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基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of Fft3-nucleosome complex with Fft3 bound to SHL+2 position of the nucleosome | |||||||||
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機能・相同性 | ![]() attachment of telomeric heterochromatin to nuclear envelope / ATP-dependent H3-H4 histone complex chaperone activity / HDMs demethylate histones / Interleukin-7 signaling / PKMTs methylate histone lysines / Chromatin modifying enzymes / Condensation of Prophase Chromosomes / SUMOylation of chromatin organization proteins / RCAF complex / Metalloprotease DUBs ...attachment of telomeric heterochromatin to nuclear envelope / ATP-dependent H3-H4 histone complex chaperone activity / HDMs demethylate histones / Interleukin-7 signaling / PKMTs methylate histone lysines / Chromatin modifying enzymes / Condensation of Prophase Chromosomes / SUMOylation of chromatin organization proteins / RCAF complex / Metalloprotease DUBs / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / E3 ubiquitin ligases ubiquitinate target proteins / RMTs methylate histone arginines / SIRT1 negatively regulates rRNA expression / NoRC negatively regulates rRNA expression / Activated PKN1 stimulates transcription of AR (androgen receptor) regulated genes KLK2 and KLK3 / Recruitment and ATM-mediated phosphorylation of repair and signaling proteins at DNA double strand breaks / RNA Polymerase I Promoter Escape / polytene chromosome band / Formation of the beta-catenin:TCF transactivating complex / PRC2 methylates histones and DNA / HDACs deacetylate histones / Transcriptional regulation by small RNAs / HATs acetylate histones / Ub-specific processing proteases / Estrogen-dependent gene expression / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / larval somatic muscle development / Senescence-Associated Secretory Phenotype (SASP) / Oxidative Stress Induced Senescence / Assembly of the ORC complex at the origin of replication / UCH proteinases / histone chaperone activity / ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Nan Z / Tao J / Yangao H | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Cryo-EM structure of Fft3-nucleosome complex with Fft3 bound to SHL+2 position of the nucleosome (Class I Fft3-nucleosome complex) 著者: Nan Z / Tao J / Yangao H | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 39.9 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 20 KB 20 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 212.9 KB | ||
Filedesc metadata | ![]() | 7 KB | ||
その他 | ![]() ![]() | 32.9 MB 32.9 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 7xyfMC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.04 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_33520_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_33520_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : Complex of Fft3-nucleosome complex with Fft3 bound to SHL+2 of th...
全体 | 名称: Complex of Fft3-nucleosome complex with Fft3 bound to SHL+2 of the nucleosome (Class I Fft3-nucleosome complex) |
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要素 |
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-超分子 #1: Complex of Fft3-nucleosome complex with Fft3 bound to SHL+2 of th...
超分子 | 名称: Complex of Fft3-nucleosome complex with Fft3 bound to SHL+2 of the nucleosome (Class I Fft3-nucleosome complex) タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #6-#7, #1-#2 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() ![]() |
-分子 #1: Histone H2A
分子 | 名称: Histone H2A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 11.552494 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() ![]() |
配列 | 文字列: AKSRSNRAGL QFPVGRIHRL LRKGNYAERV GAGAPVYLAA VMEYLAAEVL ELAGNAARDN KKTRIIPRHL QLAIRNDEEL NKLLSGVTI AQGGVLPNIQ AVLLPKK UniProtKB: ![]() |
-分子 #2: Histone H2B
分子 | 名称: Histone H2B / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 10.721382 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() ![]() |
配列 | 文字列: RKRKESYAIY IYKVLKQVHP DTGISSKAMS IMNSFVNDIF ERIAAEASRL AHYNKRSTIT SREIQTAVRL LLPGELAKHA VSEGTKAVT KYTSSK UniProtKB: ![]() |
-分子 #5: ATP-dependent helicase fft3
分子 | 名称: ATP-dependent helicase fft3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: ![]() |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 78.351766 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() ![]() |
配列 | 文字列: IDTAALKEEV LKY(MSE)NRCSTQ DLAD(MSE)TGCTL AEAEF(MSE)VAKR PFPDLESALV VKQPRPVIPK GRRGRREK T PLGPRLVGIC (MSE)EI(MSE)RGYFVV DALIRQCEQL GGKIQRGIEA WGLSNTATSD EGETSLVNFD Q(MSE)KSFGT PA NSSFITTPPA ...文字列: IDTAALKEEV LKY(MSE)NRCSTQ DLAD(MSE)TGCTL AEAEF(MSE)VAKR PFPDLESALV VKQPRPVIPK GRRGRREK T PLGPRLVGIC (MSE)EI(MSE)RGYFVV DALIRQCEQL GGKIQRGIEA WGLSNTATSD EGETSLVNFD Q(MSE)KSFGT PA NSSFITTPPA SFSPDIKLQD YQIIGINWLY LLYELKLAGI LADE(MSE)GLGKT CQTIAFFSLL (MSE)DKNINGPHL VIAPAST(MSE)E NWLREFAKFC PKLKIELYYG SQVEREEIRE RINSNKDSYN V(MSE)LTTYRLAA TSKADRLFLR NQK FNVCVY DEGHYLKNRA SERYRHL(MSE)SI PADFRVLLTG TPLQNNLKEL ISLLAFILPH VFDYGLKSLD VIFT(MSE)K KSP ESDFERALLS EQRVSRAK(MSE)(MSE) (MSE)APFVLRRKK SQVLDALPKK TRIIEFCEFS EEERRRYDDF ASKQS VNSL LDENV(MSE)KTNL DTNANLAKKK STAGFVLVQL RKLADHP(MSE)LF RIHYKDDILR Q(MSE)AKAI(MSE)NEP QYKKANELY IFED(MSE)QY(MSE)SD IELHNLCCKF PSINSFQLKD EPW(MSE)DATKVR KLKKLLTNAV ENGDRVVLF SQFTQVLDIL QLV(MSE)KSLNLK FLRFDGSTQV DFRQDLIDQF YADESINVFL LSTKAGGFGI NLACAN(MSE)VIL YD VSFNPFD DLQAEDRAHR VGQKKEVTVY KFVVKDTIEE HIQRLANAKI A UniProtKB: ATP-dependent helicase fft3 |
-分子 #6: Histone H3
分子 | 名称: Histone H3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 11.48841 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() ![]() |
配列 | 文字列: PHRYRPGTVA LREIRRYQKS TELLIRKLPF QRLVREIAQD FKTDLRFQSS AVMALQEASE AYLVGLFEDT NLCAIHAKRV TIMPKDIQL ARRIRGERA UniProtKB: ![]() |
-分子 #7: Histone H4
分子 | 名称: Histone H4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 9.86159 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() ![]() |
配列 | 文字列: RHRKVLRDNI QGITKPAIRR LARRGGVKRI SGLIYEETRG VLKVFLENVI RDAVTYTEHA KRKTVTAMDV VYALKRQGRT LYGFGG UniProtKB: ![]() |
-分子 #3: DNA (167-MER)
分子 | 名称: DNA (167-MER) / タイプ: dna / ID: 3 / コピー数: 1 / 分類: DNA |
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由来(天然) | 生物種: synthetic construct (人工物) |
分子量 | 理論値: 45.27484 KDa |
配列 | 文字列: (DA)(DC)(DA)(DG)(DG)(DA)(DT)(DG)(DT)(DA) (DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DC)(DT)(DG)(DA)(DC) (DA)(DC)(DG)(DT)(DG)(DC)(DC)(DT)(DG) (DG)(DA)(DG)(DA)(DC)(DT)(DA)(DG)(DG)(DG) (DA) (DG)(DT)(DA)(DA)(DT) ...文字列: (DA)(DC)(DA)(DG)(DG)(DA)(DT)(DG)(DT)(DA) (DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DC)(DT)(DG)(DA)(DC) (DA)(DC)(DG)(DT)(DG)(DC)(DC)(DT)(DG) (DG)(DA)(DG)(DA)(DC)(DT)(DA)(DG)(DG)(DG) (DA) (DG)(DT)(DA)(DA)(DT)(DC)(DC)(DC) (DC)(DT)(DT)(DG)(DG)(DC)(DG)(DG)(DT)(DT) (DA)(DA) (DA)(DA)(DC)(DG)(DC)(DG)(DG) (DG)(DG)(DG)(DA)(DC)(DA)(DG)(DC)(DG)(DC) (DG)(DT)(DA) (DC)(DG)(DT)(DG)(DC)(DG) (DT)(DT)(DT)(DA)(DA)(DG)(DC)(DG)(DG)(DT) (DG)(DC)(DT)(DA) (DG)(DA)(DG)(DC)(DT) (DG)(DT)(DC)(DT)(DA)(DC)(DG)(DA)(DC)(DC) (DA)(DA)(DT)(DT)(DG) (DA)(DG)(DC)(DG) (DG)(DC)(DC)(DT)(DC)(DG)(DG)(DC)(DA)(DC) (DC)(DG)(DG)(DG)(DA)(DT) (DT)(DC)(DT) (DC)(DC)(DA) |
-分子 #4: DNA (167-MER)
分子 | 名称: DNA (167-MER) / タイプ: dna / ID: 4 / コピー数: 1 / 分類: DNA |
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由来(天然) | 生物種: synthetic construct (人工物) |
分子量 | 理論値: 44.85657 KDa |
配列 | 文字列: (DT)(DG)(DG)(DA)(DG)(DA)(DA)(DT)(DC)(DC) (DC)(DG)(DG)(DT)(DG)(DC)(DC)(DG)(DA)(DG) (DG)(DC)(DC)(DG)(DC)(DT)(DC)(DA)(DA) (DT)(DT)(DG)(DG)(DT)(DC)(DG)(DT)(DA)(DG) (DA) (DC)(DA)(DG)(DC)(DT) ...文字列: (DT)(DG)(DG)(DA)(DG)(DA)(DA)(DT)(DC)(DC) (DC)(DG)(DG)(DT)(DG)(DC)(DC)(DG)(DA)(DG) (DG)(DC)(DC)(DG)(DC)(DT)(DC)(DA)(DA) (DT)(DT)(DG)(DG)(DT)(DC)(DG)(DT)(DA)(DG) (DA) (DC)(DA)(DG)(DC)(DT)(DC)(DT)(DA) (DG)(DC)(DA)(DC)(DC)(DG)(DC)(DT)(DT)(DA) (DA)(DA) (DC)(DG)(DC)(DA)(DC)(DG)(DT) (DA)(DC)(DG)(DC)(DG)(DC)(DT)(DG)(DT)(DC) (DC)(DC)(DC) (DC)(DG)(DC)(DG)(DT)(DT) (DT)(DT)(DA)(DA)(DC)(DC)(DG)(DC)(DC)(DA) (DA)(DG)(DG)(DG) (DG)(DA)(DT)(DT)(DA) (DC)(DT)(DC)(DC)(DC)(DT)(DA)(DG)(DT)(DC) (DT)(DC)(DC)(DA)(DG) (DG)(DC)(DA)(DC) (DG)(DT)(DG)(DT)(DC)(DA)(DG)(DA)(DT)(DA) (DT)(DA)(DT)(DA)(DC)(DA) (DT)(DC)(DC) (DT)(DG)(DT) |
-実験情報
-構造解析
手法 | ![]() |
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![]() | ![]() |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
緩衝液 | pH: 7 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD![]() 最大 デフォーカス(公称値): 2.8000000000000003 µm 最小 デフォーカス(公称値): 1.5 µm |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k) 平均電子線量: 60.0 e/Å2 |
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画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: PDB ENTRY PDBモデル - PDB ID: |
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初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 178242 |