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- EMDB-33140: Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 Delta RBD in complex with BA7208 ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-33140
タイトルCryo-EM structure of SARS-CoV-2 Delta RBD in complex with BA7208 and BA7125 fab (local refinement)
マップデータCryo-EM structure of SARS-CoV-2 Delta RBD in complex with BA7208 and BA7125 fab (local refinement)
試料
  • 複合体: Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 Delta RBD in complex with BA7208 and BA7125 fab (local refinement)
    • タンパク質・ペプチド: BA7125 fab
    • タンパク質・ペプチド: BA7125 fab
    • タンパク質・ペプチド: Spike glycoprotein
    • タンパク質・ペプチド: BA7208 fab
    • タンパク質・ペプチド: BA7208 fab
キーワードVIRAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated disruption of host tissue / Maturation of spike protein / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / viral translation / host extracellular space / symbiont-mediated-mediated suppression of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion ...symbiont-mediated disruption of host tissue / Maturation of spike protein / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / viral translation / host extracellular space / symbiont-mediated-mediated suppression of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / membrane fusion / Attachment and Entry / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell surface receptor binding / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / receptor ligand activity / endocytosis involved in viral entry into host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / symbiont entry into host cell / virion attachment to host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV-2 / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus ...Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV-2 / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Betacoronavirus spike glycoprotein S1, receptor binding / Spike glycoprotein S1, N-terminal domain, betacoronavirus-like / Betacoronavirus-like spike glycoprotein S1, N-terminal / Spike glycoprotein S2 superfamily, coronavirus / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 1 / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 2 / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 1 (HR1) region profile. / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 2 (HR2) region profile. / Spike glycoprotein S2, coronavirus / Coronavirus spike glycoprotein S2
類似検索 - ドメイン・相同性
Spike glycoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.98 Å
データ登録者Liu Z / Liu S
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: Cell Discov / 年: 2023
タイトル: Biparatopic antibody BA7208/7125 effectively neutralizes SARS-CoV-2 variants including Omicron BA.1-BA.5.
著者: Wang Y / Yan A / Song D / Dong C / Rao M / Gao Y / Qi R / Ma X / Wang Q / Xu H / Liu H / Han J / Duan M / Liu S / Yu X / Zong M / Feng J / Jiao J / Zhang H / Li M / Yu B / Wang Y / Meng F / ...著者: Wang Y / Yan A / Song D / Dong C / Rao M / Gao Y / Qi R / Ma X / Wang Q / Xu H / Liu H / Han J / Duan M / Liu S / Yu X / Zong M / Feng J / Jiao J / Zhang H / Li M / Yu B / Wang Y / Meng F / Ni X / Li Y / Shen Z / Sun B / Shao X / Zhao H / Zhao Y / Li R / Zhang Y / Du G / Lu J / You C / Jiang H / Zhang L / Wang L / Dou C / Liu Z / Zhao J
履歴
登録2022年3月26日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年3月1日-
マップ公開2023年3月1日-
更新2025年6月25日-
現状2025年6月25日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_33140.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 512 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 Delta RBD in complex with BA7208 and BA7125 fab (local refinement)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.66 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.3
最小 - 最大-1.9606345 - 3.1645176
平均 (標準偏差)0.001678889 (±0.055910226)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ512512512
Spacing512512512
セルA=B=C: 337.92 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 Delta RBD in complex with BA7208 ...

全体名称: Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 Delta RBD in complex with BA7208 and BA7125 fab (local refinement)
要素
  • 複合体: Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 Delta RBD in complex with BA7208 and BA7125 fab (local refinement)
    • タンパク質・ペプチド: BA7125 fab
    • タンパク質・ペプチド: BA7125 fab
    • タンパク質・ペプチド: Spike glycoprotein
    • タンパク質・ペプチド: BA7208 fab
    • タンパク質・ペプチド: BA7208 fab

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超分子 #1: Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 Delta RBD in complex with BA7208 ...

超分子名称: Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 Delta RBD in complex with BA7208 and BA7125 fab (local refinement)
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: BA7125 fab

分子名称: BA7125 fab / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 23.514258 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: EVQLQQWGAG LLKPSETLSL TCAVYGESFS GYYWSWIRQS PGKGLEWIGQ INHSGNTNYN PSLKSRVTMS VDTSKNQFSL KLSSVTAAD TAVYYCAREL GHDYWGQGTL VTVSSASTKG PSVFPLAPSS KSTSGGTAAL GCLVKDYFPE PVTVSWNSGA L TSGVHTFP ...文字列:
EVQLQQWGAG LLKPSETLSL TCAVYGESFS GYYWSWIRQS PGKGLEWIGQ INHSGNTNYN PSLKSRVTMS VDTSKNQFSL KLSSVTAAD TAVYYCAREL GHDYWGQGTL VTVSSASTKG PSVFPLAPSS KSTSGGTAAL GCLVKDYFPE PVTVSWNSGA L TSGVHTFP AVLQSSGLYS LSSVVTVPSS SLGTQTYICN VNHKPSNTKV DKKVEPKSCD KT

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分子 #2: BA7125 fab

分子名称: BA7125 fab / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 23.328883 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: EIVMTQSPGT LSLSPGERAT LSCRASQSIS SSYLAWFQQK PGQAPRLLIY GASSRAPGIP DRFSGSGSGT DFTLTISRLE PEDFAVYYC QQYGDSPLTF GGGTKVDIKR TVAAPSVFIF PPSDEQLKSG TASVVCLLNN FYPREAKVQW KVDNALQSGN S QESVTEQD ...文字列:
EIVMTQSPGT LSLSPGERAT LSCRASQSIS SSYLAWFQQK PGQAPRLLIY GASSRAPGIP DRFSGSGSGT DFTLTISRLE PEDFAVYYC QQYGDSPLTF GGGTKVDIKR TVAAPSVFIF PPSDEQLKSG TASVVCLLNN FYPREAKVQW KVDNALQSGN S QESVTEQD SKDSTYSLSS TLTLSKADYE KHKVYACEVT HQGLSSPVTK SFNRGEC

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分子 #3: Spike glycoprotein

分子名称: Spike glycoprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
分子量理論値: 21.973684 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: NLCPFGEVFN ATRFASVYAW NRKRISNCVA DYSVLYNSAS FSTFKCYGVS PTKLNDLCFT NVYADSFVIR GDEVRQIAPG QTGKIADYN YKLPDDFTGC VIAWNSNNLD SKVGGNYNYR YRLFRKSNLK PFERDISTEI YQAGSKPCNG VEGFNCYFPL Q SYGFQPTN ...文字列:
NLCPFGEVFN ATRFASVYAW NRKRISNCVA DYSVLYNSAS FSTFKCYGVS PTKLNDLCFT NVYADSFVIR GDEVRQIAPG QTGKIADYN YKLPDDFTGC VIAWNSNNLD SKVGGNYNYR YRLFRKSNLK PFERDISTEI YQAGSKPCNG VEGFNCYFPL Q SYGFQPTN GVGYQPYRVV VLSFELLHAP ATVCGPK

UniProtKB: Spike glycoprotein

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分子 #4: BA7208 fab

分子名称: BA7208 fab / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 24.398379 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: EVQLVQSGAE VKKPGESLKI SCKGSGYSFT SYYWIGWVRQ MPGKGLEWMG IVYPDDSDTR YSPSFQGQVT ISADKSISTA YLQWSSLKA SDTAMYYCVR HPGGGDWYFD LWGRGTLVTV SSASTKGPSV FPLAPSSKST SGGTAALGCL VKDYFPEPVT V SWNSGALT ...文字列:
EVQLVQSGAE VKKPGESLKI SCKGSGYSFT SYYWIGWVRQ MPGKGLEWMG IVYPDDSDTR YSPSFQGQVT ISADKSISTA YLQWSSLKA SDTAMYYCVR HPGGGDWYFD LWGRGTLVTV SSASTKGPSV FPLAPSSKST SGGTAALGCL VKDYFPEPVT V SWNSGALT SGVHTFPAVL QSSGLYSLSS VVTVPSSSLG TQTYICNVNH KPSNTKVDKK VEPKSCDKT

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分子 #5: BA7208 fab

分子名称: BA7208 fab / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 23.518082 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: DIQMTQSPST LSASVGDRVT ITCRASQSIS SWLAWYQQKP GKAPKLLIYK ASSLESGVPS RFSGSGSGTE FTLTITSLQP DDFATYYCQ QYDSFSWTFG QGTKLEIKRT VAAPSVFIFP PSDEQLKSGT ASVVCLLNNF YPREAKVQWK VDNALQSGNS Q ESVTEQDS ...文字列:
DIQMTQSPST LSASVGDRVT ITCRASQSIS SWLAWYQQKP GKAPKLLIYK ASSLESGVPS RFSGSGSGTE FTLTITSLQP DDFATYYCQ QYDSFSWTFG QGTKLEIKRT VAAPSVFIFP PSDEQLKSGT ASVVCLLNNF YPREAKVQWK VDNALQSGNS Q ESVTEQDS KDSTYSLSST LTLSKADYEK HKVYACEVTH QGLSSPVTKS FNRGEC

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 1.39 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 5.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: NONE
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.98 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 223225
初期 角度割当タイプ: OTHER
最終 角度割当タイプ: OTHER

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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