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基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||
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タイトル | Complex structure of Neuropeptide Y Y2 receptor in complex with PYY(3-36) and Gi | |||||||||
![]() | Composite map | |||||||||
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機能・相同性 | ![]() peptide YY receptor activity / ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Kang H / Park C / Kim J / Choi H-J | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structural basis for Y2 receptor-mediated neuropeptide Y and peptide YY signaling. 著者: Hyunook Kang / Chaehee Park / Yeol Kyo Choi / Jungnam Bae / Sohee Kwon / Jinuk Kim / Chulwon Choi / Chaok Seok / Wonpil Im / Hee-Jung Choi / ![]() ![]() 要旨: Neuropeptide Y (NPY) and its receptors are expressed in various human tissues including the brain where they regulate appetite and emotion. Upon NPY stimulation, the neuropeptide Y1 and Y2 receptors ...Neuropeptide Y (NPY) and its receptors are expressed in various human tissues including the brain where they regulate appetite and emotion. Upon NPY stimulation, the neuropeptide Y1 and Y2 receptors (YR and YR, respectively) activate G signaling, but their physiological responses to food intake are different. In addition, deletion of the two N-terminal amino acids of peptide YY (PYY(3-36)), the endogenous form found in circulation, can stimulate YR but not YR, suggesting that YR and YR may have distinct ligand-binding modes. Here, we report the cryo-electron microscopy structures of the PYY(3-36)‒YR‒G and NPY‒YR‒G complexes. Using cell-based assays, molecular dynamics simulations, and structural analysis, we revealed the molecular basis of the exclusive binding of PYY(3-36) to YR. Furthermore, we demonstrated that YR favors G protein signaling over β-arrestin signaling upon activation, whereas YR does not show a preference between these two pathways. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 228.8 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 26.1 KB 26.1 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 88.1 KB | ||
その他 | ![]() ![]() | 230 MB 230.1 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 7yonMC ![]() 7yooC C: 同じ文献を引用 ( M: このマップから作成された原子モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||
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注釈 | Composite map | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.849 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-追加マップ: Local refined map of G-protein complex
ファイル | emd_33984_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Local refined map of G-protein complex | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: Local refined map of PYY(3-36)-Y2R
ファイル | emd_33984_additional_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Local refined map of PYY(3-36)-Y2R | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
+全体 : Complex structure of PYY(3-36)-Y2R-Gi-scFv16
+超分子 #1: Complex structure of PYY(3-36)-Y2R-Gi-scFv16
+超分子 #2: Guanine nucleotide-binding protein
+超分子 #3: scFv16
+超分子 #4: PYY(3-36)
+分子 #1: Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1
+分子 #2: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
+分子 #3: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
+分子 #4: Peptide YY(3-36)
+分子 #5: Neuropeptide Y receptor type 2
+分子 #6: single-chain antibody Fv fragment (scFv16)
+分子 #7: water
-実験情報
-構造解析
手法 | ![]() |
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![]() | ![]() |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
濃度 | 10 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.5 |
グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 278 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD![]() |
特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV |
試料ステージ | ホルダー冷却材: NITROGEN |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 60.5 e/Å2 |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
粒子像選択 | 選択した数: 12262301 |
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初期モデル | モデルのタイプ: OTHER 詳細: Initial 3D volume generated by ab initio reconstruction |
初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.2) |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.2) |
最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.95 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.2) / 使用した粒子像数: 359459 |