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- EMDB-33528: Cryo-EM structure of TOC-TIC supercomplex from Chlamydomonas rein... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-33528
タイトルCryo-EM structure of TOC-TIC supercomplex from Chlamydomonas reinhardtii
マップデータ
試料
  • 複合体: a membrane protein complex
    • タンパク質・ペプチド: x 14種
  • リガンド: x 6種
機能・相同性
機能・相同性情報


protein import into chloroplast stroma / protein targeting to chloroplast / chloroplast inner membrane / chloroplast outer membrane / chloroplast membrane / chloroplast organization / axoneme assembly / motile cilium / spermatid development / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 ...protein import into chloroplast stroma / protein targeting to chloroplast / chloroplast inner membrane / chloroplast outer membrane / chloroplast membrane / chloroplast organization / axoneme assembly / motile cilium / spermatid development / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / protein transport / membrane => GO:0016020 / hydrolase activity / GTP binding / membrane / nucleus / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
CCB3/YggT / Chloroplast protein import component Tic20 / Protein TIC56 / YGGT family / Chloroplast import apparatus Tic20-like / GYF domain 2 / GYF domain 2 / GTPase GIMA/IAN/Toc / AIG1-type guanine nucleotide-binding (G) domain / AIG1 family ...CCB3/YggT / Chloroplast protein import component Tic20 / Protein TIC56 / YGGT family / Chloroplast import apparatus Tic20-like / GYF domain 2 / GYF domain 2 / GTPase GIMA/IAN/Toc / AIG1-type guanine nucleotide-binding (G) domain / AIG1 family / AIG1-type G domain profile. / Possible plasma membrane-binding motif in junctophilins, PIP-5-kinases and protein kinases. / MORN motif / MORN repeat / Surface antigen D15-like / Bacterial surface antigen (D15) / Omp85 superfamily domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
AIG1-type G domain-containing protein / Flagellar associated protein / Uncharacterized protein / YggT family protein / Translocase of chloroplast 34 homolog, chloroplastic / Bacterial surface antigen (D15) domain-containing protein / Protein TIC 20 / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein ...AIG1-type G domain-containing protein / Flagellar associated protein / Uncharacterized protein / YggT family protein / Translocase of chloroplast 34 homolog, chloroplastic / Bacterial surface antigen (D15) domain-containing protein / Protein TIC 20 / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized membrane protein ycf78
類似検索 - 構成要素
生物種Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス) / Chlamydomonas smithii (クラミドモナス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.77 Å
データ登録者Liu H / Li AJ / Liu ZF
資金援助 中国, 4件
OrganizationGrant number国
Chinese Academy of SciencesYSBR-015 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31925024 中国
Chinese Academy of SciencesXDB37020101 中国
Ministry of Science and Technology (MoST, China)2017YFA0503702 中国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2023
タイトル: Architecture of chloroplast TOC-TIC translocon supercomplex.
著者: Hao Liu / Anjie Li / Jean-David Rochaix / Zhenfeng Liu /
要旨: Chloroplasts rely on the translocon complexes in the outer and inner envelope membranes (the TOC and TIC complexes, respectively) to import thousands of different nuclear-encoded proteins from the ...Chloroplasts rely on the translocon complexes in the outer and inner envelope membranes (the TOC and TIC complexes, respectively) to import thousands of different nuclear-encoded proteins from the cytosol. Although previous studies indicated that the TOC and TIC complexes may assemble into larger supercomplexes, the overall architectures of the TOC-TIC supercomplexes and the mechanism of preprotein translocation are unclear. Here we report the cryo-electron microscopy structure of the TOC-TIC supercomplex from Chlamydomonas reinhardtii. The major subunits of the TOC complex (Toc75, Toc90 and Toc34) and TIC complex (Tic214, Tic20, Tic100 and Tic56), three chloroplast translocon-associated proteins (Ctap3, Ctap4 and Ctap5) and three newly identified small inner-membrane proteins (Simp1-3) have been located in the supercomplex. As the largest protein, Tic214 traverses the inner membrane, the intermembrane space and the outer membrane, connecting the TOC complex with the TIC proteins. An inositol hexaphosphate molecule is located at the Tic214-Toc90 interface and stabilizes their assembly. Four lipid molecules are located within or above an inner-membrane funnel formed by Tic214, Tic20, Simp1 and Ctap5. Multiple potential pathways found in the TOC-TIC supercomplex may support translocation of different substrate preproteins into chloroplasts.
履歴
登録2022年6月2日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年1月11日-
マップ公開2023年1月11日-
更新2023年3月22日-
現状2023年3月22日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_33528.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_33528.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1000 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.675 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.15
最小 - 最大-0.3870784 - 0.9564988
平均 (標準偏差)0.00051257527 (±0.023445338)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ640640640
Spacing640640640
セルA=B=C: 432.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_33528_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_33528_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : a membrane protein complex

全体名称: a membrane protein complex
要素
  • 複合体: a membrane protein complex
    • タンパク質・ペプチド: Ctap3
    • タンパク質・ペプチド: Ctap4
    • タンパク質・ペプチド: Ctap5
    • タンパク質・ペプチド: Toc75
    • タンパク質・ペプチド: Toc90
    • タンパク質・ペプチド: Tic214
    • タンパク質・ペプチド: Protein TIC 20
    • タンパク質・ペプチド: Tic15
    • タンパク質・ペプチド: Simp3
    • タンパク質・ペプチド: Tic100
    • タンパク質・ペプチド: Tic56
    • タンパク質・ペプチド: Toc34
    • タンパク質・ペプチド: Simp2
    • タンパク質・ペプチド: Unknown peptide
  • リガンド: Digitonin
  • リガンド: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE
  • リガンド: HEXADECANE
  • リガンド: DODECANE
  • リガンド: INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE
  • リガンド: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE

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超分子 #1: a membrane protein complex

超分子名称: a membrane protein complex / タイプ: complex / ID: 1 / キメラ: Yes / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#14
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
分子量理論値: 812 KDa

+
分子 #1: Ctap3

分子名称: Ctap3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas smithii (クラミドモナス)
分子量理論値: 51.982613 KDa
配列文字列: MADGPSPIRI VLWNDGGESL AAGVEDEEQQ QVLHSFADLV GSAIDAVLEL PQFRHVEAVT AEAEEDEPGL SIGFDAGSGD GEVDIDNLK GRLDIAGLLL GSAQLPEELA EVAAVEVTDE EEGTTELQFT DEGLVQQLQA VVKRAKLEKR YNDWVAGVAE S LGPALDAA ...文字列:
MADGPSPIRI VLWNDGGESL AAGVEDEEQQ QVLHSFADLV GSAIDAVLEL PQFRHVEAVT AEAEEDEPGL SIGFDAGSGD GEVDIDNLK GRLDIAGLLL GSAQLPEELA EVAAVEVTDE EEGTTELQFT DEGLVQQLQA VVKRAKLEKR YNDWVAGVAE S LGPALDAA AGGVEVTEMP VDPYDVLQAV VAQLIRVAGV SPPAPSLFSR TGALVGGVLG APRSAVRQVT KRLGRAQRLW WR LEDVVVD GSKLALRLAV KAARPVLVGF VLHRVLKTLD RSRQLEYRLA RMGPEEAREA YYEAVLGKDW KQQLQADWDK ALE DVDAGL VTDEINHEKR LMTAAQLRRL EVEEWDKQRM KNFYLASFGG LRWFDQMEQA LHNPLFIESR GWTDPVQNWV GQNR TYMDD LPAGQYMAGV GNAAIRIKEA ELKRKLTDVE RAHVLARGGA VAGGLLPQQP TDPATLAVAV GGAFVPSVAG KR

+
分子 #2: Ctap4

分子名称: Ctap4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas smithii (クラミドモナス)
分子量理論値: 39.025082 KDa
配列文字列: MGASQESELD FVPRLSFLPI EWRSIGSAFG LKDKSGAAAN GRATFTVRQG VDAAELTSTG RVIDGQADVG ASLKLNTLAI GVSASNITF HSGLDDPTAA AAQRSSLIPS LKLTAAKQFK RDNYIAVSYD LKHQKPELSA CWTGEAGADR ATLLVNVDPV M RSVKLAAA ...文字列:
MGASQESELD FVPRLSFLPI EWRSIGSAFG LKDKSGAAAN GRATFTVRQG VDAAELTSTG RVIDGQADVG ASLKLNTLAI GVSASNITF HSGLDDPTAA AAQRSSLIPS LKLTAAKQFK RDNYIAVSYD LKHQKPELSA CWTGEAGADR ATLLVNVDPV M RSVKLAAA VRTPGPEWRK VLYNDETDLL EYPADDGARH TLYVQHEVRG RDLLHATRLG CRLDLGRLVN YVVDFVDYRI EE NIPSFVW NVPLLPQLYS LLVPADNDEQ VRHRITGWEL DVSHDFARSG LLPVVAISKT SKKLLGGGTL TASYDAAARE AGV SLSRKG VSVGARVARA EGAAGGLSAG WGRPSIHVAV EPLGLLQ

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分子 #3: Ctap5

分子名称: Ctap5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas smithii (クラミドモナス)
分子量理論値: 42.710965 KDa
配列文字列: MQLGQLRQPL RACQDQRLTR GVPLARRQLV VVSNWNPLGG KGGGNAEQPG GEEPIQDELL KLLRGGWVLL SNLALFLVFS SFLHRSLNW FVQTELLVAV GAPQQAGERV VGKFFEAIEW VERNILGWKL PGDEEAEDAT SKVYEVLQNY TPAEAAYSFA Q LKYKDLTH ...文字列:
MQLGQLRQPL RACQDQRLTR GVPLARRQLV VVSNWNPLGG KGGGNAEQPG GEEPIQDELL KLLRGGWVLL SNLALFLVFS SFLHRSLNW FVQTELLVAV GAPQQAGERV VGKFFEAIEW VERNILGWKL PGDEEAEDAT SKVYEVLQNY TPAEAAYSFA Q LKYKDLTH KERELFHKAY ALRHFERRDG RPGDVDAAEL QAVKDRLDPL EADRRAYAAA KAAGRLDEYW AAPGREATYQ RI VGAPRIA ARQCEMASML KGLQAVLPAM ELLAQLQVAQ FVYAASKASK SRQQDDFKLQ LQTFYGNVLD EQCQLRCMLL NVQ LPMALV TVFVPQYCFC LLDRVVLPRR ECGSASTLGS LLRACGRPGS ACHAGGCSAQ RRDPLTI

+
分子 #4: Toc75

分子名称: Toc75 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas smithii (クラミドモナス)
分子量理論値: 87.333289 KDa
配列文字列: MQGLKATPGL RASSGRPTLR TARTALVVRA HASQPSSSNH AEQQECSSSG SGVSVNQPSA LGRLGKFGLS SALSAFVLVP NFGGFGGNG GNRGGGGGGG GGGGSGGQGQ PDGGLPLPLY ELAEESSDEK EKQQKDDKRN WKNLVTDSED LEEKPGERSG T NRCVEIVI ...文字列:
MQGLKATPGL RASSGRPTLR TARTALVVRA HASQPSSSNH AEQQECSSSG SGVSVNQPSA LGRLGKFGLS SALSAFVLVP NFGGFGGNG GNRGGGGGGG GGGGSGGQGQ PDGGLPLPLY ELAEESSDEK EKQQKDDKRN WKNLVTDSED LEEKPGERSG T NRCVEIVI EGWPDVGNLP TADELKDLLT VQEGHIFEKQ DLLDDRRKLE IQYEDYIAEV EIRTEYVDGK SNHQRVVYKF TP HQFRGIN AIDIKGAALM PASEVERICN ECLPKQPYMV DIAVMDKVRN RIEQWYQSRG LPFCYVGFFD GMDDGILRAN VTE AKIDNV SVRFVRPKLT GDSELEYSVY DEGKVVKADK IIEASGFQRG HHYHVEDGYD AMNSIFACGL LEDINIEPEQ DPSD VNKIN VKIRCEEVQP KSMELDLDWS FQLKNGIPSI NRQSLIPGGS VEVSHENLFG NSESATLSLS ASDWRNPSAD LGFSV AYSE PFYKPHTTRN AQLFNTRKTS TIFTPGGESE VPPVFVDRFG LKGWTSQITG QDNKVEHALM LQLVSTLDEN GQVVAK GTK VQRGYYADNG PPTTNSGNGR DLSLSYQGFF ALDNVRFING NQLGERMLFQ VDQGLNPSIS LPGGRKLGLS GGIYNRA TA SYTKFLEAPF LPKLTTEQLW KERKAPNTVV LHAKAGNALG DVAAYDYFSL GGPYSVRGYS HGEIGAARRF LELATEVR V PLKNYGLPGT AYGFVEYATD LGSGRELNGN PTEYYRKPGR GMSYGLGLKA LGACRFEYAR DCNAGTGTFL VNFGERF

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分子 #5: Toc90

分子名称: Toc90 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas smithii (クラミドモナス)
分子量理論値: 102.415258 KDa
配列文字列: MGGGLPPKRS EVAESQPASS ASSSAAAPAP AAETAGPKLP PRPAGLGLGG AGLLPSRGAA AAPSAGSATG TPAAAASSSL QQQQQQPAP PATQPAAHAA PAAPAGLGGA GLKPMLPPRP AAAAGAGAAG AAAAKPTPAP APAAAPVPAA APPPRPAMPN P AAGMSLPP ...文字列:
MGGGLPPKRS EVAESQPASS ASSSAAAPAP AAETAGPKLP PRPAGLGLGG AGLLPSRGAA AAPSAGSATG TPAAAASSSL QQQQQQPAP PATQPAAHAA PAAPAGLGGA GLKPMLPPRP AAAAGAGAAG AAAAKPTPAP APAAAPVPAA APPPRPAMPN P AAGMSLPP RPVVAAAPPV LAAAGSDAVV DPSEDRRVQR VQRIAHDTRV RLIRAASRLG LAPRTDQVAQ FLQAIERSER MV GAQHYKG SRRVDLLAAA EREARLAEER EGAAAEAVAG LRVKILVLGM TGTGKTELIN SLLNRPAGSR TNAFREATRR VRV VRGDHN GIPLTFIDTP GLHASASRTA DNRAILRAVR AAYRWHKPDY VFYVDRLDAT RPGFGEMGLL GLITESLGAG VWRN TMAVL THAHAARTAF GGQYDVNSRQ RRNIVSQLLR QAAGDQQSRN PVFLADCHPA CPTNSLGQPV ILEGPTAVPW KQQLL VQLV GYKSYNVATS AFKDLAKAKA GKAAAGAAGG ARGPQDIFKQ MMRSRLPPMT FFVEQMSEGV LKPEGWATME TVAGLG EEV TEDEGAESFN HVYYRQMYEL AVAGDPWAQR EYAAMLRAYD KGCESYRASY EEADVDANVE YGVESYVVDP IDFGPSF DP EDMYSHRHAY AEAADAGVTV IPSQDYYGPE HDDPLNGIVF QYEAQPFSRH GWGGVPFDLT VCCEKDKTSL CLQGETHV S LVHSVPPFGP RHITQVTGSW EVLRPNIKDV MYQLEVDTFK DGLLGKSDHA GCGLMLARLG EGGDPRKGPT AVGVRLQDT LRVGPFKLEA CASKVAVQGP TGGKEEGWGA RAFVGYDWLP GLGMAFDFIQ ERTPEEGGKR LRGYGANFTY DWEALGAAFG MEVDYVAAS ESVFVSVNAF SGNDYRLGWL LLLPAVNYFK ETVSSLWARL RGAGGGEGEE GEELEEEGEG EEGDDEEAMM M MAQEGDL

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分子 #6: Tic214

分子名称: Tic214 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas smithii (クラミドモナス)
分子量理論値: 232.535719 KDa
配列文字列: MITFTFMSLV TSVKDYVEIT HKLIEIEPLK NYTEFGAVFT YFIFSIGEFF KNFFSFSFLN NIWSIPIIIP DIASAMISEV SVLDGYFHN AFTFLETSVN TTTNPSLVIF EKFVIGIINS LFLILPTSTS HLITLRRFVM QGLEAGYMAG LGTLAGNFLW L ASIILGWR ...文字列:
MITFTFMSLV TSVKDYVEIT HKLIEIEPLK NYTEFGAVFT YFIFSIGEFF KNFFSFSFLN NIWSIPIIIP DIASAMISEV SVLDGYFHN AFTFLETSVN TTTNPSLVIF EKFVIGIINS LFLILPTSTS HLITLRRFVM QGLEAGYMAG LGTLAGNFLW L ASIILGWR FFVIPWLSLD IFRYLLGFVL LVKYIWDSSK ERRMALEDLS KWKIFLLNFL LALTEQSCIY PFISNLSFGP DA SILEGFP VDNYPQFLLI HGAYLLGILF GSFSLLQFTC WFWENPAFSI YLWITTKSSL KISTSSYYKI LNFTFLYATM LCA IASIPY YGLDYTITNP IGLVPQDRIL NQKKSQSDPD KLITETAFLN LNPTDKNSRI RDGVHARRER WKQRLIKYQA FDAS TYDQG VYDFLTIEDL NYGFDRFWLR RKMRNHQIRF RLFPGPWMRS LKKQLNNPAN PSLETSTKAA SGPRVEFFRI LFEQF YHPN FHDRAAMQTN PAEARNKFIS TSPLASTESK KALNSTFSLG NINNSSTGIE GLVLTNTQAT LLPTDLQTKR TIKPGL IYT NSALRKFVRN VNTRLNLKLL NSKETNLTTK YKSQFIYSKR WKSIFSKIQP LQNGTTRKSY QLFRNVAKQI LVTPDAK SL KLITINQKLS LKERKLLELR TQYNNNSTLT TTAPLTLVRP LNVYLQKEEA FKRKLRYYGT MPMRKLTVGN QAPYFKAL M KRGFYYYKPT LRWRKTLYVA SLRRGFRKKS RKQRILVMPS NQQNFNNTLD NTKTNINQNN LANPLGGNEV PMYGADGEN SLITKPTHSY TVLGKRASRY RHQIYKDVLQ HWYYTPFNRL LMKFDVDAFI NRQPKSHFLT KNEERALHIR RFLLSEHYDT LRWYTYMQH YKTMKTNIGG TKSFANRAYN QQFQGTFKKI RHLFAITPKQ GDFYTLKFDQ PLYNDNKLKD NLYFHEELLT D YYNGTNLQ TNQTSNISVN STTTFIDNSL RTTQLPVPSS SFDIVNQSST LIGLTTMQNA LRKNVVESTL TSLNSDGEAA TS QPKLNFV YSELFVKLIK ECKKRIHDQT FLKNYITHRI EKREQLNQEQ TKELNKRLEK LKVWLNSDKG SISKLQNTPV QDP NISSPD KVLTTAMQKA VNESISLSGI MPSDKIKTTY GNLTNAYTIK TENAILTKLN VINQLTNNET TTQKNTLIKS IGVN KIQTV LQTIITNFKS SLYNQTQLLR VKTDKDLQWW RTKQRVITKR KSARKRDRFK KQIAVVNKKL AALSKKVETE KSNLY QTLY GNYEISDYLL RNVPTGSSAV IDSTVLRKKQ DNQAYLPKET NNVQFNSFVD SNNNVWQTFF AKKLRKKISS KGRRYR SLS LARYLTATRK PRLVGLDNLT KIDNITTLQG AFITKEEKQD SLNLTIQRKQ ELTNSLKKSQ IKKRSRHSWK KRSRHQF SR NHYKYRKRHT HGNGKLRVMN KKLKKFKATN ELRQWWWNSF LPRYLSNLQV NNSTLTNKNV SFKPLSNTNS VPSTNMAS P TTSRNLLDNL NSSNQISTSA SMNQNIVTES VKVETNQVYL PEGEKSFDIT SMTTTLPFYA GWDESLKKFV VTNRLLSRR DAGLSVNNNP QEINFTNPPI QGLNEGSFLY WQTEMPFNSY NIDQFITTNQ SFYAPLGWRR FEFRHSILKT WVNNTKAGNN NIKKKTLII SLKNLQPLKS SQQKQNQIKT KKLVARRIKK RYKLLKQMPN QLMYSPTGPL LTEVLPSHYI SVFDQQYRLP R NRYLKRNP LKTLKKTTLL ALMDSSKQTN GVNKEFTLRK RVKPRRKYHR KRFIKKDGLI FPRRTKFNTN TTLTGNALIT NN VNSIEED DLRWRPSSRT KQKRKDNTRS SAASKTKSNK RVKTNPLRLR QLRRREFQQV LKPLQRYIPQ NGGFTWPGDY LRL EIVEMP KLKSINIKKT SLKQKINVQP VGIMPRKYLI EKHNIKVLKK KLSQAYSTQQ LTKVVQEYKN LIQNSPPAI

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分子 #7: Protein TIC 20

分子名称: Protein TIC 20 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas smithii (クラミドモナス)
分子量理論値: 29.54548 KDa
配列文字列: MSALLSQASG FSGLALGSSA SSKRLCKPLC RRPAVCVQAA HRPASAVSSG VPSTGFGPVS PLQRRPTLPT RKLVVASSQS GGRAEDAEK QDWKFGRNEG PMTWPWKLMC AILYMLPWVD VTEKTVYFVE RFPAFVWTEY FSEPFEHWYN IHEYAPLFIF F ATYLGIVR ...文字列:
MSALLSQASG FSGLALGSSA SSKRLCKPLC RRPAVCVQAA HRPASAVSSG VPSTGFGPVS PLQRRPTLPT RKLVVASSQS GGRAEDAEK QDWKFGRNEG PMTWPWKLMC AILYMLPWVD VTEKTVYFVE RFPAFVWTEY FSEPFEHWYN IHEYAPLFIF F ATYLGIVR NKKIPHVARY HVMMGVMLDI VAMILIVTEE NLPTGVLWTP WSDLFYALMF WFIFLLVIYC LFFCFLGWYC EI PLISEGV YLQIEQAEQL GQ

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分子 #8: Tic15

分子名称: Tic15 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas smithii (クラミドモナス)
分子量理論値: 14.662776 KDa
配列文字列:
MDEEPPFNLA LNVYKGPASI PHASAEVFGA FFLATNTALL AHMFPGKLFG SELHVRKWDP DYLASCCNEQ GMRREALSGK KPNLWLLGG GPRLVNDSWE RMWWNNLHWK RWKVPRTGPA FPQDMYWQ

+
分子 #9: Simp3

分子名称: Simp3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas smithii (クラミドモナス)
分子量理論値: 21.18565 KDa
配列文字列:
MATCAAVSLA TAVFQVAAKY VNKARDAVAS ALPSPSNIDG VQQDWRQQVK ELKKHTRVLG FVLPLAKAFA AESLTSVYAR TFERAAFGF AKMYLFCLFM RVLLSWFPSI DWNSQPWAFL RLITEPYLQI YRGILPPLFG QLDFTPLFGF LILQDVVELM S PVYTLGHA KDTSMFWTTT DIMCYFDGH

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分子 #10: Tic100

分子名称: Tic100 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas smithii (クラミドモナス)
分子量理論値: 105.817695 KDa
配列文字列: MASKKGTDAP AALTDPLKED PTVIRDEAQF PEPSLYFKVF ESEAGEPEAK IRADVNKLYD RWIEKYGRRW PEDGINTEDM VWLAEEANK RKRAKPRPRG TVAAEKTEYE DEFMPDPTVG APVSAADAAK AARRAKKDRK KKKAAGGAEQ PAGPRTNYEK T VAGGKWVT ...文字列:
MASKKGTDAP AALTDPLKED PTVIRDEAQF PEPSLYFKVF ESEAGEPEAK IRADVNKLYD RWIEKYGRRW PEDGINTEDM VWLAEEANK RKRAKPRPRG TVAAEKTEYE DEFMPDPTVG APVSAADAAK AARRAKKDRK KKKAAGGAEQ PAGPRTNYEK T VAGGKWVT DEFESADYEA GNLEKLWDMY LWDREGKPTM MPDTPAAQQE GEESEDFDDF YTAYRPRDVD SEEAREAVWA TD EFESDED NTESEWAPEY VGAGLGLVAE DPLNPQYSLR HSNHPLAPFP GEPLKWASYV YPDFTTFEGL SKQSIPHGMG VMT FGTGTG AGFAMSQTRY GDKYEGEFQA GYAHGLGQFT SEASGEVYIG EFFAGQRHGC GMTLDMKPYF YLLERGVDPV EAYR RTAGA IMKNVEVRTW YRGNKLGDAK EDEVVEINVL KDELDDPFEI ALRNSLHDAK LRKWKAMSPQ DKAMDRIVSI IERVQ RRNP GRFGAYYRED EKGRVRPVLD SDGADTDFDS VDMIQGVDTD GDLGPGWEGA TDSEENPMDP RIRELMAAEG MDDKLE DEG FKDTVLGSAI INPYTGLDMK TYLDGKERHQ AELVSVYKAS REGRKYLNKV RKDKGGAAKD DESSYVEDDA ASGHPGA LL SREAEDDRLA RLYEQAGVSK EDERRVEGLA ARWRRLLAAD EEEVLGGAVG AFRRPGNPLA ANDSDTGFET ESDMMEMC D IPEILGTVQE ARQIVERARM WRFKPYGEVG LRMAQDANGS PVSLMQEPLH YPHGTKFMAP GPLGLCHAVP DDPSLRQEM AKVAHNYAAI YRMYNFDWDP EPGTVQYKID QRIRRAQELR NNAMARYLAA ADEVLRDGAA PAGEGDQALL LASTSTGAPE AFDGQGNAS GSGSSSALSS RGGSMFASMT LSRPAPMAGV VSLGRAARVV LGAFADAAKS VPMARPRLAR PSGRRQ

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分子 #11: Tic56

分子名称: Tic56 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas smithii (クラミドモナス)
分子量理論値: 28.046527 KDa
配列文字列: MSEPGAGPSD GQVVTRKIRL HKVMRPLDES SPSSQEQHMD RRLAEILPAI ADLPVPGPSG AGGSPADARA VEMRRLRGTQ QELAQMEAM ELATLFDMSK PHPLDNAAPA TPWKGELRPV PRKIVLSPYQ YEMINYQRML MRKNIWYYRD RMNVPRGPCP L HVVKEAWV ...文字列:
MSEPGAGPSD GQVVTRKIRL HKVMRPLDES SPSSQEQHMD RRLAEILPAI ADLPVPGPSG AGGSPADARA VEMRRLRGTQ QELAQMEAM ELATLFDMSK PHPLDNAAPA TPWKGELRPV PRKIVLSPYQ YEMINYQRML MRKNIWYYRD RMNVPRGPCP L HVVKEAWV SGIVDENTLF WGHGLYDWLP AKNIKLLLPM VRTPEVRFAT WIKRTFSLKP SLNRIREQRK EHRDPQEASL QV ELMR

+
分子 #12: Toc34

分子名称: Toc34 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
EC番号: 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与
由来(天然)生物種: Chlamydomonas smithii (クラミドモナス)
分子量理論値: 44.598613 KDa
配列文字列: MAQPPRPAEE YDDDVQEDED ELKEGELDDD ESHEAASEGG EAAAGDEEAE DDEQDEEDGD EDSQPWAGLN RLPERDDMLD ILNELRAEG RKQLTVLLLG KSSVGKSSLI NSLLGEAVVR VQAFKLQADT DITTTVVRQV AVGNSEVDGF RLKLIDTCGL E DPEAGDTV ...文字列:
MAQPPRPAEE YDDDVQEDED ELKEGELDDD ESHEAASEGG EAAAGDEEAE DDEQDEEDGD EDSQPWAGLN RLPERDDMLD ILNELRAEG RKQLTVLLLG KSSVGKSSLI NSLLGEAVVR VQAFKLQADT DITTTVVRQV AVGNSEVDGF RLKLIDTCGL E DPEAGDTV NLGALSKIAE DVRGVGIDVV LYCDRLDLYR VDPLDKAIID AISSTFGRGI WRRTVVALTH ANLVQTPPGT DY DSFVNGR VRLIRGAVRG PLFFRPSLPV ALVENSETCP VSSESGFRVL PDGEPWLVAL VSQLVDMAAA RRRPYKYHPR LSS KPSHRF RWLLPVAIAA EVLFYRRFLH PRLDDNQRRV EREEERVWAL RGQQRRALGL HRPHRPDKDA AWRLEQMYDD D

+
分子 #13: Simp2

分子名称: Simp2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas smithii (クラミドモナス)
分子量理論値: 13.426158 KDa
配列文字列:
MSSDVQAKLS GLLGDIGVKC TLAFAGTVAA GAAIVVPSGK QVEAASLDIY GRPPSQLLPN ERRAAEFAAG HRRWKGFVDN SIYSWTRTL PGHDNPIVNP YKGPRRPQRP QQKLEEEVEA AAKQE

+
分子 #14: Unknown peptide

分子名称: Unknown peptide / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14
詳細: Chain X belongs to an unidentified protein, which contains an alpha helix. The input sequence is a tentative one based on the model. The identity of this chain remains to be revealed in the future.
コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas smithii (クラミドモナス)
分子量理論値: 1.863077 KDa
配列文字列:
AAAAAFAAFA GFAFAAFAAA G

+
分子 #15: Digitonin

分子名称: Digitonin / タイプ: ligand / ID: 15 / コピー数: 5 / 式: AJP
分子量理論値: 1.229312 KDa
Chemical component information

ChemComp-AJP:
Digitonin / ジギトニン / 可溶化剤*YM

+
分子 #16: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE

分子名称: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE / タイプ: ligand / ID: 16 / コピー数: 5 / 式: LMG
分子量理論値: 787.158 Da
Chemical component information

ChemComp-LMG:
1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE

+
分子 #17: HEXADECANE

分子名称: HEXADECANE / タイプ: ligand / ID: 17 / コピー数: 1 / 式: R16
分子量理論値: 226.441 Da
Chemical component information

ChemComp-R16:
HEXADECANE / ヘキサデカン

+
分子 #18: DODECANE

分子名称: DODECANE / タイプ: ligand / ID: 18 / コピー数: 7 / 式: D12
分子量理論値: 170.335 Da
Chemical component information

ChemComp-D12:
DODECANE / ドデカン

+
分子 #19: INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE

分子名称: INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 19 / コピー数: 1 / 式: IHP
分子量理論値: 660.035 Da
Chemical component information

ChemComp-IHP:
INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE / フィチン酸

+
分子 #20: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE

分子名称: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / タイプ: ligand / ID: 20 / コピー数: 5 / 式: LHG
分子量理論値: 722.97 Da
Chemical component information

ChemComp-LHG:
1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / ジパルミトイルホスファチジルグリセロ-ル / リン脂質*YM

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度式名称
50.0 mMC4H11NO3Tris
150.0 mMNaClSodium chloride
0.06 %C56H92O29Digitonin
グリッドモデル: Quantifoil / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 支持フィルム - Film thickness: 2.0 nm / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)
検出モード: SUPER-RESOLUTION / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.8 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成使用したクラス数: 1 / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.77 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 796731
初期 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL
得られたモデル

PDB-7xzi:
Cryo-EM structure of TOC-TIC supercomplex from Chlamydomonas reinhardtii

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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