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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-33290 | |||||||||||||||
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タイトル | Glucagon amyloid fibril | |||||||||||||||
マップデータ | postprocess_masked | |||||||||||||||
試料 |
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キーワード | amyloid / fibrils / glucagon / PROTEIN FIBRIL | |||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 glucagon receptor binding / negative regulation of execution phase of apoptosis / feeding behavior / positive regulation of calcium ion import / cellular response to glucagon stimulus / response to starvation / positive regulation of insulin secretion involved in cellular response to glucose stimulus / regulation of insulin secretion / Synthesis, secretion, and deacylation of Ghrelin / positive regulation of gluconeogenesis ...glucagon receptor binding / negative regulation of execution phase of apoptosis / feeding behavior / positive regulation of calcium ion import / cellular response to glucagon stimulus / response to starvation / positive regulation of insulin secretion involved in cellular response to glucose stimulus / regulation of insulin secretion / Synthesis, secretion, and deacylation of Ghrelin / positive regulation of gluconeogenesis / protein kinase A signaling / positive regulation of peptidyl-threonine phosphorylation / response to activity / gluconeogenesis / adenylate cyclase-modulating G protein-coupled receptor signaling pathway / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / hormone activity / Glucagon signaling in metabolic regulation / Synthesis, secretion, and inactivation of Glucagon-like Peptide-1 (GLP-1) / Glucagon-type ligand receptors / Glucagon-like Peptide-1 (GLP1) regulates insulin secretion / positive regulation of peptidyl-serine phosphorylation / glucose homeostasis / G alpha (s) signalling events / G alpha (q) signalling events / secretory granule lumen / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / G protein-coupled receptor signaling pathway / endoplasmic reticulum lumen / signaling receptor binding / negative regulation of apoptotic process / extracellular space / extracellular region / identical protein binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.9 Å | |||||||||||||||
データ登録者 | Jeong H / Lin Y / Lee Y-H | |||||||||||||||
資金援助 | 韓国, 4件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Atomistic zipper-like amyloid structure of full-length glucagon 著者: Jeong H / Lee Y | |||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_33290.map.gz | 1.7 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-33290-v30.xml emd-33290.xml | 15.4 KB 15.4 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_33290.png | 105.3 KB | ||
Filedesc metadata | emd-33290.cif.gz | 4.6 KB | ||
その他 | emd_33290_additional_1.map.gz emd_33290_half_map_1.map.gz emd_33290_half_map_2.map.gz | 139.6 MB 140.2 MB 140.3 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-33290 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-33290 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_33290_validation.pdf.gz | 683.2 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_33290_full_validation.pdf.gz | 682.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_33290_validation.xml.gz | 13.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_33290_validation.cif.gz | 15.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-33290 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-33290 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7xm8MC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_33290.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 6.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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注釈 | postprocess_masked | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.865 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-追加マップ: refined
ファイル | emd_33290_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | refined | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: half1
ファイル | emd_33290_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | half1 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: half2
ファイル | emd_33290_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | half2 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Glucagon amyloid fibril
全体 | 名称: Glucagon amyloid fibril |
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要素 |
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-超分子 #1: Glucagon amyloid fibril
超分子 | 名称: Glucagon amyloid fibril / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all 詳細: Glucagon (HSQGTFTSDYSKYLDSRRAQDFVQWLMNT; purity: >97%) was synthesized by Toray Industries (Tokyo, Japan) |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-分子 #1: Glucagon
分子 | 名称: Glucagon / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 22 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 3.486781 KDa |
配列 | 文字列: HSQGTFTSDY SKYLDSRRAQ DFVQWLMNT UniProtKB: Pro-glucagon |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | filament |
-試料調製
緩衝液 | pH: 2.5 |
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グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 60 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR |
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
詳細 | Glucagon (HSQGTFTSDYSKYLDSRRAQDFVQWLMNT; purity: >97%) was synthesized by Toray Industries (Tokyo, Japan) |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) 平均電子線量: 40.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 3.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: NONE |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 20592 |
初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |