+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | SIDT2-pH5.5 plus miRNA | |||||||||
![]() | ||||||||||
![]() |
| |||||||||
![]() | membrane protein | |||||||||
機能・相同性 | ![]() nucleic acid transmembrane transporter activity / AP-1 adaptor complex binding / RNA transmembrane transporter activity / AP-2 adaptor complex binding / RNA transport / type B pancreatic cell development / regulation of insulin secretion involved in cellular response to glucose stimulus / type B pancreatic cell proliferation / RNA catabolic process / response to glucose ...nucleic acid transmembrane transporter activity / AP-1 adaptor complex binding / RNA transmembrane transporter activity / AP-2 adaptor complex binding / RNA transport / type B pancreatic cell development / regulation of insulin secretion involved in cellular response to glucose stimulus / type B pancreatic cell proliferation / RNA catabolic process / response to glucose / cell morphogenesis / double-stranded RNA binding / glucose homeostasis / lysosome / lysosomal membrane / DNA binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.87 Å | |||||||||
![]() | Gong DS | |||||||||
資金援助 | 1件
| |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural insight into the human SID1 transmembrane family member 2 reveals its lipid hydrolytic activity. 著者: Dandan Qian / Ye Cong / Runhao Wang / Quan Chen / Chuangye Yan / Deshun Gong / ![]() 要旨: The systemic RNAi-defective (SID) transmembrane family member 2 (SIDT2) is a putative nucleic acid channel or transporter that plays essential roles in nucleic acid transport and lipid metabolism. ...The systemic RNAi-defective (SID) transmembrane family member 2 (SIDT2) is a putative nucleic acid channel or transporter that plays essential roles in nucleic acid transport and lipid metabolism. Here, we report the cryo-electron microscopy (EM) structures of human SIDT2, which forms a tightly packed dimer with extensive interactions mediated by two previously uncharacterized extracellular/luminal β-strand-rich domains and the unique transmembrane domain (TMD). The TMD of each SIDT2 protomer contains eleven transmembrane helices (TMs), and no discernible nucleic acid conduction pathway has been identified within the TMD, suggesting that it may act as a transporter. Intriguingly, TM3-6 and TM9-11 form a large cavity with a putative catalytic zinc atom coordinated by three conserved histidine residues and one aspartate residue lying approximately 6 Å from the extracellular/luminal surface of the membrane. Notably, SIDT2 can hydrolyze C18 ceramide into sphingosine and fatty acid with a slow rate. The information presented advances the understanding of the structure-function relationships in the SID1 family proteins. | |||||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
添付画像 |
---|
-
ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 59.4 MB | ![]() | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 14 KB 14 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 8.4 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 123 KB | ||
Filedesc metadata | ![]() | 5.6 KB | ||
その他 | ![]() ![]() | 59.1 MB 59.1 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 904.1 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 903.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 16.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 21.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-
リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
---|
-
マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.0825 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
|
-添付データ
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_33637_half_map_1.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_33637_half_map_2.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-
試料の構成要素
-全体 : dimer of SIDT2
全体 | 名称: dimer of SIDT2 |
---|---|
要素 |
|
-超分子 #1: dimer of SIDT2
超分子 | 名称: dimer of SIDT2 / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
---|---|
由来(天然) | 生物種: ![]() |
-分子 #1: SID1 transmembrane family member 2
分子 | 名称: SID1 transmembrane family member 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 94.539938 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: MFALGLPFLV LLVASVESHL GVLGPKNVSQ KDAEFERTYV DEVNSELVNI YTFNHTVTRN RTEGVRVSVN VLNKQKGAPL LFVVRQKEA VVSFQVPLIL RGMFQRKYLY QKVERTLCQP PTKNESEIQF FYVDVSTLSP VNTTYQLRVS RMDDFVLRTG E QFSFNTTA ...文字列: MFALGLPFLV LLVASVESHL GVLGPKNVSQ KDAEFERTYV DEVNSELVNI YTFNHTVTRN RTEGVRVSVN VLNKQKGAPL LFVVRQKEA VVSFQVPLIL RGMFQRKYLY QKVERTLCQP PTKNESEIQF FYVDVSTLSP VNTTYQLRVS RMDDFVLRTG E QFSFNTTA AQPQYFKYEF PEGVDSVIVK VTSNKAFPCS VISIQDVLCP VYDLDNNVAF IGMYQTMTKK AAITVQRKDF PS NSFYVVV VVKTEDQACG GSLPFYPFAE DEPVDQGHRQ KTLSVLVSQA VTSEAYVSGM LFCLGIFLSF YLLTVLLACW ENW RQKKKT LLVAIDRACP ESGHPRVLAD SFPGSSPYEG YNYGSFENVS GSTDGLVDSA GTGDLSYGYQ GRSFEPVGTR PRVD SMSSV EEDDYDTLTD IDSDKNVIRT KQYLYVADLA RKDKRVLRKK YQIYFWNIAT IAVFYALPVV QLVITYQTVV NVTGN QDIC YYNFLCAHPL GNLSAFNNIL SNLGYILLGL LFLLIILQRE INHNRALLRN DLCALECGIP KHFGLFYAMG TALMME GLL SACYHVCPNY TNFQFDTSFM YMIAGLCMLK LYQKRHPDIN ASAYSAYACL AIVIFFSVLG VVFGKGNTAF WIVFSII HI IATLLLSTQL YYMGRWKLDS GIFRRILHVL YTDCIRQCSG PLYVDRMVLL VMGNVINWSL AAYGLIMRPN DFASYLLA I GICNLLLYFA FYIIMKLRSG ERIKLIPLLC IVCTSVVWGF ALFFFFQGLS TWQKTPAESR EHNRDCILLD FFDDHDIWH FLSSIAMFGS FLVLLTLDDD LDTVQRDKIY VF UniProtKB: SID1 transmembrane family member 2 |
-分子 #3: ZINC ION
分子 | 名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 2 / 式: ZN |
---|---|
分子量 | 理論値: 65.409 Da |
-分子 #4: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子 | 名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 8 / 式: NAG |
---|---|
分子量 | 理論値: 221.208 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-NAG: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
---|---|
![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-
試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 |
---|---|
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-
電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
---|---|
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 1.8 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.3 µm |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |