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- EMDB-33422: structure of a membrane-integrated glycosyltransferase with inhibitor -
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データを開く
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基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||
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タイトル | structure of a membrane-integrated glycosyltransferase with inhibitor | |||||||||
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![]() | membrane protein / glycosyltransferase / TRANSFERASE | |||||||||
機能・相同性 | ![]() chitosome / chitin synthase / chitin synthase activity / : / septum digestion after cytokinesis / cell septum / cell periphery / cell wall organization / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å | |||||||||
![]() | Wu YN / Zhang M / Yang YZ / Ding XY / Liu XT / Zhang MJ / Yu HJ | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: structure of a membrane-integrated glycosyltransferase with inhibitor 著者: Wu YN / Zhang M / Yang YZ / Ding XY / Liu XT / Zhang MJ / Yu HJ | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 49 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 15.6 KB 15.6 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 8.5 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 58.8 KB | ||
Filedesc metadata | ![]() | 6.1 KB | ||
その他 | ![]() ![]() | 39.6 MB 39.6 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 7xs6MC ![]() 7xs7C M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.08 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_33422_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_33422_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : membrane-integrated glycosyltransferase
全体 | 名称: membrane-integrated glycosyltransferase |
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要素 |
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-超分子 #1: membrane-integrated glycosyltransferase
超分子 | 名称: membrane-integrated glycosyltransferase / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
-分子 #1: Chitin synthase 1
分子 | 名称: Chitin synthase 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: chitin synthase |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 130.001141 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: MSDQNNRSRN EYHSNRKNEP SYELQNAHSG LFHSSNEELT NRNQRYTNQN ASMGSFTPVQ SLQFPEQSQQ TNMLYNGDDG NNNTINDNE RDIYGGFVNH HRQRPPPATA EYNDVFNTNS QQLPSEHQYN NVPSYPLPSI NVIQTTPELI HNGSQTMATP I ERPFFNEN ...文字列: MSDQNNRSRN EYHSNRKNEP SYELQNAHSG LFHSSNEELT NRNQRYTNQN ASMGSFTPVQ SLQFPEQSQQ TNMLYNGDDG NNNTINDNE RDIYGGFVNH HRQRPPPATA EYNDVFNTNS QQLPSEHQYN NVPSYPLPSI NVIQTTPELI HNGSQTMATP I ERPFFNEN DYYYNNRNSR TSPSIASSSD GYADQEARPI LEQPNNNMNS GNIPQYHDQP FGYNNGYHGL QAKDYYDDPE GG YIDQRGD DYQINSYLGR NGEMVDPYDY ENSLRHMTPM ERREYLHDDS RPVNDGKEEL DSVKSGYSHR DLGEYDKDDF SRD DEYDDL NTIDKLQFQA NGVPASSSVS SIGSKESDII VSNDNLTANR ALKRSGTEIR KFKLWNGNFV FDSPISKTLL DQYA TTTEN ANTLPNEFKF MRYQAVTCEP NQLAEKNFTV RQLKYLTPRE TELMLVVTMY NEDHILLGRT LKGIMDNVKY MVKKK NSST WGPDAWKKIV VCIISDGRSK INERSLALLS SLGCYQDGFA KDEINEKKVA MHVYEHTTMI NITNISESEV SLECNQ GTV PIQLLFCLKE QNQKKINSHR WAFEGFAELL RPNIVTLLDA GTMPGKDSIY QLWREFRNPN VGGACGEIRT DLGKRFV KL LNPLVASQNF EYKMSNILDK TTESNFGFIT VLPGAFSAYR FEAVRGQPLQ KYFYGEIMEN EGFHFFSSNM YLAEDRIL C FEVVTKKNCN WILKYCRSSY ASTDVPERVP EFILQRRRWL NGSFFASVYS FCHFYRVWSS GHNIGRKLLL TVEFFYLFF NTLISWFSLS SFFLVFRILT VSIALAYHSA FNVLSVIFLW LYGICTLSTF ILSLGNKPKS TEKFYVLTCV IFAVMMIYMI FCSIFMSVK SFQNILKNDT ISFEGLITTE AFRDIVISLG STYCLYLISS IIYLQPWHML TSFIQYILLS PSYINVLNIY A FCNVHDLS WGTKGAMANP LGKINTTEDG TFKMEVLVSS SEIQANYDKY LKVLNDFDPK SESRPTEPSY DEKKTGYYAN VR SLVIIFW VITNFIIVAV VLETGGIADY IAMKSISTDD TLETAKKAEI PLMTSKASIY FNVILWLVAL SALIRFIGCS IYM IVRFFK KVTFR UniProtKB: Chitin synthase 1 |
-分子 #2: TETRADECANE
分子 | 名称: TETRADECANE / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 16 / 式: C14 |
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分子量 | 理論値: 198.388 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-C14: |
-分子 #3: DODECANE
分子 | 名称: DODECANE / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 10 / 式: D12 |
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分子量 | 理論値: 170.335 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-D12: |
-分子 #4: HEPTANE
分子 | 名称: HEPTANE / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 14 / 式: HP6 |
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分子量 | 理論値: 100.202 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-HP6: |
-分子 #5: (2S)-{[(2S,3S,4S)-2-amino-4-hydroxy-4-(5-hydroxypyridin-2-yl)-3-m...
分子 | 名称: (2S)-{[(2S,3S,4S)-2-amino-4-hydroxy-4-(5-hydroxypyridin-2-yl)-3-methylbutanoyl]amino}[(2R,3S,4R,5R)-5-(2,4-dioxo-3,4-dihydropyrimidin-1(2H)-yl)-3,4-dihydroxyoxolan-2-yl]acetic acid (non-preferred name) タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 2 / 式: BGI |
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分子量 | 理論値: 495.44 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-BGI: |
-分子 #6: (19R,22S)-25-amino-22-hydroxy-22-oxido-16-oxo-17,21,23-trioxa-22l...
分子 | 名称: (19R,22S)-25-amino-22-hydroxy-22-oxido-16-oxo-17,21,23-trioxa-22lambda~5~-phosphapentacosan-19-yl (9Z)-hexadec-9-enoate タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 2 / 式: 0V9 |
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分子量 | 理論値: 689.943 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-0V9: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 3.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |