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万見
- EMDB-33290: Glucagon amyloid fibril -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-33290
タイトルGlucagon amyloid fibril
マップデータpostprocess_masked
試料
  • 複合体: Glucagon amyloid fibril
    • タンパク質・ペプチド: Glucagon
キーワードamyloid / fibrils / glucagon / PROTEIN FIBRIL
機能・相同性
機能・相同性情報


glucagon receptor binding / protein kinase A signaling / negative regulation of execution phase of apoptosis / feeding behavior / positive regulation of calcium ion import / Synthesis, secretion, and deacylation of Ghrelin / positive regulation of insulin secretion involved in cellular response to glucose stimulus / positive regulation of gluconeogenesis / cellular response to glucagon stimulus / regulation of insulin secretion ...glucagon receptor binding / protein kinase A signaling / negative regulation of execution phase of apoptosis / feeding behavior / positive regulation of calcium ion import / Synthesis, secretion, and deacylation of Ghrelin / positive regulation of insulin secretion involved in cellular response to glucose stimulus / positive regulation of gluconeogenesis / cellular response to glucagon stimulus / regulation of insulin secretion / response to activity / gluconeogenesis / hormone activity / adenylate cyclase-modulating G protein-coupled receptor signaling pathway / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / Glucagon signaling in metabolic regulation / Synthesis, secretion, and inactivation of Glucagon-like Peptide-1 (GLP-1) / Glucagon-type ligand receptors / Glucagon-like Peptide-1 (GLP1) regulates insulin secretion / glucose homeostasis / secretory granule lumen / G alpha (s) signalling events / G alpha (q) signalling events / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / G protein-coupled receptor signaling pathway / receptor ligand activity / endoplasmic reticulum lumen / signaling receptor binding / negative regulation of apoptotic process / extracellular space / extracellular region / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Glucagon / Glucagon/GIP/secretin/VIP / Peptide hormone / Glucagon / GIP / secretin / VIP family signature. / Glucagon like hormones
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.9 Å
データ登録者Jeong H / Lin Y / Lee Y-H
資金援助 韓国, 4件
OrganizationGrant number国
National Research Foundation (NRF, Korea)NRF-2022R1A2C1011793 韓国
Other governmentC220000 韓国
Other governmentC230130 韓国
Other governmentC280300 韓国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Atomistic zipper-like amyloid structure of full-length glucagon
著者: Jeong H / Lee Y
履歴
登録2022年4月25日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年4月19日-
マップ公開2023年4月19日-
更新2025年7月2日-
現状2025年7月2日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_33290.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 6.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈postprocess_masked
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.865 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.035
最小 - 最大-0.10147108 - 0.13687102
平均 (標準偏差)0.0020197711 (±0.0130780805)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ120120120
Spacing120120120
セルA=B=C: 103.8 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Glucagon amyloid fibril

全体名称: Glucagon amyloid fibril
要素
  • 複合体: Glucagon amyloid fibril
    • タンパク質・ペプチド: Glucagon

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超分子 #1: Glucagon amyloid fibril

超分子名称: Glucagon amyloid fibril / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
詳細: Glucagon (HSQGTFTSDYSKYLDSRRAQDFVQWLMNT; purity: >97%) was synthesized by Toray Industries (Tokyo, Japan)
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Glucagon

分子名称: Glucagon / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 22 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 3.486781 KDa
配列文字列:
HSQGTFTSDY SKYLDSRRAQ DFVQWLMNT

UniProtKB: Pro-glucagon

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態filament

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試料調製

緩衝液pH: 2.5
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 60 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR
凍結凍結剤: ETHANE
詳細Glucagon (HSQGTFTSDYSKYLDSRRAQDFVQWLMNT; purity: >97%) was synthesized by Toray Industries (Tokyo, Japan)

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
平均電子線量: 40.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 20592
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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