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- EMDB-33284: Human diastrophic dysplasia sulfate transporter SLC26A2 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-33284
タイトルHuman diastrophic dysplasia sulfate transporter SLC26A2
マップデータ
試料
  • 複合体: human diastrophic dysplasia sulfate transporter SLC26A2
    • タンパク質・ペプチド: Sulfate transporter
  • リガンド: SULFATE ION
キーワードTransporter / sulfate / TRANSPORT PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


Defective SLC26A2 causes chondrodysplasias / sulfate transmembrane transport / Multifunctional anion exchangers / Transport and synthesis of PAPS / : / sulfate transmembrane transporter activity / chondrocyte proliferation / oxalate transmembrane transporter activity / secondary active sulfate transmembrane transporter activity / solute:inorganic anion antiporter activity ...Defective SLC26A2 causes chondrodysplasias / sulfate transmembrane transport / Multifunctional anion exchangers / Transport and synthesis of PAPS / : / sulfate transmembrane transporter activity / chondrocyte proliferation / oxalate transmembrane transporter activity / secondary active sulfate transmembrane transporter activity / solute:inorganic anion antiporter activity / bicarbonate transmembrane transporter activity / chloride transmembrane transporter activity / microvillus membrane / chondrocyte differentiation / ossification / apical plasma membrane / extracellular exosome / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Sulphate anion transporter, conserved site / SLC26A transporters signature. / SLC26A/SulP transporter / SLC26A/SulP transporter domain / Sulfate permease family / STAS domain / STAS domain profile. / STAS domain / STAS domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Sulfate transporter
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.73 Å
データ登録者Chi XM / Zhou Q
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31971123 中国
引用ジャーナル: Dian Zi Xian Wei Xue Bao / 年: 2023
タイトル: Structure of human diastrophic dysplasia sulfate transporter SLC26A2
著者: Chi XM / Li XR / Huang BD / Zhou Q
履歴
登録2022年4月22日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年3月15日-
マップ公開2023年3月15日-
更新2024年7月3日-
現状2024年7月3日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_33284.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_33284.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 38.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.09 Å/pix.
x 216 pix.
= 234.792 Å		1.09 Å/pix.
x 216 pix.
= 234.792 Å		1.09 Å/pix.
x 216 pix.
= 234.792 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.087 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.03
最小 - 最大-0.09834704 - 0.15094128
平均 (標準偏差)0.00064191944 (±0.0045500416)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ216216216
Spacing216216216
セルA=B=C: 234.792 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_33284_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_33284_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : human diastrophic dysplasia sulfate transporter SLC26A2

全体名称: human diastrophic dysplasia sulfate transporter SLC26A2
要素
  • 複合体: human diastrophic dysplasia sulfate transporter SLC26A2
    • タンパク質・ペプチド: Sulfate transporter
  • リガンド: SULFATE ION

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超分子 #1: human diastrophic dysplasia sulfate transporter SLC26A2

超分子名称: human diastrophic dysplasia sulfate transporter SLC26A2
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 130 KDa

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分子 #1: Sulfate transporter

分子名称: Sulfate transporter / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 88.273945 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MADYKDHDGD YKDHDIDYKD DDDKGASSAW SHPQFEKGGG SGGGSGGSAW SHPQFEKGSA AAMSSESKEQ HNVSPRDSAE GNDSYPSGI HLELQRESST DFKQFETNDQ CRPYHRILIE RQEKSDTNFK EFVIKKLQKN CQCSPAKAKN MILGFLPVLQ W LPKYDLKK ...文字列:
MADYKDHDGD YKDHDIDYKD DDDKGASSAW SHPQFEKGGG SGGGSGGSAW SHPQFEKGSA AAMSSESKEQ HNVSPRDSAE GNDSYPSGI HLELQRESST DFKQFETNDQ CRPYHRILIE RQEKSDTNFK EFVIKKLQKN CQCSPAKAKN MILGFLPVLQ W LPKYDLKK NILGDVMSGL IVGILLVPQS IAYSLLAGQE PVYGLYTSFF ASIIYFLLGT SRHISVGIFG VLCLMIGETV DR ELQKAGY DNAHSAPSLG MVSNGSTLLN HTSDRICDKS CYAIMVGSTV TFIAGVYQVA MGFFQVGFVS VYLSDALLSG FVT GASFTI LTSQAKYLLG LNLPRTNGVG SLITTWIHVF RNIHKTNLCD LITSLLCLLV LLPTKELNEH FKSKLKAPIP IELV VVVAA TLASHFGKLH ENYNSSIAGH IPTGFMPPKV PEWNLIPSVA VDAIAISIIG FAITVSLSEM FAKKHGYTVK ANQEM YAIG FCNIIPSFFH CFTTSAALAK TLVKESTGCH TQLSGVVTAL VLLLVLLVIA PLFYSLQKSV LGVITIVNLR GALRKF RDL PKMWSISRMD TVIWFVTMLS SALLSTEIGL LVGVCFSIFC VILRTQKPKS SLLGLVEESE VFESVSAYKN LQIKPGI KI FRFVAPLYYI NKECFKSALY KQTVNPILIK VAWKKAAKRK IKEKVVTLGG IQDEMSVQLS HDPLELHTIV IDCSAIQF L DTAGIHTLKE VRRDYEAIGI QVLLAQCNPT VRDSLTNGEY CKKEEENLLF YSVYEAMAFA EVSKNQKGVC VPNGLSLSS D

UniProtKB: Sulfate transporter

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分子 #2: SULFATE ION

分子名称: SULFATE ION / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 2 / 式: SO4
分子量理論値: 96.063 Da
Chemical component information

ChemComp-SO4:
SULFATE ION / 硫酸ジアニオン

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD
最大 デフォーカス（公称値）: 2.3000000000000003 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

7ch1

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.73 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 395589
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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