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- EMDB-33762: The cryo-EM structure of C. crescentus GcrA-TACdown -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-33762
タイトルThe cryo-EM structure of C. crescentus GcrA-TACdown
マップデータ
試料
  • 複合体: The cryo-EM structure of C. crescentus GcrA-TACdown
    • 複合体: DNA-directed RNA polymerase/RpoD/GcrA
      • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha
      • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit beta
      • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'
      • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit omega
      • タンパク質・ペプチド: RNA polymerase sigma factor RpoD
      • タンパク質・ペプチド: Cell cycle regulatory protein GcrA
    • 複合体: DNA
      • DNA: DNA (90-MER)-non template
      • DNA: DNA (90-MER)-template
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: MAGNESIUM ION
キーワードtranscription activator / TRANSCRIPTION
機能・相同性
機能・相同性情報


sigma factor activity / DNA-directed RNA polymerase complex / DNA-templated transcription initiation / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / DNA-directed RNA polymerase / protein dimerization activity / DNA-templated transcription / magnesium ion binding / DNA binding ...sigma factor activity / DNA-directed RNA polymerase complex / DNA-templated transcription initiation / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / DNA-directed RNA polymerase / protein dimerization activity / DNA-templated transcription / magnesium ion binding / DNA binding / zinc ion binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
GcrA cell cycle regulator / GcrA cell cycle regulator / RNA polymerase sigma factor 70, non-essential domain / Sigma-70, non-essential region / RNA polymerase sigma factor 70, region 1.1 / Sigma-70 factor, region 1.1 superfamily / Sigma-70 factor, region 1.1 / Sigma-70 factors family signature 1. / RNA polymerase sigma factor RpoD, C-terminal / RNA polymerase sigma factor RpoD ...GcrA cell cycle regulator / GcrA cell cycle regulator / RNA polymerase sigma factor 70, non-essential domain / Sigma-70, non-essential region / RNA polymerase sigma factor 70, region 1.1 / Sigma-70 factor, region 1.1 superfamily / Sigma-70 factor, region 1.1 / Sigma-70 factors family signature 1. / RNA polymerase sigma factor RpoD, C-terminal / RNA polymerase sigma factor RpoD / : / RNA polymerase sigma-70 region 1.2 / Sigma-70 factor, region 1.2 / RNA polymerase sigma-70 region 3 / Sigma-70 region 3 / Sigma-70 factors family signature 2. / RNA polymerase sigma-70 / RNA polymerase sigma-70 region 4 / Sigma-70, region 4 / RNA polymerase sigma-70 region 2 / RNA polymerase sigma-70 like domain / Sigma-70 region 2 / RNA polymerase sigma factor, region 2 / RNA polymerase sigma factor, region 3/4-like / DNA-directed RNA polymerase, omega subunit / DNA-directed RNA polymerase, subunit beta-prime, bacterial type / DNA-directed RNA polymerase, beta subunit, external 1 domain superfamily / DNA-directed RNA polymerase, beta subunit, external 1 domain / RNA polymerase beta subunit external 1 domain / RNA polymerase, alpha subunit, C-terminal / Bacterial RNA polymerase, alpha chain C terminal domain / DNA-directed RNA polymerase, alpha subunit / DNA-directed RNA polymerase beta subunit, bacterial-type / RNA polymerase Rpb6 / RNA polymerase, subunit omega/Rpo6/RPB6 / RNA polymerase Rpb6 / RNA polymerase Rpb1, domain 3 superfamily / RPB6/omega subunit-like superfamily / RNA polymerase Rpb1, clamp domain superfamily / RNA polymerase Rpb2, domain 2 superfamily / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / DNA-directed RNA polymerase, subunit beta-prime / RNA polymerase Rpb1, domain 1 / RNA polymerase Rpb1, domain 1 / DNA-directed RNA polymerase, insert domain / DNA-directed RNA polymerase, RpoA/D/Rpb3-type / RNA polymerase Rpb3/RpoA insert domain / RNA polymerase Rpb3/Rpb11 dimerisation domain / RNA polymerases D / RNA polymerase, alpha subunit / RNA polymerase Rpb1, domain 5 / RNA polymerase Rpb1, domain 4 / RNA polymerase Rpb1, domain 2 / RNA polymerase Rpb1, domain 5 / RNA polymerase Rpb1, domain 4 / RNA polymerase, beta subunit, protrusion / RNA polymerase beta subunit / RNA polymerase, N-terminal / RNA polymerase Rpb1, funnel domain superfamily / RNA polymerase I subunit A N-terminus / DNA-directed RNA polymerase, insert domain superfamily / RNA polymerase, RBP11-like subunit / RNA polymerase Rpb2, domain 2 / RNA polymerase Rpb2, domain 2 / RNA polymerase, beta subunit, conserved site / RNA polymerase Rpb2, domain 7 / RNA polymerase Rpb2, domain 3 / RNA polymerase Rpb2, OB-fold / RNA polymerase Rpb2, domain 7 / RNA polymerase Rpb2, domain 3 / RNA polymerases beta chain signature. / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2, hybrid-binding domain / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2 / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2, hybrid-binding domain superfamily / RNA polymerase Rpb2, domain 6 / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA-directed RNA polymerase subunit beta' / Cell cycle regulatory protein GcrA / RNA polymerase sigma factor RpoD / DNA-directed RNA polymerase subunit beta / DNA-directed RNA polymerase subunit alpha / DNA-directed RNA polymerase subunit omega
類似検索 - 構成要素
生物種Caulobacter vibrioides NA1000 (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.8 Å
データ登録者Wu XX / Zhang Y
資金援助 中国, 2件
OrganizationGrant number国
Other governmentXDB29020000 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31870047 中国
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2023
タイトル: Cryo-EM structures of Caulobacter crescentus transcription activation complex with an essential cell cycle regulator GcrA
著者: Wu XX / Zhang Y
履歴
登録2022年7月5日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年1月18日-
マップ公開2023年1月18日-
更新2024年7月3日-
現状2024年7月3日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_33762.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_33762.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1 Å/pix.
x 300 pix.
= 300. Å		1 Å/pix.
x 300 pix.
= 300. Å		1 Å/pix.
x 300 pix.
= 300. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.01
最小 - 最大-0.083160296 - 0.12107304
平均 (標準偏差)0.00022116763 (±0.002958923)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 300.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: #1

ファイルemd_33762_additional_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_33762_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_33762_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : The cryo-EM structure of C. crescentus GcrA-TACdown

全体名称: The cryo-EM structure of C. crescentus GcrA-TACdown
要素
  • 複合体: The cryo-EM structure of C. crescentus GcrA-TACdown
    • 複合体: DNA-directed RNA polymerase/RpoD/GcrA
      • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha
      • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit beta
      • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'
      • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit omega
      • タンパク質・ペプチド: RNA polymerase sigma factor RpoD
      • タンパク質・ペプチド: Cell cycle regulatory protein GcrA
    • 複合体: DNA
      • DNA: DNA (90-MER)-non template
      • DNA: DNA (90-MER)-template
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: MAGNESIUM ION

+
超分子 #1: The cryo-EM structure of C. crescentus GcrA-TACdown

超分子名称: The cryo-EM structure of C. crescentus GcrA-TACdown / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#8
由来(天然)生物種: Caulobacter vibrioides NA1000 (バクテリア)

+
超分子 #2: DNA-directed RNA polymerase/RpoD/GcrA

超分子名称: DNA-directed RNA polymerase/RpoD/GcrA / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#5, #8

+
超分子 #3: DNA

超分子名称: DNA / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #6-#7

+
分子 #1: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha

分子名称: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA-directed RNA polymerase
由来(天然)生物種: Caulobacter vibrioides NA1000 (バクテリア) / 株: NA1000
分子量理論値: 37.315523 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli DH5[alpha] (大腸菌)
配列文字列: MIERNWNELI RPEKPQIETG ADATRKARIV AEPLERGFGV TLGNALRRVL LSSLQGAAVT AIQIDGVVHE FSSLEGVRED VVDIVLNIK QLAVRMHAEG PKRMTLRATG PGPVTAGQIE TPADIEILNP DHVLCTLDDG ASVRMEFTVN NGKGYVPADR N RPEDAPIG ...文字列:
MIERNWNELI RPEKPQIETG ADATRKARIV AEPLERGFGV TLGNALRRVL LSSLQGAAVT AIQIDGVVHE FSSLEGVRED VVDIVLNIK QLAVRMHAEG PKRMTLRATG PGPVTAGQIE TPADIEILNP DHVLCTLDDG ASVRMEFTVN NGKGYVPADR N RPEDAPIG LIAVDALYSP VKRVAYRVEP TRQGQSLDYD KLILEVETNG AVTPVDAVAY AARILQDQLQ IFITFEEPKA KS ADESKPE LPFNPALLKK VDELELSVRS ANCLKNDNIV YIGDLIQKTE AEMLRTPNFG RKSLNEIKEV LAGMGLHLGM DVP NWPPEN IEDLAKKFED QI

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha

+
分子 #2: DNA-directed RNA polymerase subunit beta

分子名称: DNA-directed RNA polymerase subunit beta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA-directed RNA polymerase
由来(天然)生物種: Caulobacter vibrioides NA1000 (バクテリア) / 株: NA1000
分子量理論値: 151.085609 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli DH5[alpha] (大腸菌)
配列文字列: MAQSFTGKKR IRKSFGRIPE AVQMPNLIEV QRSSYEQFLQ RETRPGLRRD EGVEAVFKSV FPIKDFNERA VLEYVSYEFE EPKYDVEEC IQRDMTFAAP LKVKLRLIVF ETEEETGARS VKDIKEQDVY MGDIPLMTDK GTFIVNGTER VIVSQMHRSP G VFFDHDKG ...文字列:
MAQSFTGKKR IRKSFGRIPE AVQMPNLIEV QRSSYEQFLQ RETRPGLRRD EGVEAVFKSV FPIKDFNERA VLEYVSYEFE EPKYDVEEC IQRDMTFAAP LKVKLRLIVF ETEEETGARS VKDIKEQDVY MGDIPLMTDK GTFIVNGTER VIVSQMHRSP G VFFDHDKG KTHASGKLLF AARVIPYRGS WLDFEFDAKD IVYVRIDRRR KLPATTFLYA LGMDGEEILT TFYDVVPFEK RS GGWATPY KPERWRGVKP EFPLVDADTG EEVAPAGTKI TARQAKKFAD GGLKTLLLAP EALTGRYLAR DAVNMATGEI YAE AGDELD VTSIQALADQ GFSTIDVLDI DHVTVGAYMR NTLRVDKNAI REDALFDIYR VMRPGEPPTV EAAEAMFKSL FFDA ERYDL SSVGRVKMNM RLEQDVSDEV RILRKEDVLA VLKVLVGLRD GRGEIDDIDN LGNRRVRSVG ELLENQYRVG LLRME RAIK ERMSSVDIDT VMPHDLINAK PAAAAVREFF GSSQLSQFMD QTNPLSEITH KRRLSALGPG GLTRERAGFE VRDVHP THY GRICPIETPE GPNIGLINSL ATHARVNKYG FIESPYRRVK DGKPQDEVVY MSAMEESKHV IAQSNIKVAE GEIVEDL VP GRINGEPTLL QKETVDLMDV SPRQVVSVAA ALIPFLENDD ANRALMGSNM QRQAVPLVQS DAPLVGTGME AVVARDSG A VVIAKRTGVV EQIDGTRIVI RATEETDPAR SGVDIYRMSK FQRSNQSTCI NQRPLVKVGD RIVAGDIIAD GPSTELGEL ALGRNALVAF MPWNGYNFED SILISERIVR DDVFTSIHIE EFEVMARDTK LGPEEITRDI PNVGEEALRN LDEAGIVAIG AEVQPGDIL VGKVTPKGES PMTPEEKLLR AIFGEKASDV RDTSLRLPPG VAGTIVDVRV FNRHGVDKDE RALAIERAEI D RLGKDRDD EFAILNRNIS GRLKELLIGK VALSGPKGLS RGEITAEGLA QVASGLWWQI ALEDEKAMGE LESLRRLFDE NR KRLDRRF EDKVDKLQRG DELPPGVMKM VKVFVAVKRK LQPGDKMAGR HGNKGVISRI LPIEDMPFLA DGTHVDVVLN PLG VPSRMN VGQIFETHLG WACANLGKQI TNLLEDWQQG GQKQALVERL TEIYGPDEEL PDTEEGLVEL ARNLGKGVPI ATPV FDGAR MDDIEGHLEM AGVNKSGQSI LFDGLTGEQF KRPVTVGYIY MLKLHHLVDD KIHARSIGPY SLVTQQPLGG KAQFG GQRF GEMEVWALEA YGAAYTLQEM LTVKSDDVAG RTKVYESIVR GDDTFEAGIP ESFNVLVKEM RSLGLNVELE NS

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase subunit beta

+
分子 #3: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'

分子名称: DNA-directed RNA polymerase subunit beta' / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA-directed RNA polymerase
由来(天然)生物種: Caulobacter vibrioides NA1000 (バクテリア) / 株: NA1000
分子量理論値: 154.467 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli DH5[alpha] (大腸菌)
配列文字列: MNQEVLNIFN PVQAAPTFDQ IRISLASPEK IRSWSFGEIK KPETINYRTF KPERDGLFCA RIFGPTKDYE CLCGKYKRMK YKGIICEKC GVEVTLARVR RERMGHIELA SPVAHIWFLK SLPSRIAMML DMPLKDIERV LYFEYYIVTE PGLTPLKQHQ L LSEDDYMR ...文字列:
MNQEVLNIFN PVQAAPTFDQ IRISLASPEK IRSWSFGEIK KPETINYRTF KPERDGLFCA RIFGPTKDYE CLCGKYKRMK YKGIICEKC GVEVTLARVR RERMGHIELA SPVAHIWFLK SLPSRIAMML DMPLKDIERV LYFEYYIVTE PGLTPLKQHQ L LSEDDYMR AQEEYGDDSF TAEIGAEAIQ NLLKAIDLEK EAERLREELS GTVSDMKQKK FSKRLKILEA FQESGNRPEW MV LTVVPVI PPELRPLVPL DGGRFATSDL NDLYRRVINR NNRLKRLIEL RAPDIIIRNE KRMLQESVDA LFDNGRRGRV ITG ANKRPL KSLADMLKGK QGRFRQNLLG KRVDYSGRSV IVVGPELKLH ECGLPKKMAL ELFKPFIYAR LDAKGLSGTV KQSK RMVER EQPQVWDILE EVIREHPVLL NRAPTLHRLG IQAFEPKLIE GKAIQLHPLV CAAFNADFDG DQMAVHVPLS LEAQL EARV LMMSTNNILS PANGRPIIVP SQDIVLGLYY LSVARDGEPG EGKIFADLGE IEAAMDAGVV SLHAKIKARH TEMTPE GVL LRKVIDTTPG RMKIAALLPH HPQIGHRLIE KALTKKEIGN LIDIVYRHCG QKATVIFADK VMGLGFKEAA KAGISFG KD DIIIPVRKTA IVEETRKLAE EYEQQYADGL ITKGEKYNKV VDAWAKATDR VADEMMAELQ MKHKDENGRE KEINAIYM M AHSGARGSQA QMKQLGGMRG LMAKPSGEII ETPIVSNFKE GLTVQEYFNS THGARKGLAD TALKTANSGY LTRRLVDVA QDCIIVEEDC GTTKGITLRA VVEGGDVLVS LGSRVLGRFT AEDVKDPGTG ELVVPADTYI DENIADAIEA AVVQSVKVRS VLTCEAKIG VCGACYGRDL ARGTPVNIGE AVGVIAAQSI GEPGTQLTMR TFHIGGTAQV AEQSFFEASN EGTVRVIGPT V VGSDGALV IMSRNTSVSV LVDGKERETY KPPYGARLRV KDGDLVKRGQ RLGDWDPYTT PIITEVAGKI RAEDLVDGLS IR EEVDEAT GIAQRVVADW RTSARGSDLR PAMGVLSEDG SYKRLSNGGE ARYLLSAGAI LSVADGDEVK PGEVIARIPT EGA KTRDIT GGLPRVAELF EARRPKDCAV IAEMDGRVEF GKDYKNKRRI KITPDVDADG NQPEAVEFLI PKGKHIAVHD GDYI TKGEY IIDGNPDPHD ILRILGVEAL ANFLVDEIQE VYRLQGVPIN DKHIETIVRQ MLQKVEILEP GDTGLIKGDH LDKPE FDKE QEKAIARGGR PAVTQPVLLG ITKASLQTKS FISAASFQET TRVLTEASVH GKTDTLEGLK ENVIVGRLIP AGTGSY LRS LQRVAAKRDE QLAQQREDAM EPLPAEIALS DAE

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'

+
分子 #4: DNA-directed RNA polymerase subunit omega

分子名称: DNA-directed RNA polymerase subunit omega / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA-directed RNA polymerase
由来(天然)生物種: Caulobacter vibrioides NA1000 (バクテリア) / 株: NA1000
分子量理論値: 13.289844 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli DH5[alpha] (大腸菌)
配列文字列:
MARVTVEDCV EKVPNRFALV LLSAHRARGI SAGAALMVDR DNDKNPVVAL REIADDVIDH EGLKEHLIST LQRVDEHTEA EEEAETLAL LADPSHMQMS ELELVRALQS DRDGGQEERY

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase subunit omega

+
分子 #5: RNA polymerase sigma factor RpoD

分子名称: RNA polymerase sigma factor RpoD / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Caulobacter vibrioides NA1000 (バクテリア) / 株: NA1000
分子量理論値: 72.770172 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli DH5[alpha] (大腸菌)
配列文字列: MSNNSSAETE APETTGGDGP LLDLTDAGVK KFIKQAKARG YVTMDELNKV LPSEEVSPDA IEDTLAMLSE MGVNVVEAEE DAENAEGGE VATRDENTTV IASDKPAAYD RTDDPVRMYL REMGSVELLS REGEIAIAKR IEAGRDTMIR GLCESALTFE A IMVWREEL ...文字列:
MSNNSSAETE APETTGGDGP LLDLTDAGVK KFIKQAKARG YVTMDELNKV LPSEEVSPDA IEDTLAMLSE MGVNVVEAEE DAENAEGGE VATRDENTTV IASDKPAAYD RTDDPVRMYL REMGSVELLS REGEIAIAKR IEAGRDTMIR GLCESALTFE A IMVWREEL GTGRILLREV IDLEGTYAAI NGVAAQPAAE DDEGPAEPVD DEAGEAKAEG AEGEDEDDFD DGAGPTVSAM EG ELREGVM AILDAIASEF EAFRKLQDKL VGSRLKGEDL SDADRKAYEG LSATIIQHLK TLKLNNNRIE ALVEQLYAIN KRL IGLEGR LLRLADSYGI SRGEFLKAYF GSELNPTWSE QVKAMGVRWT KFVENDSQSV TDIRSEIAAL ATETGVPIDD YRRI VQTVQ KGEREARQAK KEMVEANLRL VISIAKKYTN RGLQFLDLIQ EGNIGLMKAV DKFEYRRGYK FSTYATWWIR QAITR SIAD QARTIRIPVH MIETINKIVR TSRQMLHEIG REPTPEELAE KLAMPLEKVR KVLKIAKEPI SLETPIGDEE DSHLGD FIE DKNAILPIDA AIQSNLRETT TRVLASLTPR EERVLRMRFG IGMNTDHTLE EVGQQFSVTR ERIRQIEAKA LRKLKHP SR SRKLRSFLDS

UniProtKB: RNA polymerase sigma factor RpoD

+
分子 #8: Cell cycle regulatory protein GcrA

分子名称: Cell cycle regulatory protein GcrA / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Caulobacter vibrioides NA1000 (バクテリア) / 株: NA1000
分子量理論値: 18.515287 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli DH5[alpha] (大腸菌)
配列文字列:
MSWTDERVST LKKLWLDGLS ASQIAKQLGG VTRNAVIGKV HRLGLSGRAA PSQPARPAFK APRPARPAAQ AMPSAPRRVT PVEAPTSVP VAAAPAPLPA FRHEEPGSAT VLTLGAHMCK WPIGDPSSEG FTFCGRRSSE GPYCVEHARV AYQPQQTKKK S GGAELARS LRRYI

UniProtKB: Cell cycle regulatory protein GcrA

+
分子 #6: DNA (90-MER)-non template

分子名称: DNA (90-MER)-non template / タイプ: dna / ID: 6 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Caulobacter vibrioides NA1000 (バクテリア)
分子量理論値: 27.89484 KDa
配列文字列: (DC)(DT)(DG)(DT)(DG)(DG)(DA)(DT)(DT)(DG) (DA)(DG)(DG)(DC)(DC)(DC)(DT)(DT)(DA)(DG) (DC)(DC)(DC)(DC)(DT)(DT)(DG)(DA)(DC) (DA)(DG)(DG)(DC)(DG)(DG)(DG)(DA)(DA)(DA) (DC) (DA)(DT)(DC)(DG)(DT) ...文字列:
(DC)(DT)(DG)(DT)(DG)(DG)(DA)(DT)(DT)(DG) (DA)(DG)(DG)(DC)(DC)(DC)(DT)(DT)(DA)(DG) (DC)(DC)(DC)(DC)(DT)(DT)(DG)(DA)(DC) (DA)(DG)(DG)(DC)(DG)(DG)(DG)(DA)(DA)(DA) (DC) (DA)(DT)(DC)(DG)(DT)(DG)(DT)(DT) (DA)(DA)(DC)(DC)(DT)(DT)(DC)(DG)(DA)(DT) (DT)(DA) (DA)(DG)(6MA)(DG)(DT)(DC)(DG) (DC)(DT)(DG)(6MA)(DG)(DT)(DC)(DG)(DC)(DG) (DA)(DC) (DG)(DC)(DA)(DG)(DA)(DA)(DG) (DG)(DA)(DT)(DC)

+
分子 #7: DNA (90-MER)-template

分子名称: DNA (90-MER)-template / タイプ: dna / ID: 7 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Caulobacter vibrioides NA1000 (バクテリア)
分子量理論値: 27.685711 KDa
配列文字列: (DG)(DA)(DT)(DC)(DC)(DT)(DT)(DC)(DT)(DG) (DC)(DG)(DT)(DC)(DG)(DC)(DG)(6MA)(DC) (DT)(DC)(DA)(DG)(DC)(DG)(6MA)(DC)(DT)(DC) (DT)(DT)(DA)(DA)(DT)(DC)(DG)(DA)(DA) (DG)(DG)(DT)(DT)(DA)(DA)(DC) ...文字列:
(DG)(DA)(DT)(DC)(DC)(DT)(DT)(DC)(DT)(DG) (DC)(DG)(DT)(DC)(DG)(DC)(DG)(6MA)(DC) (DT)(DC)(DA)(DG)(DC)(DG)(6MA)(DC)(DT)(DC) (DT)(DT)(DA)(DA)(DT)(DC)(DG)(DA)(DA) (DG)(DG)(DT)(DT)(DA)(DA)(DC)(DA)(DC)(DG) (DA)(DT)(DG)(DT)(DT)(DT)(DC)(DC)(DC)(DG) (DC)(DC)(DT)(DG)(DT)(DC)(DA)(DA)(DG) (DG)(DG)(DG)(DC)(DT)(DA)(DA)(DG)(DG)(DG) (DC) (DC)(DT)(DC)(DA)(DA)(DT)(DC)(DC) (DA)(DC)(DA)(DG)

+
分子 #9: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 9 / コピー数: 3 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

+
分子 #10: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 10 / コピー数: 1 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

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実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: NITROGEN

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 60.8 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.2 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

6ca0

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 109869
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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