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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-33390 | |||||||||||||||
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タイトル | Structure of human B-cell antigen receptor of the IgM isotype | |||||||||||||||
マップデータ | ||||||||||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 IgM B cell receptor complex / IgD immunoglobulin complex / B cell receptor complex / IgM immunoglobulin complex / IgA immunoglobulin complex / IgE immunoglobulin complex / CD22 mediated BCR regulation / IgG immunoglobulin complex / Fc epsilon receptor (FCERI) signaling / Classical antibody-mediated complement activation ...IgM B cell receptor complex / IgD immunoglobulin complex / B cell receptor complex / IgM immunoglobulin complex / IgA immunoglobulin complex / IgE immunoglobulin complex / CD22 mediated BCR regulation / IgG immunoglobulin complex / Fc epsilon receptor (FCERI) signaling / Classical antibody-mediated complement activation / Initial triggering of complement / B cell activation / B cell proliferation / FCGR activation / immunoglobulin mediated immune response / Role of phospholipids in phagocytosis / Role of LAT2/NTAL/LAB on calcium mobilization / Scavenging of heme from plasma / multivesicular body / FCERI mediated Ca+2 mobilization / B cell differentiation / FCGR3A-mediated IL10 synthesis / Antigen activates B Cell Receptor (BCR) leading to generation of second messengers / Regulation of Complement cascade / Cell surface interactions at the vascular wall / FCERI mediated MAPK activation / antigen binding / FCGR3A-mediated phagocytosis / B cell receptor signaling pathway / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / FCERI mediated NF-kB activation / transmembrane signaling receptor activity / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / adaptive immune response / Potential therapeutics for SARS / blood microparticle / immune response / membrane raft / external side of plasma membrane / signal transduction / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å | |||||||||||||||
データ登録者 | Chen MY / Su Q / Shi YG | |||||||||||||||
資金援助 | 中国, 4件
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引用 | ジャーナル: Science / 年: 2022 タイトル: Cryo-EM structure of the human IgM B cell receptor. 著者: Qiang Su / Mengying Chen / Yan Shi / Xiaofeng Zhang / Gaoxingyu Huang / Bangdong Huang / Dongwei Liu / Zhangsuo Liu / Yigong Shi / 要旨: The B cell receptor (BCR) initiates immune responses through antigen recognition. We report a 3.3-angstrom cryo-electron microscopy structure of human immunoglobulin M (IgM)-BCR in the resting state. ...The B cell receptor (BCR) initiates immune responses through antigen recognition. We report a 3.3-angstrom cryo-electron microscopy structure of human immunoglobulin M (IgM)-BCR in the resting state. IgM-BCR comprises two heavy chains, two light chains, and the Igα/Igβ heterodimer. The ectodomains of the heavy chains closely stack against those of Igα/Igβ, with one heavy chain locked between Igα and Igβ in the juxtamembrane region. Extracellular interactions may determine isotype specificity of the BCR. The transmembrane helices of IgM-BCR form a four-helix bundle that appears to be conserved among all BCR isotypes. This structure contains 14 glycosylation sites on the IgM-BCR ectodomains and reveals three potential surface binding sites. Our work reveals the organizational principles of the BCR and may facilitate the design of antibody-based therapeutics. | |||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_33390.map.gz | 167.8 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-33390-v30.xml emd-33390.xml | 21.7 KB 21.7 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_33390.png | 22.1 KB | ||
その他 | emd_33390_half_map_1.map.gz emd_33390_half_map_2.map.gz | 164.7 MB 164.7 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-33390 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-33390 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_33390_validation.pdf.gz | 567.2 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_33390_full_validation.pdf.gz | 566.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_33390_validation.xml.gz | 14.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_33390_validation.cif.gz | 17.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-33390 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-33390 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7xq8MC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_33390.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.077 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_33390_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_33390_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : structure of human B-cell antigen receptor of the IgM isotype
全体 | 名称: structure of human B-cell antigen receptor of the IgM isotype |
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要素 |
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-超分子 #1: structure of human B-cell antigen receptor of the IgM isotype
超分子 | 名称: structure of human B-cell antigen receptor of the IgM isotype タイプ: complex / キメラ: Yes / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) / 組換細胞: HEK293F |
-超分子 #2: Heavy chain
超分子 | 名称: Heavy chain / タイプ: complex / キメラ: Yes / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) / 組換細胞: HEK293F |
-超分子 #3: Light chain
超分子 | 名称: Light chain / タイプ: complex / キメラ: Yes / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) / 組換細胞: HEK293F |
-超分子 #4: human B-cell antigen receptor
超分子 | 名称: human B-cell antigen receptor / タイプ: complex / キメラ: Yes / ID: 4 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #3-#4 |
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-分子 #1: Chimera of Heavy chain of VRC01 antibody Fab and Isoform 2 of Imm...
分子 | 名称: Chimera of Heavy chain of VRC01 antibody Fab and Isoform 2 of Immunoglobulin heavy constant mu タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 詳細: Specific N-terminal secretion signal peptide (1-19) / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 67.895641 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: MEFGLSWLFL VAILKGVQCQ VQLVQSGGQM KKPGESMRIS CRASGYEFID CTLNWIRLAP GKRPEWMGWL KPRGGAVNYA RPLQGRVTM TRDVYSDTAF LELRSLTVDD TAVYFCTRGK NCDYNWDFEH WGRGTPVIVS SGSASAPTLF PLVSCENSPS D TSSVAVGC ...文字列: MEFGLSWLFL VAILKGVQCQ VQLVQSGGQM KKPGESMRIS CRASGYEFID CTLNWIRLAP GKRPEWMGWL KPRGGAVNYA RPLQGRVTM TRDVYSDTAF LELRSLTVDD TAVYFCTRGK NCDYNWDFEH WGRGTPVIVS SGSASAPTLF PLVSCENSPS D TSSVAVGC LAQDFLPDSI TFSWKYKNNS DISSTRGFPS VLRGGKYAAT SQVLLPSKDV MQGTDEHVVC KVQHPNGNKE KN VPLPVIA ELPPKVSVFV PPRDGFFGNP RKSKLICQAT GFSPRQIQVS WLREGKQVGS GVTTDQVQAE AKESGPTTYK VTS TLTIKE SDWLGQSMFT CRVDHRGLTF QQNASSMCVP DQDTAIRVFA IPPSFASIFL TKSTKLTCLV TDLTTYDSVT ISWT RQNGE AVKTHTNISE SHPNATFSAV GEASICEDDW NSGERFTCTV THTDLPSPLK QTISRPKGVA LHRPDVYLLP PAREQ LNLR ESATITCLVT GFSPADVFVQ WMQRGQPLSP EKYVTSAPMP EPQAPGRYFA HSILTVSEEE WNTGETYTCV VAHEAL PNR VTERTVDKST EGEVSADEEG FENLWATAST FIVLFLLSLF YSTTVTLFKV K |
-分子 #2: Light chain of Fab fragments of the VRC01 antibody,Immunoglobulin...
分子 | 名称: Light chain of Fab fragments of the VRC01 antibody,Immunoglobulin kappa constant タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 詳細: N terminal specific signal peptide (1-19), Flag tag (20-40) コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 27.350191 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: MVLQTQVFIS LLLWISGAYG GSDYKDDDDK GSPGDEVDAG EIVLTQSPGT LSLSPGETAI ISCRTSQYGS LAWYQQRPGQ APRLVIYSG STRAAGIPDR FSGSRWGPDY NLTISNLESG DFGVYYCQQY EFFGQGTKVQ VDIKRTVAAP SVFIFPPSDE Q LKSGTASV ...文字列: MVLQTQVFIS LLLWISGAYG GSDYKDDDDK GSPGDEVDAG EIVLTQSPGT LSLSPGETAI ISCRTSQYGS LAWYQQRPGQ APRLVIYSG STRAAGIPDR FSGSRWGPDY NLTISNLESG DFGVYYCQQY EFFGQGTKVQ VDIKRTVAAP SVFIFPPSDE Q LKSGTASV VCLLNNFYPR EAKVQWKVDN ALQSGNSQES VTEQDSKDST YSLSSTLTLS KADYEKHKVY ACEVTHQGLS SP VTKSFNR GEC |
-分子 #3: B-cell antigen receptor complex-associated protein alpha chain
分子 | 名称: B-cell antigen receptor complex-associated protein alpha chain タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / 詳細: C terminal twin-strep tag / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 28.144594 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: MPGGPGVLQA LPATIFLLFL LSAVYLGPGC QALWMHKVPA SLMVSLGEDA HFQCPHNSSN NANVTWWRVL HGNYTWPPEF LGPGEDPNG TLIIQNVNKS HGGIYVCRVQ EGNESYQQSC GTYLRVRQPP PRPFLDMGEG TKNRIITAEG IILLFCAVVP G TLLLFRKR ...文字列: MPGGPGVLQA LPATIFLLFL LSAVYLGPGC QALWMHKVPA SLMVSLGEDA HFQCPHNSSN NANVTWWRVL HGNYTWPPEF LGPGEDPNG TLIIQNVNKS HGGIYVCRVQ EGNESYQQSC GTYLRVRQPP PRPFLDMGEG TKNRIITAEG IILLFCAVVP G TLLLFRKR WQNEKLGLDA GDEYEDENLY EGLNLDDCSM YEDISRGLQG TYQDVGSLNI GDVQLEKPAA AWSHPQFEKG GG SGGGSGG SAWSHPQFEK |
-分子 #4: B-cell antigen receptor complex-associated protein beta chain
分子 | 名称: B-cell antigen receptor complex-associated protein beta chain タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / 詳細: C terminal twin-strep tag / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 29.163094 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: MARLALSPVP SHWMVALLLL LSAEPVPAAR SEDRYRNPKG SACSRIWQSP RFIARKRGFT VKMHCYMNSA SGNVSWLWKQ EMDENPQQL KLEKGRMEES QNESLATLTI QGIRFEDNGI YFCQQKCNNT SEVYQGCGTE LRVMGFSTLA QLKQRNTLKD G IIMIQTLL ...文字列: MARLALSPVP SHWMVALLLL LSAEPVPAAR SEDRYRNPKG SACSRIWQSP RFIARKRGFT VKMHCYMNSA SGNVSWLWKQ EMDENPQQL KLEKGRMEES QNESLATLTI QGIRFEDNGI YFCQQKCNNT SEVYQGCGTE LRVMGFSTLA QLKQRNTLKD G IIMIQTLL IILFIIVPIF LLLDKDDSKA GMEEDHTYEG LDIDQTATYE DIVTLRTGEV KWSVGEHPGQ EAAAWSHPQF EK GGGSGGG SGGSAWSHPQ FEK |
-分子 #5: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子 | 名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 14 / 式: NAG |
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分子量 | 理論値: 221.208 Da |
Chemical component information | ChemComp-NAG: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 5 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.5 |
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.0 µm 最小 デフォーカス(公称値): 1.4000000000000001 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 697919 |
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初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |