+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-33756 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Structure of PfNT1(Y190A)-GFP in complex with GSK4 | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
| |||||||||
キーワード | malaria / nucleoside transporter / GSK4 / TRANSPORT PROTEIN / MEMBRANE PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Transport of nucleosides and free purine and pyrimidine bases across the plasma membrane / Ribavirin ADME / adenosine transport / Azathioprine ADME / nucleoside transmembrane transporter activity / purine nucleobase transport / bioluminescence / generation of precursor metabolites and energy / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.04 Å | |||||||||
データ登録者 | Wang C / Yu LY / Li JL / Ren RB / Deng D | |||||||||
資金援助 | 中国, 2件
| |||||||||
引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023 タイトル: Structural basis of the substrate recognition and inhibition mechanism of Plasmodium falciparum nucleoside transporter PfENT1. 著者: Chen Wang / Leiye Yu / Jiying Zhang / Yanxia Zhou / Bo Sun / Qingjie Xiao / Minhua Zhang / Huayi Liu / Jinhong Li / Jialu Li / Yunzi Luo / Jie Xu / Zhong Lian / Jingwen Lin / Xiang Wang / ...著者: Chen Wang / Leiye Yu / Jiying Zhang / Yanxia Zhou / Bo Sun / Qingjie Xiao / Minhua Zhang / Huayi Liu / Jinhong Li / Jialu Li / Yunzi Luo / Jie Xu / Zhong Lian / Jingwen Lin / Xiang Wang / Peng Zhang / Li Guo / Ruobing Ren / Dong Deng / 要旨: By lacking de novo purine biosynthesis enzymes, Plasmodium falciparum requires purine nucleoside uptake from host cells. The indispensable nucleoside transporter ENT1 of P. falciparum facilitates ...By lacking de novo purine biosynthesis enzymes, Plasmodium falciparum requires purine nucleoside uptake from host cells. The indispensable nucleoside transporter ENT1 of P. falciparum facilitates nucleoside uptake in the asexual blood stage. Specific inhibitors of PfENT1 prevent the proliferation of P. falciparum at submicromolar concentrations. However, the substrate recognition and inhibitory mechanism of PfENT1 are still elusive. Here, we report cryo-EM structures of PfENT1 in apo, inosine-bound, and inhibitor-bound states. Together with in vitro binding and uptake assays, we identify that inosine is the primary substrate of PfENT1 and that the inosine-binding site is located in the central cavity of PfENT1. The endofacial inhibitor GSK4 occupies the orthosteric site of PfENT1 and explores the allosteric site to block the conformational change of PfENT1. Furthermore, we propose a general "rocker switch" alternating access cycle for ENT transporters. Understanding the substrate recognition and inhibitory mechanisms of PfENT1 will greatly facilitate future efforts in the rational design of antimalarial drugs. | |||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
添付画像 |
---|
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_33756.map.gz | 27.1 MB | EMDBマップデータ形式 | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | emd-33756-v30.xml emd-33756.xml | 15.5 KB 15.5 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_33756_fsc.xml | 9 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_33756.png | 33.1 KB | ||
Filedesc metadata | emd-33756.cif.gz | 6.1 KB | ||
その他 | emd_33756_half_map_1.map.gz emd_33756_half_map_2.map.gz | 26.6 MB 26.6 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-33756 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-33756 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_33756_validation.pdf.gz | 770.8 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | emd_33756_full_validation.pdf.gz | 770.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_33756_validation.xml.gz | 12.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_33756_validation.cif.gz | 17.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-33756 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-33756 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
---|---|
「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_33756.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 28.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.1 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
|
-添付データ
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_33756_half_map_1.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_33756_half_map_2.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : nucleoside/nucleobase transporter fusion with GFP
全体 | 名称: nucleoside/nucleobase transporter fusion with GFP |
---|---|
要素 |
|
-超分子 #1: nucleoside/nucleobase transporter fusion with GFP
超分子 | 名称: nucleoside/nucleobase transporter fusion with GFP / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 詳細: the cDNA of the GFP was cloned into PfNT1 between K370 and K371 |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫) |
分子量 | 理論値: 47.5 kDa/nm |
-分子 #1: Nucleoside transporter 1,Green fluorescent protein
分子 | 名称: Nucleoside transporter 1,Green fluorescent protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 詳細: PfNT1(Y190A) fused with GFP the GFP was inserted into PfNT1 between K370 and K371 コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫) |
分子量 | 理論値: 77.035766 KDa |
組換発現 | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
配列 | 文字列: MHHHHHHHHH HSGDEVDAGS GHMSTGKESS KAYADIESRG DYKDDGKKGS TLSSKQHFML SLTFILIGLS SLNVWNTALG LNINFKYNT FQITGLVCSS IVALFVEIPK IMLPFLLGGL SILCAGFQIS HSFFTDTQFD TYCLVAFIVI GVVAGLAQTI A FNIGSTME ...文字列: MHHHHHHHHH HSGDEVDAGS GHMSTGKESS KAYADIESRG DYKDDGKKGS TLSSKQHFML SLTFILIGLS SLNVWNTALG LNINFKYNT FQITGLVCSS IVALFVEIPK IMLPFLLGGL SILCAGFQIS HSFFTDTQFD TYCLVAFIVI GVVAGLAQTI A FNIGSTME DNMGGYMSAG IGISGVFIFV INLLLDQFVS PEKHYGVNKA KLLALYIICE LCLILAIVFC VCNLDLTNKN NK KDEENKE NNATLSYMEL FKDSYKAILT MFLVNWLTLQ LFPGVGHKKW QESHNISDYN VTIIVGMFQV FDFLSRYPPN LTH IKIFKN FTFSLNKLLV ANSLRLLFIP WFILNACVDH PFFKNIVQQC VCMAMLAFTN GWFNTVPFLV FVKELKMVSK GEEL FTGVV PILVELDGDV NGHKFSVSGE GEGDATYGKL TLKFICTTGK LPVPWPTLVT TLTYGVQCFS RYPDHMKQHD FFKSA MPEG YVQERTIFFK DDGNYKTRAE VKFEGDTLVN RIELKGIDFK EDGNILGHKL EYNYNSHNVY IMADKQKNGI KANFKI RHN IEDGSVQLAD HYQQNTPIGD GPVLLPDNHY LSTQSALSKD PNEKRDHMVL LEFVTAAGIT LGMDELYKKA KKKKEIE II STFLVIAMFV GLFCGIWTTY IYNLFNIVLP KPDLPPIDVT Q UniProtKB: Nucleoside transporter 1, Green fluorescent protein, Nucleoside transporter 1 |
-分子 #2: 5-methyl-N-[2-(2-oxidanylideneazepan-1-yl)ethyl]-2-phenyl-1,3-oxa...
分子 | 名称: 5-methyl-N-[2-(2-oxidanylideneazepan-1-yl)ethyl]-2-phenyl-1,3-oxazole-4-carboxamide タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 1 / 式: IRX |
---|---|
分子量 | 理論値: 341.404 Da |
Chemical component information | ChemComp-IRX: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
---|---|
解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 6 |
---|---|
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
---|---|
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 平均電子線量: 52.452 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 1.8 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.1 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |