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基本情報
登録情報 | ![]() | ||||||||||||||||||
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タイトル | Tail structure of bacteriophage SSV19 | ||||||||||||||||||
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![]() | Complex / VIRAL PROTEIN | ||||||||||||||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||||||||||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.8 Å | ||||||||||||||||||
![]() | Liu HR / Chen WY | ||||||||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structural insights into a spindle-shaped archaeal virus with a sevenfold symmetrical tail. 著者: Zhen Han / Wanjuan Yuan / Hao Xiao / Li Wang / Junxia Zhang / Yuning Peng / Lingpeng Cheng / Hongrong Liu / Li Huang / ![]() 要旨: Archaeal viruses with a spindle-shaped virion are abundant and widespread in extremely diverse environments. However, efforts to obtain the high-resolution structure of a spindle-shaped virus have ...Archaeal viruses with a spindle-shaped virion are abundant and widespread in extremely diverse environments. However, efforts to obtain the high-resolution structure of a spindle-shaped virus have been unsuccessful. Here, we present the structure of SSV19, a spindle-shaped virus infecting the hyperthermophilic archaeon sp. E11-6. Our near-atomic structure reveals an unusual sevenfold symmetrical virus tail consisting of the tailspike, nozzle, and adaptor proteins. The spindle-shaped capsid shell is formed by seven left-handed helical strands, constructed of the hydrophobic major capsid protein, emanating from the highly glycosylated tail assembly. Sliding between adjacent strands is responsible for the variation of a virion in size. Ultrathin sections of the SSV19-infected cells show that SSV19 virions adsorb to the host cell membrane through the tail after penetrating the S-layer. The tailspike harbors a putative endo-mannanase domain, which shares structural similarity to a endo-mannanase. Molecules of glycerol dibiphytanyl glycerol tetraether lipid were observed in hydrophobic clefts between the tail and the capsid shell. The nozzle protein resembles the stem and clip domains of the portals of herpesviruses and bacteriophages, implying an evolutionary relationship among the archaeal, bacterial, and eukaryotic viruses. | ||||||||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 227.1 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 18.2 KB 18.2 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 65.2 KB | ||
Filedesc metadata | ![]() | 6.1 KB | ||
その他 | ![]() ![]() | 92.3 MB 92.3 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 866.7 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 866.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 16.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 19.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 7xdiMC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.27 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_33148_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_33148_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : Sulfolobus spindle-shaped virus
全体 | 名称: ![]() ![]() |
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要素 |
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-超分子 #1: Sulfolobus spindle-shaped virus
超分子 | 名称: Sulfolobus spindle-shaped virus / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / NCBI-ID: 2491899 / 生物種: Sulfolobus spindle-shaped virus / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: OTHER / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No |
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-分子 #1: VP1
分子 | 名称: VP1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 9.282206 KDa |
配列 | 文字列: MRWQIRKLRR AEGFNVGLLI GLFIFILVGI VLLPVITSEV SSLTSGTSPA VTGTNATLLN LVPLFYILIL VIVPAVLAYK MYRE UniProtKB: VP1 |
-分子 #2: C131
分子 | 名称: C131 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 14.753507 KDa |
配列 | 文字列: MGTKIIINVI FFDIILALLM MSFASIQPPS IANPPTVAQA QAQANITWNL TVGSINWEWL WPVFYFVDWL IWIVTTIFAV VAFIFNVFT TSLSLLASVP IVGPFLLMFA VIINFVLIWE VVKLIRGYDN PG UniProtKB: Uncharacterized protein |
-分子 #3: B210
分子 | 名称: B210 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 23.195996 KDa |
配列 | 文字列: MKWPLLLFTV LLIIGFTLIA RAGTISLLST PPVNPPAYSY FYIEFQFLPT NNTPQPYAIF VGPNPNNLTE VAEGYTLSNG TGYARVPVI NAQTEYVDIV WVNQNYTMFE IFPQIQNATT TVTLSANNNQ GFSFSLPTWV SWVIGAVLML IFMGVGWKFM G PAGLAIFG ...文字列: MKWPLLLFTV LLIIGFTLIA RAGTISLLST PPVNPPAYSY FYIEFQFLPT NNTPQPYAIF VGPNPNNLTE VAEGYTLSNG TGYARVPVI NAQTEYVDIV WVNQNYTMFE IFPQIQNATT TVTLSANNNQ GFSFSLPTWV SWVIGAVLML IFMGVGWKFM G PAGLAIFG IFGLFIAMFF GLLPSYLMYV ILFIVAIVGA RILTKQLGGG EE UniProtKB: Uncharacterized protein |
-分子 #4: VP4
分子 | 名称: VP4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 137.071953 KDa |
配列 | 文字列: MKRVFLLYII GILLTLFLPL IQTQSAVSLP PLYVEDAVNA EIQQLWSKSP TGVYAFHEAP SVNNSFWPDD NAKFLESIAP WWQSYSSYV NSTLQFLQQS DVNGLFIKRF EYPLNPLQSI TIGNLSGYTN GFYDIVGNPL LNSMRIATYY NPTLAVTYLF G NVVQYPNG ...文字列: MKRVFLLYII GILLTLFLPL IQTQSAVSLP PLYVEDAVNA EIQQLWSKSP TGVYAFHEAP SVNNSFWPDD NAKFLESIAP WWQSYSSYV NSTLQFLQQS DVNGLFIKRF EYPLNPLQSI TIGNLSGYTN GFYDIVGNPL LNSMRIATYY NPTLAVTYLF G NVVQYPNG ILVNIEQGLE NPITDGGFGG TGGQNPPWES LNSSSLVNDS IVSIVNNAKT YLNLTGPTFF GTPSEELQYN FP IVNVLPH YLAFQNVNGI LGQYNYQGKF IPFNVTLVLQ SSSINRIYLE FIWENSTSGT YVLTDIPVYF TANGQWQQVV VTV PASAWP KYWNLGALSA VPLLIGIGLD LPGSSPSQTG PTGVYVGDIA TNYPTTFGPQ FNVTNKGSYV VFNESWKSDS LGAT FWIAY VLGQGNAIEV LASAPVNQSW IYVGYNGLAT IGTGYTILET PSGILKNYQN SGNISWTYLG PNFGKWMLLS TNYAP NWIG DFQMLFIFPM AGTSNPYMDT LNNAVYMGDP TEVRNTLYFG NYTTLPGYFQ WVQIAYQNDG NTSGVFGFFL IPSVDY LVN PSVIVNDMFP SSLTAYSPSS IPNYWWEAVW GENYYEGEII YALALLGKYG NSQALQMAQQ AWLSYYNQLK AYNGATY TS SLARFIMATI LLYNITGNTQ YSNAYTQLAN WLLQYQNQSK YAYVYIPMWY HKDVDVPSVN GFATYGYIIN RTAQMDVG T VISGTSIGLN FFEDIPLNTS YGIYLLTNGT GKLPFTYQNV LNVSGTFITY LYMNGGGTAT TANITITVQI AYNGNVLQT IGTAAVDNVP IQPGGISGSP PFYPVKIVVP VLTTVNAPPG STLIIGWNIK APQTVYVLID STNGPSNVTI PLSWPNPFYG LFTIPKIYN PNPGVHNYPQ PYFLDISAMA GQAMMALYAV TKNITYLLDA QLVMNAIHYG PVPMPTYGIL GVPNPPVEPR L WVYANYST VDADYYTYKS ELVSEFGDAI GNNTLASLAI SRVWQRTSYT YPTSYIYYVA RYGSGLQMNS ETQPWGDVAT QF YVNTWSP SNLDLFWASL PNNNYITNQT WNGTALFIHL YAYQQSQVQL IFLTTTVNFN VLVNGNYTNY EANHQIMQIA PTL EPGPNT IIIIPNPKNQ VSQNTNISTT TTTSPLSNAI SGLGITLTQN ELMLLGFVIY FVIIMVTYGV SRNKTITVLS SIVA VAIVY ALALWPTYMA FILGAVGFFM LFYSISRREE E UniProtKB: VP4 |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
緩衝液 | pH: 7 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TECNAI ARCTICA |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k) 平均電子線量: 35.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 4.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.5 µm |
実験機器 | ![]() モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: NONE |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 49361 |
初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 角度割当 | タイプ: PROJECTION MATCHING |