[日本語] English
万見
- EMDB-33286: Cryo-EM Structure of R-loop monoclonal antibody S9.6 in recognizi... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-33286
タイトルCryo-EM Structure of R-loop monoclonal antibody S9.6 in recognizing RNA:DNA hybrids
マップデータ
試料
  • 複合体: Cryo-EM Structure of R-loop monoclonal antibody S9.6 in recognizing RNA:DNA hybrids
    • タンパク質・ペプチド: S9.6 Fab HC
    • タンパク質・ペプチド: S9.6 Fab LC
    • DNA: DNA
    • RNA: RNA
生物種Mus musculus (ハツカネズミ) / Arabidopsis (植物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.4 Å
データ登録者Li Q / Lin C / Luo Z / Li H / Li X / Sun Q
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
Other private041301470 中国
引用ジャーナル: J Genet Genomics / 年: 2022
タイトル: Cryo-EM structure of R-loop monoclonal antibody S9.6 in recognizing RNA:DNA hybrids.
著者: Qin Li / Chao Lin / Zhipu Luo / Haitao Li / Xueming Li / Qianwen Sun /
履歴
登録2022年4月22日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年5月25日-
マップ公開2022年5月25日-
更新2022年8月3日-
現状2022年8月3日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

-
構造の表示

添付画像

emd_33286.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_33286.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 22.2 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.091 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.2
最小 - 最大-1.2175915 - 1.1302297
平均 (標準偏差)-0.0010193274 (±0.04647635)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ180180180
Spacing180180180
セルA=B=C: 196.37999 Å
α=β=γ: 90.0 °

-
添付データ

-
ハーフマップ: #2

ファイルemd_33286_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_33286_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
試料の構成要素

-
全体 : Cryo-EM Structure of R-loop monoclonal antibody S9.6 in recognizi...

全体名称: Cryo-EM Structure of R-loop monoclonal antibody S9.6 in recognizing RNA:DNA hybrids
要素
  • 複合体: Cryo-EM Structure of R-loop monoclonal antibody S9.6 in recognizing RNA:DNA hybrids
    • タンパク質・ペプチド: S9.6 Fab HC
    • タンパク質・ペプチド: S9.6 Fab LC
    • DNA: DNA
    • RNA: RNA

-
超分子 #1: Cryo-EM Structure of R-loop monoclonal antibody S9.6 in recognizi...

超分子名称: Cryo-EM Structure of R-loop monoclonal antibody S9.6 in recognizing RNA:DNA hybrids
タイプ: complex / キメラ: Yes / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
組換発現生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)

-
分子 #1: S9.6 Fab HC

分子名称: S9.6 Fab HC / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 23.85675 KDa
配列文字列: EVQLQQSGPE LVKPGASVKM SCKASGYTFT SYVMHWVKQK PGQGLEWIGF INLYNDGTKY NEKFKGKATL TSDKSSSTAY MELSSLTSK DSAVYYCARD YYGSRWFDYW GQGTTLTVSS AKTTAPSVYP LAPVCGDTTG SSVTLGCLVK GYFPEPVTLT W NSGSLSSG ...文字列:
EVQLQQSGPE LVKPGASVKM SCKASGYTFT SYVMHWVKQK PGQGLEWIGF INLYNDGTKY NEKFKGKATL TSDKSSSTAY MELSSLTSK DSAVYYCARD YYGSRWFDYW GQGTTLTVSS AKTTAPSVYP LAPVCGDTTG SSVTLGCLVK GYFPEPVTLT W NSGSLSSG VHTFPAVLQS DLYTLSSSVT VTSSTWPSQS ITCNVAHPAS STKVDKKIEP RV

-
分子 #2: S9.6 Fab LC

分子名称: S9.6 Fab LC / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 24.182803 KDa
組換発現生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
配列文字列: DVLMTQTPLS LPVSLGDQAS ISCRSSQSIV HSNGNTYLEW YLQKPGQSPK LLIYKVSNRF SGVPDRFSGS GSGTDFTLKI SRVEAEDLG VYYCFQGSHV PYTFGGGTKL EIKRADAAPT VSIFPPSSEQ LTSGGASVVC FLNNFYPKDI NVKWKIDGSE R QNGVLNSW ...文字列:
DVLMTQTPLS LPVSLGDQAS ISCRSSQSIV HSNGNTYLEW YLQKPGQSPK LLIYKVSNRF SGVPDRFSGS GSGTDFTLKI SRVEAEDLG VYYCFQGSHV PYTFGGGTKL EIKRADAAPT VSIFPPSSEQ LTSGGASVVC FLNNFYPKDI NVKWKIDGSE R QNGVLNSW TDQDSKDSTY SMSSTLTLTK DEYERHNSYT CEATHKTSTS PIVKSFNRNE C

-
分子 #3: DNA

分子名称: DNA / タイプ: dna / ID: 3 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Arabidopsis (植物)
分子量理論値: 12.142727 KDa
配列文字列:
(DT)(DC)(DT)(DG)(DT)(DT)(DC)(DT)(DT)(DC) (DG)(DT)(DG)(DT)(DT)(DC)(DC)(DT)(DC)(DG) (DT)(DC)(DT)(DG)(DT)(DT)(DC)(DT)(DT) (DC)(DG)(DT)(DG)(DT)(DT)(DC)(DC)(DT)(DC) (DG)

-
分子 #4: RNA

分子名称: RNA / タイプ: rna / ID: 4 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Arabidopsis (植物)
分子量理論値: 13.12308 KDa
配列文字列:
CGAGGAACAC GAAGAACAGA CGAGGAACAC GAAGAACAGA

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 7.2
凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.4 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

-
画像解析

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 64305
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る