8/9 and HROB
マップデータcomplex of human MCM8/9 NTD and HROB
試料
  • 複合体: Minichromosome maintenance 8 and 9
    • タンパク質・ペプチド: DNA helicase MCM8
    • タンパク質・ペプチド: DNA helicase MCM9
キーワードMCM8/9 / HYDROLASE
機能・相同性
機能・相同性情報


MutLbeta complex binding / MutSbeta complex binding / recombinational interstrand cross-link repair / MCM8-MCM9 complex / male gamete generation / mismatch repair involved in maintenance of fidelity involved in DNA-dependent DNA replication / CDC6 association with the ORC:origin complex / MutSalpha complex binding / E2F-enabled inhibition of pre-replication complex formation / female gamete generation ...MutLbeta complex binding / MutSbeta complex binding / recombinational interstrand cross-link repair / MCM8-MCM9 complex / male gamete generation / mismatch repair involved in maintenance of fidelity involved in DNA-dependent DNA replication / CDC6 association with the ORC:origin complex / MutSalpha complex binding / E2F-enabled inhibition of pre-replication complex formation / female gamete generation / Unwinding of DNA / MCM complex / DNA duplex unwinding / single-stranded DNA helicase activity / Activation of the pre-replicative complex / Activation of ATR in response to replication stress / DNA helicase activity / protein localization to chromatin / double-strand break repair via homologous recombination / Orc1 removal from chromatin / chromosome / single-stranded DNA binding / DNA helicase / protein stabilization / cell cycle / DNA damage response / chromatin binding / protein-containing complex binding / enzyme binding / ATP hydrolysis activity / nucleoplasm / ATP binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
MCM OB domain / MCM OB domain / Mini-chromosome maintenance protein / MCM, AAA-lid domain / MCM P-loop domain / MCM AAA-lid domain / MCM family domain profile. / minichromosome maintenance proteins / MCM domain / ATPases associated with a variety of cellular activities ...MCM OB domain / MCM OB domain / Mini-chromosome maintenance protein / MCM, AAA-lid domain / MCM P-loop domain / MCM AAA-lid domain / MCM family domain profile. / minichromosome maintenance proteins / MCM domain / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / Nucleic acid-binding, OB-fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA helicase MCM9 / DNA helicase MCM8
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.95 Å
データ登録者Zheng JF / Weng ZF / Liu YF
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31530015 中国
引用ジャーナル: Elife / 年: 2023
タイトル: Structural and mechanistic insights into the MCM8/9 helicase complex.
著者: Zhuangfeng Weng / Jiefu Zheng / Yiyi Zhou / Zuer Lu / Yixi Wu / Dongyi Xu / Huanhuan Li / Huanhuan Liang / Yingfang Liu /
要旨: MCM8 and MCM9 form a functional helicase complex (MCM8/9) that plays an essential role in DNA homologous recombination repair for DNA double-strand break. However, the structural characterization of ...MCM8 and MCM9 form a functional helicase complex (MCM8/9) that plays an essential role in DNA homologous recombination repair for DNA double-strand break. However, the structural characterization of MCM8/9 for DNA binding/unwinding remains unclear. Here, we report structures of the MCM8/9 complex using cryo-electron microscopy single particle analysis. The structures reveal that MCM8/9 is arranged into a heterohexamer through a threefold symmetry axis, creating a central channel that accommodates DNA. Multiple characteristic hairpins from the N-terminal oligosaccharide/oligonucleotide (OB) domains of MCM8/9 protrude into the central channel and serve to unwind the duplex DNA. When activated by HROB, the structure of MCM8/9's N-tier ring converts its symmetry from to with a conformational change that expands the MCM8/9's trimer interface. Moreover, our structural dynamic analyses revealed that the flexible C-tier ring exhibited rotary motions relative to the N-tier ring, which is required for the unwinding ability of MCM8/9. In summary, our structural and biochemistry study provides a basis for understanding the DNA unwinding mechanism of MCM8/9 helicase in homologous recombination.
履歴
登録2022年8月2日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年8月9日-
マップ公開2023年8月9日-
更新2023年12月6日-
現状2023年12月6日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_33989.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_33989.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈complex of human MCM8/9 NTD and HROB
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.827 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.05
最小 - 最大-0.16640186 - 0.3611392
平均 (標準偏差)0.0009943253 (±0.0135401245)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 211.712 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: half map A

ファイルemd_33989_half_map_1.map
注釈half map A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map B

ファイルemd_33989_half_map_2.map
注釈half map B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Minichromosome maintenance 8 and 9

全体名称: Minichromosome maintenance 8 and 9
要素
  • 複合体: Minichromosome maintenance 8 and 9
    • タンパク質・ペプチド: DNA helicase MCM8
    • タンパク質・ペプチド: DNA helicase MCM9

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超分子 #1: Minichromosome maintenance 8 and 9

超分子名称: Minichromosome maintenance 8 and 9 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: DNA helicase MCM8

分子名称: DNA helicase MCM8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA helicase
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 35.482418 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: TPQSMQSTLD RFIPYKGWKL YFSEVYSDSS PLIEKIQAFE KFFTRHIDLY DKDEIERKGS ILVDFKELTE GGEVTNLIPD IATELRDAP EKTLACMGLA IHQVLTKDLE RHAAELQAQE GLSNDGETMV NVPHIHARVY NYEPLTQLKN VRANYYGKYI A LRGTVVRV ...文字列:
TPQSMQSTLD RFIPYKGWKL YFSEVYSDSS PLIEKIQAFE KFFTRHIDLY DKDEIERKGS ILVDFKELTE GGEVTNLIPD IATELRDAP EKTLACMGLA IHQVLTKDLE RHAAELQAQE GLSNDGETMV NVPHIHARVY NYEPLTQLKN VRANYYGKYI A LRGTVVRV SNIKPLCTKM AFLCAACGEI QSFPLPDGKY SLPTKCPVPV CRGRSFTALR SSPLTVTMDW QSIKIQELMS DD QREAGRI PRTIECELVH DLVDSCVPGD TVTITGIVKV SNAEEGSRNK NDKCMFLLYI EANSISNSKG QKTKSSEDG

UniProtKB: DNA helicase MCM8

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分子 #2: DNA helicase MCM9

分子名称: DNA helicase MCM9 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA helicase
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 31.572082 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MNSDQVTLVG QVFESYVSEY HKNDILLILK ERDEDAHYPV VVNAMTLFET NMEIGEYFNM FPSEVLTIFD SALRRSALTI LQSLSQPEA VSMKQNLHAR ISGLPVCPEL VREHIPKTKD VGHFLSVTGT VIRTSLVKVL EFERDYMCNK CKHVFVIKAD F EQYYTFCR ...文字列:
MNSDQVTLVG QVFESYVSEY HKNDILLILK ERDEDAHYPV VVNAMTLFET NMEIGEYFNM FPSEVLTIFD SALRRSALTI LQSLSQPEA VSMKQNLHAR ISGLPVCPEL VREHIPKTKD VGHFLSVTGT VIRTSLVKVL EFERDYMCNK CKHVFVIKAD F EQYYTFCR PSSCPSLESC DSSKFTCLSG LSSSPTRCRD YQEIKIQEQV QRLSVGSIPR SMKVILEDDL VDSCKSGDDL TI YGIVMQR WKPFQQDVRC EVEIVLKANY IQVNNEQSS

UniProtKB: DNA helicase MCM9

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
グリッド材質: COPPER
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

7dp3


詳細: 7DP3 and 7DPD
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.95 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 95257
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL
得られたモデル

PDB-7yox:
Cryo-EM structure of the N-terminal domain of hMCM8/9 and HROB

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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