+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-32994 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Cryo-EM structure of IOC3-N2 nucleosome | |||||||||
マップデータ | IOC3-N2 nucleosome | |||||||||
試料 |
| |||||||||
キーワード | PROTEIN BINDING-DNA COMPLEX | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Isw1 complex / Isw1a complex / sister chromatid cohesion / structural constituent of chromatin / nucleosome / nucleosome assembly / chromatin remodeling / protein heterodimerization activity / regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / nucleus 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Xenopus laevis (アフリカツメガエル) / Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母) / Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) / synthetic construct (人工物) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.09 Å | |||||||||
データ登録者 | Lifei L / Kangjing C / Chen Z | |||||||||
資金援助 | 中国, 1件
| |||||||||
引用 | ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2024 タイトル: Structure of the ISW1a complex bound to the dinucleosome. 著者: Lifei Li / Kangjing Chen / Youyang Sia / Pengjing Hu / Youpi Ye / Zhucheng Chen / 要旨: Nucleosomes are basic repeating units of chromatin and form regularly spaced arrays in cells. Chromatin remodelers alter the positions of nucleosomes and are vital in regulating chromatin ...Nucleosomes are basic repeating units of chromatin and form regularly spaced arrays in cells. Chromatin remodelers alter the positions of nucleosomes and are vital in regulating chromatin organization and gene expression. Here we report the cryo-EM structure of chromatin remodeler ISW1a complex from Saccharomyces cerevisiae bound to the dinucleosome. Each subunit of the complex recognizes a different nucleosome. The motor subunit binds to the mobile nucleosome and recognizes the acidic patch through two arginine residues, while the DNA-binding module interacts with the entry DNA at the nucleosome edge. This nucleosome-binding mode provides the structural basis for linker DNA sensing of the motor. Notably, the Ioc3 subunit recognizes the disk face of the adjacent nucleosome through interacting with the H4 tail, the acidic patch and the nucleosomal DNA, which plays a role in the spacing activity in vitro and in nucleosome organization and cell fitness in vivo. Together, these findings support the nucleosome spacing activity of ISW1a and add a new mode of nucleosome remodeling in the context of a chromatin environment. | |||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
添付画像 |
---|
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_32994.map.gz | 7.1 MB | EMDBマップデータ形式 | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | emd-32994-v30.xml emd-32994.xml | 19.4 KB 19.4 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_32994.png | 60.5 KB | ||
Filedesc metadata | emd-32994.cif.gz | 6.6 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-32994 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-32994 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_32994_validation.pdf.gz | 353.8 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | emd_32994_full_validation.pdf.gz | 353.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_32994_validation.xml.gz | 6.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_32994_validation.cif.gz | 7.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-32994 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-32994 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
---|---|
「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_32994.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | IOC3-N2 nucleosome | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.0825 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
|
-添付データ
-試料の構成要素
+全体 : IOC3-N2 nucleosome
+超分子 #1: IOC3-N2 nucleosome
+超分子 #2: N2 nucleosome
+超分子 #3: DNA
+超分子 #4: IOC3
+分子 #1: Histone H3
+分子 #2: Histone H4
+分子 #3: Histone H2A
+分子 #4: Histone H2B 1.1
+分子 #7: ISWI one complex protein 3
+分子 #5: DNA (146-MER)
+分子 #6: DNA (146-MER)
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
---|---|
解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 1 mg/mL | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
緩衝液 | pH: 7.5 構成要素:
| ||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
---|---|
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 1.8 µm 最小 デフォーカス(公称値): 1.4000000000000001 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: OTHER / 詳細: Relion3.0 |
---|---|
最終 再構成 | アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.09 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 212026 |
初期 角度割当 | タイプ: PROJECTION MATCHING |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |