+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-33331 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Cyo-EM model for native cystathionine beta-synthase of Mycobacterium tuberculosis. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
マップデータ | Cryo-EM map for native cystathionine beta-synthase of Mycobacterium tuberculosis. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
試料 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 cystathionine beta-synthase / cysteine biosynthetic process via cystathionine / cystathionine beta-synthase activity / cysteine synthase activity / L-cysteine desulfhydrase activity / cysteine biosynthetic process from serine / peptidoglycan-based cell wall / pyridoxal phosphate binding / extracellular region / plasma membrane / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
生物種 | Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (結核菌) / Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
データ登録者 | Bandyopadhyay P / Pramanick I / Biswas R / Sabarinath PS / Sreedharan S / Singh S / Rajmani R / Laxman S / Dutta S / Singh A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
資金援助 | インド, 13件
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
引用 | ジャーナル: Sci Adv / 年: 2022 タイトル: -Adenosylmethionine-responsive cystathionine β-synthase modulates sulfur metabolism and redox balance in . 著者: Parijat Bandyopadhyay / Ishika Pramanick / Rupam Biswas / Sabarinath Ps / Sreesa Sreedharan / Shalini Singh / Raju S Rajmani / Sunil Laxman / Somnath Dutta / Amit Singh / 要旨: Methionine and cysteine metabolisms are important for the survival and pathogenesis of (). The transsulfuration pathway converts methionine to cysteine and represents an important link between ...Methionine and cysteine metabolisms are important for the survival and pathogenesis of (). The transsulfuration pathway converts methionine to cysteine and represents an important link between antioxidant and methylation metabolism in diverse organisms. Using a combination of biochemistry and cryo-electron microscopy, we characterized the first enzyme of the transsulfuration pathway, cystathionine β-synthase (Cbs) in . We demonstrated that Cbs is a heme-less, pyridoxal-5'-phosphate-containing enzyme, allosterically activated by -adenosylmethionine (SAM). The atomic model of Cbs in its native and SAM-bound conformations revealed a unique mode of SAM-dependent allosteric activation. Further, SAM stabilized Cbs by sterically occluding proteasomal degradation, which was crucial for supporting methionine and redox metabolism in . Genetic deficiency of Cbs reduced survival upon homocysteine overload in vitro, inside macrophages, and in mice coinfected with HIV. Thus, the Cbs-SAM axis constitutes an important mechanism of coordinating sulfur metabolism in . | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
添付画像 |
---|
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_33331.map.gz | 49.4 MB | EMDBマップデータ形式 | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | emd-33331-v30.xml emd-33331.xml | 17.8 KB 17.8 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_33331_fsc.xml | 8.6 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_33331.png | 120.8 KB | ||
その他 | emd_33331_half_map_1.map.gz emd_33331_half_map_2.map.gz | 39.6 MB 39.6 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-33331 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-33331 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_33331_validation.pdf.gz | 673.4 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | emd_33331_full_validation.pdf.gz | 673 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_33331_validation.xml.gz | 14.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_33331_validation.cif.gz | 20.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-33331 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-33331 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
---|---|
「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_33331.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 52.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | Cryo-EM map for native cystathionine beta-synthase of Mycobacterium tuberculosis. | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.07 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
|
-添付データ
-ハーフマップ: Half map 1 for native cystathionine beta-synthase of...
ファイル | emd_33331_half_map_1.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | Half map 1 for native cystathionine beta-synthase of Mycobacterium tuberculosis. | ||||||||||||
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half map 2 for native cystathionine beta-synthase of...
ファイル | emd_33331_half_map_2.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | Half map 2 for native cystathionine beta-synthase of Mycobacterium tuberculosis. | ||||||||||||
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Cystathionine beta-synthase enzyme of Mycobacterium tuberculosis.
全体 | 名称: Cystathionine beta-synthase enzyme of Mycobacterium tuberculosis. |
---|---|
要素 |
|
-超分子 #1: Cystathionine beta-synthase enzyme of Mycobacterium tuberculosis.
超分子 | 名称: Cystathionine beta-synthase enzyme of Mycobacterium tuberculosis. タイプ: complex / キメラ: Yes / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (結核菌) |
-分子 #1: Putative cystathionine beta-synthase Rv1077
分子 | 名称: Putative cystathionine beta-synthase Rv1077 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO / EC番号: cystathionine beta-synthase |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌) |
分子量 | 理論値: 50.284848 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: MARIAQHISE LIGGTPLVRL NSVVPDGAGT VAAKVEYLNP GGSSKDRIAV KMIEAAEASG QLKPGGTIVE PTSGNTGVGL ALVAQRRGY KCVFVCPDKV SEDKRNVLIA YGAEVVVCPT AVPPHDPASY YSVSDRLVRD IDGAWKPDQY ANPEGPASHY V TTGPEIWA ...文字列: MARIAQHISE LIGGTPLVRL NSVVPDGAGT VAAKVEYLNP GGSSKDRIAV KMIEAAEASG QLKPGGTIVE PTSGNTGVGL ALVAQRRGY KCVFVCPDKV SEDKRNVLIA YGAEVVVCPT AVPPHDPASY YSVSDRLVRD IDGAWKPDQY ANPEGPASHY V TTGPEIWA DTEGKVTHFV AGIGTGGTIT GAGRYLKEVS GGRVRIVGAD PEGSVYSGGA GRPYLVEGVG EDFWPAAYDP SV PDEIIAV SDSDSFDMTR RLAREEAMLV GGSCGMAVVA ALKVAEEAGP DALIVVLLPD GGRGYMSKIF NDAWMSSYGF LRS RLDGST EQSTVGDVLR RKSGALPALV HTHPSETVRD AIGILREYGV SQMPVVGAEP PVMAGEVAGS VSERELLSAV FEGR AKLAD AVSAHMSPPL RMIGAGELVS AAGKALRDWD ALMVVEEGKP VGVITRYDLL GFLSEGAGRR KLAAALEHHH HHH |
-分子 #2: PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE
分子 | 名称: PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 4 / 式: PLP |
---|---|
分子量 | 理論値: 247.142 Da |
Chemical component information | ChemComp-PLP: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
---|---|
解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 8 |
---|---|
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
---|---|
撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) 平均電子線量: 30.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 3.9 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 2.2 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |